基因總覽
TNFRSF11B 是蛋白質編碼基因，產物 TNF receptor superfamily member 11b 屬於 TNF 受體超家族。此蛋白質為分泌型分子，具有由四個 TNFR-Cys 重複區構成的受體相關區段，以及兩個標註為 Death domain 的區域。其主要角色與骨骼重塑調節相關，並能與 TNF 超家族成員 TNFSF11、TNFSF10 作用。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000297350 ★ | 118,923,557–118,951,885 | 5 |
| ENST00000903853 | 118,923,557–118,952,055 | 4 |
| ENST00000915466 | 118,923,557–118,952,055 | 4 |
| ENST00000966248 | 118,923,557–118,952,055 | 5 |
| ENST00000966249 | 118,923,557–118,952,055 | 6 |
| ENST00001137829 | 118,923,557–118,952,055 | 5 |
顯示 6/6 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TNF receptor superfamily member 11b 可作為 TNFSF11（亦稱 RANKL）的誘餌受體，藉由中和 TNFSF11 的作用，抑制其促進破骨細胞生成的功能。這項調節與骨骼重塑有關；來源指出，骨骼恆定似乎取決於局部 TNFSF11 與 TNFRSF11B 的比例，顯示兩者在局部環境中的相對量是重要條件，但來源未進一步界定此比例的範圍或變化方式。
在體外，TNFRSF11B 可抑制破骨細胞活化，並促進破骨細胞凋亡。這些觀察說明它對破骨細胞的影響不只涉及 TNFSF11 介導的生成，也包括細胞活化與存活；不過，所述結果限於體外證據，不能直接等同於完整生物體中的作用程度。
TNFRSF11B 也可能參與預防動脈鈣化，但來源僅指出可能性，未提供此作用的機制或條件。此外，它可能作為 TNFSF10（亦稱 TRAIL）的誘餌受體，並因此提供抗凋亡保護。TNFSF10 與 TNFRSF11B 結合時，會阻斷 TNFRSF11B 對破骨細胞生成的抑制；因此，TNFSF10 的結合可改變其對骨骼相關過程的抑制效果。這些作用仍應依來源所述的可能性與條件理解。
Promoter 與基因調控
>TNFRSF11B ENST00000297350 GRCh38 chr8:118951785-118952885 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TGAATGGGACCACACTTTACAAGTCATCAAGTCTAACTTCTAGACCAGGGAATTAATGGGGGAGACAGCG AACCCTAGAGCAAAGTGCCAAACTTCTGTCGATAGCTTGAGGCTAGTGGAAAGACCTCGAGGAGGCTACT CCAGAAGTTCAGCGCGTAGGAAGCTCCGATACCAATAGCCCTTTGATGATGGTGGGGTTGGTGAAGGGAA CAGTGCTCCGCAAGGTTATCCCTGCCCCAGGCAGTCCAATTTTCACTCTGCAGATTCTCTCTGGCTCTAA CTACCCCAGATAACAAGGAGTGAATGCAGAATAGCACGGGCTTTAGGGCCAATCAGACATTAGTTAGAAA AATTCCTACTACATGGTTTATGTAAACTTGAAGATGAATGATTGCGAACTCCCCGAAAAGGGCTCAGACA ATGCCATGCATAAAGAGGGGCCCTGTAATTTGAGGTTTCAGAACCCGAAGTGAAGGGGTCAGGCAGCCGG GTACGGCGGAAACTCACAGCTTTCGCCCAGCGAGAGGACAAAGGTCTGGGACACACTCCAACTGCGTCCG GATCTTGGCTGGATCGGACTCTCAGGGTGGAGGAGACACAAGCACAGCAGCTGCCCAGCGTGTGCCCAGC CCTCCCACCGCTGGTCCCGGCTGCCAGGAGGCTGGCCGCTGGCGGGAAGGGGCCGGGAAACCTCAGAGCC CCGCGGAGACAGCAGCCGCCTTGTTCCTCAGCCCGGTGGCTTTTTTTTCCCCTGCTCTCCCAGGGGCCAG ACACCACCGCCCCACCCCTCACGCCCCACCTCCCTGGGGGATCCTTTCCGCCCCAGCCCTGAAAGCGTTA ACCCTGGAGCTTTCTGCACACCCCCCGACCGCTCCCGCCCAAGCTTCCTAAAAAAGAAAGGTGCAAAGTT TGGTCCAGGATAGAAAAATGACTGATCAAAGGCAGGCGATACTTCCTGTTGCCGGGACGCTATATATAAC GTGATGAGCGCACGGGCTGCGGAGACGCACCGGAGCGCTCGCCCAGCCGCCGCCTCCAAGCCCCTGAGGT TTCCGGGGACCACAATGAACAACTTGCTGTGCTGCGCGCTCGTGGTAAGTC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TNFRSF11B_1 ↗ | 8:118,951,885 | 負股 | 118,951,875–118,951,934 |
| TNFRSF11B_2 ↗ | 8:118,952,136 | 負股 | 118,952,126–118,952,185 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR8_93Q7PZ · enhancer · 118948354–118948747 · regulatory
ENSR8_532ZDTX · CTCF_binding_site · 118948803–118948824 · regulatory
ENSR8_BTLDF · enhancer · 118951341–118951874 · regulatory
ENSR8_93Q7R2 · promoter · 118951875–118952375 · regulatory
ENSR8_85HFMK · enhancer · 118956432–118956649 · regulatory
· motif · 118948805–118948821 · motif
· motif · 118949241–118949263 · motif
· motif · 118949241–118949263 · motif
· motif · 118950022–118950036 · motif
· motif · 118950022–118950036 · motif
· motif · 118951601–118951616 · motif
· motif · 118951612–118951625 · motif
· motif · 118951612–118951625 · motif
· motif · 118951906–118951917 · motif
· motif · 118951906–118951917 · motif
· motif · 118951925–118951936 · motif
· motif · 118951927–118951936 · motif
· motif · 118952074–118952087 · motif
· motif · 118952074–118952087 · motif
· motif · 118952349–118952362 · motif
· motif · 118955383–118955396 · motif
· motif · 118955383–118955396 · motif
· motif · 118955399–118955412 · motif
· motif · 118955399–118955412 · motif
培養液中的鈣濃度升高及雌激素會上調 TNFRSF11B；糖皮質激素則會下調其表現。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：401 aa
TNF receptor superfamily member 11b 長 401 個胺基酸。其序列 N 端第 1–21 位為訊號序列；第 24–62、65–105、107–142 與 145–185 位分別標註為 TNFR-Cys 1 至 TNFR-Cys 4 重複區。另有兩個標註為 Death domain 的區域，分別位於第 198–269 位與第 270–365 位。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TNF receptor superfamily member 11b 被註記為分泌型蛋白質。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
細胞外定位：圓點散佈於細胞周圍，與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- HTTP42858 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PSEN1P49768-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TNFSF11O14788 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
TNF receptor superfamily member 11b 可形成同源二聚體，並與 TNFSF10 及 TNFSF11 交互作用。來源未進一步說明與這兩個分子的交互作用是否均屬直接結合。
疾病與遺傳關聯
TNFRSF11B 的變異被列為與幼年發病型 Paget 骨病第 5 型（PDB5）相關的致病因素。此病為常染色體隱性遺傳的骨骼重塑疾病，特徵是骨轉換增加，可能影響一處或多處骨骼，主要涉及中軸骨骼。破骨細胞活動過度後伴隨代償性成骨活動，使骨組織形成結構紊亂的編織骨，較正常成人板層骨脆弱、體積較大、緻密度較低且血管較多。臨床表現包括身材矮小、長骨逐漸變形、骨折、椎體塌陷、顱骨增大，以及伴隨進行性聽力喪失的骨質增生。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TNFRSF11B 可作為 TNFSF11／RANKL 的誘餌受體，中和其促進破骨細胞生成的作用；在體外可抑制破骨細胞活化並促進其凋亡。骨骼恆定似乎與局部 TNFSF11 和 TNFRSF11B 的比例有關。TNFRSF11B 也可能參與預防動脈鈣化，或作為 TNFSF10／TRAIL 的誘餌受體提供抗凋亡保護；TNFSF10 結合會阻斷其對破骨細胞生成的抑制。 | 含實驗來源 | 證據與來源Acts as a decoy receptor for TNFSF11/RANKL and thereby neutralizes its function in osteoclastogenesis. Inhibits the activation of osteoclasts and promotes osteoclast apoptosis in vitro. Bone homeostasis seems to depend on the local ratio between TNFSF11 and TNFRSF11B. May also play a role in preventing arterial calcification. May act as decoy receptor for TNFSF10/TRAIL and protect against apoptosis. TNFSF10/TRAIL binding blocks the inhibition of osteoclastogenesis PMID 22664871 ↗ · PMID 9168977 ↗ |
| 交互作用 | TNFRSF11B 可形成同源二聚體，並與 TNFSF10 及 TNFSF11 交互作用。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | Secreted | 資料庫紀錄 | |
| 調控 | 培養液中的鈣濃度升高及雌激素會上調 TNFRSF11B；糖皮質激素則會下調其表現。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Up-regulated by increasing calcium-concentration in the medium and estrogens. Down-regulated by glucocorticoids |
| 疾病關聯 | TNFRSF11B 的變異會造成幼年發病型 Paget 骨病第 5 型（PDB5），此病為常染色體隱性遺傳的骨骼重塑疾病，具有骨轉換增加、破骨細胞過度活化及代償性成骨等特徵，主要影響中軸骨骼。骨組織呈結構紊亂的編織骨，較正常成人板層骨脆弱、較大、較不緻密且血管較多，也更容易骨折。臨床表現包括身材矮小、長骨逐漸變形、骨折、椎體塌陷、顱骨增大，以及進行性聽力喪失伴骨質增生。 | 含實驗來源 | 證據與來源Paget disease of bone 5, juvenile-onset PDB5 An autosomal recessive, juvenile-onset form of Paget disease, a disorder of bone remodeling characterized by increased bone turnover affecting one or more sites throughout the skeleton, primarily the axial skeleton. Osteoclastic overactivity followed by compensatory osteoblastic activity leads to a structurally disorganized mosaic of bone (woven bone), which is mechanically weaker, larger, less compact, more vascular, and more susceptible to fracture than normal adult lamellar bone. PDB5 clinical manifestations include short stature, progressive long bone deformities, fractures, vertebral collapse, skull enlargement, and hyperostosis with progressive deafness. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 239000 PMID 12189164 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GGAGACGCACCGGAGCGCTCGCCCAGCCGCCGCCTCCAAG40CCCCTGAGGTTTCCGGGGACCACAATGAACAACTTGCTGT80GCTGCGCGCTCGTGTTTCTGGACATCTCCATTAAGTGGAC120CACCCAGGAAACGTTTCCTCCAAAGTACCTTCATTATGAC160GAAGAAACCTCTCATCAGCTGTTGTGTGACAAATGTCCTC200CTGGTACCTACCTAAAACAACACTGTACAGCAAAGTGGAA240GACCGTGTGCGCCCCTTGCCCTGACCACTACTACACAGAC280AGCTGGCACACCAGTGACGAGTGTCTATACTGCAGCCCCG320TGTGCAAGGAGCTGCAGTACGTCAAGCAGGAGTGCAATCG360CACCCACAACCGCGTGTGCGAATGCAAGGAAGGGCGCTAC400CTTGAGATAGAGTTCTGCTTGAAACATAGGAGCTGCCCTC440CTGGATTTGGAGTGGTGCAAGCTGGAACCCCAGAGCGAAA480TACAGTTTGCAAAAGATGTCCAGATGGGTTCTTCTCAAAT520GAGACGTCATCTAAAGCACCCTGTAGAAAACACACAAATT560GCAGTGTCTTTGGTCTCCTGCTAACTCAGAAAGGAAATGC600AACACACGACAACATATGTTCCGGAAACAGTGAATCAACT640CAAAAATGTGGAATAGATGTTACCCTGTGTGAGGAGGCAT680TCTTCAGGTTTGCTGTTCCTACAAAGTTTACGCCTAACTG720GCTTAGTGTCTTGGTAGACAATTTGCCTGGCACCAAAGTA760AACGCAGAGAGTGTAGAGAGGATAAAACGGCAACACAGCT800CACAAGAACAGACTTTCCAGCTGCTGAAGTTATGGAAACA840TCAAAACAAAGACCAAGATATAGTCAAGAAGATCATCCAA880GATATTGACCTCTGTGAAAACAGCGTGCAGCGGCACATTG920GACATGCTAACCTCACCTTCGAGCAGCTTCGTAGCTTGAT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。