基因總覽
TLX3 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 T cell leukemia homeobox 3。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 5q35.1。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000296921 ★ | 171,309,248–171,312,139 | 3 |
| ENST00001138423 | 171,309,191–171,312,139 | 3 |
顯示 2/2 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>TLX3 ENST00000296921 GRCh38 chr5:171308248-171309348 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GAGTGGTTCCAGCGCCCAAAGTGGACTGGAGCCGGGAAGGGCTCACCAGTCGCGTTTCCCAAAGAAATCC CGCAATTTGCTCTAGGAGCTGCCCGCGCCTTTGACATTCAGGAACCCGAAGTCCCTAGACCCGCCGAGCC GCGAGCGGGTTCCCACGCGCGACCACAGCCCCCTTCCATCCTGCAACGAATTACGAGAGTCAGGTCCCCG CTCCCCACCGGGCGACCCCGCGTCCCTAGCCCAGCCGCAGCTGGCACGCGTGGGCACCTGCGAGTCACGC CTCGGTCCGCCTGGCCGGAGCCAGGGAGTGTCTCCAAAGTGGCCGCGAGGCCGCGGCCGAAACCCGGGCG GGGGCGAATTCTCCCCACGCGGGTCGGCGTCATCCGGGGCGCGGAGAACGCTACGGTGCTCCCCTCGCCC CGCGCGCAGGCAGCGCGAAGCCTGCCCCGGGTAGTGCGCCCCTTTCGTTCCTCCGGCGGCGGTAGCGTCC AAGGGGCTTCTGCGGATTCCGCCGGGTCGTCCCGGGGTTGCAACTCCATTGTACCTGAAAGGATGCATTT GGTTTGGCTTTTGCTCAGATGAAAAAAAAAAAAAATTGGAAGAAAACGAAAACCCACTCAGCAAAAGACA ATTTCACAAGCGGAGCGCTCTACCCACCCAGCGCGGTGTCTGGGAAGCGGCCCGGCCCGGAGGAGCGGGG AGCGTCTGCTAATTGCAGCTTCGTTAGATTTCGGGTTTGGGAGGCTGTGGTTCGGGCTCTAATATCCGCC GCCCATTATCCCTGCTAATAAATTTGACCTATTGTTCGTTTGTTAAAATGATGTCACCTTGGAACAGTCC CTAAGCTCCTATTTCCATGAATTAGGCCTTTATTGAAAGCCGGGAGCCAATGAGAGGAGAGAGGCTTGTT GATCGCAGCCAATGGCTGCGGCAGGAGAGGAATTAGCAGCGGAAACTCCAGGTTCGGTTCAAGAAAGATG ACACAGAGCCTGTCGGGCCCGCGCACTCTTGGCAAAGTTTCAGTGCGACGAGAGGCGCCGGGCGCTCCAT GGCCGCGCCGTAACGGGGACCCAGCCGCCTCCCCGCCCAGCCCAGCCCAGC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TLX3_1 ↗ | 5:171,309,248 | 正股 | 171,309,199–171,309,258 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR5_872ZNZ · enhancer · 171306908–171307047 · regulatory
ENSR5_B38ZX3 · enhancer · 171307167–171307735 · regulatory
ENSR5_94HZTK · promoter · 171308758–171309258 · regulatory
ENSR5_94HZTT · promoter · 171309767–171310267 · regulatory
ENSR5_DBHH6 · enhancer · 171310749–171312999 · regulatory
ENSR5_94HZWX · enhancer · 171313559–171313966 · regulatory
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:291 aa
T-cell leukemia homeobox protein 3 長 291 個胺基酸,含有位於第 166 至 225 位胺基酸的 Homeobox DNA 結合區域;第 1 至 56 位胺基酸則註記為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 84 個夥伴
- ACTMAPQ5BKX5-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ACY1Q03154 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- AKAP9Q6PJH3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ANKRD10Q9NXR5-2 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- ANKRD33Q7Z3H0-1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- AOC1P19801 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- APBB1IPQ7Z5R6-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ARMC5Q96C12 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ASB12Q8WXK4-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ATP6V0D1P61421 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- B9D2Q9BPU9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BPIFA1Q9NP55 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- C2orf42Q9NWW7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CEACAM6P40199 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CFAP68Q9H5F2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CIMIP2BA8MTA8-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CRXO43186 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CSNK2BP67870 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CTNNA3Q9UI47-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EFEMP2O95967 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ERASQ7Z444 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FAM168BA1KXE4-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FCSKQ8N0W3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FNTBP49356 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FOSBP53539 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 細胞定位 | TLX3 的定位為細胞核。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
GCGCACTCTTGGCAAAGTTTCAGTGCGACGAGAGGCGCCG40GGCGCTCCATGGCCGCGCCGTAACGGGGACCCAGCCGCCT80CCCCGCCCAGCCCAGCCCAGCCCTTCCGCCCGCCCAGGAT120GGAGGCGCCCGCCAGCGCGCAGACCCCGCACCCGCACGAG160CCCATCAGCTTCGGCATCGACCAGATCCTTAACAGCCCGG200ACCAGGACAGCGCACCCGCCCCGCGGGGCCCCGACGGCGC240CAGCTACCTGGGAGGGCCCCCCGGGGGCCGTCCGGGCGCC280ACATACCCGTCTCTGCCCGCCTCCTTTGCGGGCCTCGGCG320CGCCCTTCGAGGACGCGGGATCTTACAGTGTGAACCTGAG360CCTAGCGCCCGCAGGCGTGATCCGGGTGCCGGCGCACAGG400CCGCTGCCCGGGGCCGTGCCACCGCCTCTGCCAAGCGCGC440TACCCGCCATGCCCTCCGTGCCCACGGTCTCCAGCCTTGG480CGGTCTCAATTTCCCCTGGATGGAGAGCAGCCGCCGCTTC520GTGAAAGACCGCTTCACAGCGGCGGCCGCACTCACGCCCT560TCACCGTGACCCGGCGCATCGGCCACCCCTACCAGAACCG600GACGCCGCCCAAGCGTAAGAAGCCGCGCACGTCCTTTTCC640CGGGTGCAGATCTGCGAGCTGGAAAAGCGCTTCCATCGCC680AGAAGTACCTGGCCTCTGCCGAGAGGGCGGCGCTCGCCAA720GTCCCTCAAAATGACGGACGCGCAGGTCAAGACCTGGTTC760CAAAACCGGAGGACCAAGTGGCGGCGGCAGACGGCGGAGG800AGCGGGAGGCGGAGCGGCAGCAGGCGAGCCGGCTCATGCT840GCAGCTGCAACACGACGCCTTCCAAAAGAGCCTCAACGAC880TCCATCCAGCCTGACCCGCTCTGTCTGCACAACTCGTCAC920TCTTTGCTCTGCAGAATCTGCAGCCCTGGGAGGAGGATAG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。