基因總覽
translocase of inner mitochondrial membrane 8A 是蛋白質編碼基因,其產物 TIMM8A 屬於 small Tim 家族,是粒線體膜間腔中的伴護蛋白。蛋白質全長 97 個胺基酸,具有位於第 43 至 66 個胺基酸的 Twin CX3C motif。TIMM8A 可與 TIMM13 組成可溶性複合體,參與粒線體膜蛋白前驅物的運送。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000372902 ★ | 101,345,661–101,348,742 | 2 |
| ENST00001006678 | 101,320,050–101,349,001 | 3 |
| ENST00001104699 | 101,341,052–101,349,001 | 3 |
| ENST00001128242 | 101,341,052–101,349,001 | 2 |
| ENST00000894322 | 101,345,652–101,348,746 | 2 |
| ENST00000644112 | 101,345,661–101,348,742 | 2 |
| ENST00000940411 | 101,345,661–101,349,001 | 2 |
| ENST00001104700 | 101,345,661–101,349,001 | 2 |
| ENST00000940410 | 101,345,663–101,349,001 | 2 |
| ENST00001104701 | 101,345,669–101,349,001 | 2 |
| ENST00001104703 | 101,346,160–101,348,742 | 2 |
| ENST00001104704 | 101,346,249–101,348,746 | 2 |
顯示 12/13 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TIMM8A 是粒線體膜間腔伴護蛋白,參與部分多次跨膜蛋白輸入並嵌入粒線體內膜的過程。它也有助於將 β 桶狀蛋白前驅物從 TOM complex 傳遞至粒線體外膜的 sorting and assembly machinery(SAM complex),因此涉及不同類型粒線體膜蛋白的輸送路徑。
在膜間腔中,TIMM8A 以類伴護蛋白的方式作用,可保護疏水性前驅物,避免其聚集,並引導前驅物通過膜間腔。TIMM8A 與 TIMM13 組成的複合體負責媒介部分蛋白質的輸入,包括 TIMM23、SLC25A12/ARALAR1 與 SLC25A13/ARALAR2。相較之下,主要存在的 TIMM9-TIMM10 70 kDa 複合體負責媒介更多種類蛋白質的輸入。
這些作用使 TIMM8A 參與粒線體蛋白質的定位與膜插入。來源亦指出,TIMM8A 可能是正常神經發育所必需;此處為可能性描述,並未進一步界定其作用機制。
Promoter 與基因調控
>TIMM8A ENST00000372902 GRCh38 chrX:101348642-101349742 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GCACCTCTTCTTTGATTCCCTGGGATAGTGGCTTCTGAGCAAAGGCCAAGAAATTATTGTGCCTGAAATT TCCCGAGAGAATTAAGACAGACTGAATTTGCGATGAAAATATTTTTTAGGAGGGAGGATGTAAATAGCCG CACAAAGGGGTCCAACAGCTCTTTGAGTAGGCATTTGGTAGAGCTTGGGGGTGTGTGTGTGGGGGTGGAC CGAATTTGGCAAGAATGAAATGGTGTCATAAAGATGGGAGGGGAGGGTGTTTTGATAAAATAAAATTACT AGAAAGCTTGAAAGTCTTTGGTATCTCTATTAATCATGCAGCCTCCCTGAAGCGCCCTATCTCAGTATTC CAGAAAGCTGCTGTGTAGCATTAGTTTGGCATATTCCTACACTGAGAACTCGACAGGATCCTCCAGGTTT AAGCCCTCTTGTTAACTCCTGCCTCTGAATCAAAGATGCATTAAGCAAAAACAGTGCCTGTCACAGCACG CATGCAATGTTATTTGAATGAATCTGAAAGTTGGGCACAAACTGCCATAGCCTCATTTCCCTACGTCGGG AGAGGAAAACTCCATCAAAAAACGAAAGCCAGGGGCCCAGGATAGCCAACTAATCGACCCAGTCAACTAA CTGACCCAGTGCACAACTCTGGTAGCTCAGAAAACGCGGGCTAATTTGGAAGTGGACAGGGGCGGAGCTG TGGGGCCAGCACGGAATGGATCACGTGGTCTGAAGTAACTTCCTTTTCTCCTTTCTTTTCTTTTTGGAGT AACATCTCAACGGCACCTCGGCTCTGGGCTGTAAGCCCTGCGATCTCAAGGCGCAAGGCTGGGCGCAACG GCAGGGTTGCGGGGTTACGGGATTGCGGGGTCCGGGGAGTGGAACCCGCCGACTCCGGGAACGAAGCACC GGCGCCAAGGTGTGGGAGGCGGCGGGGTGGAGTTGGACGCCTGCCTCGCGCCGACGCAGTGCACTCACGG GGGCGGTCCCAGAGGCAGCTAGCTGTGGTTCCGGTTCCGTCGCGGAGACACGTGAAGGTCGGTGCGGAGT TCGTCTCTGCAAGCTTGGTCGCCCTGGGATGGATTCCTCCTCCTCTTCCTC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TIMM8A_1 ↗ | X:101,348,718 | 負股 | 101,348,708–101,348,767 |
| TIMM8A_2 ↗ | X:101,349,227 | 負股 | 101,349,217–101,349,276 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSRX_93H85H · promoter · 101348732–101349232 · regulatory
· motif · 101347687–101347702 · motif
· motif · 101347973–101347987 · motif
· motif · 101348001–101348010 · motif
· motif · 101348389–101348406 · motif
· motif · 101348602–101348619 · motif
· motif · 101348707–101348716 · motif
· motif · 101348707–101348716 · motif
· motif · 101348728–101348737 · motif
· motif · 101348962–101348977 · motif
· motif · 101349014–101349023 · motif
· motif · 101349014–101349023 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:97 aa
TIMM8A 蛋白質長 97 個胺基酸,屬於 small Tim 家族。其序列註解包含位於第 43 至 66 個胺基酸的 Twin CX3C motif。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TIMM8A 位於粒線體內膜的膜間腔側,並以周邊膜蛋白形式定位於膜上。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 13 個夥伴
- ARID3AQ99856 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BRK1Q8WUW1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- C1QTNF2Q9BXJ5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CAVIN3Q969G5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCT5P48643 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GLE1Q53GS7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HTTP42858 · UniProt INTERACTION · 15 experiments
- KRT15P19012 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- OIP5O43482 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SPRED1Q7Z699 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- STAM2O75886 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
- TIMM13Q9Y5L4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- WFS1O76024 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
TIMM8A 與 TIMM13 各以三個分子組成異源六聚體,稱為可溶性 70 kDa 複合體。此複合體與 TIM22 complex 有關聯;TIM22 complex 的核心由 TIMM22 組成。
疾病與遺傳關聯
Mohr-Tranebjaerg syndrome(MTS)是 X 連鎖隱性疾病,來源指出其由影響 TIMM8A 基因的變異所致。症狀包括幼年期開始的語言後感音神經性聽力損失,並可能伴隨肌張力不全、痙攣、吞嚥困難、認知退化、偏執及皮質性失明。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TIMM8A 是粒線體膜間腔伴護蛋白,參與部分多次跨膜蛋白輸入及嵌入內膜,也協助 β 桶狀前驅物由 TOM complex 傳至外膜 SAM complex。它可防止疏水性前驅物聚集並引導其通過膜間腔;TIMM8A-TIMM13 複合體媒介 TIMM23、SLC25A12/ARALAR1 和 SLC25A13/ARALAR2 等蛋白質輸入,TIMM9-TIMM10 70 kDa 複合體則媒介更多蛋白質輸入。TIMM8A 可能是正常神經發育所必需。 | 含實驗來源 | 證據與來源Mitochondrial intermembrane chaperone that participates in the import and insertion of some multi-pass transmembrane proteins into the mitochondrial inner membrane. Also required for the transfer of beta-barrel precursors from the TOM complex to the sorting and assembly machinery (SAM complex) of the outer membrane. Acts as a chaperone-like protein that protects the hydrophobic precursors from aggregation and guide them through the mitochondrial intermembrane space. The TIMM8-TIMM13 complex mediates the import of proteins such as TIMM23, SLC25A12/ARALAR1 and SLC25A13/ARALAR2, while the predominant TIMM9-TIMM10 70 kDa complex mediates the import of much more proteins. Probably necessary for normal neurologic development PMID 11489896 ↗ · PMID 15254020 ↗ |
| 交互作用 | TIMM8A 與 TIMM13 各有三個拷貝,組成名為可溶性 70 kDa 複合體的異源六聚體。該複合體與 TIM22 complex 有關聯,而 TIM22 complex 的核心由 TIMM22 組成。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Heterohexamer; composed of 3 copies of TIMM8A and 3 copies of TIMM13, named soluble 70 kDa complex. Associates with the TIM22 complex, whose core is composed of TIMM22 |
| 細胞定位 | TIMM8A 位於粒線體內膜的膜間腔側,並以周邊膜蛋白形式定位於膜上。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | Mohr-Tranebjaerg syndrome(MTS)是 X 連鎖隱性疾病,來源指出其由影響 TIMM8A 基因的變異所致。疾病特徵包括幼年期開始的語言後感音神經性聽力損失,以及肌張力不全、痙攣、吞嚥困難、認知退化、偏執和皮質性失明。 | 含實驗來源 | 證據與來源Mohr-Tranebjaerg syndrome MTS An X-linked recessive disorder characterized by postlingual sensorineural deafness with onset in early childhood, dystonia, spasticity, dysphagia, mental deterioration, paranoia and cortical blindness. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 304700 PMID 10878669 ↗ · PMID 11803487 ↗ · PMID 11875042 ↗ · PMID 11956200 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGCTGTGGTTCCGGTTCCGTCGCGGAGACACGTGAAGGTC40GGTGCGGAGTTCGTCTCTGCAAGCTTGGTCGCCCTGGGAT80GGATTCCTCCTCCTCTTCCTCCGCGGCGGGTTTGGGTGCA120GTGGACCCGCAGTTGCAGCATTTCATCGAGGTAGAGACTC160AAAAGCAGCGCTTCCAGCAGCTGGTGCACCAGATGACTGA200ACTTTGTTGGGAGAAGTGCATGGACAAGCCTGGGCCAAAG240TTGGACAGTCGGGCTGAGGCCTGTTTTGTGAACTGCGTTG280AGCGCTTCATTGATACAAGCCAGTTCATCTTGAATCGACT320GGAACAGACCCAGAAATCCAAGCCAGTTTTCTCAGAAAGC360CTTTCTGACTGATCTCAGCATTACCTCTTTGGAAAAGGAA400GGTAGTTCAAGAAATGAAGAGCTGTTGATGGGATGATTGA440AGAAACAGCTATGAGAGGATTGGCTCCCATCTTTTGTTAC480TCTTGGGACATCCTGTCATCTGAGAATGAACAAAGACCAA520TTTTTTGTGTGTGAAGCTTAAGGGTCATATGTTTGCTTGT560ATTTTTTAATGCTAATCTTGTGAAAATAATTGACAGGCGA600AAGAAAACTCTATTTAGATGCATATTACTGTACATGGGAC640TATGCTTTTCTCAAAGCCCCATTAACTGCTTCCTATAATT680TTGATAGTGGGACCACATACGTAAAAATCTCTCATTTGTG720TGGAGTCATTTCTGATTTCAGGGGAGATCCTTGTGTTTAT760CAGAAAGGGCAGAAGTAGGGGAAGAATAATTTGGTATCCT800TATCTAGTGTTTGATTGTCAATGCTGGAGAAAAATATCTG840TAAGAGTGTTTATACAGTACACTTCAGTTATCTTGATCTC880CCTTTCCTATATGATGATTTGCTTAAATATCCATATTAAG920TAAGTCTCAAGGTAGGGTAGGCAGCCTGAGAGTCTAGAGG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。