基因總覽
TNFRSF10C 是蛋白質編碼基因,其產物 TNF receptor superfamily member 10c 屬於 TNF receptor superfamily。這是一種可結合 TRAIL 的受體,但不具備啟動細胞凋亡所需的胞內死亡結構域。它能與功能性 TRAIL 受體 TNFRSF10A、TNFRSF10B 競爭配體,因而具有誘餌受體的作用。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000356864 ★ | 23,102,921–23,117,445 | 5 |
| ENST00000877636 | 23,102,921–23,118,772 | 6 |
| ENST00001122300 | 23,102,921–23,122,014 | 6 |
顯示 3/3 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TNF receptor superfamily member 10c 可作為 TRAIL 的受體。TRAIL 是細胞毒性配體;此受體能與其結合,但本身不含啟動細胞凋亡所需的胞內死亡結構域。因此,它與能傳遞凋亡訊號的功能性 TRAIL 受體不同,不能藉由自身的胞內死亡結構域啟動該過程。
其主要功能來自對 TRAIL 的競爭性結合。TNF receptor superfamily member 10c 與功能性受體 TNFRSF10A、TNFRSF10B 競爭同一配體;當 TRAIL 與此誘餌受體結合時,可減少配體與功能性受體結合的機會。這種競爭使它能調節 TRAIL 對細胞的作用,而非直接傳遞促凋亡訊號。
由於缺少胞內死亡結構域,TNF receptor superfamily member 10c 對細胞的影響表現為抑制而非啟動 TRAIL 誘發的細胞凋亡。來源將其描述為保護細胞免於 TRAIL 誘發凋亡的誘餌受體;此保護作用與它競爭配體、牽制 TRAIL 的可用性相關。
Promoter 與基因調控
>TNFRSF10C ENST00000356864 GRCh38 chr8:23101921-23103021 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CTCTTTTATCCACCATGTGAGAGGTCAGGAGCCGACTCACCCCAAGGGTCTAGGAGTTGTGCCATTGACC TTACTGCCTAGGGTCACAGGCTGGCACCCTTCAGTACCACACATTGGATCTCTCCACACAGCAGCAGTGT GCTTAACTCAATGGGGAGGTGAGTAGCCCAAGGTCAGATAGTTGGACCTGGATAGACACTTGACTGGGGG ACAGGCTTTGGAAGCCACTCCCCTGGGCCTCCTCTGTCCATGGGGCCTCAATACTAGAGCCCACAAGGTC GGCCAGAGAGTGTCTGTGCCTCGACCATGCAAAGGGTGCCAGGTTGTGGCTAGGGATGCCCCCGGGGTTC CTCTCCCTCCTACCTACTCCTCAGCCTCTGCATGTGCCCGTCATGGCCCCTGTGTCCTTCATTCTGTCCA CTCATGTGTTCACTGGGCCCCTCCTTGGTGCCAGGCACCCGCTACTGAGGGATACCAAGCCCCTGCCAGA GAAGCTTGGAGCTGGGTCACAGCAGCAAGGAGGCTGGAGACATCAGTGGCATCAGTGCACTGGTCAGTGA GGCCGCTGTGGGAGGAGGGAGTGGGAGCAGAAGCTAAGAGTGGACTGAAGTCCTTAGGCCAGGAGGTAGT TCAGGGTTTAAGAAGAGGAGAGACAGGCGTCCCGGGGAGGGAGCAGGCTCAGGATGGGCCTCCAGTGCCT CCTCTGGAGCTCACTACCCAGACTACAGCAGCGCAGTGGGCAGCGCCTCAGCTCCTTCCCCTTCTGCTGC CTACAGCCTGGACAGGACCCGGAATCAAACCGCAGGCCCTGGGTCACCGCTGCCGGAAAGAGCCAGTTCC TGTCCGTCCATGCACCCACCACCAAAACCCAGGCCTTCCTGGAGGTGCTAGGGGAGGCCATGCCCCTTTT CTGAGTGCTTGGAAGTGACTGCTGCAAGTGACAAGTGACCACGCCTTTTCCCCCGCGGGTATAAATTCAG AGGCGCTGCGCTCCGATTCTGGCAGTGCAGCTGTGGGAACCTCTCCACGCGCACGAACTCAGCCAACGAT TTCTGATAGATTTTTGGGAGTTTGACCAGAGATGCAAGGGGTGAAGGAGCG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TNFRSF10C_4 ↗ | 8:23,102,618 | 正股 | 23,102,569–23,102,628 |
| TNFRSF10C_1 ↗ | 8:23,102,921 | 正股 | 23,102,872–23,102,931 |
| TNFRSF10C_3 ↗ | 8:23,103,150 | 正股 | 23,103,101–23,103,160 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR8_9C6KR · promoter · 23102431–23102931 · regulatory
ENSR8_B6KRH · enhancer · 23102932–23103879 · regulatory
ENSR8_57FPGF · CTCF_binding_site · 23103224–23103245 · regulatory
ENSR8_8NC7L · enhancer · 23104350–23104535 · regulatory
ENSR8_8NC86 · enhancer · 23105289–23105506 · regulatory
ENSR8_B6KRT · enhancer · 23105772–23106290 · regulatory
· motif · 23102717–23102725 · motif
· motif · 23102717–23102732 · motif
· motif · 23103217–23103226 · motif
· motif · 23103226–23103242 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:259 aa
TNF receptor superfamily member 10c 長 259 個胺基酸,具有位於第 1–25 位的訊號序列。胞外區域包含兩段 TNFR-Cys 重複序列(第 68–109 位及第 110–149 位),以及五段 TAPE 重複序列(第 162–236 位)。註解亦標示第 30–56 位及第 160–224 位為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TNF receptor superfamily member 10c 定位於細胞膜,並以脂質錨定或 GPI 錨定方式連接。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 24 個夥伴
- AQP6Q13520 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ARL13BQ3SXY8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ASZ1Q8WWH4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CD79AP11912 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
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- CYB5R3P00387 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DNAJC1Q96KC8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ERGIC3Q9Y282 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FAM209AQ5JX71 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GPR152Q8TDT2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GPR37L1O60883 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KCNJ6P48051 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KCNK5O95279 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MGST1P10620 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MRPS18BQ9Y676 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PDZK1IP1Q13113 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SGTAO43765 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SLC30A4O14863 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- STOMP27105 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SYAP1Q96A49 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TMEM45BQ96B21 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TMEM80Q96HE8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TNFSF10P50591 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TNF receptor superfamily member 10c 可結合細胞毒性配體 TRAIL,但缺少啟動細胞凋亡所需的胞內死亡結構域。它會與功能性 TRAIL 受體 TNFRSF10A、TNFRSF10B 競爭配體,因此作為誘餌受體,保護細胞免於 TRAIL 誘發的細胞凋亡。 | 含實驗來源 | 證據與來源Acts as a receptor for the cytotoxic ligand TRAIL but does not contain the intracellular death domain required to initiate apoptosis. By competing with the functional TRAIL receptors TNFRSF10A and TNFRSF10B for ligand binding, it functions as a decoy receptor that protects cells from TRAIL-induced apoptosis PMID 9242610 ↗ · PMID 9242611 ↗ · PMID 9314565 ↗ · PMID 9325248 ↗ |
| 細胞定位 | TNF receptor superfamily member 10c 定位於細胞膜,並可透過脂質錨定或 GPI 錨定連接。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
GGCAGTGCAGCTGTGGGAACCTCTCCACGCGCACGAACTC40AGCCAACGATTTCTGATAGATTTTTGGGAGTTTGACCAGA80GATGCAAGGGGTGAAGGAGCGCTTCCTACCGTTAGGGAAC120TCTGGGGACAGAGCGCCCCGGCCGCCTGATGGCCGAGGCA160GGGTGCGACCCAGGACCCAGGACGGCGTCGGGAACCATAC200CATGGCCCGGATCCCCAAGACCCTAAAGTTCGTCGTCGTC240ATCGTCGCGGTCCTGCTGCCAGTCCTAGCTTACTCTGCCA280CCACTGCCCGGCAGGAGGAAGTTCCCCAGCAGACAGTGGC320CCCACAGCAACAGAGGCACAGCTTCAAGGGGGAGGAGTGT360CCAGCAGGATCTCATAGATCAGAACATACTGGAGCCTGTA400ACCCGTGCACAGAGGGTGTGGATTACACCAACGCTTCCAA440CAATGAACCTTCTTGCTTCCCATGTACAGTTTGTAAATCA480GATCAAAAACATAAAAGTTCCTGCACCATGACCAGAGACA520CAGTGTGTCAGTGTAAAGAAGGCACCTTCCGGAATGAAAA560CTCCCCAGAGATGTGCCGGAAGTGTAGCAGGTGCCCTAGT600GGGGAAGTCCAAGTCAGTAATTGTACGTCCTGGGATGATA640TCCAGTGTGTTGAAGAATTTGGTGCCAATGCCACTGTGGA680AACCCCAGCTGCTGAAGAGACAATGAACACCAGCCCGGGG720ACTCCTGCCCCAGCTGCTGAAGAGACAATGAACACCAGCC760CGGGGACTCCTGCCCCAGCTGCTGAAGAGACAATGACCAC800CAGCCCGGGGACTCCTGCCCCAGCTGCTGAAGAGACAATG840ACCACCAGCCCGGGGACTCCTGCCCCAGCTGCTGAAGAGA880CAATGATCACCAGCCCGGGGACTCCTGCCTCTTCTCATTA920CCTCTCATGCACCATCGTAGGGATCATAGTTCTAATTGTG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。