基因總覽
TNFAIP2 是一個蛋白質編碼基因,其正式名稱為 TNF alpha induced protein 2。其產物屬於 SEC6 family。現有資料僅指出此蛋白可能參與發炎反應與血管新生,未提供更詳細的基本性質或結構資訊。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000560869 ★ | 103,123,461–103,137,439 | 12 |
| ENST00000903839 | 103,121,265–103,137,441 | 14 |
| ENST00000964710 | 103,121,265–103,137,437 | 13 |
| ENST00000964711 | 103,121,464–103,137,439 | 14 |
| ENST00000333007 | 103,121,476–103,137,439 | 13 |
| ENST00000964712 | 103,122,199–103,137,439 | 11 |
| ENST00000559255 | 103,123,120–103,136,682 | 13 |
| ENST00000918116 | 103,123,120–103,137,439 | 13 |
| ENST00000964714 | 103,123,120–103,137,436 | 14 |
| ENST00000964715 | 103,123,120–103,137,011 | 13 |
| ENST00001125018 | 103,123,120–103,137,439 | 12 |
| ENST00000558056 | 103,123,461–103,126,575 | 3 |
顯示 12/15 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TNFAIP2 的蛋白質可能在發炎反應中擔任介質,並可能參與血管新生。現有資料以「可能」描述這些角色,未進一步說明其作用方式、參與的具體過程或相關條件,因此無法據此確定其分子機制或功能影響。
Promoter 與基因調控
>TNFAIP2 ENST00000560869 GRCh38 chr14:103122461-103123561 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ATTCCTAAATGTCTGGGTCCTTTCCAGAGGGCAGGAATTCCTAGCCTAGAGTGTGAAATAAGGAAGGAAG TGAATCTCCAGTGGGTTCCCTTCACAGCCCCTTTCCATCCTCCCCACATGCCCCACCCCCACATCTCCCA AAACAAACCCTGAGAGACGGTGTGGATGGGGAGACAGGCCTGGAAACGGAGGCCTGCGCTGAATGGGCAA AGCCGGGTTGATGATCCAGACGAGGCCCTGGAGTCTGGGCCTTGGGCCCCTCCCCTTCTGCCTGCTCCGG CAGCCTGTGGGTCCAGCCCCAGCCCCAGAGGGGGAAAGGCTCCAGTGGGAGTCCCATAGGCCTGGCTAGG AACCCCACTCCGCTACTTAAAGTGGTGTGAGCCGGGTCAGCCACTTCACCTTTCCGCATTTACGCATTTC AAGCAAGGCTTGACGACCGGAGGGGCTCAAGGCCCTGTGCACAGCCGCGCGGCCAGCACTCTGGCCAGCC TTGTAGCCCCCTTCCCCTTAGGGGGCCTCCTTCAGGAAGCCCCCGTCCCCTGCCTCCTTGTGGCCACGGT GACACCGGAACACTTCAGAGGGGCGGCTGGGGAGTTGGGGTGGGACGGGCTCTCCCGCAGCTGGAGCCGG TGTGTGACGCGGGAACGCGGCCAAGCGCGCCCCATCCAGGCGGCCTATCAGGAGCCGTCGTCGGACAATG GCTCCGCGCCTGACAACCCCGTCGTCCCCGTGCCGTCCCCCGAACTCCACATACCATGCGACGCGCGGCC AGCCCCCCGCCCCTGCCCGGCTGCTGGGAGGAAGTGACAGCGCCCCGCATCCCCCGCTGGGCAGGCCGGG CGCGCCCAGCCCCTGGGACGCAGGGACACAGCCGGGCCGCGCTGGGCCTTGGCCTCCGCCCGCGGGTTTT CCGCGGTTGCGGCGGGGCGGGGAAGGAGGGGCGGGCGGGGCGGGGCTGACTCTGCGACTATTTCAGGCCT TGCGGAACCCGGGCCAGGACAGTGGCGGCCAGGCCGGGACACGGTAAGTGACCTCCGCTTCCACACGTCC ATTCCCCGCCGCTCCGCGCGGCTTCTCGCCCGCCCCTACCCCGAGGCCAGG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TNFAIP2_2 ↗ | 14:103,121,476 | 正股 | 103,121,427–103,121,486 |
| TNFAIP2_1 ↗ | 14:103,123,461 | 正股 | 103,123,412–103,123,471 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR14_852T73 · enhancer · 103118362–103118606 · regulatory
ENSR14_5W8TJL · CTCF_binding_site · 103118741–103118762 · regulatory
ENSR14_BQGJT · enhancer · 103118799–103119412 · regulatory
ENSR14_5W8TPF · CTCF_binding_site · 103119781–103119802 · regulatory
ENSR14_93HX59 · enhancer · 103120960–103121330 · regulatory
ENSR14_852T8Q · promoter · 103121331–103121486 · regulatory
ENSR14_CD89M · enhancer · 103121487–103122694 · regulatory
ENSR14_BQGKF · promoter · 103122695–103123471 · regulatory
ENSR14_5W8W9B · CTCF_binding_site · 103122997–103123018 · regulatory
ENSR14_CD89R · enhancer · 103123472–103124848 · regulatory
ENSR14_5W8WXW · CTCF_binding_site · 103127008–103127029 · regulatory
ENSR14_5W8X23 · CTCF_binding_site · 103127260–103127281 · regulatory
ENSR14_5W8X3J · CTCF_binding_site · 103127581–103127602 · regulatory
· motif · 103118743–103118759 · motif
· motif · 103118868–103118879 · motif
· motif · 103119783–103119799 · motif
· motif · 103119811–103119825 · motif
· motif · 103119811–103119825 · motif
· motif · 103121258–103121265 · motif
· motif · 103121608–103121620 · motif
· motif · 103121611–103121618 · motif
· motif · 103121935–103121944 · motif
· motif · 103121935–103121944 · motif
· motif · 103122197–103122210 · motif
· motif · 103122197–103122210 · motif
· motif · 103122260–103122273 · motif
· motif · 103122508–103122520 · motif
· motif · 103122515–103122528 · motif
· motif · 103122999–103123015 · motif
· motif · 103123371–103123388 · motif
· motif · 103127010–103127026 · motif
· motif · 103127262–103127278 · motif
· motif · 103127583–103127599 · motif
TNFAIP2 的表現可受 TNF 及其他促發炎因子誘導。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:654 aa
TNFAIP2 蛋白長 654 個胺基酸,屬於 SEC6 family。序列註解指出,胺基酸 1–38 與 50–78 為無序區域;現有資料未提供其他結構域或功能區域資訊。
蛋白質三維結構
細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- USP2O75604 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
核酸與蛋白質序列
AGTGGCGGCCAGGCCGGGACACGGTAAGTGACCTCCGCTT40CCACACGTCCATTCCCCGCCGCTCCGCGCGGCTTCTCGCC80CGCCCCTACCCCGAGGCCAGGCCGGATTCCCCGAGGAAAG120AGCCTGTCGCCGCGGCGGGGACAGGAGGGGGCTGGACGCT160TCCAGGGAAACTGAGGCCCTGGCGCGCCCAGCGTCCGCGC200GTCCGGGCGCAGAGGGGCCAAGGCTGGCTGAGGGCCCGGG240CCTGCCAGAGGCAGGGAGGGCGGGGCTGGGGCAGGCGCAG280GGGTCTCCCCTCCATTACAGCAGAAAGGCCCCAGGTCCGG320CGTGACTCCCCGGCCGGGCGACACAGGCCGAGTCACTTCC360TCGCCCGTGCCCGGGTGTCCTCATCGGGGGATGGGTGCGC400CTTCCACATCCTGCCCAGGACTGAAGGAGCCGGGCCCAGC440GAGCTCCCGGGAGGTGTGTGGACATCAGCCCTGACGGGGA480AGGCGAGCCAGGAGCCTGCAGGCCTGAACCAGGGTGATGC520TGAAGATGATGACCTTCTTCCAAGGCCTCTAGAGCCATCA560GCCTGTGCCAGGCACCCTCGACTTGCCTAGAGGCCCCCAA600AAGTTGCAGTCCACATCAGAGGCAGAGTCAGAGGCCTCCA640TGTCGGAGGCCTCCTCTGAGGACCTGGTGCCACCCCTGGA680GGCTGGGGCAGCCCCATATAGGGAGGAGGAAGAGGCGGCG720AAGAAGAAGAAGGAGAAGAAGAAGAAGTCCAAAGGCCTGG760CCAATGTGTTCTGCGTCTTCACCAAAGGGAAGAAGAAGAA800GGGTCAGCCCAGCTCAGCGGAGCCCGAGGACGCAGCCGGG840TCCAGGCAGGGGCTGGATGGCCCGCCCCCCACAGTGGAGG880AGCTGAAGGCGGCGCTGGAGCGCGGGCAGCTGGAGGCGGC920GCGGCCGCTGCTGGCGCTGGAGCGGGAGCTGGCGGCGGCG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。