基因總覽
TM4SF1 是人類蛋白質編碼基因，正式名稱為 transmembrane 4 L six family member 1。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 3q25.1。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000305366 ★ | 149,369,022–149,377,649 | 5 |
| ENST00001142438 | 149,369,022–149,377,650 | 5 |
| ENST00000472441 | 149,369,023–149,375,712 | 2 |
| ENST00000868324 | 149,369,023–149,377,650 | 5 |
顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>TM4SF1 ENST00000305366 GRCh38 chr3:149377549-149378649 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CTGAACCTTGTTTCTCCACTCTGCTTGCCAAGTCCCTTTGTCTTATTTTTTTCTCCCTCTCCCTCCTTCC TTCCCTCCCCCCATCCTTCCTTCCTTTTTTCCTTCCTTCCTTCCTCCCTCCCTCCCTTCCTCCCTTTTTC CCTCTCTCCTTCTCTCCCTCCTTCTCTTCTTTCCTTCCTCTCTTCCTTCCTCCTTTCCTCTTTCCTTCTC TCCCATTCTCTTCCTCCCCCTCTCTTCTTCCTCTTTTTATTTTTGTCCCATGCTTTAGGCCTTCCTTGGC CCTTCCTGGCATTGCTTTTCCTGACAGCAACACTCAATAATTTTTAAAAAGCACCTGAGCCCTTTGTGTT GACTGATGCCACCTCTGTTGTGGTGCAGATTTGTTTTAGAGGCAGATGTCCAGGGACGCTGAACACTGAA ATCCATCCTGCAGAGCTTGCTGTAGGCAGAGTAAAGAAGTTTGCTCTGTAGTTTTCCCAACAGCCTTCTC AAATCCATGGGAGACGTCTCAGACACCTTGTATTTAATAGACAAGGAAATGAGCTCAGGAGATTTGCCCC AGGTTGTAAATTAAATCAGCACAAAGGTAGAAATGAACACAGAGCTCTCAGATTGGAAGCTGTCCAGACA GCTGCATGGAGCAGGGGCACAGCTCACTGTCTTTCAAAGCCTCAACCAGGGCTGTTGCATCTCGGACACT TGGCAGTTACTGGAAAGTCATGTTAGGCTTTCCTGTTGATTCTTTATCTTGTGGAGGAGTTGCACAGTCA ATGCCTTGTTCAAGATTAATCATTTTCCCTGTTGCCTATGACTGAGGCTGTTTCTCACATCCTGCCCCTG GTTTTGCCTGTCCCAAGGATTTCGTCTGAAGGGCGGGACATTCCCCCTGCCTCTTCGCACCACAGCCAGA GCCTGCCATTAGGACCAATGAAAGCAAAGTACCTCATCCCCTCAGTGACTAAGAATCGCAGTATTTAAGA GGTAGCAGGAATGGGCTGAGAGTGGTGTTTGCTTTCTCCACCAGAAGGGCACACTTTCATCTAATTTGGG GTATCACTGAGCTGAAGACAAAGAGAAGGGGGAGAAAACCTAGCAGACCAC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TM4SF1_1 ↗ | 3:149,377,648 | 負股 | 149,377,638–149,377,697 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR3_9479RC · enhancer · 149372757–149373225 · regulatory
ENSR3_B34MDR · enhancer · 149373547–149374234 · regulatory
ENSR3_9479S6 · promoter · 149375702–149376035 · regulatory
ENSR3_86DKNF · promoter · 149377639–149377808 · regulatory
ENSR3_B34MFF · enhancer · 149377809–149378396 · regulatory
ENSR3_B34MFJ · enhancer · 149378504–149379321 · regulatory
ENSR3_B34MG3 · enhancer · 149381951–149382880 · regulatory
· motif · 149372680–149372689 · motif
· motif · 149372852–149372866 · motif
· motif · 149372852–149372866 · motif
· motif · 149373002–149373013 · motif
· motif · 149373183–149373194 · motif
· motif · 149373610–149373621 · motif
· motif · 149373979–149373993 · motif
· motif · 149382302–149382313 · motif
· motif · 149382405–149382412 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：202 aa
TM4SF1 蛋白全長 202 個胺基酸，屬於 L6 tetraspanin family。其序列包含四段穿膜螺旋，並交替分布胞質區與細胞外區；N 端及 C 端皆位於胞質側。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TM4SF1 是多次穿膜蛋白，定位於膜；在細胞頂端區域與 SDCBP2 共定位。
未繪示構造：Membrane。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- SDCBP2Q9H190 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
TM4SF1 可與 SDCBP2 互作，並出現在腫瘤細胞的高分子量複合體中。來源未說明此複合體的其他成員或互作的功能後果。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 交互作用 | TM4SF1 在腫瘤細胞中可見於高分子量複合體，並與 SDCBP2 互作。此註解未進一步說明複合體的組成，也未指出該互作造成的功能結果。 | 含實驗來源 | 證據與來源Present in high molecular weight complexes in tumor cells. Interacts with SDCBP2 PMID 11102519 ↗ |
| 細胞定位 | TM4SF1 是多次穿膜蛋白，定位於膜；在細胞頂端區域與 SDCBP2 共定位。此描述指出兩者位置重疊，未說明共定位是否代表直接結合。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Membrane / Multi-pass membrane protein; Colocalizes with SDCBP2 in the apical region of the cell |
核酸與蛋白質序列
AGTGGTGTTTGCTTTCTCCACCAGAAGGGCACACTTTCAT40CTAATTTGGGGTATCACTGAGCTGAAGACAAAGAGAAGGG80GGAGAAAACCTAGCAGACCACCATGTGCTATGGGAAGTGT120GCACGATGCATCGGACATTCTCTGGTGGGGCTCGCCCTCC160TGTGCATCGCGGCTAATATTTTGCTTTACTTTCCCAATGG200GGAAACAAAGTATGCCTCCGAAAACCACCTCAGCCGCTTC240GTGTGGTTCTTTTCTGGCATCGTAGGAGGTGGCCTGCTGA280TGCTCCTGCCAGCATTTGTCTTCATTGGGCTGGAACAGGA320TGACTGCTGTGGCTGCTGTGGCCATGAAAACTGTGGCAAA360CGATGTGCGATGCTTTCTTCTGTATTGGCTGCTCTCATTG400GAATTGCAGGATCTGGCTACTGTGTCATTGTGGCAGCCCT440TGGCTTAGCAGAAGGACCACTATGTCTTGATTCCCTCGGC480CAGTGGAACTACACCTTTGCCAGCACTGAGGGCCAGTACC520TTCTGGATACCTCCACATGGTCCGAGTGCACTGAACCCAA560GCACATTGTGGAATGGAATGTATCTCTGTTTTCTATCCTC600TTGGCTCTTGGTGGAATTGAATTCATCTTGTGTCTTATTC640AAGTAATAAATGGAGTGCTTGGAGGCATATGTGGCTTTTG680CTGCTCTCACCAACAGCAATATGACTGCTAAAAGAACCAA720CCCAGGACAGAGCCACAATCTTCCTCTATTTCATTGTAAT760TTATATATTTCACTTGTATTCATTTGTAAAACTTTGTATT800AGTGTAACATACTCCCCACAGTCTACTTTTACAAACGCCT840GTAAAGACTGGCATCTTCACAGGATGTCAGTGTTTAAATT880TAGTAAACTTCTTTTTTGTTTGTTTATTTGTTTTTGTTTT920TTTTTAAGGAATGAGGAAACAAACCACCCTCTGGGGGTAA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。