基因總覽
TLE2(TLE family member 2, transcriptional corepressor)是蛋白質編碼基因,產物屬於 WD repeat Groucho/TLE 家族。這類蛋白質作為轉錄共抑制因子,與轉錄因子協同調節轉錄;TLE2 的基本特徵是由多個不同區域組成,包含 N 端的 Q domain、GP domain、CcN domain 與 SP domain,以及 C 端的 WD 重複序列。蛋白質註解亦指出部分區段為無序區,並標示一段核定位訊號。這些結構註解描繪了 TLE2 的區域組成;其與特定轉錄因子及訊號路徑的關係見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000262953 ★ | 2,997,644–3,029,280 | 20 |
| ENST00001052811 | 2,997,632–3,029,325 | 19 |
| ENST00001004435 | 2,997,638–3,029,277 | 20 |
| ENST00001052816 | 2,997,638–3,029,300 | 19 |
| ENST00001052851 | 2,997,638–3,029,268 | 20 |
| ENST00001052865 | 2,997,638–3,029,097 | 18 |
| ENST00000426948 | 2,997,639–3,045,788 | 19 |
| ENST00001004433 | 2,997,639–3,029,300 | 20 |
| ENST00001052813 | 2,997,639–3,029,325 | 18 |
| ENST00001052817 | 2,997,639–3,029,300 | 20 |
| ENST00001052819 | 2,997,639–3,029,299 | 20 |
| ENST00001052826 | 2,997,639–3,029,292 | 20 |
顯示 12/48 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TLE2 是轉錄共抑制因子,能與多種轉錄因子結合,抑制由這些因子介導的轉錄活化。它在 Wnt 訊號中的明確作用包括抑制 CTNNB1 與 TCF 家族成員所介導的轉錄活化;因此,來源支持的功能重點是調節轉錄輸出,而非啟動該類轉錄反應。
TLE2 的抑制作用涉及與轉錄因子的結合,並非單獨描述為直接作用於 DNA。它可與 LEF1、TCF7、TCF7L1、TCF7L2、UTY、HES1 及 HES5 結合;其中對 Wnt 訊號的功能敘述特別指出 CTNNB1 與 TCF 家族成員所介導的活化受到抑制。來源未進一步說明這些結合在各情境中的具體分子步驟,因此不宜將不同互作對象一概視為具有相同的下游效果。
TLE 家族成員亦可彼此形成同源或異源寡聚體,提供家族成員共同組成複合體的依據。不過,來源並未將每一種寡聚體形式與特定轉錄因子或轉錄結果逐一連結,故其功能意義應限於家族成員間的組裝關係。
此外,TLE 家族全長蛋白質的作用可能受到 dominant-negative AES 結合所調節。這項描述標示為相似性推論(By similarity),並未在來源中界定調節方向或具體條件;因此只能指出 AES 可能影響全長 TLE 家族蛋白質的作用,不能進一步推定其對 TLE2 的確切效果。
Promoter 與基因調控
>TLE2 ENST00000262953 GRCh38 chr19:3029180-3030280 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GCTGTGGTTCTTCCAGTTCTGAGTGGGACACGGCTCCTGCCTTCAAGAAACCCAGTCTGAGAGGGGAGAC AGCCCAGTCCACTGGTGATGGCAGTAGGAACACAATTCCCATCTGTGGAAGTTTGCTCTGTGTAGGGAGA GGCTGACAGCGTTCATGCACTATCTCATTTAAGTGCAGTGCCCAGTGCGGTGGCTCCCGCCCGTAATCCC AGCACTTTGGAAGGCCGAAGAGAGAGGCTTGAGTCCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGGCAACATAGTGAG ACGCCCCCCTACTCCATCTCTGCAAAAAATTAAAAAATTAGCTGGGCGTGGTGGTGCACACCTGTAGTCC CAGCTACTGGAGAAGCTGAGGGGGAAGGATCGCTTGAGCCCAGGAGTTCGAGGCTGCAGTGAGCCATGAT TGCCCCACTGTACTCCAGCCTGGGCAACACAGGGAGACCCTATCTCTGCAAAAAATTAAACCCTAAAGAT AGCGCACCACCCCTGACCTTTTGCAGAGACTACTGAGGCCCCCAGAGGGCGAGGGCCCGGCATGATCTGG GAAGCAGTGTTTGCTGTGAGATTCCCTTTCTGGCAGGGTTCCCTGCCAGCGCTTGGCAAGGCTGCGTCCT GCTGACCCTTCAATCTCAACCCAATGTCACTTGCTCAGAAAAGCCATTTCCGACTCCAGACTGGTCCCCG CTCCCCGCAAGCCCCCCCCCCCGCTCCCACGGTGGGTAACACGGTGTGAATTTCTTCACTGGTTTTTCTT CTCCCGCCCCTCCGGGAGGGGGTGGGGACCCTGTTTTAAGGCACTGGGCGCCTCCCCACCCGGCCTCAGT TTCCCCAACGGCCCAGGGACTGAAGGAAGGGGGCGGGTGCCCGGGGGCCGGGGGGGGCGCGGGCGCGGGG AGGGGCGGTGCGCGGGGGTGGGCGCGGGGCGGGCCGCGGGCGCGTGGGGGCGGCGGCGCCACCTTAAGGC GGCTCAGCCCGCGGCTCCCGGCCGAGCCCCGCCGGAGGGAGGCGGCTCCGCGCGGGGCCCGCCGCCCGCG CCGCCGCCACCGAAACCCGGCCGCGGCGCGCCCGACCTTCTGCGCCGGCTG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TLE2_1 ↗ | 19:3,029,257 | 負股 | 3,029,247–3,029,306 |
| TLE2_2 ↗ | 19:3,047,812 | 負股 | 3,047,802–3,047,861 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_CB4S · enhancer · 3024642–3025758 · regulatory
ENSR19_937G7 · enhancer · 3027998–3028345 · regulatory
ENSR19_937GB · promoter · 3028346–3028846 · regulatory
ENSR19_BL89 · promoter · 3029003–3029801 · regulatory
ENSR19_5P8FK · CTCF_binding_site · 3029298–3029319 · regulatory
ENSR19_84DZ4 · enhancer · 3030981–3031156 · regulatory
· motif · 3024597–3024611 · motif
· motif · 3024597–3024611 · motif
· motif · 3029300–3029316 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:743 aa
TLE2 蛋白質長 743 個胺基酸,屬於 WD repeat Groucho/TLE 家族。其區域註解包括 Q domain、GP domain、CcN domain 和 SP domain,並有六段 WD 重複序列。另有數段被註解為無序區,且在 214–217 位標示核定位訊號。
蛋白質三維結構
細胞內定位
來源未提供定位變動條件、不同異構型的定位差異,亦未提及需與其他蛋白質區分的定位資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- DDB1Q16531 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
TLE2 可與其他 TLE 家族成員形成同源寡聚體或異源寡聚體,並與 LEF1、TCF7、TCF7L1、TCF7L2、UTY、HES1 及 HES5 結合。來源列出這些結合與組裝關係,但未說明各互作的具體條件或是否構成同一複合體。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TLE2 是轉錄共抑制因子,可與多種轉錄因子結合;在 Wnt 訊號中,它會抑制 CTNNB1 與 TCF 家族成員所介導的轉錄活化。TLE 家族全長蛋白質的作用可能受 dominant-negative AES 結合調節,但此項描述屬相似性推論。 | 推論支持 | 證據與來源Transcriptional corepressor that binds to a number of transcription factors. Inhibits the transcriptional activation mediated by CTNNB1 and TCF family members in Wnt signaling. The effects of full-length TLE family members may be modulated by association with dominant-negative AES (By similarity) |
| 交互作用 | TLE2 可與其他家族成員形成同源寡聚體或異源寡聚體,並與 LEF1、TCF7、TCF7L1、TCF7L2、UTY、HES1 及 HES5 結合。來源未進一步描述這些互作的條件或功能後果。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Homooligomer and heterooligomer with other family members. Binds LEF1, TCF7, TCF7L1, TCF7L2, UTY, HES1 and HES5 |
| 細胞定位 | TLE2 定位於細胞核。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
GCCGAGCCCCGCCGGAGGGAGGCGGCTCCGCGCGGGGCCC40GCCGCCCGCGCCGCCGCCACCGAAACCCGGCCGCGGCGCG80CCCGACCTTCTGCGCCGGCTGCCGCGGCCGCCCTCGCCGC120GCTCCCGCCCCGGCCGCTGCCCCTGCCCGCCCCGCTCGCC160CCGCGCACCCCAACCCGGGGAGGGGCTCCCACGACCCCGG200GCGCGCGCGCTTGGGGGCGCGCCAGGGACTCCAGGGTCCC240TTGCCCCGCGCCGCTTCTCCCTCCTCCCTCTTTCTTCGGG280CAGCCTCCCCACCACCCCACTTCAGCCTCCCCCACTCTTG320CCGCCTCCATATCATCAAGCTCTGGTGGCGCCTGGGGGGC360TTTTCGGATCGGCAGGATGTACCCCCAGGGAAGGCACCCG400ACCCCGCTCCAGTCCGGCCAGCCCTTCAAGTTCTCGATCT440TGGAGATCTGCGACCGCATCAAAGAAGAATTCCAGTTTCT480TCAGGCTCAATACCACAGCCTCAAGCTAGAATGTGAGAAG520CTGGCCAGCGAGAAGACGGAAATGCAGCGACATTATGTCA560TGTATTATGAGATGTCGTACGGGCTCAACATTGAAATGCA600TAAGCAGGCGGAGATTGTGAAGCGTCTGAGCGGTATCTGC640GCTCAGATTATCCCCTTCCTGACCCAGGAGCATCAGCAGC680AGGTGCTCCAGGCCGTAGAACGCGCCAAGCAGGTCACCGT720GGGGGAGCTGAACAGCCTCATCGGGCAGCAGCTCCAGCCG760CTGTCCCACCACGCACCCCCTGTGCCCCTCACCCCCCGCC800CAGCCGGGCTGGTGGGCGGCAGTGCTACGGGGCTGCTTGC840TCTGTCTGGAGCCCTGGCTGCCCAGGCTCAGCTGGCGGCG880GCTGTCAAGGAGGACCGTGCGGGCGTGGAGGCCGAGGGGT920CCAGAGTGGAGAGAGCCCCGAGCAGGAGTGCATCTCCCTC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。