基因總覽
TNFRSF14 是蛋白質編碼基因,其產物 TNF receptor superfamily member 14 屬於腫瘤壞死因子受體超家族。此受體可辨識 TNF 超家族成員 TNFSF14/LIGHT、同源三聚體 LTA,以及免疫球蛋白超家族成員 BTLA 和 CD160;這些不同配體使其參與的訊號網絡同時具有刺激與抑制面向。該受體涉及抗原呈現細胞與淋巴球之間的雙向細胞接觸訊號,並與免疫細胞存活、分化及免疫反應調節相關。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000355716 ★ | 2,556,371–2,563,829 | 8 |
| ENST00000860782 | 2,554,244–2,564,089 | 9 |
| ENST00000992717 | 2,554,244–2,563,826 | 9 |
| ENST00000860781 | 2,554,260–2,564,089 | 9 |
| ENST00000860783 | 2,555,274–2,564,089 | 9 |
| ENST00000426449 | 2,555,639–2,560,714 | 6 |
| ENST00000860784 | 2,555,746–2,564,089 | 9 |
| ENST00000434817 | 2,555,791–2,561,815 | 7 |
| ENST00000860785 | 2,555,792–2,564,089 | 9 |
| ENST00000992721 | 2,555,792–2,563,834 | 9 |
| ENST00000860787 | 2,555,794–2,564,089 | 8 |
| ENST00000860788 | 2,555,794–2,564,089 | 8 |
顯示 12/32 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TNFRSF14 的產物能辨識四種不同配體:TNFSF14/LIGHT、同源三聚體 LTA、BTLA 與 CD160。這些配體分屬 TNF 超家族或免疫球蛋白超家族,使受體參與的訊號網絡具有刺激與抑制兩種作用方向。受體也參與抗原呈現細胞與淋巴球之間的雙向細胞接觸訊號,並可經由 TRAF2–TRAF3 E3 ligase 路徑促進免疫細胞存活與分化。
當 TNFSF14/LIGHT 與受體結合時,受體向 T 細胞提供共同刺激訊號,促進其增殖及效應功能。與 NK 細胞上的 CD160 互動則可增強 IFNG 生成及抗腫瘤免疫反應。細菌感染情境下,受體可作為上皮細胞上的 CD160 訊號受體;CD160 來自上皮內淋巴球,相關訊號會引發抗微生物蛋白與促發炎細胞激素的生成。這項感染情境的功能註記依相似性推定。
CD160 的作用也可能呈現抑制性:受體與活化 CD4+ T 細胞上的 CD160 結合後,會下調 CD28 共同刺激訊號,限制記憶免疫反應及同種抗原特異性免疫反應。對 BTLA 而言,受體可能在同一細胞上以 cis 方式,或在不同細胞間以 trans 方式互動;這兩種情境的相對作用有所不同。在初始 T 細胞中,cis 互動似乎可抑制 trans 互動並維持靜止狀態;適應性免疫反應期間,trans 互動則可能占優勢,為效應 T 細胞提供存活訊號。上述 BTLA 作用描述包含依相似性推定的內容。
此外,TNFRSF14 被註記為 herpes simplex virus 1/HHV-1 與 herpes simplex virus 2/HHV-2 的受體。此處的資料指出其受體角色,未進一步說明感染過程中的作用機制。
Promoter 與基因調控
>TNFRSF14 ENST00000355716 GRCh38 chr1:2555371-2556471 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CCTGCCACAGATTCCTGTGGCTGGCCACCCTGCCAACTCTCCTGCAGGTGAGGGTGGGCGCAATCCCCAA GGTCCTTTCCACCAGATGCCACTGAGTCCCCCAGGGGCCAGGGCTGGACCCTGGAGGGGGTCACCTGGCT GAAGTCAGGACCAGGAGGGGCAGGGGGCAGTCGAGGGGCAGGGGGCGGTCCTGGGCCAGGCGTCTGGCAG ATGGGCTTGCTGGAGGTGGGGGTTCCTGGTGTGCAGCAGGCGGTGCCAGAGGGGGTGACTGGGACCTGCT CTGGGCAAGCACAGGCGGTGCGTGACAGACCTGGGCTTCCATTGACTGCATCACGTCCAGCAGCAGGAAG GGGCCACGGGGGCACTGGCGTCGTCACGTGGGTCACGAGGTTCCATGTGATGCAGGGAGCGAGGCCGTCA CGAGGGACTCACTGGTGCCTGCCTTGGGGCTCCGGGACTGTGGGCTGTCTCCATCCGGAGGTCTCCCTAC CACCAGGCTCTGTGGGGCAGGGAAGCCCAGTGGGGTGCAGGGAGCCAGGAAGCTGGGGTGGGGTCAGGGC AGGGTCCACAGGGAGACCGGGCGAGGCTGGCAGCCTTCCCAGTCCGCGCAGCGTCTCTGCAGGGGGAGCA AGAGCTGCCCTTCCACCCCTCCCAGGGGACGGGTAGGGGCACTCTGGGCTTTTCCCACCCCCTCACGCAG GGACACAGGCCTGGTGGGTCTATGACTGAAATTGGCCAGACCGCATTCTGGTGGTTTTATTCGGAAGGGA AGTTTACCCTGTTCAGCAGAAGCTGAGATGGGAACAGGAAACCCACAGGGCCCCTTTATTCGGCAAAAAT GTCAGTCAGCGCCCCGGGGAGCAGCCGAGGGTCCCTGAGTGTGTGAGTGAGGTGGGGAAACACAGATGGA CTTTGGGGGGCTCCCCCTTCTACAGGAAACCCGGAGTGGACTGGAATGGTGCAGGGGGAGAACTCGCCCC TCCCATCGGGCGCCTCCTTCATACCGGCCCTTCCCCTCGGCTTTGCCTGGACAGCTCCTGCCTCCCGCAG GGCCCACCTGTGTCCCCCAGCGCCGCTCCACCCAGCAGGCCTGAGCCCCTC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TNFRSF14_3 ↗ | 1:2,554,294 | 正股 | 2,554,245–2,554,304 |
| TNFRSF14_1 ↗ | 1:2,556,371 | 正股 | 2,556,322–2,556,381 |
| TNFRSF14_2 ↗ | 1:2,556,563 | 正股 | 2,556,514–2,556,573 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR1_5L7JN · CTCF_binding_site · 2551749–2551770 · regulatory
ENSR1_842QD · enhancer · 2554589–2554731 · regulatory
ENSR1_5L83X · CTCF_binding_site · 2554829–2554850 · regulatory
ENSR1_5L84S · CTCF_binding_site · 2555015–2555036 · regulatory
ENSR1_5L86R · CTCF_binding_site · 2555445–2555466 · regulatory
ENSR1_BHNR · promoter · 2555732–2556381 · regulatory
ENSR1_5L89T · CTCF_binding_site · 2556108–2556129 · regulatory
ENSR1_5L8CL · CTCF_binding_site · 2556480–2556501 · regulatory
ENSR1_BHNZ · promoter · 2557021–2557549 · regulatory
ENSR1_5L8L4 · CTCF_binding_site · 2557883–2557904 · regulatory
· motif · 2551751–2551767 · motif
· motif · 2552633–2552645 · motif
· motif · 2552635–2552648 · motif
· motif · 2552635–2552650 · motif
· motif · 2553059–2553076 · motif
· motif · 2553083–2553095 · motif
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· motif · 2553085–2553100 · motif
· motif · 2553151–2553164 · motif
· motif · 2553153–2553168 · motif
· motif · 2553153–2553168 · motif
· motif · 2553154–2553167 · motif
· motif · 2553159–2553172 · motif
· motif · 2553159–2553172 · motif
· motif · 2553579–2553594 · motif
· motif · 2553630–2553637 · motif
· motif · 2554239–2554251 · motif
· motif · 2554831–2554847 · motif
· motif · 2555017–2555033 · motif
· motif · 2555224–2555233 · motif
· motif · 2555447–2555463 · motif
· motif · 2555466–2555479 · motif
· motif · 2555466–2555479 · motif
· motif · 2555495–2555507 · motif
· motif · 2555497–2555504 · motif
· motif · 2555526–2555539 · motif
· motif · 2555661–2555677 · motif
· motif · 2555720–2555735 · motif
· motif · 2555749–2555764 · motif
· motif · 2555920–2555927 · motif
· motif · 2556006–2556019 · motif
· motif · 2556018–2556031 · motif
· motif · 2556018–2556031 · motif
· motif · 2556110–2556126 · motif
· motif · 2556423–2556432 · motif
· motif · 2556482–2556498 · motif
· motif · 2556778–2556785 · motif
· motif · 2556778–2556793 · motif
· motif · 2557013–2557022 · motif
· motif · 2557097–2557109 · motif
· motif · 2557109–2557122 · motif
· motif · 2557113–2557128 · motif
· motif · 2557148–2557157 · motif
· motif · 2557364–2557376 · motif
· motif · 2557366–2557373 · motif
· motif · 2557366–2557381 · motif
· motif · 2557462–2557475 · motif
· motif · 2557885–2557901 · motif
· motif · 2558203–2558216 · motif
· motif · 2558203–2558216 · motif
· motif · 2558630–2558637 · motif
· motif · 2558708–2558720 · motif
· motif · 2558712–2558725 · motif
· motif · 2558888–2558903 · motif
· motif · 2558893–2558905 · motif
· motif · 2558903–2558918 · motif
· motif · 2558904–2558917 · motif
· motif · 2558909–2558921 · motif
· motif · 2558983–2558991 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:283 aa
TNF receptor superfamily member 14 長 283 個胺基酸,屬於 tumor necrosis factor receptor superfamily。其 N 端含訊號胜肽;細胞外區域具有三個重複區,分別標註為 TNFR-Cys 1、TNFR-Cys 2 與 TNFR-Cys 3。蛋白質另有一段跨膜螺旋,並帶有細胞質區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TNFRSF14 是位於細胞膜的單次穿膜第一型膜蛋白。 來源未提供定位隨條件改變或不同異構型間差異的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 7 個夥伴
- BTLAQ7Z6A9 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- CD160O95971 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- FOXD4L6Q3SYB3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TNFSF14O43557 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- TRAF2Q12933 · UniProt INTERACTION · 2 experiments · 2 筆來源紀錄
- TRAF5O00463 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- TARDBPQ13148 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
TNFRSF14 與 TRAF2、TRAF3、TRAF5、LTA 及 TNFSF14 有互作註記。它透過 CRD1/TNFR-Cys 1 與 CD160 直接互動;同一區域也參與其與 BTLA 的 cis 及 trans 互動,其中 cis 互動會抑制 trans 互動。此外,TNFRSF14 分別與 herpes simplex virus 1/HHV-1 和 herpes simplex virus 2/HHV-2 的 envelope glycoprotein D 互作。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 7 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TNFRSF14 可辨識 TNFSF14/LIGHT、同源三聚體 LTA、BTLA 與 CD160,形成兼具刺激與抑制作用的訊號網絡,並可經 TRAF2–TRAF3 E3 ligase 路徑促進免疫細胞存活與分化。它參與抗原呈現細胞和淋巴球間的雙向訊號;依配體及細胞情境,可能促進 T 細胞增殖、效應功能、IFNG 生成及抗微生物反應,也可能抑制 CD28 共同刺激或調節 T 細胞靜止與存活。部分 BTLA 及感染情境描述依相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源Receptor for four distinct ligands: The TNF superfamily members TNFSF14/LIGHT and homotrimeric LTA/lymphotoxin-alpha and the immunoglobulin superfamily members BTLA and CD160, altogether defining a complex stimulatory and inhibitory signaling network. Signals via the TRAF2-TRAF3 E3 ligase pathway to promote immune cell survival and differentiation. Participates in bidirectional cell-cell contact signaling between antigen presenting cells and lymphocytes. In response to ligation of TNFSF14/LIGHT, delivers costimulatory signals to T cells, promoting cell proliferation and effector functions. Interacts with CD160 on NK cells, enhancing IFNG production and anti-tumor immune response. In the context of bacterial infection, acts as a signaling receptor on epithelial cells for CD160 from intraepithelial lymphocytes, triggering the production of antimicrobial proteins and pro-inflammatory cytokines (By similarity). Upon binding to CD160 on activated CD4+ T cells, down-regulates CD28 costimulatory signaling, restricting memory and alloantigen-specific immune response. May interact in cis (on the same cell) or in trans (on other cells) with BTLA (By similarity). In cis interactions, appears to play an immune regulatory role inhibiting in trans interactions in naive T cells to maintain a resting state. In trans interactions, can predominate during adaptive immune response to provide survival signals to effector T cells (By similarity) PMID 10754304 ↗ · PMID 18193050 ↗ · PMID 19915044 ↗ · PMID 23761635 ↗ · PMID 9153189 ↗ · PMID 9162022 ↗ · PMID 9462508 ↗ |
| 功能 | 在微生物感染情境中,TNFRSF14 被註記為 herpes simplex virus 1/HHV-1 的受體。此項描述指出受體關係,但未提供受體作用的具體感染步驟、實驗系統或其他機制細節。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Acts as a receptor for Herpes simplex virus 1/HHV-1 PMID 11511370 ↗ · PMID 8898196 ↗ · PMID 9696799 ↗ |
| 功能 | 在微生物感染情境中,TNFRSF14 被註記為 herpes simplex virus 2/HHV-2 的受體。此項描述指出受體關係,但未提供受體作用的具體感染步驟、實驗系統或其他機制細節。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Acts as a receptor for Herpes simplex virus 2/HHV-2 PMID 11511370 ↗ · PMID 9696799 ↗ |
| 交互作用 | TNFRSF14 與 TRAF2、TRAF3、TRAF5、LTA 及 TNFSF14 有互作註記。它透過 CRD1/TNFR-Cys 1 與 CD160 直接互動,也透過該區域與 BTLA 進行 cis 和 trans 互動;其中 cis 互動會抑制 trans 互動。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with TRAF2, TRAF3 and TRAF5. Interacts (via CRD1/TNFR-Cys 1) with CD160; this interaction is direct. Interacts with LTA and TNFSF14. Interacts (via CRD1/TNFR-Cys 1) in cis and trans with BTLA; the cis interactions inhibits the trans interactions PMID 16169851 ↗ · PMID 18193050 ↗ · PMID 19915044 ↗ · PMID 23761635 ↗ · PMID 9153189 ↗ · PMID 9162022 ↗ · PMID 9462508 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染情境中,TNFRSF14 與 herpes simplex virus 1/HHV-1 的 envelope glycoprotein D 有互作註記。該描述記錄蛋白質互作,未進一步交代互作的功能後果或感染機制。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts with herpes simplex virus 1/HHV-1 envelope glycoprotein D PMID 11511370 ↗ · PMID 9696799 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染情境中,TNFRSF14 與 herpes simplex virus 2/HHV-2 的 envelope glycoprotein D 有互作註記。該描述記錄蛋白質互作,未進一步交代互作的功能後果或感染機制。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts with herpes simplex virus 2/HHV-2 envelope glycoprotein D PMID 11511370 ↗ · PMID 9696799 ↗ |
| 細胞定位 | TNFRSF14 定位於細胞膜,屬於單次穿膜的第一型膜蛋白。此定位註記未提供定位變化條件、異構型差異或其他細胞內位置資訊。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
ATACCGGCCCTTCCCCTCGGCTTTGCCTGGACAGCTCCTG40CCTCCCGCAGGGCCCACCTGTGTCCCCCAGCGCCGCTCCA80CCCAGCAGGCCTGAGCCCCTCTCTGCTGCCAGACACCCCC120TGCTGCCCACTCTCCTGCTGCTCGGGTTCTGAGGCACAGC160TTGTCACACCGAGGCGGATTCTCTTTCTCTTTCTCTTTCT200CTTCTGGCCCACAGCCGCAGCAATGGCGCTGAGTTCCTCT240GCTGGAGTTCATCCTGCTAGCTGGGTTCCCGAGCTGCCGG280TCTGAGCCTGAGGCATGGAGCCTCCTGGAGACTGGGGGCC320TCCTCCCTGGAGATCCACCCCCAAAACCGACGTCTTGAGG360CTGGTGCTGTATCTCACCTTCCTGGGAGCCCCCTGCTACG400CCCCAGCTCTGCCGTCCTGCAAGGAGGACGAGTACCCAGT440GGGCTCCGAGTGCTGCCCCAAGTGCAGTCCAGGTTATCGT480GTGAAGGAGGCCTGCGGGGAGCTGACGGGCACAGTGTGTG520AACCCTGCCCTCCAGGCACCTACATTGCCCACCTCAATGG560CCTAAGCAAGTGTCTGCAGTGCCAAATGTGTGACCCAGCC600ATGGGCCTGCGCGCGAGCCGGAACTGCTCCAGGACAGAGA640ACGCCGTGTGTGGCTGCAGCCCAGGCCACTTCTGCATCGT680CCAGGACGGGGACCACTGCGCCGCGTGCCGCGCTTACGCC720ACCTCCAGCCCGGGCCAGAGGGTGCAGAAGGGAGGCACCG760AGAGTCAGGACACCCTGTGTCAGAACTGCCCCCCGGGGAC800CTTCTCTCCCAATGGGACCCTGGAGGAATGTCAGCACCAG840ACCAAGTGCAGCTGGCTGGTGACGAAGGCCGGAGCTGGGA880CCAGCAGCTCCCACTGGGTATGGTGGTTTCTCTCAGGGAG920CCTCGTCATCGTCATTGTTTGCTCCACAGTTGGCCTAATC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。