基因總覽
TMOD3 是蛋白質編碼基因,產物 tropomodulin 3 屬於 tropomodulin 家族。依序列相似性推論,這種蛋白質參與 actin filament 的調節;其功能與膜骨架中短 actin 原絲的形成及幾何形態有關。來源未提供蛋白質長度或結構域等更詳細的基本特徵。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000308580 ★ | 51,829,653–51,915,725 | 10 |
| ENST00000871168 | 51,829,626–51,915,725 | 5 |
| ENST00000871169 | 51,829,626–51,915,725 | 9 |
| ENST00000871170 | 51,829,626–51,915,725 | 8 |
| ENST00000871171 | 51,829,626–51,915,725 | 11 |
| ENST00000924675 | 51,829,626–51,915,725 | 11 |
| ENST00000924676 | 51,829,626–51,915,725 | 7 |
| ENST00000961498 | 51,829,626–51,915,725 | 11 |
| ENST00001106145 | 51,829,626–51,871,049 | 3 |
| ENST00001134710 | 51,829,626–51,915,725 | 10 |
| ENST00000558455 | 51,829,628–51,862,983 | 3 |
| ENST00000871172 | 51,829,849–51,915,725 | 11 |
顯示 12/14 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
依序列相似性推論,tropomodulin 3 可阻止 actin filament 在 pointed end 延長,也可抑制該端的解聚。這表示它與 actin filament 末端的動態調節有關;來源描述的是抑制延長與解聚,並未提供相關作用的實驗條件或量化結果。
Tmod/TM 複合體則參與形成短 actin 原絲,而這些原絲進一步界定膜骨架的幾何形態。此處的功能敘述標示為依相似性推論,因此應視為推定的作用,不代表來源已在此處提供直接驗證。
Promoter 與基因調控
>TMOD3 ENST00000308580 GRCh38 chr15:51828653-51829753 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GCTGAAATTAGTGGGTGCCAGTTGCATGAAATTCCAGGATGTTTATCTAACCTAGGGTCCTCCCTCCTCT GAGGGGAAGAAGTAGATGCCAGGAGAGGTTTAAACCATGAAGTGGCTCGCACACTGGGTGTAGCTGGAAT GTACCTCAAGCAGGCACGTCAGTCCACTTCTTTGGCTGCATTTTTGAAAGGTGTGTCAAAGTTTAGCATT ATTCCTGGGGATGGTCTACTCCTGAAGAGCAGGCCAGGAAAATTCCCAGTAAGTGACTAAATGAATAAAT GGAAAAATGTCGCAGTTCCCTCTCCTCAGAGCCTCGCACAAAAGGTAGCCATTACATAGGCCACTGTCAA ACAGTCCTCTGAGAGATTCCCACACTCTTCCTCTTCCCTCTAGACTACCCATCTGCCCCAATCCCCCCCT TGAGCAGCCTATTCTGTTTTTTCTCCCACTACAGCAGCCAGCCCCACCGCCTGGTGTAGAGCTTGAAGAT GGAAAGGGAAGATAGGATGGGCAGAAACTGCCCTGCAATAGCTACATCATCCCCGAAACGCATACCTAAG AAAACCACTAAGGTCACCACACCCTGGAGGTGACATTCGCATGATTTATGCCTCTCTTGGGCTTTAGATT TTATTCCTTTACTTTTCTATAACTCTGTCATGACCAGTTTAAAGGCCCCAATGTCATGTCCTCGCATTAA CAACCAAGGCTACAATGCAAGCCCTGCCATGTGCGCTTCTTTACAAAAGGTCAAAGTAAAAAGGAAATCT ATACCAAAGAGCCTCTAGATACTATTTCCAGCTTCGGGGAAGTCCATAGTAGGTACTTCCACGGGTAGAG AACATTATCTTAGACTGGGATAAGGGTTGGTATTCGCAGTCCCCTTCCTACGTTCTGCCCATTGTAAAGA CCAGGGTCAGCGTTGAGCCTCGCCCTTCTTGCTAGAACTACAACTCCCAGGATGCCCCGCGGCACGGGAG TGCGCACGCGCGTCGGAGGCGAAGGAGGAACCCACCGCACCTACAGGGCGGTCGAGTGAGGGAGCTGCTG GCGGGTGGGTCTGGCAACTCTTTGGGAGGCCGACGCGGGCGGACCGGCGGG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TMOD3_1 ↗ | 15:51,829,666 | 正股 | 51,829,617–51,829,676 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR15_9QKFX · promoter · 51829163–51829663 · regulatory
ENSR15_C75TB · enhancer · 51829664–51830923 · regulatory
· motif · 51829220–51829232 · motif
· motif · 51829397–51829409 · motif
· motif · 51829633–51829644 · motif
· motif · 51829633–51829644 · motif
· motif · 51829768–51829783 · motif
· motif · 51829811–51829828 · motif
· motif · 51829856–51829867 · motif
· motif · 51831466–51831480 · motif
· motif · 51831466–51831481 · motif
· motif · 51831466–51831481 · motif
· motif · 51833249–51833261 · motif
蛋白質結構域與序列
蛋白質三維結構
細胞內定位
tropomodulin 3 被註記位於細胞質與細胞骨架;來源未說明定位變化的條件或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
tropomodulin 3 可結合 tropomyosin 的 N 端及 actin,並與 FLII 有互作註記。來源未進一步說明這些關係是否形成同一複合體,或其功能後果。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | 依序列相似性推論,TMOD3 可阻止 actin filament 在 pointed end 延長及解聚;Tmod/TM 複合體參與形成短 actin 原絲,而這些原絲進一步界定膜骨架的幾何形態。 | 推論支持 | 證據與來源Blocks the elongation and depolymerization of the actin filaments at the pointed end. The Tmod/TM complex contributes to the formation of the short actin protofilament, which in turn defines the geometry of the membrane skeleton (By similarity) |
| 交互作用 | TMOD3 可結合 tropomyosin 的 N 端及 actin,並有與 FLII 互作的註記;來源未說明這些互作是否同屬一個複合體或具有何種功能後果。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | TMOD3 的細胞內定位註記為細胞質與細胞骨架;來源未提供定位條件、動態變化或異構型差異。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
GAAGGAGGAACCCACCGCACCTACAGGGCGGTCGAGTGAG40GGAGCTGCTGGCGGGTGGGTCTGGCAACTCTTTGGGAGGC80CGACGCGGGCGGACCGGCGGGTGCTGGGAACCGAGCCTCG120GCTTGCGGCCGGCAGTTTCCGTGGGTCTGTGAAGAGGTCG160GCGGCCCCTGCGGGCGCCAGTCAGCTTTAAGAAAAAGTAG200AGATCACTTCTGACTGTACTGAACAGCAAAAATTAAGTGA240CTTGCTGCCCTGCACATCATGGCACTGCCATTCCGTAAGG280ACTTAGAAAAGTACAAAGACCTTGATGAAGATGAGCTCCT320TGGGAATCTGTCAGAAACAGAACTGAAACAACTGGAAACT360GTTTTGGATGATCTTGACCCCGAGAATGCCCTTCTGCCTG400CAGGGTTCCGGCAGAAGAACCAGACATCAAAGTCCACCAC440AGGGCCATTTGATAGAGAGCATCTCCTTTCATATCTGGAG480AAAGAAGCATTGGAGCATAAAGACAGGGAAGACTATGTGC520CCTACACTGGAGAAAAAAAAGGGAAAATATTTATCCCCAA560ACAGAAACCTGTACAGACTTTTACAGAAGAAAAAGTGTCT600CTTGATCCAGAATTAGAAGAAGCTTTGACAAGTGCTTCTG640ATACAGAATTGTGTGACCTCGCAGCAATTCTTGGGATGCA680CAATTTGATAACGAATACAAAGTTCTGTAATATAATGGGA720AGTAGTAATGGTGTTGACCAAGAACATTTTTCAAATGTGG760TCAAAGGTGAAAAGATTCTTCCGGTATTTGATGAGCCACC800AAATCCAACCAATGTAGAAGAGAGTTTGAAGAGAACTAAA840GAAAACGATGCTCATCTTGTTGAAGTTAATTTGAATAATA880TAAAGAATATCCCAATTCCAACCCTAAAAGATTTTGCAAA920GGCTTTGGAAACCAACACACATGTGAAATGTTTCAGTCTT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。