基因總覽
TIAM2(TIAM Rac1 associated GEF 2)是蛋白質編碼基因,產物屬於 TIAM family。其蛋白質長 1701 個胺基酸,包含 PH、RBD、PDZ 與 DH 等結構域,並有多段被註解為無序區域。這些特徵提供了辨識 TIAM2 蛋白質組成的基本資訊;來源另指出它可調節 RHO-like 蛋白質的活性,並連結細胞外訊號與細胞骨架活動,相關作用細節見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000682666 ★ | 154,995,315–155,257,723 | 27 |
| ENST00000461783 | 154,832,697–155,257,922 | 29 |
| ENST00000929431 | 154,995,257–155,257,922 | 27 |
| ENST00000950123 | 154,995,257–155,257,922 | 28 |
| ENST00001137040 | 154,995,257–155,257,922 | 27 |
| ENST00000950124 | 154,995,721–155,257,922 | 27 |
| ENST00000538270 | 155,013,646–155,129,479 | 4 |
| ENST00000535231 | 155,013,764–155,129,384 | 5 |
| ENST00000528535 | 155,013,922–155,251,985 | 23 |
| ENST00000950125 | 155,106,981–155,257,922 | 26 |
| ENST00000950126 | 155,106,981–155,257,922 | 28 |
| ENST00000535583 | 155,121,916–155,129,810 | 3 |
顯示 12/18 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TIAM2 可調節 RHO-like proteins,作為 GDP-dissociation stimulator protein,促進 RHO-like GTPases 進行 GDP-GTP 交換,使這類 GTPase 活化。來源指出,在所述作用中,TIAM2 特異性活化 RAC1,而不活化 CDC42 或 RHOA;因此其作用對象並非所有 RHO-like GTPases。
TIAM2 也能將細胞外訊號連結至細胞骨架活動。它介導細胞外 laminin 訊號以活化 RAC1,並對神經突生長有所貢獻。這項描述指出了訊號與細胞骨架相關反應之間的連結,但未進一步交代訊號傳遞的各個分子步驟。
在胚胎海馬神經元中,TIAM2 涉及片狀偽足(lamellipodium)的形成,以及生長錐向前推進。這些細胞形態與延伸相關的作用,與神經突生長相呼應;來源將這些觀察限定於胚胎海馬神經元,不能據此推定所有神經元或發育階段皆有相同結果。
TIAM2 也促進大腦皮質神經元移動。另有相似性證據指出,TIAM2 過量表現時會引發細胞膜皺褶,並伴隨肌動蛋白絲沿改變後的質膜累積。後者是過量表現條件下的描述,且標示為 By similarity,不應視為已在所有生理條件中確立的結果。
Promoter 與基因調控
>TIAM2 ENST00000682666 GRCh38 chr6:154994315-154995415 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ATTTCCCCCAAGAAAACCCTCCGCATCTAGTCCTGAGTGGGCGCTGCTTCTCGTAGGACCCACCCTAACA CATGGCCTGCATCTACCTTCCCTTCCCTCTCCTCTCCAGGGTGCAGCCTTTTTCAAGGCGAGGAGAGTGA TTCCAGGCAGCTTTCATTCCTGGGTCTCCTTAGCTCCCTCGCCCTTCCCAGCATCTGGGCCCACTGGGCC ACTCAGGCTTTTCTAATAAAAATCGCAGCTTTGGCCCAGTGCGGTGGCTCACGCCTGTAAGCCCAGCACT TTGGGAGGCCGAGGCGGGTGGATCACCTGAGGTCGGGAGTTCGAGACCAGCCTGACTAACATGATGAAAC CCCCATCTCTACTAAAAATACAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGG AGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTCAACCCAGGAGGCGGAGGTTGCGGTGAGCCGAGATCACGCCATTGCA CTCCAGCCTGGGCAACAAGAGCGAAACTCAGTCTGAAAAAATAATAATAAAAATCGCAGCTTCTCCACCT GGAAAGTCCCAATTCGACTGGGTCTTGGAGTGCCGACTCGATTGCCATCTCCGCTGCGAAGCCATCTCCT CTCAGAAGGGGAAGGAGATGGAAAGTCTCTGCGGCCGCTGACCTCAGTTTTGCGTGCCTTTCCTCGGTGG GACCCGGGAAGAGCCGTCTTTAAATTCCTTGGGGAAGGGACGGGGTCGCACTGGCGCATCGCATCCCCGG TAGCGGGCAGAGCCCCCAGCTCACAGTGAGCGCGTGCTCGATGTTTCTTGAATTGTTTTATTTGTGTTGT TCCAAAGAAAGCGCGAGGGACATGGTCCGGGACCAGCCGGGAGCTGGCGCGGGGGTCCTGGGCCTGACGC TGGGCGGGGCTGGGGCGTGTCCGGGGCGGGGCGGGGCGGGAGGTGCGGTCGCGGCTCGGGCCTGGCAGGC GCTGCGCGCGGGGCTGGGGCAGCGGTAACCGTAACTGTGGCCGCGGCCGCCGCAGGCGCACAGCGCGCGT CCAAGTGGAGAACAAAGTGACCCCCAGAACTTCTCCAACTCCTCCCGGCGT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TIAM2_3 ↗ | 6:155,149,150 | 正股 | 155,149,101–155,149,160 |
| TIAM2_2 ↗ | 6:155,216,727 | 正股 | 155,216,678–155,216,737 |
| TIAM2_1 ↗ | 6:155,216,966 | 正股 | 155,216,917–155,216,976 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR6_86K336 · enhancer · 154993209–154993337 · regulatory
ENSR6_949J35 · promoter · 154994850–154995325 · regulatory
ENSR6_CKD94 · enhancer · 154995326–154996500 · regulatory
ENSR6_53CGBPR · CTCF_binding_site · 154995500–154995521 · regulatory
ENSR6_949J3P · enhancer · 154996902–154997346 · regulatory
· motif · 154995347–154995363 · motif
· motif · 154995417–154995433 · motif
· motif · 154995417–154995433 · motif
· motif · 154995502–154995518 · motif
· motif · 154996256–154996267 · motif
· motif · 154999064–154999079 · motif
· motif · 154999064–154999079 · motif
· motif · 154999083–154999098 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:1701 aa
TIAM2 蛋白質長 1701 個胺基酸,屬於 TIAM family。註解列出兩個 PH 結構域、RBD、PDZ 與 DH 結構域;另有多段區域被標示為無序區域。這些資訊描述蛋白質的序列註解,不代表來源已說明各結構域在 TIAM2 中的具體作用。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TIAM2 的定位註解涵蓋細胞質、細胞突起中的片狀偽足、絲狀偽足、生長錐與神經元突起,以及神經元胞體。 這些定位資料均以序列相似性為依據;來源未提供不同條件下定位改變或異構型差異的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
未繪示構造:Cell projection, lamellipodium;Cell projection, filopodium;Cell projection, growth cone;Cell projection, neuron projection;Perikaryon。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- PTENP60484 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
來源列出 TIAM2 與 MAP1A、MAP1B、PARP1 及 YWHAE 的交互作用;另列出與 CD44、PARD3 及 MAPK8IP2 的交互作用,並將後一組標註為依相似性推定。來源未進一步說明這些關係是否形成同一複合體,或各自的功能後果。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TIAM2 調節 RHO-like proteins,促進其 GDP-GTP 交換並使其活化;來源指出它特異性活化 RAC1,而不活化 CDC42 或 RHOA。TIAM2 介導細胞外 laminin 訊號、參與神經突生長及胚胎海馬神經元的片狀偽足形成與生長錐前進,也促進大腦皮質神經元移動。過量表現時引發的膜皺褶與肌動蛋白累積屬相似性證據。 | 含實驗來源 | 證據與來源Modulates the activity of RHO-like proteins and connects extracellular signals to cytoskeletal activities. Acts as a GDP-dissociation stimulator protein that stimulates the GDP-GTP exchange activity of RHO-like GTPases and activates them. Mediates extracellular laminin signals to activate Rac1, contributing to neurite growth. Involved in lamellipodial formation and advancement of the growth cone of embryonic hippocampal neurons. Promotes migration of neurons in the cerebral cortex. When overexpressed, induces membrane ruffling accompanied by the accumulation of actin filaments along the altered plasma membrane (By similarity). Activates specifically RAC1, but not CDC42 and RHOA PMID 10512681 ↗ |
| 交互作用 | TIAM2 與 MAP1A、MAP1B、PARP1 及 YWHAE 有交互作用;來源也列出它與 CD44、PARD3 及 MAPK8IP2 的交互作用,並將後三者標示為依相似性推定。資料未說明這些互作是否涉及同一複合體或具有何種功能後果。 | 推論支持 | 證據與來源Interacts with MAP1A, MAP1B, PARP1 and YWHAE. Interacts with CD44, PARD3 and MAPK8IP2 (By similarity) |
| 細胞定位 | TIAM2 的定位註解包括細胞質、片狀偽足、絲狀偽足、生長錐、神經元突起及神經元胞體。這些定位資訊來自序列相似性證據;原文未提供特定條件下的定位變化或異構型差異。 | 推論支持 | 證據與來源Cytoplasm; Cell projection, lamellipodium; Cell projection, filopodium; Cell projection, growth cone; Cell projection, neuron projection; Perikaryon |
核酸與蛋白質序列
AGCGGTAACCGTAACTGTGGCCGCGGCCGCCGCAGGCGCA40CAGCGCGCGTCCAAGTGGAGAACAAAGTGACCCCCAGAAC80TTCTCCAACTCCTCCCGGCGTTCCCGCGAGGGCCACGCGC120CGAGGGTAGCGGAGGGCGGCGCGCGACCGGCCCCACCGAG160CCCGGCGCGCGACCCGAGGGCTCTGTGTATGAATGACAAG200GATACCTTCAGCCAGCTCATTCTGGATGAATGAATGATTA240CACTAAGTGTCCTCCACATTCCTCTGTGGGCTCACTTCAT280GGACTCACTTTGCGTGCTTGTTAAATGTGCTGTGTTGCTC320CCAAGACCATGTAAAGCCTACTGACCACTAACCTCCCTCA360CAGCAGAAACTAGACGTCAGGTTAAAATGGGCAACTCCGA400CAGTCAGTACACCCTTCAAGGATCTAAAAATCATAGCAAT440ACTATTACTGGTGCTAAGCAAATTCCTTGCTCCCTGAAAA480TACGTGGCATTCATGCAAAAGAGGAAAAGTCATTGCATGG520ATGGGGTCACGGAAGCAACGGAGCAGGTTACAAGTCCAGG560TCCCTGGCCCGAAGCTGCCTTTCTCACTTTAAGAGTAACC600AGCCTTACGCATCGAGACTCGGTGGCCCCACATGCAAGGT640CTCCAGAGGTGTTGCCTACTCCACGCACAGGACAAATGCC680CCAGGGAAGGATTTCCAGGGCATCAGTGCTGCTTTCTCAA720CTGAGAATGGCTTCCACTCTGTTGGCCACGAGCTGGCAGA760TAACCACATCACCTCCAGAGACTGCAACGGACACCTTCTC800AACTGCTACGGGAGGAATGAGAGCATTGCCTCCACCCCAC840CGGGCGAAGACCGCAAGAGCCCCCGAGTGCTCATCAAAAC880GCTGGGGAAGCTGGATGGGTGTTTAAGGGTCGAGTTCCAC920AATGGTGGCAACCCCAGCAAAGTGCCTGCAGAGGACTGCA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。