基因總覽
TIMP metallopeptidase inhibitor 1 是由 TIMP1 編碼的蛋白質，屬於 protease inhibitor I35（TIMP）家族。其蛋白質序列長 207 個胺基酸，包含 N 端訊號序列及 NTR 結構域，並具有與 metalloproteinase 結合相關的區域。除了作為 metalloproteinase inhibitor，TIMP1 也具有生長因子作用，可調節細胞分化、遷移與細胞死亡，並參與細胞訊號傳遞。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000218388 ★ | 47,582,436–47,586,789 | 6 |
| ENST00000456754 | 47,582,227–47,586,023 | 4 |
| ENST00000905034 | 47,582,227–47,586,793 | 4 |
| ENST00000905035 | 47,582,227–47,586,788 | 6 |
| ENST00000905036 | 47,582,227–47,586,787 | 6 |
| ENST00000951185 | 47,582,227–47,586,793 | 6 |
| ENST00001056906 | 47,582,227–47,586,788 | 6 |
| ENST00001066673 | 47,582,227–47,586,791 | 6 |
| ENST00001096419 | 47,582,227–47,586,793 | 6 |
| ENST00001096420 | 47,582,227–47,586,793 | 6 |
| ENST00001096421 | 47,582,227–47,586,793 | 5 |
| ENST00001096422 | 47,582,227–47,586,793 | 7 |
顯示 12/18 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TIMP1 可藉由與目標 metalloproteinase 形成一對一複合體抑制其活性。它結合目標蛋白質的催化性鋅輔因子，使其不可逆失活；作用對象包括多種 collagenase，以及 MMP1、MMP2、MMP3、MMP7、MMP8、MMP9、MMP10、MMP11、MMP12、MMP13 和 MMP16。來源指出，TIMP1 不作用於 MMP14。
除抑制 metalloproteinase 外，TIMP1 也可作為生長因子，調節細胞分化、遷移及細胞死亡。它能透過 CD63 與 ITGB1 活化細胞訊號級聯反應，並參與 integrin 訊號傳遞。這些作用使 TIMP1 同時具有酵素抑制與細胞訊號調節功能。
在體外，TIMP1 可促進紅血球生成；與 IL3 不同，此作用具有物種特異性，僅刺激人類與小鼠的紅系前驅細胞生長及分化。
Promoter 與基因調控
>TIMP1 ENST00000218388 GRCh38 chrX:47581436-47582536 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GGATGGGGTGGGGATTAGTTTTCTACTGACCCACTCACTTGCTTCTTTCACCATCATTCATGGCCACCCC CTTCCCAATGCTCATTCATTCACCCGCACCATTCCCTGCTTGCTAGGACGGTGCCACTCCTGAGTTACAA CCCTGGTGCCAGGTAGCCTCTGTTTGAATCCCGGCCATGCCCTGTGATCTTAGGAAAATTCTACAGTTCC TCTACGCCCCATATTTCCTCATCCGTAAAACGGGAATAAGAACCGGTACCCATCTCAGAGATTTGTTGTG AGCTTTGAGTGAGATAAACTATGCTGAGTGCCTGGTATACAGTAGGTGCTGTATAAATGCCGGCTATTTG CCTGTGTTATTTGAGACCCTGGCTTTGGCTCCTGGCCACCTGAGTTCCAGTCTCAGTTCTGCCATGTATT GACTCTGTGATCCTGGGTAAGTCACTTAACCACTCCGTGCCTCAGTTTCCCCATTTTGTATTCCTCCCCT TTCACCTGCCTTATCTCCCTCCACTGCTGCTACTTAATTTGTTTCCTCTCTGCCACCCCTCACCAGCATG TCAGACATACAAAACAAGGGATTTTTGTGTGCTTGGCACACAGTAGATGCACAATAAATGTTGAAGGGCT GAACTAATTTGGGTTTGAGTCATAGGGAGCTTGGGGGATGTGGGTGATTGGATAGATTCTGGAGACTTTA GGGGACTGGGCCGGGGGAAATGCGGCCTCTAAGCTCTCCGCTGAGGCGGCTTGGAAGGAATAGTGACTGA CGTGGAGGTGGGGGAGGTGGCTGGCCCGGGCGAGGCCCAGGGAGAGGGAGAGGAGGCGGGTGGGAGAGGA GGAGGGTGTATCTCCTTTCGTCGGCCCGCCCCTTGGCTTCTGCACTGATGGTGGGTGGATGAGTAATGCA TCCAGGAAGCCTGGAGGCCTGTGGTTTCCGCACCCGCTGCCACCCCCGCCCCTAGCGTGGACATTTATCC TCTAGCGCTCAGGCCCTGCCGCCATCGCCGCAGATCCAGCGCCCAGAGAGACACCAGAGGTAAGCAGGGC CCGGGGTGGCCCAGCAGGGACCGGAGCTGGGCTGCAGCTTGGGTGCTGGCC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TIMP1_2 ↗ | X:47,582,305 | 正股 | 47,582,256–47,582,315 |
| TIMP1_1 ↗ | X:47,582,439 | 正股 | 47,582,390–47,582,449 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSRX_83DQQC · enhancer · 47577501–47577755 · regulatory
ENSRX_BCFXM · enhancer · 47579513–47580039 · regulatory
ENSRX_BCFXZ · promoter · 47581918–47582460 · regulatory
ENSRX_83DQT7 · enhancer · 47582461–47582680 · regulatory
ENSRX_83DQXW · open_chromatin_region · 47587170–47587307 · regulatory
· motif · 47579653–47579667 · motif
· motif · 47579653–47579667 · motif
· motif · 47581788–47581803 · motif
· motif · 47581788–47581803 · motif
· motif · 47582146–47582163 · motif
· motif · 47582252–47582265 · motif
· motif · 47582334–47582342 · motif
· motif · 47582357–47582372 · motif
· motif · 47582364–47582372 · motif
· motif · 47582372–47582385 · motif
· motif · 47582384–47582397 · motif
· motif · 47582431–47582448 · motif
· motif · 47582432–47582442 · motif
· motif · 47587133–47587145 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：207 aa
TIMP1 前 1–23 個胺基酸為訊號序列，NTR 結構域位於第 24–147 個胺基酸。第 24–27、90–91 與 179–180 位胺基酸區域與 metalloproteinase 結合有關。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TIMP1 的定位註記為分泌。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
細胞外定位：圓點散佈於細胞周圍，與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- CD63P08962 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- CD82P27701 · UniProt INTERACTION · 11 experiments
- COL5A1P20908 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
TIMP1 與 MMP1、MMP3、MMP10 及 MMP13 互作；對 MMP14 則僅有非常低的親和力。它也與 CD63 互作，並曾被鑑定存在於包含 CD63 與 ITGB1 的複合體中。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TIMP1 與目標 metalloproteinase（包括 collagenase）形成一對一複合體，結合其催化性鋅輔因子並使之不可逆失活；作用對象包括 MMP1、MMP2、MMP3、MMP7、MMP8、MMP9、MMP10、MMP11、MMP12、MMP13 與 MMP16，但不作用於 MMP14。它也透過 CD63 和 ITGB1 調節細胞分化、遷移、細胞死亡及訊號傳遞，並參與 integrin 訊號。在體外可促進紅血球生成，且不同於 IL3，僅刺激人類與小鼠紅系前驅細胞生長及分化。 | 含實驗來源 | 證據與來源Metalloproteinase inhibitor that functions by forming one to one complexes with target metalloproteinases, such as collagenases, and irreversibly inactivates them by binding to their catalytic zinc cofactor. Acts on MMP1, MMP2, MMP3, MMP7, MMP8, MMP9, MMP10, MMP11, MMP12, MMP13 and MMP16. Does not act on MMP14. Also functions as a growth factor that regulates cell differentiation, migration and cell death and activates cellular signaling cascades via CD63 and ITGB1. Plays a role in integrin signaling. Mediates erythropoiesis in vitro; but, unlike IL3, it is species-specific, stimulating the growth and differentiation of only human and murine erythroid progenitors PMID 1420137 ↗ · PMID 16917503 ↗ · PMID 17050530 ↗ · PMID 1730286 ↗ · PMID 20545310 ↗ · PMID 22427646 ↗ · PMID 24635319 ↗ · PMID 3839290 ↗ · PMID 3903517 ↗ · PMID 8541540 ↗ · PMID 8576151 ↗ · PMID 9065415 ↗ |
| 交互作用 | TIMP1 與 MMP1、MMP3、MMP10 及 MMP13 互作，對 MMP14 的親和力則非常低。TIMP1 也與 CD63 互作，並被鑑定存在於包含 CD63 和 ITGB1 的複合體中。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with MMP1, MMP3, MMP10 and MMP13, but has only very low affinity for MMP14. Interacts with CD63; identified in a complex with CD63 and ITGB1 PMID 12834347 ↗ · PMID 16917503 ↗ · PMID 17050530 ↗ · PMID 20545310 ↗ · PMID 22427646 ↗ · PMID 23522389 ↗ · PMID 8541540 ↗ · PMID 8576151 ↗ · PMID 9065415 ↗ · PMID 9288970 ↗ |
| 細胞定位 | Secreted | 含實驗來源 | 證據與來源Secreted PMID 1730286 ↗ · PMID 24635319 ↗ · PMID 3010309 ↗ · PMID 3839290 ↗ · PMID 3903517 ↗ · PMID 8541540 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GCCATCGCCGCAGATCCAGCGCCCAGAGAGACACCAGAGA40ACCCACCATGGCCCCCTTTGAGCCCCTGGCTTCTGGCATC80CTGTTGTTGCTGTGGCTGATAGCCCCCAGCAGGGCCTGCA120CCTGTGTCCCACCCCACCCACAGACGGCCTTCTGCAATTC160CGACCTCGTCATCAGGGCCAAGTTCGTGGGGACACCAGAA200GTCAACCAGACCACCTTATACCAGCGTTATGAGATCAAGA240TGACCAAGATGTATAAAGGGTTCCAAGCCTTAGGGGATGC280CGCTGACATCCGGTTCGTCTACACCCCCGCCATGGAGAGT320GTCTGCGGATACTTCCACAGGTCCCACAACCGCAGCGAGG360AGTTTCTCATTGCTGGAAAACTGCAGGATGGACTCTTGCA400CATCACTACCTGCAGTTTTGTGGCTCCCTGGAACAGCCTG440AGCTTAGCTCAGCGCCGGGGCTTCACCAAGACCTACACTG480TTGGCTGTGAGGAATGCACAGTGTTTCCCTGTTTATCCAT520CCCCTGCAAACTGCAGAGTGGCACTCATTGCTTGTGGACG560GACCAGCTCCTCCAAGGCTCTGAAAAGGGCTTCCAGTCCC600GTCACCTTGCCTGCCTGCCTCGGGAGCCAGGGCTGTGCAC640CTGGCAGTCCCTGCGGTCCCAGATAGCCTGAATCCTGCCC680GGAGTGGAAGCTGAAGCCTGCACAGTGTCCACCCTGTTCC720CACTCCCATCTTTCTTCCGGACAATGAAATAAAGAGTTAC760CACCCAGCA769cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。