基因總覽
TIGD1 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 tigger transposable element derived 1。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 2q37.1。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000408957 ★ | 232,543,883–232,550,557 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>TIGD1 ENST00000408957 GRCh38 chr2:232550457-232551557 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AGTGGTGAATCTGGGACTAGAAATCCAGGTTTTCGGATGAAGAGACAGTCGATTTACTAGACTACTAGAA GAGAGGAAGGAACATATTCTACCTCAAGATACAATCCTTGGAGGGGGATAAGTAAAGATACTTCTGCATT TTCTCTCTGTACCTCCAAACTGTTTGATGCTGAAACTAGAAACCGGAGCGGGCAGGAGAGGGCAACAAGT ATACTTAGGTCTTGGCGAGTGTGTTGGAAGACGGGAACGGGAAGGGGAGGAGAAAGAAAGTAGGAAGAGT CTCAGGAAGATAATTCCTAAGCCAGCCTTCCACCGCGTCGAGGGCAGCAACCACATTACCTCATTGCATC CTCCAAACTCTACGACAAAGGGTGTTACCGTCCCCACTCTGCAGATGAGAAAACTGAGGCTCAGAGGGGA GAGGGAGTGTGTGGGGAAAGCTGGATTCAGAGGCAGCGCTGCCAGACTGCGGAAACACCCAAACCGCCGA GGTCCCCACCCCTCCACGTCGCAGGCAATCCGCATCCACCAGGGCGGGGCGTCCGAAAATCTCCCCCTAC CGGGCGGCACAGCCACCCCTCCCCCGGGCCCAGCTCTTCGCCCTCGGTTCGGACGGCCCTGGGGTCTCCG GGACTCCGGTATCCATTGCTCCCCAGCCCCCTCCTCCCCGCCAGTCCAGGCCAGGTCCGGCCGCAGCCGG ATCCCAGCAGGGAAGCCGGTGCCGCAGGGTTTGCGCCGCCCCAGCCCCAGCGGGGGCGGGCGCGGGGGAA CTGTTCGGGGAAGGGGCCCCGGGGGCGGCCACGAGCCACTCACGCGTCGAACTTGTTGTTCATCCTCTCG CCGCCGCTGTCGCCACTGCCTCAGGGAGTGACTTCCGCTCCACCGGGTCCCTCAGCCTTGGGCCCGGGTA CTTCCGGTTTTGCGCGGGGCGCAGCGGAACGTCGGCGCGCAGGCCCGGTTTGGAAGCGGCTATCTCGGGA CGCCAGCTCAGGGCGGCTGCGCAGAGGGCTGGACTCAGCGGCGGAGCTGGCTGCTGGCCTCAGTTCTGCC TCTGTCCAGGTCCTTGTGACCCGCCCGCTCTCCTAAGGGAGCGTGTCCTGG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR2_88SLCW · promoter · 232550547–232550714 · regulatory
ENSR2_CT439 · enhancer · 232550715–232551794 · regulatory
ENSR2_542NT22 · CTCF_binding_site · 232550991–232551012 · regulatory
· motif · 232550185–232550195 · motif
· motif · 232550323–232550335 · motif
· motif · 232550325–232550332 · motif
· motif · 232550601–232550612 · motif
· motif · 232550601–232550612 · motif
· motif · 232550636–232550649 · motif
· motif · 232550638–232550649 · motif
· motif · 232550638–232550649 · motif
· motif · 232550640–232550649 · motif
· motif · 232550677–232550688 · motif
· motif · 232550679–232550688 · motif
· motif · 232550731–232550747 · motif
· motif · 232550742–232550758 · motif
· motif · 232550742–232550758 · motif
· motif · 232550759–232550772 · motif
· motif · 232550798–232550811 · motif
· motif · 232550993–232551009 · motif
· motif · 232551302–232551322 · motif
· motif · 232551647–232551659 · motif
· motif · 232551658–232551673 · motif
· motif · 232553499–232553512 · motif
· motif · 232553499–232553514 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:591 aa
TIGD1 蛋白質長 591 個胺基酸,屬於 tigger transposable element derived protein family。其序列包含 HTH psq-type、HTH CENPB-type 與 DDE-1 結構域,並註記有兩段 H-T-H DNA 結合基序;C 端第 550–591 位胺基酸區域則預測為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- APBB2Q92870-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HTTP42858 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 細胞定位 | TIGD1 的細胞內定位為細胞核。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
GCAGAGGGCTGGACTCAGCGGCGGAGCTGGCTGCTGGCCT40CAGTTCTGCCTCTGTCCAGGTCCTTGTGACCCGCCCGCTC80TCCTAAGGGAGCGTGTCCTGGCCCCCTCCCGCAGCGGCTC120GGAAAAAAGGCAGCACCGCGTCGTTGACGGCGCGGGCTCT160GGACTCGCTGCTTGGTAAAAACCTTCCTCTTCCTCCAGTG200CGGGACGCACTCTCTGGTATCTCTTTTGACCTCCCGGAGG240CTTTCCTTTGTCGGTCGCGGCGCCACTGTACTATGGCATA280CCTCGTTTTATTACGCTTCGCAGATAGGGCATTCTGAAAA320CAAATGGAGGGTTTGTGGCAGCCCTGAGTCCAGCAATTGT360ATCAGCGCCATTTTTCCAACAGCATGTGCTCACTTGGTGT400CTCTGTGTTACATTTTGGTAATTCTCAAAATATTTAAAAC440TTTTTCATGATTTCTGTGTCTGTTATGGTGATCTATGATC480AGTGATCTTTGATGTTGCTATTGTCATTGTTTTGGGGTGC520CACATACAGCGTCTTTTATAAGACGTGGAACTTAATGTTG560TGTGTGTTCTGACCGCTCCACCCACAGACCGTTCCCCATC600TCTCTCCCTCTTCTTGGGCCTCCCTATTCCCTGAGACACA640ACAATATTGAGATTAGGCGAATTAATGACTCTGCAATGGC680CTCTAAGTGCTCAAGTGAAAGGAAGAGTCGCACATCTCTC720ACTTTAAATCAAAAACTAGAAATGATTAAACTGAGTGAGG760AAGGTATGTCAAAAGCCGAGATAGGCCGAAGGCTAGGCCT800CCTGCGGCAAACAGTTAGCCAAGTTGTAAATGCAAAGGAA840AAGTTCTTGAAGGAAGTTAAAAGTGCTACTCCAATGAACA880CACGAATGATAAGAAAGCGAAACAGCCTTATTGCTGATAT920GGAGAAGGTTTTAGTGGTCTGGATAGAAGATCAGACCAGC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。