演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

TIMMDC1FLJ22597

translocase of inner mitochondrial membrane domain containing 1

TIMMDC1 編碼粒線體內膜多重跨膜蛋白,作為伴護蛋白參與粒線體複合體 I 的組裝,並協助構築其膜臂。

Homo sapiens3q13.33UniProt Q9NPL8
OFFICIAL SYMBOL
TIMMDC1
CHROMOSOME
3
UNIPROT
Q9NPL8
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

TIMMDC1(translocase of inner mitochondrial membrane domain containing 1)是蛋白質編碼基因,其產物為粒線體內膜蛋白,屬於 Tim17/Tim22/Tim23 家族。蛋白質長 285 個胺基酸,序列包含多個跨膜區段;來源註記了四段螺旋型跨膜區域。其主要角色與粒線體複合體 I 的組裝相關。

Official symbol
TIMMDC1
Gene name
translocase of inner mitochondrial membrane domain containing 1
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:1321
UniProt
Q9NPL8
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
FLJ22597C3orf1

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 33q13.33
chr3 · 198,295,559 bp · GRCh38chr3p26.3 · 1–2800000 · gpos50chr3p26.2 · 2800001–4000000 · gnegchr3p26.1 · 4000001–8100000 · gpos50chr3p25.3 · 8100001–11600000 · gnegchr3p25.2 · 11600001–13200000 · gpos25chr3p25.1 · 13200001–16300000 · gnegchr3p24.3 · 16300001–23800000 · gpos100chr3p24.2 · 23800001–26300000 · gnegchr3p24.1 · 26300001–30800000 · gpos75chr3p23 · 30800001–32000000 · gnegchr3p22.3 · 32000001–36400000 · gpos50chr3p22.2 · 36400001–39300000 · gnegchr3p22.1 · 39300001–43600000 · gpos75chr3p21.33 · 43600001–44100000 · gnegchr3p21.32 · 44100001–44200000 · gpos50chr3p21.31 · 44200001–50600000 · gnegchr3p21.2 · 50600001–52300000 · gpos25chr3p21.1 · 52300001–54400000 · gnegchr3p14.3 · 54400001–58600000 · gpos50chr3p14.2 · 58600001–63800000 · gnegchr3p14.1 · 63800001–69700000 · gpos50chr3p13 · 69700001–74100000 · gnegchr3p12.3 · 74100001–79800000 · gpos75chr3p12.2 · 79800001–83500000 · gnegchr3p12.1 · 83500001–87100000 · gpos75chr3p11.2 · 87100001–87800000 · gnegchr3p11.1 · 87800001–90900000 · acenchr3q11.1 · 90900001–94000000 · acenchr3q11.2 · 94000001–98600000 · gvarchr3q12.1 · 98600001–100300000 · gnegchr3q12.2 · 100300001–101200000 · gpos25chr3q12.3 · 101200001–103100000 · gnegchr3q13.11 · 103100001–106500000 · gpos75chr3q13.12 · 106500001–108200000 · gnegchr3q13.13 · 108200001–111600000 · gpos50chr3q13.2 · 111600001–113700000 · gnegchr3q13.31 · 113700001–117600000 · gpos75chr3q13.32 · 117600001–119300000 · gnegchr3q13.33 · 119300001–122200000 · gpos75chr3q21.1 · 122200001–124100000 · gnegchr3q21.2 · 124100001–126100000 · gpos25chr3q21.3 · 126100001–129500000 · gnegchr3q22.1 · 129500001–134000000 · gpos25chr3q22.2 · 134000001–136000000 · gnegchr3q22.3 · 136000001–139000000 · gpos25chr3q23 · 139000001–143100000 · gnegchr3q24 · 143100001–149200000 · gpos100chr3q25.1 · 149200001–152300000 · gnegchr3q25.2 · 152300001–155300000 · gpos50chr3q25.31 · 155300001–157300000 · gnegchr3q25.32 · 157300001–159300000 · gpos50chr3q25.33 · 159300001–161000000 · gnegchr3q26.1 · 161000001–167900000 · gpos100chr3q26.2 · 167900001–171200000 · gnegchr3q26.31 · 171200001–176000000 · gpos75chr3q26.32 · 176000001–179300000 · gnegchr3q26.33 · 179300001–183000000 · gpos75chr3q27.1 · 183000001–184800000 · gnegchr3q27.2 · 184800001–186300000 · gpos25chr3q27.3 · 186300001–188200000 · gnegchr3q28 · 188200001–192600000 · gpos75chr3q29 · 192600001–198295559 · gnegTIMMDC1pq1 bp198,295,559 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr3:119,498,515–119,525,090
Gene span
26,576 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000494664 ★119,498,547–119,525,0907
ENST00000493694119,498,515–119,525,0903
ENST00000854204119,498,515–119,525,0907
ENST00000854205119,498,515–119,525,0906
ENST00000854206119,498,515–119,525,0906
ENST00000935160119,498,515–119,525,0902
ENST00001122497119,498,515–119,525,0903
ENST00001138459119,498,515–119,525,0907
ENST00000466984119,498,581–119,517,3154

顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

TIMMDC1 是粒線體 NADH:ubiquinone oxidoreductase 複合體(複合體 I)組裝所需的伴護蛋白。來源指出,它參與複合體 I 的膜臂構築,支持其作用與複合體組裝過程相關,而非僅描述成熟複合體的存在。

複合體 I 的組裝並非單一步驟完成;TIMMDC1 也與尚未完全組裝的複合體 I 中間型次複合體有關。這項關聯提供了其參與組裝過程的具體脈絡:它涉及尚在形成中的複合體,並與膜臂的建構相連。現有資料未進一步說明其直接分子作用方式或各組裝步驟的先後關係,因此不宜推定更詳細的機制。

複合體 I 是粒線體呼吸鏈的一部分,而來源將 TIMMDC1 的功能描述聚焦於該複合體的建構。因而,TIMMDC1 的功能意義在於協助形成複合體 I 的膜臂,並參與複合體尚未完成組裝時的相關過程;來源沒有提供其對呼吸作用或其他細胞表型的直接測量結果。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 119498547 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>TIMMDC1 ENST00000494664 GRCh38 chr3:119497547-119498647 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
TATTCTACTACAGTGTGGCAGTTTTGATTGACAACTAGAAAGGAATCAAGGAGGTGAAGGGATTGGCAAA
ATGAATAAGGGAGTATGCTTGTTAACAAGGATTGAATGAAATTACACGAATATTGAGAATATTTTAAATG
CATTCATTTTAATGAAAACTGTACTTCGAAGCATATGTTAGCAGAGGTTGTAGTGACGGCAAATTATACA
AACACTTGATAGAAATTCCAGAAATTCTCCTGCCTTTTGAGAAGCAGTAGGCATATGAACTAAAGGGAGT
GAAATCCACCTTAGGAAGACCTGCCAAAAAGCTGATTCTTCAAAAAAGTGTTCTCGAAATCTTAGTGTAA
CTGGCACCAACACCCATCCCCAATGCCTCGTTTTTTTTCCAGCAGAACTGACAAGGTACAAACGGACCCC
GCCCAGCCTGGAAGGCTTCTCTAATGTTGGCAGAGTAGGTTGGACTTGTTTTTGCACAAATCGCCTTTCC
CTCTTTCCCTACTCCACTTGCACTGAATATTGCACTTTCTTCCTTACTGAAGCGGGATTCCTGCCTTTTT
TTTTTTTTTTTGAGACAGATTTTCGCTCTTGTTGCCCAGGCTGCAGTGCAGTGGTGTGATCTCGGCTCAC
TGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTACCTCAGCCTCCCGAGTAGCTAGGATTACAGGCG
CCCGCCACCATGCCCGGCTAATTCCTGGCATTTTAAATACGATAAATTACTTCAACCTATGACCACCTCA
AGCTGAATATAAGTAGCCGCAGACACCGTTTGCATGACCCAGGAACCACAAACACGGAGCGAAGGCCTGC
CGGGACCACGCTGAGCTTCACTACTGGCAGCCAACTCACTTCCGGGGGTGCACTCAGCACAGCAGTGGCC
CAACCCGCCCTCAACCGGAAGTCTTTTGGGCTCCGGCTTCGCCGTCGCCCCGCCCCCTGGCCTTTGCCCC
GGTCGGGCGGGACTTCCTGTGTCGTATTTCCAAGGACTCCAAAGCGAGGCCGGGGACTGAAGGTGTGGGT
GTCGAGCCCTCTGGCAGAGGGTTAACCTGGGTCAAATGCACGGATTCTCAC
TIMMDC1 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
TIMMDC1_1 ↗3:119,498,550正股119,498,501–119,498,560

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:285 aa

1 aa285 aa跨膜區
依 Q9NPL8 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

TIMMDC1 蛋白質長 285 個胺基酸,屬於 Tim17/Tim22/Tim23 家族。序列註記四段螺旋型跨膜區域,位置分別為第 80–100、137–159、165–185 與 189–209 個胺基酸。

跨膜區Helical80–100 aa
跨膜區Helical137–159 aa
跨膜區Helical165–185 aa
跨膜區Helical189–209 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · Q9NPL8…

AlphaFold · Q9NPL8

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Mitochondrion membrane

TIMMDC1 定位於粒線體膜,並被註記為多重跨膜蛋白。 來源未提供定位隨條件改變或不同異構型之差異資訊。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 50 個夥伴 · 最多顯示 50 個
FLJ22597TIMMDC1AGR3ANKRD46APOC4APOL3ARL6IP6ARLNATP6AP2BCAP31C5orf46CCL4CDS2CMTM2CREB3L1CYP4F12DCBLD2DIABLODRAM1EPGNFAM20BFAM210BFATE1FXYD3GJB2GPR151GPR152GPX8HSD17B13IFNA2KIR2DL4LHFPL5MARCHF5MFSD14BMFSD5NDUFB11NINJ1NRACPEX5PIGFPTPN1PTPRNRNF24SCAMP5SCDSERF1BSERP2SLC35E4SLC35F6ST6GAL2STX12STX6
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 64 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

TIMMDC1 與尚未完全組裝的複合體 I 中間型 315 kDa 次複合體相關,並與 TMEM70 有互作紀錄。資料未進一步界定這些關係是否代表直接結合或完整複合體中的固定組成。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

TIMMDC1 基因變異與粒線體複合體 I 缺乏症、核型 31(MC1DN31)相關,該病的遺傳方式符合常染色體隱性遺傳。粒線體複合體 I 缺乏症可呈現不同嚴重程度,臨床表現從新生兒期致死疾病到成人發病的神經退化性疾病不等;列出的表現包括大頭症合併進行性白質失養症、非特異性腦病變、心肌病變、肌病變、肝病、Leigh syndrome、Leber hereditary optic neuropathy 及部分 Parkinson disease。這些疾病表現屬於疾病類別的描述,來源未指出每種表現皆見於 MC1DN31。

個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

4 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 4 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能TIMMDC1 是參與粒線體 NADH:ubiquinone oxidoreductase 複合體(複合體 I)組裝的伴護蛋白,並參與構築複合體 I 的膜臂。含實驗來源
證據與來源

Chaperone protein involved in the assembly of the mitochondrial NADH:ubiquinone oxidoreductase complex (complex I). Participates in constructing the membrane arm of complex I

PMID 24191001 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用TIMMDC1 與尚未完全組裝的複合體 I 中間型 315 kDa 次複合體相關,並與 TMEM70 有互作紀錄;來源未說明這些關係是否為直接結合。含實驗來源
證據與來源

Associates with the intermediate 315 kDa subcomplex of incompletely assembled complex I. Interacts with TMEM70

PMID 24191001 ↗ · PMID 33753518 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位TIMMDC1 位於粒線體膜,並被描述為多重跨膜蛋白;該定位資料未提供條件變化或異構型差異。含實驗來源
證據與來源

Mitochondrion membrane / Multi-pass membrane protein

PMID 24191001 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

疾病關聯TIMMDC1 基因變異與粒線體複合體 I 缺乏症、核型 31(MC1DN31)相關,遺傳方式符合常染色體隱性遺傳。此類疾病嚴重度不一,可從新生兒期致死到成人發病的神經退化性疾病;描述的表現包括大頭症合併進行性白質失養症、腦病變、心肌病變、肌病變、肝病、Leigh syndrome、Leber hereditary optic neuropathy 及部分 Parkinson disease,並非表示每種表現皆屬於 MC1DN31。含實驗來源
證據與來源

Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 31 MC1DN31 A form of mitochondrial complex I deficiency, the most common biochemical signature of mitochondrial disorders, a group of highly heterogeneous conditions characterized by defective oxidative phosphorylation, which collectively affects 1 in 5-10000 live births. Clinical disorders have variable severity, ranging from lethal neonatal disease to adult-onset neurodegenerative disorders. Phenotypes include macrocephaly with progressive leukodystrophy, non-specific encephalopathy, cardiomyopathy, myopathy, liver disease, Leigh syndrome, Leber hereditary optic neuropathy, and some forms of Parkinson disease. MC1DN31 transmission pattern is consistent with autosomal recessive inheritance. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 618251

PMID 28604674 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 4 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000494664 · 2,379 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1GTCGTATTTCCAAGGACTCCAAAGCGAGGCCGGGGACTGA40
41AGGTGTGGGTGTCGAGCCCTCTGGCAGAGGGTTAACCTGG80
81GTCAAATGCACGGATTCTCACCTCGTACAGTTACGCTCTC120
121CCGCGGCACGTCCGCGAGGACTTGAAGTCCTGAGCGCTCA160
161AGTTTGTCCGTAGGTCGAGAGAAGGCCATGGAGGTGCCGC200
201CACCGGCACCGCGGAGCTTTCTCTGTAGAGCATTGTGCCT240
241ATTTCCCCGAGTCTTTGCTGCCGAAGCTGTGACTGCCGAT280
281TCGGAAGTCCTTGAGGAGCGTCAGAAGCGGCTTCCCTACG320
321TCCCAGAGCCCTATTACCCGGAATCTGGATGGGACCGCCT360
361CCGGGAGCTGTTTGGCAAAGATGAACAGCAGAGAATTTCA400
401AAGGACCTTGCTAATATCTGTAAGACGGCAGCTACAGCAG440
441GCATCATTGGCTGGGTGTATGGGGGAATACCAGCTTTTAT480
481TCATGCTAAACAACAATACATTGAGCAGAGCCAGGCAGAA520
521ATTTATCATAACCGGTTTGATGCTGTGCAATCTGCACATC560
561GTGCTGCCACACGAGGCTTCATTCGTTATGGCTGGCGCTG600
601GGGTTGGAGAACTGCAGTGTTTGTGACTATATTCAACACA640
641GTGAACACTAGTCTGAATGTATACCGAAATAAAGATGCCT680
681TAAGCCATTTTGTAATTGCAGGAGCTGTCACGGGAAGTCT720
721TTTTAGGATAAACGTAGGCCTGCGTGGCCTGGTGGCTGGT760
761GGCATAATTGGAGCCTTGCTGGGCACTCCTGTAGGAGGCC800
801TGCTGATGGCATTTCAGAAGTACTCTGGTGAGACTGTTCA840
841GGAAAGAAAACAGAAGGATCGAAAGGCACTCCATGAGCTA880
881AAACTGGAAGAGTGGAAAGGCAGACTACAAGTTACTGAGC920
921ACCTCCCTGAGAAAATTGAAAGTAGTTTACAGGAAGATGA960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。