基因總覽
TMOD4 是蛋白質編碼基因,正式名稱為 tropomodulin 4,產物屬於 tropomodulin 家族。其蛋白質長 345 個胺基酸,序列中第 42 至 63 位被註記為無序區域。這些資料勾勒出其家族歸屬與基本序列特徵;其在肌動蛋白絲上的作用則與細胞骨架及膜骨架的組織相關。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000295314 ★ | 151,169,987–151,175,981 | 10 |
| ENST00000945625 | 151,169,984–151,176,069 | 9 |
| ENST00000945626 | 151,169,984–151,176,069 | 9 |
| ENST00000945627 | 151,169,984–151,176,069 | 10 |
| ENST00000945628 | 151,169,984–151,176,069 | 8 |
| ENST00000945629 | 151,169,984–151,176,069 | 9 |
| ENST00000945630 | 151,169,984–151,176,069 | 10 |
| ENST00000945631 | 151,169,984–151,175,972 | 10 |
| ENST00001054481 | 151,169,984–151,176,069 | 9 |
| ENST00001054487 | 151,169,984–151,176,069 | 8 |
| ENST00001145594 | 151,169,984–151,176,069 | 10 |
| ENST00000466891 | 151,169,986–151,172,315 | 4 |
顯示 12/13 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
tropomodulin 4 參與調節肌動蛋白絲尖端的動態,可阻止肌動蛋白絲在尖端延長,也可抑制其解聚。這表示其作用與維持肌動蛋白絲尖端的穩定有關,涵蓋絲狀結構增長與拆解兩個方向。
Tmod/TM 複合體則參與形成短的肌動蛋白原絲。這些短原絲進一步界定膜骨架的幾何形態,因此 tropomodulin 4 所屬的調控系統,不僅涉及肌動蛋白絲本身的長度變化,也與膜骨架結構的組織方式相連。來源未進一步說明該複合體形成原絲的具體步驟或其在不同細胞情境中的作用差異。
Promoter 與基因調控
>TMOD4 ENST00000295314 GRCh38 chr1:151175881-151176981 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GACCCGTCAACCCCCCTGCTCGCTGCTCACGTACCTTCATCACTTTTAGTGATGATGCAACTTTCGAGGA ATGGTTCCCCCAAGGGCGGCCCCCAAAAGTCCCTGTTCGTGAGGTCTGTCCAGTGACCCATCGTCCAGCC CTATACCGGGACCCTGTTACAGACATACCCTATGCCACTGCTCGAGCCTTCAAGATCATTCGTGAGGCTT ACAAGAAGTACATTACTGCCCATGGACTGCCGCCCACTGCCTCAGCCCTGGGCCCCGGCCCGCCACCTCC TGAGCCCCTCCCTGGCTCTGGGCCCCGAGCCTTGCGCCAGAAAATTGTCATTAAATGAAGAGATGTCTAG TCCTCAGAAACTTCTTTCCTGCCCTGATTGGGGCTCTTGCTGTTCCGTTTCTTCTCCCTGCTTCTCCCCT TTGTCATCTCTGATCTTTGCCTAATCTGTTTCTTTTTCCTTTTCCCCTAGTTCTTACAGGTTTCGTTGTG TTTTTTAATCTAATAAAATAGAAAGATCCCTTTTGTCTGGTGTCCAGTCTAGGGTTGGGAGCAAGAAGTA TTTGAATACCTGCATATATTTGGGTCTTTATTCGATAGCATTTATTATGAGCTGTCCTTTCTAAATTGTA TTCATTCCTCCAACTAAATTATAAACATCTGAAAATTGCACACCAAAACACATCCTTGTATTGACCTTCC TATCACTTTACACTCACTGTTTTGAATACAGCAGGCACCAAATAAGGAGGAACTGGCTGATTCTAGTCGA ACTCATATGTCTCAGACTGGGGCTTGTATGAAGGGAAGTGGAAGAGATGCCATGGCTGTTAATGACCACT AGAGGCTCTCAGGGCTGGGCAGGGTATGGGGGCTGTGTATATGTGATCTCCCACTACCCCCCACCTGGCC AGAGCTAAAATAATAAAATGCTGAGCTCACTGTTCCCCCACCCTCTCCCCCGGCACCGGGCTCCTCCTGC TGCTGGGACAGTGCTCTAGTAGAACAGACAGACCTACTGACACAGGGGAGGTGAGAAGGGAGGTGACCAC CAGGACTGGTAGGTGGGGAAGACAGGGGGCTTATGGATGAGAGCCCGGTGG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TMOD4_2 ↗ | 1:151,175,981 | 負股 | 151,175,971–151,176,030 |
| TMOD4_1 ↗ | 1:151,177,999 | 負股 | 151,177,989–151,178,048 |
| TMOD4_3 ↗ | 1:151,184,315 | 負股 | 151,184,305–151,184,364 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR1_94824S · enhancer · 151175094–151175365 · regulatory
ENSR1_86G283 · enhancer · 151175791–151175970 · regulatory
ENSR1_948254 · promoter · 151175971–151176266 · regulatory
ENSR1_53BK3SJ · CTCF_binding_site · 151176133–151176154 · regulatory
· motif · 151175524–151175538 · motif
· motif · 151175944–151175966 · motif
· motif · 151175944–151175966 · motif
· motif · 151176135–151176151 · motif
· motif · 151176227–151176240 · motif
· motif · 151176364–151176377 · motif
· motif · 151180817–151180831 · motif
· motif · 151180817–151180831 · motif
· motif · 151180824–151180835 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:345 aa
tropomodulin 4 長 345 個胺基酸,屬於 tropomodulin 家族。蛋白質序列第 42 至 63 位註記為無序區域;此項序列特徵未附帶更具體的結構或功能描述。
蛋白質三維結構
細胞內定位
tropomodulin 4 位於細胞質與細胞骨架。 在具有肌節結構的肌原纖維中,它定位於肌動蛋白細絲的尖端。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- TXN2Q99757 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
tropomodulin 4 可與 tropomyosin 的 N 端及 actin 結合。來源未提供其他複合體成員或結合條件的資訊。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TMOD4 可阻止肌動蛋白絲在尖端延長及解聚。Tmod/TM 複合體參與形成短的肌動蛋白原絲,而這些原絲會界定膜骨架的幾何形態。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Blocks the elongation and depolymerization of the actin filaments at the pointed end. The Tmod/TM complex contributes to the formation of the short actin protofilament, which in turn defines the geometry of the membrane skeleton |
| 交互作用 | TMOD4 可與 tropomyosin 的 N 端及 actin 結合。 | 資料庫紀錄 | |
| 細胞定位 | TMOD4 位於細胞質與細胞骨架;在具有肌節結構的肌原纖維中,定位於肌動蛋白細絲的尖端。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm, cytoskeleton; In myofibrils with sarcomeric structure, localizes to the pointed end of actin thin filaments PMID 25250574 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGAACAGACAGACCTACTGACACAGGGGAGGTGAGAAGGG40AGGTGACCACCAGGACTGGCTCTGTGAGTACCACACAGTG80GGGAGGGGGTGGGGGCCACCATGTCATCATATCAGAAGGA120ACTGGAGAAATACAGAGACATAGATGAAGATGAGATCCTA160AGGACCTTGAGCCCCGAGGAGCTAGAGCAGCTGGACTGCG200AACTACAGGAGATGGATCCTGAGAACATGCTCCTGCCAGC240TGGACTAAGACAACGTGACCAGACAAAGAAGAGCCCAACG280GGGCCACTGGACCGAGAGGCCCTTTTGCAGTACTTGGAGC320AACAGGCACTAGAAGTCAAAGAGCGTGATGACTTGGTGCC360CTTCACAGGCGAGAAGAAGGGGAAACCCTATATTCAGCCC400AAGAGGGAAATCCCAGCAGAGGAGCAGATCACCCTGGAGC440CTGAGCTGGAGGAGGCACTGGCACATGCCACAGATGCTGA480AATGTGTGACATTGCAGCAATTCTGGACATGTACACACTG520ATGAGTAACAAGCAATACTATGATGCCCTCTGCAGTGGAG560AAATCTGCAACACTGAAGGCATTAGCAGTGTGGTACAGCC600TGACAAGTATAAGCCAGTGCCGGATGAACCCCCAAATCCC640ACAAACATTGAGGAGATACTAAAGAGGGTCCGAAGCAATG680ACAAGGAGCTGGAGGAGGTGAACTTGAATAATATACAGGA720CATCCCAATACCCATGCTAAGTGAGCTGTGTGAGGCAATG760AAGGCAAATACCTATGTGCGGAGCTTCAGTCTGGTAGCCA800CGAGGAGTGGTGACCCCATTGCCAATGCAGTGGCTGACAT840GTTGCGTGAGAATCGTAGCCTCCAGAGCCTAAACATCGAA880TCCAACTTCATTAGCAGCACAGGACTCATGGCTGTGCTGA920AGGCAGTTCGGGAAAATGCCACACTCACTGAGCTCCGTGT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。