演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

TMPOTP

thymopoietin

TMPO 編碼 thymopoietin,屬於 LEM family;相關資料指出其可能參與細胞核結構組織與有絲分裂後的細胞核組裝。

Homo sapiens12q23.1UniProt P42166
OFFICIAL SYMBOL
TMPO
CHROMOSOME
12
UNIPROT
P42166
PDB / ALPHAFOLD
1GJJ
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

TMPO 是蛋白質編碼基因,正式名稱為 thymopoietin。其產物屬於 LEM family,蛋白質全長為 694 個胺基酸,具有 LEM-like 與 LEM 兩個註解結構域,也含有多段被註解為無序的區域及核定位訊號。現有資料將 thymopoietin 與細胞核的結構組織及有絲分裂後的核組裝相連,並指出其可能與 T 細胞發育及功能有關。資料亦提及 TP5 是具有免疫調節作用的五胜肽;但這些敘述未提供不同產物形式的詳細生成方式或作用機制。

Official symbol
TMPO
Gene name
thymopoietin
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:11875
UniProt
P42166
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
TPLAP2LEMD4

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1212q23.1
chr12 · 133,275,309 bp · GRCh38chr12p13.33 · 1–3200000 · gnegchr12p13.32 · 3200001–5300000 · gpos25chr12p13.31 · 5300001–10000000 · gnegchr12p13.2 · 10000001–12600000 · gpos75chr12p13.1 · 12600001–14600000 · gnegchr12p12.3 · 14600001–19800000 · gpos100chr12p12.2 · 19800001–21100000 · gnegchr12p12.1 · 21100001–26300000 · gpos100chr12p11.23 · 26300001–27600000 · gnegchr12p11.22 · 27600001–30500000 · gpos50chr12p11.21 · 30500001–33200000 · gnegchr12p11.1 · 33200001–35500000 · acenchr12q11 · 35500001–37800000 · acenchr12q12 · 37800001–46000000 · gpos100chr12q13.11 · 46000001–48700000 · gnegchr12q13.12 · 48700001–51100000 · gpos25chr12q13.13 · 51100001–54500000 · gnegchr12q13.2 · 54500001–56200000 · gpos25chr12q13.3 · 56200001–57700000 · gnegchr12q14.1 · 57700001–62700000 · gpos75chr12q14.2 · 62700001–64700000 · gnegchr12q14.3 · 64700001–67300000 · gpos50chr12q15 · 67300001–71100000 · gnegchr12q21.1 · 71100001–75300000 · gpos75chr12q21.2 · 75300001–79900000 · gnegchr12q21.31 · 79900001–86300000 · gpos100chr12q21.32 · 86300001–88600000 · gnegchr12q21.33 · 88600001–92200000 · gpos100chr12q22 · 92200001–95800000 · gnegchr12q23.1 · 95800001–101200000 · gpos75chr12q23.2 · 101200001–103500000 · gnegchr12q23.3 · 103500001–108600000 · gpos50chr12q24.11 · 108600001–111300000 · gnegchr12q24.12 · 111300001–111900000 · gpos25chr12q24.13 · 111900001–113900000 · gnegchr12q24.21 · 113900001–116400000 · gpos50chr12q24.22 · 116400001–117700000 · gnegchr12q24.23 · 117700001–120300000 · gpos50chr12q24.31 · 120300001–125400000 · gnegchr12q24.32 · 125400001–128700000 · gpos50chr12q24.33 · 128700001–133275309 · gnegTMPOpq1 bp133,275,309 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr12:98,515,483–98,550,351
Gene span
34,869 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000556029 ★98,515,590–98,550,3519
ENST0000034331598,515,483–98,550,3518
ENST0000026673298,515,483–98,535,6344
ENST0000039305398,515,483–98,550,3516
ENST0000026121098,515,483–98,537,7134
ENST0000085228598,515,483–98,550,3517
ENST0000112937798,515,483–98,532,1263
ENST0000071572498,515,561–98,550,3519
ENST0000055667898,527,886–98,547,7016

顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

thymopoietin 可能參與細胞核的結構組織,以及有絲分裂完成後的細胞核組裝。這些描述指出 TMPO 產物與細胞核架構及其重建過程相關,但未進一步說明其如何促成核結構的形成,也未界定此作用在不同細胞或條件下的差異。

在核內的特定作用方面,thymopoietin 與 LMNA 被描述為共同參與 RB1 的核內錨定,並被認為在此過程中扮演重要角色。這項敘述支持兩者與 RB1 核內定位之間的功能關聯,但資料沒有交代此錨定的分子步驟,也未說明三者是否形成直接結合的複合體。

另一項功能描述涉及 T 細胞:TP 與 TP5 可能參與 T 細胞發育及功能。這項說法保留了可能性的限定,並未指出具體影響哪些發育階段或細胞功能,也沒有提供其作用途徑。TP5 被描述為免疫調節五胜肽;資料未進一步說明其調節方向、標的或與完整蛋白質之間的關係,因此不宜據此推定更具體的免疫機制。

綜合而言,現有註解涵蓋細胞核組織、分裂後核組裝、RB1 核內錨定,以及可能涉及的 T 細胞發育與功能。這些內容呈現多個功能面向,但不足以建立它們之間的因果順序或完整機制。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 98515590 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>TMPO ENST00000556029 GRCh38 chr12:98514590-98515690 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
AAACATACATATTCATCAGAAATACAAATATTTGTCATCAGTGATACTAATTTCCAGGCAAACATTTTAA
TTGCAGTCAATGTATTAGATTCTACCAGGTTTTAATTTGGATCGGTAATACGGGTTTGATTAGGGTTCTA
GGCCTAATTATAGGTCACTAGTCTTCCTTTAGGATTATGCACCATCTGTTATTTTAAATTGACCATTGAG
GGGGTTCCCAAGGGTTCTCCTTCGTTTTGTTATCAAACGTTAGGTTTAGGATTCTTGCGGGTGGTGGGAT
CCAAAGCCAGAGACGGTTTCAACAAAAATGCAAGCGCGAATTTGTCTTGCGTCTGAACGCACTGTTCAAA
TTAAACAATTTAGACATGCCCCAACTATGACACTAAGAAGTGAATGGTATAGTACACTTTTGTCACAAAT
TCAAGGGTAATTTAAGTGCCCGATTGTAGAGGTCTGGCTTCCCCTGGGTTTCTGGAACAAAAGAAGCGTT
CGCGAGGAGAGGGGTAACTCCCCGCCCTCCCCCTCCCAAAGTAAATCAAATCAAGGAATATGAGTGCCTG
CAGACAAGCCTCGCTTCTTTTCTTCCCCTTCAGGGCTAGCGTTTGGGGAAGGCAAGGCTGCGGCTACTCT
TGGAGCTTCAGTGTCCCGGGAGGAAGAAAGGCCCAGCCAAGGGTCCTCACACTGGCGTGGAATTCGGCGC
GTTCGTAGGCGATCGACCCCAGAGACGAAAGCTGCTTCTCAAGCTGGGGGAGGGAGAGGAAACGGCGCAC
AAAAGCAGTACGACCTGTCCCTTATCGGCGTCTAAGGGGAAGGGTGGAGAAAACGAAAACAGAAGCGGGC
CGGGAGCCTCGGCTCCCGCCCCAGCGCCTTTTAAACTGCGTTTCTACCTCCTCTCGCTCAGCGCGGCGGC
TAATGGAACCCGCGCGAGCCGTCTCGCCAATCACCGCCGCGCTTCCTCCCGTCGCCCGCCAATGGCGGCG
CGCGTTCTTGGGGCGTGGGCGAAGCAGGCTGCTCGCCTCCTGCCTGTAGTGTGTGGGCTGGGGTTGGTGC
GAGCTTCCAGCTTGGCCGCAGTTGGTTCGTAGTTCGGCTCTGGGGTCTTTT
TMPO 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
TMPO_1 ↗12:98,515,632正股98,515,583–98,515,642
TMPO_2 ↗12:98,515,866正股98,515,817–98,515,876

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR12_93G4Q8 · enhancer · 98513936–98514258 · regulatory

ENSR12_BPJTQ · enhancer · 98514488–98515485 · regulatory

ENSR12_93G4QN · promoter · 98515486–98515862 · regulatory

ENSR12_5T6M8R · CTCF_binding_site · 98515599–98515620 · regulatory

ENSR12_BPJTZ · promoter · 98516200–98516912 · regulatory

ENSR12_5T6MCT · CTCF_binding_site · 98516267–98516288 · regulatory

ENSR12_93G4RD · enhancer · 98517913–98518174 · regulatory

ENSR12_93G4RH · enhancer · 98518277–98518569 · regulatory

ENSR12_84W7LB · enhancer · 98518880–98519116 · regulatory

ENSR12_BPJWH · enhancer · 98519978–98520509 · regulatory

· motif · 98514129–98514142 · motif

· motif · 98515335–98515345 · motif

· motif · 98515406–98515426 · motif

· motif · 98515407–98515427 · motif

· motif · 98515444–98515457 · motif

· motif · 98515551–98515562 · motif

· motif · 98515559–98515569 · motif

· motif · 98515578–98515588 · motif

· motif · 98515579–98515592 · motif

· motif · 98515601–98515617 · motif

· motif · 98515622–98515632 · motif

· motif · 98516239–98516261 · motif

· motif · 98516239–98516261 · motif

· motif · 98516249–98516258 · motif

· motif · 98516269–98516285 · motif

· motif · 98516371–98516380 · motif

· motif · 98516384–98516401 · motif

· motif · 98516628–98516639 · motif

· motif · 98517718–98517730 · motif

· motif · 98517748–98517759 · motif

· motif · 98518684–98518695 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:694 aa

1 aa694 aa結構域功能區域基序
依 P42166 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

thymopoietin 全長為 694 個胺基酸,屬於 LEM family。蛋白質具有位於第 5–48 位的 LEM-like 結構域,以及第 109–153 位的 LEM 結構域;另有多段註解為無序區域,並含有第 190–196 位的核定位訊號。

結構域LEM-like5–48 aa
結構域LEM109–153 aa
功能區域Disordered47–117 aa
功能區域Linker49–108 aa
功能區域Disordered150–209 aa
功能區域Disordered338–368 aa
基序Nuclear localization signal190–196 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 1GJJ…

PDB · 1GJJ

NMR · - · A=1-168

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Nucleus;Chromosome

thymopoietin 定位於細胞核與染色體,並在細胞核內呈瀰漫分布。 資料未指出定位隨細胞週期或其他條件改變的情形。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

未繪示構造:Chromosome。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 2 個夥伴 · 最多顯示 50 個
TPTMPOLMNANEK7
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

thymopoietin 與 LMNA、BANF1、RB1、CMTM6 及染色體有互作註解。另有資料指出,它在特定細胞週期階段直接或間接與 lamins 相關;此描述不等同於所有列出的分子皆與其直接結合,也未說明是否共同形成同一複合體。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

4 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 4 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能thymopoietin 可能參與細胞核的結構組織與有絲分裂後的核組裝;此外,它與 LMNA 共同參與 RB1 的核內錨定,並在此作用中扮演重要角色。資料庫紀錄
證據與來源

May be involved in the structural organization of the nucleus and in the post-mitotic nuclear assembly. Plays an important role, together with LMNA, in the nuclear anchorage of RB1

開啟資料庫紀錄 ↗

功能TP 與 TP5 可能參與 T 細胞發育及功能;TP5 則被描述為具有免疫調節作用的五胜肽。資料庫紀錄
證據與來源

TP and TP5 may play a role in T-cell development and function. TP5 is an immunomodulating pentapeptide

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用thymopoietin 與 LMNA、BANF1、RB1、CMTM6 及染色體有互作註解;它也會在特定細胞週期階段直接或間接與 lamins 相關。含實驗來源
證據與來源

Interacts with LMNA, BANF1 and RB1 and with chromosomes. Associates directly or indirectly with lamins at specific cell-cycle stages. Interacts with CMTM6

PMID 10984438 ↗ · PMID 12475961 ↗ · PMID 28813417 ↗ · PMID 9707448 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位thymopoietin 位於細胞核與染色體,並在細胞核內呈瀰漫分布。資料庫紀錄
證據與來源

Nucleus; Chromosome; Expressed diffusely throughout the nucleus

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 4 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000556029 · 4,136 nt · GRCh38
完整拼接轉錄本,保留來源註解的 5′ UTR、CDS 和 3′ UTR。
1GAAGCAGGCTGCTCGCCTCCTGCCTGTAGTGTGTGGGCTG40
41GGGTTGGTGCGAGCTTCCAGCTTGGCCGCAGTTGGTTCGT80
81AGTTCGGCTCTGGGGTCTTTTGTGTCCGGGTCTGGCTTGG120
121CTTTGTGTCCGCGAGTTTTTGTTCCGCTCCGCAGCGCTCT160
161TCCCGGGCAGGAGCCGTGAGGCTCGGAGGCGGCAGCGCGG200
201TCCCCGGCCAGGAGCAAGCGCGCCGGCGTGAGCGGCGGCG240
241GCAAAGGCTGTGGGGAGGGGGCTTCGCAGATCCCCGAGAT280
281GCCGGAGTTCCTGGAAGACCCCTCGGTCCTGACAAAAGAC320
321AAGTTGAAGAGTGAGTTGGTCGCCAACAATGTGACGCTGC360
361CGGCCGGGGAGCAGCGCAAAGACGTGTACGTCCAGCTCTA400
401CCTGCAGCACCTCACGGCTCGCAACCGGCCGCCGCTCCCC440
441GCCGGCACCAACAGCAAGGGGCCCCCGGACTTCTCCAGTG480
481ACGAAGAGCGCGAGCCCACCCCGGTCCTCGGCTCTGGGGC520
521CGCCGCCGCGGGCCGGAGCCGAGCAGCCGTCGGCAGGAAA560
561GCCACAAAAAAAACTGATAAACCCAGACAAGAAGATAAAG600
601ATGATCTAGATGTAACAGAGCTCACTAATGAAGATCTTTT640
641GGATCAGCTTGTGAAATACGGAGTGAATCCTGGTCCTATT680
681GTGGGAACAACCAGGAAGCTATATGAGAAAAAGCTTTTGA720
721AACTGAGGGAACAAGGAACAGAATCAAGATCTTCTACTCC760
761TCTGCCAACAATTTCTTCTTCAGCAGAAAATACAAGGCAG800
801AATGGAAGTAATGATTCTGACAGATACAGTGACAATGAAG840
841AAGACTCTAAAATAGAGCTCAAGCTTGAGAAGAGAGAACC880
881ACTAAAGGGCAGAGCAAAGACTCCAGTAACACTCAAGCAA920
921AGAAGAGTTGAGCACAATCAGAGCTATTCTCAAGCTGGAA960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。