基因總覽
TNFRSF10A(TNF receptor superfamily member 10a)是由蛋白質編碼基因 TNFRSF10A 產生的單次跨膜型 I 膜蛋白,屬於 TNF receptor superfamily。其胞外區含有三段 TNFR-Cys 重複序列,跨膜區為螺旋結構;胞質區則包含 Death domain。這些區域構成其受體架構,使蛋白質能接收細胞外配體訊號,並將訊息連結至細胞內反應。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000221132 ★ | 23,190,452–23,225,102 | 10 |
| ENST00001114178 | 23,183,123–23,225,128 | 10 |
| ENST00001133264 | 23,190,452–23,225,128 | 10 |
| ENST00000901503 | 23,191,020–23,225,128 | 9 |
| ENST00000613472 | 23,191,649–23,225,061 | 9 |
| ENST00000524158 | 23,199,886–23,224,600 | 7 |
顯示 6/6 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TNFRSF10A 是細胞毒性配體 TNFSF10/TRAIL 的受體。配體與受體作用後,活化的受體可促使接頭分子 FADD 招募 caspase-8,形成 death-inducing signaling complex(DISC)。在此複合體中,caspase-8 受到蛋白水解活化,進而啟動後續 caspase 級聯反應;這些 caspase 是天冬胺酸特異性半胱胺酸蛋白酶,所引發的反應可介導細胞凋亡。
除了連結細胞凋亡路徑,TNFRSF10A 也促進 NF-kappa-B 活化。來源未進一步說明這項作用與細胞凋亡訊號之間的調節關係,因此可確認的功能範圍是其參與兩類訊號結果:一方面透過 FADD、caspase-8 與下游 caspase 啟動凋亡級聯,另一方面促進 NF-kappa-B 活化。
Promoter 與基因調控
>TNFRSF10A ENST00000221132 GRCh38 chr8:23225002-23226102 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GCCCTGGGAGTTCTTCGCAGGCAGGACCGTGACTCGCGTGGCTTTCGGGAGGCTGATTACCCACGCCCCA TGCCCGTGCAGCGCTGGGTGCAGAGGAACCGCTGGAAGGACCTGTCCCCCGTGGGACCCCCACCAAGTCT CATCCCGTGTCATGTGCCAGATAGTCTCCCGTGGTTTAAGGACTTTCAAGACTCTTAACAGGTTAGGAAA ATCCAGAAGAAAGGCAGAATTGGGTCCCTCGGGCTTGCCTGACACCAGGGACGGTGGAGTTGAGGTGACA TTTCACTGGCATGGAGACCTGAAACCAAAAGCAGGATGAGCCGGGCACGGTGGCTCACGCTTGTAATCCC AGCACTTTGTAAGGCCGAAGCGGGCGGATCACGAGATCAGGAGCTCGAGACCAGCCTGGCCAAAACAGTG AAACCCCCGTCTCTACTAAAAATAGAAAAAAAATTAGCCGGACGTGGTGGCGGGCACCTGTAATCCCAGT TACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAAAATCGCTTGAACCTGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGTG CCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCTTGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGCAGG CTGAATCACTCGCCCGGTAGTGACGGAGGAGGCCGTAAAAGCCTCTTAGAGGCCAGACCCCGCAGTGGCC TCTGTGTCCTTCATTCCGCCACCCATCCGTCCACCGAGCGCCTGCTGGGTGCCAGGAACTGGGTCACAGA AAGGCTGAGGTCAACTCCCGACCGAGAAGCCTGGCGCTGGGACCAAGTGGCAAAACGACTCCGAATGCAG CGGCATCCACGCGGCGGCCGTGGTTGAGGAACAGAAGCTGAGAGCGGCAAGGGCGGTCACAGAGGAAGGA AGTTCAGGGTTAGCCAACAGGAGCCGCAGGTGCCCCGAAAAGGGGGCGGGGTCAGGGGTGCCCTGAACTC CGAATGCGAAGTTCTGTCTTGTCATAGCCAAGCACGCTGCTTCTTGGATTGACCTGGCAGGATGGCGCCA CCACCAGCTAGAGTACATCTAGGTGCGTTCCTGGCAGTGACTCCGAATCCC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TNFRSF10A_1 ↗ | 8:23,225,099 | 負股 | 23,225,089–23,225,148 |
| TNFRSF10A_2 ↗ | 8:23,225,390 | 負股 | 23,225,380–23,225,439 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR8_9C7W5 · promoter · 23224519–23225019 · regulatory
ENSR8_57GH9R · CTCF_binding_site · 23224694–23224715 · regulatory
ENSR8_8NFRG · promoter · 23225051–23225234 · regulatory
ENSR8_57GHCX · CTCF_binding_site · 23225163–23225184 · regulatory
ENSR8_C4B84 · enhancer · 23225235–23226292 · regulatory
· motif · 23220648–23220661 · motif
· motif · 23221250–23221258 · motif
· motif · 23224696–23224712 · motif
· motif · 23225135–23225147 · motif
· motif · 23225138–23225145 · motif
· motif · 23225165–23225181 · motif
· motif · 23225204–23225221 · motif
· motif · 23225237–23225254 · motif
· motif · 23225316–23225328 · motif
· motif · 23225319–23225326 · motif
· motif · 23225657–23225668 · motif
· motif · 23226327–23226338 · motif
· motif · 23226559–23226574 · motif
· motif · 23227693–23227704 · motif
· motif · 23228290–23228305 · motif
· motif · 23229907–23229920 · motif
· motif · 23229907–23229920 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:468 aa
TNFRSF10A 蛋白質長 468 個胺基酸。其 N 端含訊號序列,胞外區位於第 24–239 個胺基酸,包含 TNFR-Cys 1、TNFR-Cys 2 與 TNFR-Cys 3 三段重複序列;第 240–262 位為螺旋型跨膜區。胞質區延伸至 C 端,並含第 365–448 位的 Death domain。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TNFRSF10A 位於細胞膜,並可見於膜筏;也有細胞質、胞質溶膠中的定位註記。 棕櫚醯化是其與膜結合所必需的條件。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
未繪示構造:Membrane raft。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 4 個夥伴
- ARAP1Q96P48 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- CASP8Q14790 · UniProt INTERACTION · 11 experiments
- LGALS3BPQ08380 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- TNFSF10P50591 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
TNFRSF10A 可呈單體,也可形成同寡聚體或與 TNFRSF10B 形成異寡聚體;三個 TNFRSF10A 分子可與 TNFSF10 同源三聚體互作。其互作對象還包括 TRADD、RIPK1、ARAP1、ZDHHC3、PTPN6,以及未受刺激時可互作的 BIRC2、DDX3X、GSK3B。受體刺激會增強其與 BIRC2、DDX3X 的互作,並伴隨兩者裂解。與 PTPN6 的互作可使其透過 LCK 抑制 T 細胞受體訊號。微生物感染時,HCMV 蛋白 UL141 與 TNFRSF10A 互作,並阻止其表面表現。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TNFRSF10A 是細胞毒性配體 TNFSF10/TRAIL 的受體。受體活化後,接頭分子 FADD 招募 caspase-8 至受體,形成 death-inducing signaling complex(DISC);DISC 促使 caspase-8 經蛋白水解活化,進一步啟動介導細胞凋亡的 caspase 級聯反應。此外,TNFRSF10A 也促進 NF-kappa-B 活化。 | 含實驗來源 | 證據與來源Receptor for the cytotoxic ligand TNFSF10/TRAIL. The adapter molecule FADD recruits caspase-8 to the activated receptor. The resulting death-inducing signaling complex (DISC) performs caspase-8 proteolytic activation which initiates the subsequent cascade of caspases (aspartate-specific cysteine proteases) mediating apoptosis. Promotes the activation of NF-kappa-B PMID 19090789 ↗ · PMID 38532423 ↗ · PMID 9430227 ↗ |
| 交互作用 | TNFRSF10A 可呈單體,亦可形成同寡聚體或與 TNFRSF10B 形成異寡聚體;三個 TNFRSF10A 分子可與 TNFSF10 同源三聚體互作。其互作對象包括 TRADD、RIPK1、ARAP1、ZDHHC3 與 PTPN6;未受刺激時也與 BIRC2、DDX3X、GSK3B 互作。受體受到刺激後,與 BIRC2、DDX3X 的互作進一步增強,並伴隨兩者裂解。與 PTPN6 的互作可透過 LCK 抑制 T 細胞受體訊號。 | 含實驗來源 | 證據與來源Monomer. Homooligomers and heterooligomers with TNFRSF10B. Three TNFRSF10A molecules interact with the TNFSF10 homotrimer. Can interact with TRADD and RIPK1. Interacts with ARAP1. In the absence of stimulation, interacts with BIRC2, DDX3X and GSK3B. The interaction with BIRC2 and DDX3X is further enhanced upon receptor stimulation and accompanied by DDX3X and BIRC2 cleavage. Interacts with ZDHHC3. Interacts with PTPN6; this interaction enables the inhibition of T-cell receptor signaling via LCK PMID 18165900 ↗ · PMID 18846110 ↗ · PMID 19090789 ↗ · PMID 22240897 ↗ · PMID 26457518 ↗ · PMID 38532423 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染情境下,TNFRSF10A 可與 HCMV 蛋白 UL141 互作;此互作會阻止 TNFRSF10A 在細胞表面表現。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts with HCMV protein UL141; this interaction prevents TNFRSF10A cell surface expression PMID 23498957 ↗ |
| 細胞定位 | TNFRSF10A 定位於細胞膜與膜筏,也有細胞質、胞質溶膠的定位註記。棕櫚醯化是其與膜結合所必需的條件。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cell membrane / Single-pass type I membrane protein; Membrane raft; Cytoplasm, cytosol; Palmitoylation is required for association with membranes PMID 22240897 ↗ · PMID 19090789 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GTCATAGCCAAGCACGCTGCTTCTTGGATTGACCTGGCAG40GATGGCGCCACCACCAGCTAGAGTACATCTAGGTGCGTTC80CTGGCAGTGACTCCGAATCCCGGGAGCGCAGCGAGTGGGA120CAGAGGCAGCCGCGGCCACACCCAGCAAAGTGTGGGGCTC160TTCCGCGGGGAGGATTGAACCACGAGGCGGGGGCCGAGGA200GCGCTCCCTACCTCCATGGGACAGCACGGACCCAGTGCCC240GGGCCCGGGCAGGGCGCGCCCCAGGACCCAGGCCGGCGCG280GGAAGCCAGCCCTCGGCTCCGGGTCCACAAGACCTTCAAG320TTTGTCGTCGTCGGGGTCCTGCTGCAGGTCGTACCTAGCT360CAGCTGCAACCATCAAACTTCATGATCAATCAATTGGCAC400ACAGCAATGGGAACATAGCCCTTTGGGAGAGTTGTGTCCA440CCAGGATCTCATAGATCAGAACATCCTGGAGCCTGTAACC480GGTGCACAGAGGGTGTGGGTTACACCAATGCTTCCAACAA520TTTGTTTGCTTGCCTCCCATGTACAGCTTGTAAATCAGAT560GAAGAAGAGAGAAGTCCCTGCACCACGACCAGGAACACAG600CATGTCAGTGCAAACCAGGAACTTTCCGGAATGACAATTC640TGCTGAGATGTGCCGGAAGTGCAGCAGAGGGTGCCCCAGA680GGGATGGTCAAGGTCAAGGATTGTACGCCCTGGAGTGACA720TCGAGTGTGTCCACAAAGAATCAGGCAATGGACATAATAT760ATGGGTGATTTTGGTTGTGACTTTGGTTGTTCCGTTGCTG800TTGGTGGCTGTGCTGATTGTCTGTTGTTGCATCGGCTCAG840GTTGTGGAGGGGACCCCAAGTGCATGGACAGGGTGTGTTT880CTGGCGCTTGGGTCTCCTACGAGGGCCTGGGGCTGAGGAC920AATGCTCACAACGAGATTCTGAGCAACGCAGACTCGCTGT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。