演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

TMOD3UTMOD

tropomodulin 3

TMOD3 編碼 tropomodulin 3,屬於 tropomodulin 家族;依序列相似性推論,它可調節 actin filament 的末端動態。

Homo sapiens15q21.2UniProt Q9NYL9
OFFICIAL SYMBOL
TMOD3
CHROMOSOME
15
UNIPROT
Q9NYL9
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

TMOD3 是蛋白質編碼基因,產物 tropomodulin 3 屬於 tropomodulin 家族。依序列相似性推論,這種蛋白質參與 actin filament 的調節;其功能與膜骨架中短 actin 原絲的形成及幾何形態有關。來源未提供蛋白質長度或結構域等更詳細的基本特徵。

Official symbol
TMOD3
Gene name
tropomodulin 3
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:11873
UniProt
Q9NYL9
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
UTMOD

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1515q21.2
chr15 · 101,991,189 bp · GRCh38chr15p13 · 1–4200000 · gvarchr15p12 · 4200001–9700000 · stalkchr15p11.2 · 9700001–17500000 · gvarchr15p11.1 · 17500001–19000000 · acenchr15q11.1 · 19000001–20500000 · acenchr15q11.2 · 20500001–25500000 · gnegchr15q12 · 25500001–27800000 · gpos50chr15q13.1 · 27800001–30000000 · gnegchr15q13.2 · 30000001–30900000 · gpos50chr15q13.3 · 30900001–33400000 · gnegchr15q14 · 33400001–39800000 · gpos75chr15q15.1 · 39800001–42500000 · gnegchr15q15.2 · 42500001–43300000 · gpos25chr15q15.3 · 43300001–44500000 · gnegchr15q21.1 · 44500001–49200000 · gpos75chr15q21.2 · 49200001–52600000 · gnegchr15q21.3 · 52600001–58800000 · gpos75chr15q22.1 · 58800001–59000000 · gnegchr15q22.2 · 59000001–63400000 · gpos25chr15q22.31 · 63400001–66900000 · gnegchr15q22.32 · 66900001–67000000 · gpos25chr15q22.33 · 67000001–67200000 · gnegchr15q23 · 67200001–72400000 · gpos25chr15q24.1 · 72400001–74900000 · gnegchr15q24.2 · 74900001–76300000 · gpos25chr15q24.3 · 76300001–78000000 · gnegchr15q25.1 · 78000001–81400000 · gpos50chr15q25.2 · 81400001–84700000 · gnegchr15q25.3 · 84700001–88500000 · gpos50chr15q26.1 · 88500001–93800000 · gnegchr15q26.2 · 93800001–98000000 · gpos50chr15q26.3 · 98000001–101991189 · gnegTMOD3pq1 bp101,991,189 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr15:51,829,626–51,947,295
Gene span
117,670 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000308580 ★51,829,653–51,915,72510
ENST0000087116851,829,626–51,915,7255
ENST0000087116951,829,626–51,915,7259
ENST0000087117051,829,626–51,915,7258
ENST0000087117151,829,626–51,915,72511
ENST0000092467551,829,626–51,915,72511
ENST0000092467651,829,626–51,915,7257
ENST0000096149851,829,626–51,915,72511
ENST0000110614551,829,626–51,871,0493
ENST0000113471051,829,626–51,915,72510
ENST0000055845551,829,628–51,862,9833
ENST0000087117251,829,849–51,915,72511

顯示 12/14 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

依序列相似性推論,tropomodulin 3 可阻止 actin filament 在 pointed end 延長,也可抑制該端的解聚。這表示它與 actin filament 末端的動態調節有關;來源描述的是抑制延長與解聚,並未提供相關作用的實驗條件或量化結果。

Tmod/TM 複合體則參與形成短 actin 原絲,而這些原絲進一步界定膜骨架的幾何形態。此處的功能敘述標示為依相似性推論,因此應視為推定的作用,不代表來源已在此處提供直接驗證。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 51829653 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>TMOD3 ENST00000308580 GRCh38 chr15:51828653-51829753 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
GCTGAAATTAGTGGGTGCCAGTTGCATGAAATTCCAGGATGTTTATCTAACCTAGGGTCCTCCCTCCTCT
GAGGGGAAGAAGTAGATGCCAGGAGAGGTTTAAACCATGAAGTGGCTCGCACACTGGGTGTAGCTGGAAT
GTACCTCAAGCAGGCACGTCAGTCCACTTCTTTGGCTGCATTTTTGAAAGGTGTGTCAAAGTTTAGCATT
ATTCCTGGGGATGGTCTACTCCTGAAGAGCAGGCCAGGAAAATTCCCAGTAAGTGACTAAATGAATAAAT
GGAAAAATGTCGCAGTTCCCTCTCCTCAGAGCCTCGCACAAAAGGTAGCCATTACATAGGCCACTGTCAA
ACAGTCCTCTGAGAGATTCCCACACTCTTCCTCTTCCCTCTAGACTACCCATCTGCCCCAATCCCCCCCT
TGAGCAGCCTATTCTGTTTTTTCTCCCACTACAGCAGCCAGCCCCACCGCCTGGTGTAGAGCTTGAAGAT
GGAAAGGGAAGATAGGATGGGCAGAAACTGCCCTGCAATAGCTACATCATCCCCGAAACGCATACCTAAG
AAAACCACTAAGGTCACCACACCCTGGAGGTGACATTCGCATGATTTATGCCTCTCTTGGGCTTTAGATT
TTATTCCTTTACTTTTCTATAACTCTGTCATGACCAGTTTAAAGGCCCCAATGTCATGTCCTCGCATTAA
CAACCAAGGCTACAATGCAAGCCCTGCCATGTGCGCTTCTTTACAAAAGGTCAAAGTAAAAAGGAAATCT
ATACCAAAGAGCCTCTAGATACTATTTCCAGCTTCGGGGAAGTCCATAGTAGGTACTTCCACGGGTAGAG
AACATTATCTTAGACTGGGATAAGGGTTGGTATTCGCAGTCCCCTTCCTACGTTCTGCCCATTGTAAAGA
CCAGGGTCAGCGTTGAGCCTCGCCCTTCTTGCTAGAACTACAACTCCCAGGATGCCCCGCGGCACGGGAG
TGCGCACGCGCGTCGGAGGCGAAGGAGGAACCCACCGCACCTACAGGGCGGTCGAGTGAGGGAGCTGCTG
GCGGGTGGGTCTGGCAACTCTTTGGGAGGCCGACGCGGGCGGACCGGCGGG
TMOD3 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
TMOD3_1 ↗15:51,829,666正股51,829,617–51,829,676

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR15_9QKFX · promoter · 51829163–51829663 · regulatory

ENSR15_C75TB · enhancer · 51829664–51830923 · regulatory

· motif · 51829220–51829232 · motif

· motif · 51829397–51829409 · motif

· motif · 51829633–51829644 · motif

· motif · 51829633–51829644 · motif

· motif · 51829768–51829783 · motif

· motif · 51829811–51829828 · motif

· motif · 51829856–51829867 · motif

· motif · 51831466–51831480 · motif

· motif · 51831466–51831481 · motif

· motif · 51831466–51831481 · motif

· motif · 51833249–51833261 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:352 aa

tropomodulin 3 屬於 tropomodulin 家族。來源未提供其結構域、序列區段或蛋白質長度等進一步註解。

07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · Q9NYL9…

AlphaFold · Q9NYL9

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Cytoplasm, cytoskeleton

tropomodulin 3 被註記位於細胞質與細胞骨架;來源未說明定位變化的條件或異構型差異。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 0 個夥伴 · 最多顯示 50 個
UTMODTMOD3
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 0 個夥伴
  • 目前沒有已匯入的夥伴。
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

tropomodulin 3 可結合 tropomyosin 的 N 端及 actin,並與 FLII 有互作註記。來源未進一步說明這些關係是否形成同一複合體,或其功能後果。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

3 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 3 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能依序列相似性推論,TMOD3 可阻止 actin filament 在 pointed end 延長及解聚;Tmod/TM 複合體參與形成短 actin 原絲,而這些原絲進一步界定膜骨架的幾何形態。推論支持
證據與來源

Blocks the elongation and depolymerization of the actin filaments at the pointed end. The Tmod/TM complex contributes to the formation of the short actin protofilament, which in turn defines the geometry of the membrane skeleton (By similarity)

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用TMOD3 可結合 tropomyosin 的 N 端及 actin,並有與 FLII 互作的註記;來源未說明這些互作是否同屬一個複合體或具有何種功能後果。含實驗來源
證據與來源

Binds to the N-terminus of tropomyosin and to actin. Interacts with FLII

PMID 37126682 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位TMOD3 的細胞內定位註記為細胞質與細胞骨架;來源未提供定位條件、動態變化或異構型差異。推論支持
證據與來源

Cytoplasm, cytoskeleton

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 3 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000308580 · 8,232 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1GAAGGAGGAACCCACCGCACCTACAGGGCGGTCGAGTGAG40
41GGAGCTGCTGGCGGGTGGGTCTGGCAACTCTTTGGGAGGC80
81CGACGCGGGCGGACCGGCGGGTGCTGGGAACCGAGCCTCG120
121GCTTGCGGCCGGCAGTTTCCGTGGGTCTGTGAAGAGGTCG160
161GCGGCCCCTGCGGGCGCCAGTCAGCTTTAAGAAAAAGTAG200
201AGATCACTTCTGACTGTACTGAACAGCAAAAATTAAGTGA240
241CTTGCTGCCCTGCACATCATGGCACTGCCATTCCGTAAGG280
281ACTTAGAAAAGTACAAAGACCTTGATGAAGATGAGCTCCT320
321TGGGAATCTGTCAGAAACAGAACTGAAACAACTGGAAACT360
361GTTTTGGATGATCTTGACCCCGAGAATGCCCTTCTGCCTG400
401CAGGGTTCCGGCAGAAGAACCAGACATCAAAGTCCACCAC440
441AGGGCCATTTGATAGAGAGCATCTCCTTTCATATCTGGAG480
481AAAGAAGCATTGGAGCATAAAGACAGGGAAGACTATGTGC520
521CCTACACTGGAGAAAAAAAAGGGAAAATATTTATCCCCAA560
561ACAGAAACCTGTACAGACTTTTACAGAAGAAAAAGTGTCT600
601CTTGATCCAGAATTAGAAGAAGCTTTGACAAGTGCTTCTG640
641ATACAGAATTGTGTGACCTCGCAGCAATTCTTGGGATGCA680
681CAATTTGATAACGAATACAAAGTTCTGTAATATAATGGGA720
721AGTAGTAATGGTGTTGACCAAGAACATTTTTCAAATGTGG760
761TCAAAGGTGAAAAGATTCTTCCGGTATTTGATGAGCCACC800
801AAATCCAACCAATGTAGAAGAGAGTTTGAAGAGAACTAAA840
841GAAAACGATGCTCATCTTGTTGAAGTTAATTTGAATAATA880
881TAAAGAATATCCCAATTCCAACCCTAAAAGATTTTGCAAA920
921GGCTTTGGAAACCAACACACATGTGAAATGTTTCAGTCTT960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。