基因總覽
TMPO 是蛋白質編碼基因,正式名稱為 thymopoietin。其產物屬於 LEM family,蛋白質全長為 694 個胺基酸,具有 LEM-like 與 LEM 兩個註解結構域,也含有多段被註解為無序的區域及核定位訊號。現有資料將 thymopoietin 與細胞核的結構組織及有絲分裂後的核組裝相連,並指出其可能與 T 細胞發育及功能有關。資料亦提及 TP5 是具有免疫調節作用的五胜肽;但這些敘述未提供不同產物形式的詳細生成方式或作用機制。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000556029 ★ | 98,515,590–98,550,351 | 9 |
| ENST00000343315 | 98,515,483–98,550,351 | 8 |
| ENST00000266732 | 98,515,483–98,535,634 | 4 |
| ENST00000393053 | 98,515,483–98,550,351 | 6 |
| ENST00000261210 | 98,515,483–98,537,713 | 4 |
| ENST00000852285 | 98,515,483–98,550,351 | 7 |
| ENST00001129377 | 98,515,483–98,532,126 | 3 |
| ENST00000715724 | 98,515,561–98,550,351 | 9 |
| ENST00000556678 | 98,527,886–98,547,701 | 6 |
顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
thymopoietin 可能參與細胞核的結構組織,以及有絲分裂完成後的細胞核組裝。這些描述指出 TMPO 產物與細胞核架構及其重建過程相關,但未進一步說明其如何促成核結構的形成,也未界定此作用在不同細胞或條件下的差異。
在核內的特定作用方面,thymopoietin 與 LMNA 被描述為共同參與 RB1 的核內錨定,並被認為在此過程中扮演重要角色。這項敘述支持兩者與 RB1 核內定位之間的功能關聯,但資料沒有交代此錨定的分子步驟,也未說明三者是否形成直接結合的複合體。
另一項功能描述涉及 T 細胞:TP 與 TP5 可能參與 T 細胞發育及功能。這項說法保留了可能性的限定,並未指出具體影響哪些發育階段或細胞功能,也沒有提供其作用途徑。TP5 被描述為免疫調節五胜肽;資料未進一步說明其調節方向、標的或與完整蛋白質之間的關係,因此不宜據此推定更具體的免疫機制。
綜合而言,現有註解涵蓋細胞核組織、分裂後核組裝、RB1 核內錨定,以及可能涉及的 T 細胞發育與功能。這些內容呈現多個功能面向,但不足以建立它們之間的因果順序或完整機制。
Promoter 與基因調控
>TMPO ENST00000556029 GRCh38 chr12:98514590-98515690 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AAACATACATATTCATCAGAAATACAAATATTTGTCATCAGTGATACTAATTTCCAGGCAAACATTTTAA TTGCAGTCAATGTATTAGATTCTACCAGGTTTTAATTTGGATCGGTAATACGGGTTTGATTAGGGTTCTA GGCCTAATTATAGGTCACTAGTCTTCCTTTAGGATTATGCACCATCTGTTATTTTAAATTGACCATTGAG GGGGTTCCCAAGGGTTCTCCTTCGTTTTGTTATCAAACGTTAGGTTTAGGATTCTTGCGGGTGGTGGGAT CCAAAGCCAGAGACGGTTTCAACAAAAATGCAAGCGCGAATTTGTCTTGCGTCTGAACGCACTGTTCAAA TTAAACAATTTAGACATGCCCCAACTATGACACTAAGAAGTGAATGGTATAGTACACTTTTGTCACAAAT TCAAGGGTAATTTAAGTGCCCGATTGTAGAGGTCTGGCTTCCCCTGGGTTTCTGGAACAAAAGAAGCGTT CGCGAGGAGAGGGGTAACTCCCCGCCCTCCCCCTCCCAAAGTAAATCAAATCAAGGAATATGAGTGCCTG CAGACAAGCCTCGCTTCTTTTCTTCCCCTTCAGGGCTAGCGTTTGGGGAAGGCAAGGCTGCGGCTACTCT TGGAGCTTCAGTGTCCCGGGAGGAAGAAAGGCCCAGCCAAGGGTCCTCACACTGGCGTGGAATTCGGCGC GTTCGTAGGCGATCGACCCCAGAGACGAAAGCTGCTTCTCAAGCTGGGGGAGGGAGAGGAAACGGCGCAC AAAAGCAGTACGACCTGTCCCTTATCGGCGTCTAAGGGGAAGGGTGGAGAAAACGAAAACAGAAGCGGGC CGGGAGCCTCGGCTCCCGCCCCAGCGCCTTTTAAACTGCGTTTCTACCTCCTCTCGCTCAGCGCGGCGGC TAATGGAACCCGCGCGAGCCGTCTCGCCAATCACCGCCGCGCTTCCTCCCGTCGCCCGCCAATGGCGGCG CGCGTTCTTGGGGCGTGGGCGAAGCAGGCTGCTCGCCTCCTGCCTGTAGTGTGTGGGCTGGGGTTGGTGC GAGCTTCCAGCTTGGCCGCAGTTGGTTCGTAGTTCGGCTCTGGGGTCTTTT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TMPO_1 ↗ | 12:98,515,632 | 正股 | 98,515,583–98,515,642 |
| TMPO_2 ↗ | 12:98,515,866 | 正股 | 98,515,817–98,515,876 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR12_93G4Q8 · enhancer · 98513936–98514258 · regulatory
ENSR12_BPJTQ · enhancer · 98514488–98515485 · regulatory
ENSR12_93G4QN · promoter · 98515486–98515862 · regulatory
ENSR12_5T6M8R · CTCF_binding_site · 98515599–98515620 · regulatory
ENSR12_BPJTZ · promoter · 98516200–98516912 · regulatory
ENSR12_5T6MCT · CTCF_binding_site · 98516267–98516288 · regulatory
ENSR12_93G4RD · enhancer · 98517913–98518174 · regulatory
ENSR12_93G4RH · enhancer · 98518277–98518569 · regulatory
ENSR12_84W7LB · enhancer · 98518880–98519116 · regulatory
ENSR12_BPJWH · enhancer · 98519978–98520509 · regulatory
· motif · 98514129–98514142 · motif
· motif · 98515335–98515345 · motif
· motif · 98515406–98515426 · motif
· motif · 98515407–98515427 · motif
· motif · 98515444–98515457 · motif
· motif · 98515551–98515562 · motif
· motif · 98515559–98515569 · motif
· motif · 98515578–98515588 · motif
· motif · 98515579–98515592 · motif
· motif · 98515601–98515617 · motif
· motif · 98515622–98515632 · motif
· motif · 98516239–98516261 · motif
· motif · 98516239–98516261 · motif
· motif · 98516249–98516258 · motif
· motif · 98516269–98516285 · motif
· motif · 98516371–98516380 · motif
· motif · 98516384–98516401 · motif
· motif · 98516628–98516639 · motif
· motif · 98517718–98517730 · motif
· motif · 98517748–98517759 · motif
· motif · 98518684–98518695 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:694 aa
thymopoietin 全長為 694 個胺基酸,屬於 LEM family。蛋白質具有位於第 5–48 位的 LEM-like 結構域,以及第 109–153 位的 LEM 結構域;另有多段註解為無序區域,並含有第 190–196 位的核定位訊號。
蛋白質三維結構
細胞內定位
thymopoietin 定位於細胞核與染色體,並在細胞核內呈瀰漫分布。 資料未指出定位隨細胞週期或其他條件改變的情形。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
未繪示構造:Chromosome。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- LMNAP02545 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- NEK7Q8TDX7 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
thymopoietin 與 LMNA、BANF1、RB1、CMTM6 及染色體有互作註解。另有資料指出,它在特定細胞週期階段直接或間接與 lamins 相關;此描述不等同於所有列出的分子皆與其直接結合,也未說明是否共同形成同一複合體。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | thymopoietin 可能參與細胞核的結構組織與有絲分裂後的核組裝;此外,它與 LMNA 共同參與 RB1 的核內錨定,並在此作用中扮演重要角色。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源May be involved in the structural organization of the nucleus and in the post-mitotic nuclear assembly. Plays an important role, together with LMNA, in the nuclear anchorage of RB1 |
| 功能 | TP 與 TP5 可能參與 T 細胞發育及功能;TP5 則被描述為具有免疫調節作用的五胜肽。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源TP and TP5 may play a role in T-cell development and function. TP5 is an immunomodulating pentapeptide |
| 交互作用 | thymopoietin 與 LMNA、BANF1、RB1、CMTM6 及染色體有互作註解;它也會在特定細胞週期階段直接或間接與 lamins 相關。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with LMNA, BANF1 and RB1 and with chromosomes. Associates directly or indirectly with lamins at specific cell-cycle stages. Interacts with CMTM6 PMID 10984438 ↗ · PMID 12475961 ↗ · PMID 28813417 ↗ · PMID 9707448 ↗ |
| 細胞定位 | thymopoietin 位於細胞核與染色體,並在細胞核內呈瀰漫分布。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
GAAGCAGGCTGCTCGCCTCCTGCCTGTAGTGTGTGGGCTG40GGGTTGGTGCGAGCTTCCAGCTTGGCCGCAGTTGGTTCGT80AGTTCGGCTCTGGGGTCTTTTGTGTCCGGGTCTGGCTTGG120CTTTGTGTCCGCGAGTTTTTGTTCCGCTCCGCAGCGCTCT160TCCCGGGCAGGAGCCGTGAGGCTCGGAGGCGGCAGCGCGG200TCCCCGGCCAGGAGCAAGCGCGCCGGCGTGAGCGGCGGCG240GCAAAGGCTGTGGGGAGGGGGCTTCGCAGATCCCCGAGAT280GCCGGAGTTCCTGGAAGACCCCTCGGTCCTGACAAAAGAC320AAGTTGAAGAGTGAGTTGGTCGCCAACAATGTGACGCTGC360CGGCCGGGGAGCAGCGCAAAGACGTGTACGTCCAGCTCTA400CCTGCAGCACCTCACGGCTCGCAACCGGCCGCCGCTCCCC440GCCGGCACCAACAGCAAGGGGCCCCCGGACTTCTCCAGTG480ACGAAGAGCGCGAGCCCACCCCGGTCCTCGGCTCTGGGGC520CGCCGCCGCGGGCCGGAGCCGAGCAGCCGTCGGCAGGAAA560GCCACAAAAAAAACTGATAAACCCAGACAAGAAGATAAAG600ATGATCTAGATGTAACAGAGCTCACTAATGAAGATCTTTT640GGATCAGCTTGTGAAATACGGAGTGAATCCTGGTCCTATT680GTGGGAACAACCAGGAAGCTATATGAGAAAAAGCTTTTGA720AACTGAGGGAACAAGGAACAGAATCAAGATCTTCTACTCC760TCTGCCAACAATTTCTTCTTCAGCAGAAAATACAAGGCAG800AATGGAAGTAATGATTCTGACAGATACAGTGACAATGAAG840AAGACTCTAAAATAGAGCTCAAGCTTGAGAAGAGAGAACC880ACTAAAGGGCAGAGCAAAGACTCCAGTAACACTCAAGCAA920AGAAGAGTTGAGCACAATCAGAGCTATTCTCAAGCTGGAA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。