基因總覽
TIAM1 是位於人類第 21 號染色體的蛋白質編碼基因，正式名稱為 TIAM Rac1 associated GEF 1。其蛋白質產物屬於 TIAM family，具有多個已註釋的結構域，包括 PH 1、RBD、PDZ、DH 與 PH 2；蛋白質序列的數個區段則註記為無序區。這些結構特色構成 TIAM1 的基本分子架構；其主要生物學角色與細胞骨架相關活動有關，具體作用方式見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000541036 ★ | 31,118,418–31,344,261 | 28 |
| ENST00000286827 | 31,117,985–31,559,482 | 29 |
| ENST00000636887 | 31,117,985–31,160,909 | 13 |
| ENST00000455508 | 31,117,985–31,276,908 | 24 |
| ENST00000869069 | 31,117,985–31,276,908 | 27 |
| ENST00000869070 | 31,117,985–31,270,651 | 25 |
| ENST00000923707 | 31,117,985–31,559,482 | 29 |
| ENST00000923708 | 31,117,985–31,559,482 | 28 |
| ENST00000923709 | 31,117,985–31,559,482 | 28 |
| ENST00000923710 | 31,117,985–31,559,482 | 30 |
| ENST00000923711 | 31,117,985–31,559,482 | 30 |
| ENST00000923712 | 31,117,985–31,559,482 | 28 |
顯示 12/17 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TIAM1 是鳥嘌呤核苷酸交換因子（guanine-nucleotide exchange factor），能活化 RHO-like proteins，將細胞外訊號連接至細胞骨架活動。來源指出，TIAM1 可活化 RAC1 與 CDC42；對 RHOA 的活化程度較低。這些作用也連結到相關下游訊號，並參與調節細胞黏附與細胞遷移。
此功能描述顯示，TIAM1 的作用不只在於調節特定 RHO-like proteins，也涉及將訊號傳遞與細胞行為相連。細胞黏附與遷移是來源明確列出的調節過程；至於各種訊號在不同細胞情境中的細節，現有資料並未進一步說明，因此不宜推定其作用條件或延伸至其他生物學過程。
Promoter 與基因調控
>TIAM1 ENST00000541036 GRCh38 chr21:31344161-31345261 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter ATCCTTAGTTTTTGGCACAGCTTTTAACCTTATAAAATGATAATACTCTATTAATCTATCAATTTCATCC ATGAATGCTTCAACCCTTTCAGATATAGCCTCTCACTTGTCACTTCAGATTTACCGTTTTCTTCTTTTGT GATTTCTTTCATTCTCTTTAACCAGCCACCTGAGGCATCATTTAACCTGAGGTCATTTAAAGTTTTATTT AAAGAAACTTCTGTTTGGAAACCAAGGTCAAGCACAGCAGAGGGATGTTCATTGCATGGCTTTCTGGTAA ACTTTAAGTTAGCATGTTCCCTTTCACATTTTTAGAAACTGATATAAAAATTGCTCATGGGAAATCAAAT TTGGGGCAGTTTTCTTTCCAGGGGGAAGGAAAGAGGGATGTATTTCAGCGAGGAAGAGGTTGACAGATAG TTTCCACTATGTGAGTAATTTTAATTTTTTTATGCTACATGGTGGGCACGTGGGTGTTCATTATATTCTT TTCAAATATATGTTGTATATTGGAAATACTTTCTAGTACATATGAAAGAAAAGGCAGCCAACTGAAAGTT TGGTTTCTGTTTTTCTGCCCTTCACTCCTTTTCAATAGATGTTTGGGAGTTAGGTCTCCACTGAATGAAC TACCCACGTTTCTGTCCTTGAAGGGCTGGTGGGGGGCGCTTATGTAACATTGCTGGCCTTTTATATCTTT TAAGAGGCGCTGCTTTTTTGCCACGTGCTGTAGAAAATTATTTGACAAGCACTCACGCTTTGTGCAGGGT GACCAGGTTCATCCGTAAAATGGTTAAGACCTTTTCGAAATACATTGCCCCCAAGGATGTGGTGGGGAGG GTGCTGGGATTCTGAGTGACAGCCGGCGAATGCCAGAGGGAAGAATTAAATTGGAGAGGGAGGCGGAGAG GAGGGAGGTGATGGTGGGAGGAGGAAGGGAGGAGCGACCAACCCTCTCCAACACACCCAAGTGACCAGAT TCATCATAGCACGAAACTTCACAAGTTACACCCACTGCCTCCGCCAGCAGCCGGGGAAGGCTGCTGCTTC CTCATTTCTGTTACTGGAAGTTTGGGACATGTGAAGCCAGACGGGGAGAAA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR21_9GFW3 · enhancer · 31342482–31342779 · regulatory
ENSR21_C54ZC · enhancer · 31343165–31344250 · regulatory
ENSR21_9GFWK · promoter · 31344251–31344639 · regulatory
ENSR21_8WTTB · enhancer · 31346357–31346539 · regulatory
ENSR21_59D3XL · CTCF_binding_site · 31346691–31346712 · regulatory
ENSR21_9GFXG · promoter · 31347343–31347746 · regulatory
ENSR21_59D44W · CTCF_binding_site · 31347614–31347635 · regulatory
ENSR21_8WTW4 · enhancer · 31347747–31347916 · regulatory
ENSR21_59D48K · CTCF_binding_site · 31348413–31348434 · regulatory
· motif · 31341230–31341245 · motif
· motif · 31342399–31342421 · motif
· motif · 31342399–31342421 · motif
· motif · 31342517–31342530 · motif
· motif · 31343510–31343522 · motif
· motif · 31343769–31343782 · motif
· motif · 31343769–31343782 · motif
· motif · 31344206–31344217 · motif
· motif · 31346693–31346709 · motif
· motif · 31347616–31347632 · motif
· motif · 31348415–31348431 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：1591 aa
TIAM1 蛋白質長 1591 個胺基酸，屬於 TIAM family。已註釋的結構域包括 PH 1、RBD、PDZ、DH 與 PH 2；另有數段區域被註記為無序區。這些序列特徵是資料庫註解，來源未提供各結構域在此蛋白質中的具體作用說明。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TIAM1 可位於細胞連接處，亦註記為細胞膜周邊蛋白，位於膜的細胞質側。 其在具有富含 actin 突起之細胞間界面的偵測結果屬於 By similarity。 TIAM1 定位至細胞連接處需要 KRIT1、CDH5 與 RAP1B 的存在。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Cell junction。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 32 個夥伴
- APBA1Q02410 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- APBA2Q99767 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- CASKO14936 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- CNTNAP4Q9C0A0-1 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- DLG1Q12959 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DLG3Q92796 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- DLG4P78352 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FRMPD2Q68DX3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FRMPD4Q14CM0 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- GRID2IPA4D2P6 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- GRIP1Q9Y3R0 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- GRIP2Q9C0E4 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- IL16Q14005 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KBTBD7Q8WVZ9 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- LNX1Q8TBB1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LNX2Q8N448 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- MAGI1Q96QZ7 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- MAGI2Q86UL8 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- MAST1Q9Y2H9 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- MPDZO75970 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- NHERF4Q86UT5 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- PARD3Q8TEW0 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- PATJQ8NI35 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
- PDZK1Q5T2W1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SCRIBQ14160 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
TIAM1 是 Par polarity complex 的組成成員，該複合體至少包含磷酸化的 PRKCZ、PARD3 與 TIAM1。TIAM1 與 NTRK2、BAIAP2、EPHA8 及 PARD3 有互作；與 MAPK8IP2 和 CD44 的互作則標示為 By similarity。TIAM1 透過 PDZ domain 與 CNTNAP4、SDC1 互作，也與 SDC3 的 C 端互作。功能關係方面，TIAM1 介導 BDNF 對 RAC1 的活化，並調節 EPHA8 的 clathrin-mediated endocytosis。
疾病與遺傳關聯
TIAM1 的變異可能造成一種常染色體隱性神經發育疾病，特徵包括整體發展遲緩、智能障礙、語言遲緩與癲癇。其他可能特徵包括軸性肌張力低下、周邊肌張力增高、甲狀腺功能低下，以及非特異性外觀特徵或腦部影像異常。資料將此疾病描述為可能由影響 TIAM1 的變異所致；不應據此推論所有變異都會造成疾病。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TIAM1 是鳥嘌呤核苷酸交換因子，可活化 RHO-like proteins，將細胞外訊號連接至細胞骨架活動。它能活化 RAC1 與 CDC42，對 RHOA 的活化程度較低，並透過相關下游訊號調節細胞黏附與細胞遷移。 | 含實驗來源 | 證據與來源Guanyl-nucleotide exchange factor that activates RHO-like proteins and connects extracellular signals to cytoskeletal activities. Activates RAC1, CDC42, and to a lesser extent RHOA and their downstream signaling to regulate processes like cell adhesion and cell migration PMID 20361982 ↗ · PMID 25684205 ↗ |
| 交互作用 | TIAM1 是至少由磷酸化 PRKCZ、PARD3 與 TIAM1 組成的 Par polarity complex 成員。它與 NTRK2、BAIAP2、EPHA8、PARD3 互作；與 MAPK8IP2、CD44 的互作標示為相似性推定。TIAM1 透過 PDZ domain 與 CNTNAP4、SDC1 互作，並與 SDC3 的 C 端互作；它也介導 BDNF 活化 RAC1，並調節 EPHA8 的 clathrin-mediated endocytosis。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the Par polarity complex, composed of at least phosphorylated PRKCZ, PARD3 and TIAM1. Interacts with NTRK2; mediates the activation of RAC1 by BDNF. Interacts with MAPK8IP2 and CD44 (By similarity). Interacts with BAIAP2. Interacts with EPHA8; regulates clathrin-mediated endocytosis of EPHA8. Interacts with PARD3. Interacts (via PDZ domain) with CNTNAP4, SDC1 and SDC3 (via C-terminus) PMID 15899863 ↗ · PMID 20332120 ↗ · PMID 20361982 ↗ · PMID 20496116 ↗ · PMID 23395182 ↗ · PMID 23832200 ↗ · PMID 7753201 ↗ |
| 細胞定位 | TIAM1 位於細胞連接處及細胞膜的周邊、細胞質側；其在具有富含 actin 突起的細胞間界面被偵測到，該定位資訊屬於相似性推定。TIAM1 定位至細胞連接處需要 KRIT1、CDH5 與 RAP1B 的存在。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Cell junction; Cell membrane / Peripheral membrane protein / Cytoplasmic side; Detected at the boundary between cells with actin-rich protrusions (By similarity). Presence of KRIT1, CDH5 and RAP1B is required for its localization to the cell junction |
| 疾病關聯 | TIAM1 相關變異可能造成常染色體隱性神經發育疾病，主要表現為整體發展遲緩、智能障礙、語言遲緩與癲癇。可能伴隨軸性肌張力低下、周邊肌張力增高、甲狀腺功能低下，以及非特異性外觀特徵或腦部影像異常；來源描述為可能致病，並非將所有變異都判定為致病。 | 含實驗來源 | 證據與來源Neurodevelopmental disorder with language delay and seizures NEDLDS An autosomal recessive disorder characterized by global developmental delay, intellectual disability, speech delay, and seizures. Additional features may include axial hypotonia, peripheral hypertonia, hypothyroidism, and non-specific dysmorphic features or brain imaging abnormalities. The disease may be caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 619908 PMID 35240055 ↗ |
核酸與蛋白質序列
ACAAGTTACACCCACTGCCTCCGCCAGCAGCCGGGGAAGG40CTGCTGCTTCCTCATTTCTGTTACTGGAAGTTTGGGACAT80GTGAAGCCAGACGGGGAGAAACGTGCGCGCCTTGTTGAGC120AGCGGTAGAATCACTGTGGACTGAGACCCACCTTTCTAGA160CCTGAAGCCCAGGAGGAGGAAGAGGAGGCTGGTTGGTACC200ATGGGCATAATGCTCTGAATCCTAGTCTCTCACCTAGTAT240GTGAGCAGTCCCTGCAGATGGCCCATTTGGAGATCTTGAC280AAAGCCTCTTCTGTTTCCAATGGGGTTTTTGGCGCATTCT320CACAGACTTAGATGAAACTGTGATGGCCACCGCAGGGGGC360AGGTGCTGACATCGTCCCCAGCCCTGTGGCTGTTCATCCG400GACATCATTTCCAACCTCAATATCTAAATGCCACAGTGCT440CTTGGAGCAAGTTGGGCTGGGGACCACTGTTGCCTTTTAA480GACCATAAAACCATGGGAAACGCAGAAAGTCAACATGTAG520AGCACGAGTTTTATGGAGAAAAGCATGCCAGCCTGGGGCG560CAAGCACACTTCCCGCTCCCTGCGCCTCTCGCACAAGACG600CGGAGGACCAGGCACGCTTCCTCGGGGAAGGTGATCCACA640GGAACTCCGAAGTGAGCACCCGATCCAGCAGCACCCCCAG680CATCCCCCAGTCCCTGGCTGAAAATGGCCTGGAGCCCTTC720TCCCAAGATGGTACCCTAGAAGACTTCGGGAGCCCCATCT760GGGTGGACCGAGTGGACATGGGCTTGAGACCTGTGTCTTA800CACTGACTCTTCTGTCACTCCCAGCGTAGACAGCAGCATC840GTCCTCACAGCAGCCTCTGTGCAGAGCATGCCAGACACTG880AGGAGAGCAGGCTTTACGGGGATGACGCTACATATTTGGC920TGAGGGAGGCAGGAGGCAGCATTCCTATACATCCAATGGG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。