基因總覽
TNFRSF11A 是蛋白質編碼基因，其產物 TNF receptor superfamily member 11a 屬於 TNF 受體超家族，為單次穿膜的細胞表面受體。蛋白質包含細胞外區、穿膜區與細胞質區；細胞外部分具有四個 TNFR-Cys 重複序列。它的主要角色是作為 TNFSF11 的受體，並與骨骼重塑相關的破骨細胞生成有關。來源也指出，此受體參與調節 T 細胞與樹突細胞之間的互動。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000586569 ★ | 62,325,310–62,391,288 | 10 |
| ENST00000269485 | 62,325,086–62,391,288 | 7 |
| ENST00000903841 | 62,325,086–62,391,288 | 8 |
| ENST00000903842 | 62,325,086–62,391,288 | 10 |
| ENST00000903843 | 62,325,086–62,391,288 | 9 |
| ENST00000903844 | 62,325,086–62,391,288 | 10 |
| ENST00000938972 | 62,325,086–62,391,288 | 10 |
| ENST00000938973 | 62,325,086–62,391,288 | 9 |
| ENST00001114841 | 62,325,086–62,355,895 | 4 |
| ENST00001132723 | 62,325,086–62,391,288 | 10 |
顯示 10/10 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TNFRSF11A 的產物是 TNFSF11（亦稱 RANKL、TRANCE 或 OPGL）的受體。它對 TNFSF11 介導的破骨細胞生成不可或缺；此作用使受體成為骨骼重塑相關細胞分化過程的重要環節。
受體與 EEIG1 的交互作用被報告可促進破骨細胞生成，其可能方式是協助 NFATC1 的轉錄並活化 PLCG2。這項功能描述標示為依相似性推定，因此應視為推論性資訊，而非在此來源中直接證實的機制。
除破骨細胞生成外，TNFRSF11A 也參與調節 T 細胞與樹突細胞之間的互動；這項角色同樣屬於依相似性推定。來源未進一步說明此調節如何發生，或其對免疫細胞功能造成何種具體結果。
Promoter 與基因調控
>TNFRSF11A ENST00000586569 GRCh38 chr18:62324310-62325410 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TCAAGATATCCCAGCTTGTTAGACCAAACCAATGTGCAACCTCCGTGTATTATGATTTTGCCTGTAACTT CTGCTTTCTTGAAATTAACCCTGCGTTTAAAAATCCTTACTTGCAAGCCAACTGAAGGTCAGGATTTAAG CAAGAGCTGCCCCATTCTCCTTGCCTGGAGCTCTGCAGATAAGCGCCCTCTTTTCTCCCAGTGCAAACCT TAGTGCGGATGGCTTGGCCTTACTGCACCAGAAGAACGGACCTCAGTTTTTAGGTAACACTGTGCCCCAG ACATCTGGCCACTTTATGTCTGAAAGGGCCAATGTGGTGATGGGGGCTGGGGGACGCCTCAAGGCTGGCG GAGCCTGGTGCCTTTCTAGAATTTGGTGGGTGCAGGACGGGTGAGGGGCGGAGGCAGAGGATCAGGAGAA GAAAAAGAGATAGTGGCTGCTGGCCCCAACATTTTGAAGCAAAGAACAAGAGGAGTATTTTACGAAGATT GGCGGATGGTGTATTGTGTTGATGCCTTAACTGCAGTCGACGAAATCTCCAGGAAGGATCCTCCTCCCGT TCATTCTCGACGGTGGCGCATCCACTTTCGGAAGGCCGGGCCTCGAAGGGTGGGCGCGCGGGGCAGGAGC AGGACCACCCCGATGCCCCCATTCCTTCCCGGGAGGCGGGGCCCACAGGCCTGGGGTGCGGCAAGGCAGG AGCCAGTGCCGTGAAGGGCAACCCAGGGCTGGTCTCCCGCCAACCTGTCTGCAGCCCGAGCACCTGGGCC AGGGGCGGAGACCGGACCAAGGAGGCACCGGGCGCGGCGAACACCCCCGGGGCCCCTCCCCGAGCGGGGC CCCGCGTCCCACCGCAAACCAGGGGAGCTTGGGCACCACCTGGCTGGCACCGCCGGGCCCGGCCGGAGGG GGGCGCAGGAGGGCGGCGCGGGGGCAGGTGCGGGGCGGGGCACGGGGGCGGGACCACACAGGGCCGCGGC AGCCGCGCCCGCTGGGCCACAGAGGCCGCTGAGGCCGCGGCGCCCGCCAGCCTGTCCCGCGCCATGGCCC CGCGCGCCCGGCGGCGCCGCCCGCTGTTCGCGCTGCTGCTGCTCTGCGCGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TNFRSF11A_1 ↗ | 18:62,325,388 | 正股 | 62,325,339–62,325,398 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR18_75MXM4 · enhancer · 62323794–62323906 · regulatory
ENSR18_BGCXX · promoter · 62324797–62325320 · regulatory
ENSR18_5JMRQJ · CTCF_binding_site · 62325179–62325200 · regulatory
ENSR18_5JMRQN · CTCF_binding_site · 62325208–62325229 · regulatory
ENSR18_C86ZJ · enhancer · 62325321–62326704 · regulatory
ENSR18_5JMRRF · CTCF_binding_site · 62325370–62325391 · regulatory
ENSR18_C86ZS · enhancer · 62329296–62330603 · regulatory
· motif · 62324204–62324215 · motif
· motif · 62325068–62325077 · motif
· motif · 62325181–62325197 · motif
· motif · 62325210–62325226 · motif
· motif · 62325234–62325247 · motif
· motif · 62325242–62325251 · motif
· motif · 62325258–62325271 · motif
· motif · 62325372–62325388 · motif
· motif · 62326327–62326338 · motif
· motif · 62328255–62328268 · motif
· motif · 62328255–62328268 · motif
· motif · 62328646–62328659 · motif
· motif · 62328646–62328661 · motif
· motif · 62328961–62328968 · motif
· motif · 62328961–62328976 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：616 aa
TNF receptor superfamily member 11a 長 616 個胺基酸。其 N 端訊號肽位於第 1–29 位，細胞外區為第 30–212 位，接續第 213–233 位的螺旋型穿膜區；第 234–616 位為細胞質區。細胞外區包含四段 TNFR-Cys 重複序列。細胞質區第 468–536 位及第 556–616 位被註記為無序區；第 544–549 位與 EEIG1 交互作用及破骨細胞分化有關，並含有 IVVY motif。
蛋白質三維結構
細胞內定位
Isoform 1 位於細胞膜，並可見於膜筏；TNFSF11/RANKL 刺激後，該異構型會與 STAC2 一同被招募至脂質筏。 Isoform RANK-e5a 也定位於細胞膜，兩者均為單次穿膜 I 型膜蛋白。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Membrane raft。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- TNFSF11O14788 · UniProt INTERACTION · 2 experiments · 2 筆來源紀錄
- TRAF2Q12933 · UniProt INTERACTION · 2 experiments · 2 筆來源紀錄
- EGFRP00533 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
TNFRSF11A 可結合 TNFSF11 三聚體各次單元之間的凹槽，形成異源六聚體，此項描述為依相似性推定。它也與 EEIG1、PLCG2、GAB2、TEC 及 BTK 同處一複合體；TNFSF11/RANKL 存在時，複合體形成增加。受體另與 TRAF1、TRAF2、TRAF3、TRAF5、TRAF6 及 GAB2 交互作用。TNFSF11 刺激後，STAC2 會透過 IVVY motif 與受體交互作用，並影響受體和 PLCG2、GAB2 的交互作用。
疾病與遺傳關聯
TNFRSF11A 的變異與多種骨骼疾病相關。Familial expansile osteolysis 為罕見常染色體顯性疾病，常在成年早期於長骨出現局部骨重塑增加的溶骨病灶，並常伴隨早發性聽力喪失及牙齒脫落。早發型 Paget disease of bone 2 的特徵是骨轉換增加；破骨細胞過度活化後可伴隨代償性成骨，使骨結構紊亂且較易骨折。常染色體隱性骨石化症 7 則與骨吸收缺陷、破骨細胞數量偏少及骨密度異常增加相關，並與低丙種球蛋白血症有關。來源將這些疾病列為由影響此基因的變異所致。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 7 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TNFRSF11A 產物是 TNFSF11（亦稱 RANKL、TRANCE 或 OPGL）的受體，對 TNFSF11 介導的破骨細胞生成不可或缺。依相似性推定，受體與 EEIG1 交互作用可透過促進 NFATC1 轉錄及活化 PLCG2 推動破骨細胞生成；也依相似性推定參與調節 T 細胞與樹突細胞之間的互動。 | 含實驗來源 | 證據與來源Receptor for TNFSF11/RANKL/TRANCE/OPGL; essential for RANKL-mediated osteoclastogenesis. Its interaction with EEIG1 promotes osteoclastogenesis via facilitating the transcription of NFATC1 and activation of PLCG2 (By similarity). Involved in the regulation of interactions between T-cells and dendritic cells (By similarity) PMID 9878548 ↗ |
| 交互作用 | TNFRSF11A 可結合 TNFSF11 三聚體次單元間的凹槽形成異源六聚體，此項為依相似性推定。它與 EEIG1、PLCG2、GAB2、TEC、BTK 組成的複合體，在 TNFSF11/RANKL 存在時形成增加；另與 TRAF1、TRAF2、TRAF3、TRAF5、TRAF6 及 GAB2 交互作用。受體細胞質區可與 GAB2 結合；TNFSF11/RANKL 存在時，受體與 EEIG1 也會交互作用，此項為依相似性推定。TNFSF11 刺激後，STAC2 透過 IVVY motif 與受體交互作用，並影響受體和 PLCG2、GAB2 的交互作用。 | 含實驗來源 | 證據與來源Binds to the clefts between the subunits of the TNFSF11 ligand trimer to form a heterohexamer (By similarity). Part of a complex composed of EEIG1, TNFRSF11A/RANK, PLCG2, GAB2, TEC and BTK; complex formation increases in the presence of TNFSF11/RANKL. Interacts with TRAF1, TRAF2, TRAF3, TRAF5 and TRAF6. Interacts (via cytoplasmic domain) with GAB2. Interacts (via cytoplasmic domain); with EEIG1 (via N-terminus); when in the presence of TNFSF11/RANKL (By similarity). After TNFSF11 stimulation, interacts (via IVVY motif) with STAC2; this interaction affects TNFRSF11A interaction with PLCG2 and GAB2 (By similarity) PMID 15750601 ↗ · PMID 23478294 ↗ · PMID 9774460 ↗ |
| 細胞定位 | Isoform 1 是單次穿膜 I 型膜蛋白，定位於細胞膜及膜筏。受到 TNFSF11/RANKL 刺激後，該異構型會與 STAC2 一同被招募至脂質筏。 | 含實驗來源 | 證據與來源Isoform 1; Cell membrane / Single-pass type I membrane protein; Membrane raft; Following TNFSF11/RANKL stimulation, recruited to lipid rafts along with STAC2 PMID 23664977 ↗ |
| 細胞定位 | Isoform RANK-e5a 是定位於細胞膜的單次穿膜 I 型膜蛋白。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | Familial expansile osteolysis（FEO）是罕見的常染色體顯性骨骼疾病，以局部骨重塑增加為特徵；溶骨病灶通常在成年早期出現於長骨，且常伴隨早發性聽力喪失與牙齒脫落。來源指出，此病由影響 TNFRSF11A 的變異所致。 | 含實驗來源 | 證據與來源Familial expansile osteolysis FEO Rare autosomal dominant bone disorder characterized by focal areas of increased bone remodeling. The osteolytic lesions develop usually in the long bones during early adulthood. FEO is often associated with early-onset deafness and loss of dentition. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 174810 PMID 10615125 ↗ |
| 疾病關聯 | 早發型 Paget disease of bone 2（PDB2）是骨重塑疾病，特徵為全身一處或多處骨骼的骨轉換增加，主要影響軸骨骼。破骨細胞過度活化後伴隨代償性成骨，形成結構紊亂的編織骨；其力學性較弱、體積較大、緻密度較低、血管較多，且比正常成人板層骨更易骨折。來源指出，此病由影響 TNFRSF11A 的變異所致。 | 含實驗來源 | 證據與來源Paget disease of bone 2, early-onset PDB2 A form of Paget disease, a disorder of bone remodeling characterized by increased bone turnover affecting one or more sites throughout the skeleton, primarily the axial skeleton. Osteoclastic overactivity followed by compensatory osteoblastic activity leads to a structurally disorganized mosaic of bone (woven bone), which is mechanically weaker, larger, less compact, more vascular, and more susceptible to fracture than normal adult lamellar bone. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 602080 PMID 10615125 ↗ |
| 疾病關聯 | 常染色體隱性骨石化症 7（OPTB7）是罕見遺傳疾病，因未成熟骨吸收缺陷而造成骨骼異常緻密。隱性型通常在嬰兒早期發病，可有巨頭、餵食困難、視力與聽力逐漸喪失、骨髓衰竭、重度貧血及肝脾腫大；視聽力障礙一般被認為與神經受壓有關。OPTB7 的破骨細胞數量偏少，提示破骨細胞發育可能有分子缺陷，且此病與低丙種球蛋白血症相關。來源指出，此病由影響 TNFRSF11A 的變異所致。 | 含實驗來源 | 證據與來源Osteopetrosis, autosomal recessive 7 OPTB7 A rare genetic disease characterized by abnormally dense bone, due to defective resorption of immature bone. Osteopetrosis occurs in two forms: a severe autosomal recessive form occurring in utero, infancy, or childhood, and a benign autosomal dominant form occurring in adolescence or adulthood. Recessive osteopetrosis commonly manifests in early infancy with macrocephaly, feeding difficulties, evolving blindness and deafness, bone marrow failure, severe anemia, and hepatosplenomegaly. Deafness and blindness are generally thought to represent effects of pressure on nerves. OPTB7 is characterized by paucity of osteoclasts, suggesting a molecular defect in osteoclast development. OPTB7 is associated with hypogammaglobulinemia. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 612301 PMID 18606301 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGAGGCCGCTGAGGCCGCGGCGCCCGCCAGCCTGTCCCGC40GCCATGGCCCCGCGCGCCCGGCGGCGCCGCCCGCTGTTCG80CGCTGCTGCTGCTCTGCGCGCTGCTCGCCCGGCTGCAGGT120GGCTTTGCAGATCGCTCCTCCATGTACCAGTGAGAAGCAT160TATGAGCATCTGGGACGGTGCTGTAACAAATGTGAACCAG200GAAAGTACATGTCTTCTAAATGCACTACTACCTCTGACAG240TGTATGTCTGCCCTGTGGCCCGGATGAATACTTGGATAGC280TGGAATGAAGAAGATAAATGCTTGCTGCATAAAGTTTGTG320ATACAGGCAAGGCCCTGGTGGCCGTGGTCGCCGGCAACAG360CACGACCCCCCGGCGCTGCGCGTGCACGGCTGGGTACCAC400TGGAGCCAGGACTGCGAGTGCTGCCGCCGCAACACCGAGT440GCGCGCCGGGCCTGGGCGCCCAGCACCCGTTGCAGCTCAA480CAAGGACACAGTGTGCAAACCTTGCCTTGCAGGCTACTTC520TCTGATGCCTTTTCCTCCACGGACAAATGCAGACCCTGGA560CCAACTGTACCTTCCTTGGAAAGAGAGTAGAACATCATGG600GACAGAGAAATCCGATGCGGTTTGCAGTTCTTCTCTGCCA640GCTAGAAAACCACCAAATGAACCCCATGTTTACTTGCCCG680GTTTAATAATTCTGCTTCTCTTCGCGTCTGTGGCCCTGGT720GGCTGCCATCATCTTTGGCGTTTGCTATAGGAAAAAAGGG760AAAGCACTCACAGCTAATTTGTGGCACTGGATCAATGAGG800CTTGTGGCCGCCTAAGTGGAGATAAGGAGTCCTCAGGTGA840CAGTTGTGTCAGTACACACACGGCAAACTTTGGTCAGCAG880GGAGCATGTGAAGGTGTCTTACTGCTGACTCTGGAGGAGA920AGACATTTCCAGAAGATATGTGCTACCCAGATCAAGGTGG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。