基因總覽
TIA1 的正式名稱為 TIA1 cytotoxic granule associated RNA binding protein，屬於蛋白質編碼基因，其產物是 RNA 結合蛋白。來源描述的主要特性是辨識富含尿嘧啶的 RNA 序列，並參與 RNA 加工與基因表現調控。TIA1 具有三個 RNA recognition motif（RRM），另有一段位於蛋白質末端的無序區；這些結構註解提供其基本分子特徵。與 TIA isoform Long 相比，TIA1 的剪接調控活性較高。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000433529 ★ | 70,209,444–70,248,628 | 13 |
| ENST00000415783 | 70,209,444–70,248,761 | 12 |
| ENST00000881358 | 70,209,444–70,248,761 | 12 |
| ENST00000881359 | 70,209,444–70,248,761 | 13 |
| ENST00001142336 | 70,209,444–70,248,761 | 13 |
| ENST00000881360 | 70,209,446–70,248,761 | 13 |
| ENST00000881361 | 70,209,449–70,248,761 | 12 |
| ENST00000282574 | 70,210,204–70,248,761 | 13 |
| ENST00000881362 | 70,210,657–70,248,761 | 13 |
| ENST00000881363 | 70,210,657–70,248,761 | 14 |
| ENST00001005214 | 70,211,680–70,248,761 | 13 |
| ENST00000881364 | 70,211,682–70,248,761 | 13 |
顯示 12/29 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TIA1 透過結合富含尿嘧啶的 RNA 序列，調節前體 RNA 的選擇性剪接。它可辨識 5′ 剪接位點下游的 U-rich 序列，並以 U snRNP 依賴的方式影響剪接；對 IAS1 序列的結合偏好則依賴 U1 snRNP，且在 IAS1 鄰接 5′ 剪接位點時最佳。TIA1 也能促進異源 5′ 剪接位點的使用，作用取決於該位點下游的內含子序列，並偏好下游具有 U-rich 序列的情形。
在剪接體組裝過程中，TIA1 與 SNRPC/U1-C 互作，促進剪接體 U1 snRNP 被招募並結合至特定 5′ 剪接位點，使 U1 snRNP 較能辨識非典型位點。對自身前體 RNA 及 TIAR mRNA，TIA1 可促進具有較弱 5′ 剪接位點、且下游帶有 U-rich 序列的替代外顯子剪接。與 TIA isoform Long 相比，TIA1 的剪接調控活性較強。
TIA1 也調節多種轉錄本的剪接選擇。在 FAS intron 5 的 5′ 剪接位點區域結合後，它促進含 exon 6 的轉錄本累積，減少跳過 exon 6 的轉錄本，因而有利於產生膜結合型、具促凋亡作用的 FAS receptor。它可結合 COL2A1 intron 2 的保守 AU-rich 順式調控元件，調節 exon 2 剪接；對相應基因組 DNA 中的 AT-rich 元件也有結合，來源指出它可能因此參與轉錄調控。對 CFTR mRNA，TIA1 結合弱 5′ 剪接位點與內含子剪接抑制序列之間的富含多嘧啶控制元件，促進 exon 9 包含，並拮抗 PTB1 對 exon 9 跳躍的作用。
在轉譯層級，TIA1 結合 mRNA 3′ untranslated region 中的 AU-rich elements，可抑制轉譯；TNF 與 PTGS2 是來源列出的相關標的 mRNA。細胞遭遇環境壓力時，EIF2S1/EIF2A 磷酸化之後，TIA1 促進未轉譯 mRNA 被招募至細胞質壓力顆粒，並伴隨壓力誘發的轉譯停滯；壓力顆粒形成及招募受 Zn(2+) 調控。此外，來源亦記載 TIA1 對細胞毒性淋巴球標的細胞具有核酸分解活性。
Promoter 與基因調控
>TIA1 ENST00000433529 GRCh38 chr2:70248528-70249628 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter ATCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCGCCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCC TGATCTCAGGTGATCCGCCCGCCTCAGCCATCCAAAGTGCTGGAATAACAGGCGTGAGCCACTGCCCCCG GCCTAAACAGCTATTTCTTAAATGCTTTTCAATGTGCAATCAATACACGGAAGAAATGCAAATATAAATA AAAATCTGGCATCTGGAAATATCCTCCCCGCGCTGAAAAATCTGGCTAGCACCAACGACGCAAATTCTTA ATAAAATCCTTACTTTTTTAAGTAAAACTTTTTTTCTTTTTTCTTATTTCTTAAGTAAACATTTTAAATT GAAATTTTTTTTCTGTACAGAGAAAGTTGAAACATCCATTCCTATGTTTGGGATGAGAAAAGATAAATTA TTTATGTTATTGGAAAACAGAAGATTACAGACTGTCAATAAACTTTTACTTTTAAATGAATAAATAATAC ATGACAATTCTTTTCACATGAGAGAACGTCTGCTTCTATTTCCTCCTAAAATACTGTGGCGGCTGGGCAT GTCAACAGCGCCGCTGGTGTAGTGGTATCATGCAAGATTCCCATTCTTGCGACCCGGGTTCGATTCCCGG GCGGCGCATAGGCGTTTTGCTTCTCGCTCGCTAAAAACCAGATAGCTTGAAGAGTCTTTATATATCTTTC CAAAAGAGGAAAGATTTAGGCTTTTTACTGTCCCTGAAGGTTTCCACTCCCTCATAATTCGCGGTCGAAA CACTCGAATCCGCAGCCAGAAGACAAAAAAGTTCACGCAAATCGTGAAGTAGTTAATACTTGCGCCTGCG CAGTCTGAGGCGTCCCTCGCGTCGGGTGGAAGAGCGGCTGCGCAACAAGTGAACCTATGGATTAAGGTGT AGCCGGGCGGCCCGGAGGTTGAGAGTGCAAGATTATTCTGCGCCTGCGCGGCCCGGGTAACTTTGCTGGC TGCTCCTAGGCTCCCGGCTCGCCGCCATCTTGTATTGGGGTTTCATTGTTCCCGCTGGGCCGGGCGGTTT AGTGTAATTGCCGCCGGAGGAGGAGGCGGAGTAACCTCTGGTCAGCCGAGA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 5 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TIA1_4 ↗ | 2:70,224,584 | 負股 | 70,224,574–70,224,633 |
| TIA1_3 ↗ | 2:70,225,410 | 負股 | 70,225,400–70,225,459 |
| TIA1_5 ↗ | 2:70,227,733 | 負股 | 70,227,723–70,227,782 |
| TIA1_2 ↗ | 2:70,236,073 | 負股 | 70,236,063–70,236,122 |
| TIA1_1 ↗ | 2:70,248,578 | 負股 | 70,248,568–70,248,627 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR2_C8Z7K · enhancer · 70246871–70248443 · regulatory
ENSR2_BHXFB · promoter · 70248444–70249150 · regulatory
ENSR2_5LJ5D4 · CTCF_binding_site · 70248610–70248631 · regulatory
· motif · 70247737–70247748 · motif
· motif · 70248015–70248021 · motif
· motif · 70248157–70248170 · motif
· motif · 70248162–70248174 · motif
· motif · 70248489–70248506 · motif
· motif · 70248612–70248628 · motif
· motif · 70248619–70248629 · motif
· motif · 70248669–70248680 · motif
· motif · 70248669–70248680 · motif
· motif · 70248690–70248703 · motif
· motif · 70248745–70248756 · motif
· motif · 70248787–70248798 · motif
· motif · 70248787–70248798 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：386 aa
TIA1 蛋白質長 386 個胺基酸，包含三個 RNA recognition motif：RRM 1 位於第 7–83 個胺基酸，RRM 2 位於第 106–184 個胺基酸，RRM 3 位於第 214–286 個胺基酸。蛋白質末端第 354–386 個胺基酸區段被註記為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TIA1 位於細胞核與細胞質；細胞受損後，它會累積於細胞質壓力顆粒。 壓力顆粒的招募受 Zn(2+) 誘導，此點為相似性推論。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- SNRNP70P08621 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- SNRPAP09012 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- SNRPCP09234 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
TIA1 可形成同源寡聚體；此寡聚化受 Zn(2+) 誘導，屬相似性推論。TIA1 與 FASTK 互作，並因此發生磷酸化。TIA1 亦透過 RRM1 與 C 端富含 glutamine 的 Q 序列，和 SNRPC/U1-C 的 N 端互作，促進剪接體 U1 snRNP 招募至 5′ 剪接位點。
疾病與遺傳關聯
TIA1 相關變異與 Welander distal myopathy 有關，該病為常染色體顯性遺傳，通常成年後出現遠端肌無力，常先影響手部伸肌，並可緩慢波及手部小肌肉與小腿；少數純合患者發病較早、進展較快，且有近端肌肉受累。TIA1 變異也與可伴或不伴額顳葉失智的肌萎縮性側索硬化症 26（ALS26）相關，為常染色體顯性遺傳；部分患者可能出現額顳葉失智。這些資料描述的是變異與疾病的關聯，不表示所有相關疾病表現都相同。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 6 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TIA1 是 RNA 結合蛋白，藉由辨識 U-rich RNA 序列調節前體 RNA 選擇性剪接，也會影響 mRNA 轉譯。它可促進特定剪接位點及替代外顯子的使用，調節 FAS、COL2A1 與 CFTR 的剪接；另可抑制帶有 AU-rich element 的轉錄本轉譯，並參與壓力顆粒招募與壓力誘發的轉譯停滯。來源亦記載其對細胞毒性淋巴球標的細胞具有核酸分解活性。 | 含實驗來源 | 證據與來源RNA-binding protein involved in the regulation of alternative pre-RNA splicing and mRNA translation by binding to uridine-rich (U-rich) RNA sequences. Binds to U-rich sequences immediately downstream from a 5' splice sites in a uridine-rich small nuclear ribonucleoprotein (U snRNP)-dependent fashion, thereby modulating alternative pre-RNA splicing. Preferably binds to the U-rich IAS1 sequence in a U1 snRNP-dependent manner; this binding is optimal if a 5' splice site is adjacent to IAS1 (By similarity). Activates the use of heterologous 5' splice sites; the activation depends on the intron sequence downstream from the 5' splice site, with a preference for a downstream U-rich sequence. By interacting with SNRPC/U1-C, promotes recruitment and binding of spliceosomal U1 snRNP to 5' splice sites followed by U-rich sequences, thereby facilitating atypical 5' splice site recognition by U1 snRNP. Activates splicing of alternative exons with weak 5' splice sites followed by a U-rich stretch on its own pre-mRNA and on TIAR mRNA (By similarity). Acts as a modulator of alternative splicing for the apoptotic FAS receptor, thereby promoting apoptosis. Binds to the 5' splice site region of FAS intron 5 to promote accumulation of transcripts that include exon 6 at the expense of transcripts in which exon 6 is skipped, thereby leading to the transcription of a membrane-bound apoptotic FAS receptor, which promotes apoptosis. Binds to a conserved AU-rich cis element in COL2A1 intron 2 and modulates alternative splicing of COL2A1 exon 2. Also binds to the equivalent AT-rich element in COL2A1 genomic DNA, and may thereby be involved in the regulation of transcription. Binds specifically to a polypyrimidine-rich controlling element (PCE) located between the weak 5' splice site and the intronic splicing silencer of CFTR mRNA to promote exon 9 inclusion, thereby antagonizing PTB1 and its role in exon skipping of CFTR exon 9. Involved in the repression of mRNA translation by binding to AU-rich elements (AREs) located in mRNA 3' untranslated regions (3' UTRs), including target ARE-bearing mRNAs encoding TNF and PTGS2 (By similarity). Also participates in the cellular response to environmental stress, by acting downstream of the stress-induced phosphorylation of EIF2S1/EIF2A to promote the recruitment of untranslated mRNAs to cytoplasmic stress granules (SGs), leading to stress-induced translational arrest. Formation and recruitment to SGs is regulated by Zn(2+) (By similarity). Possesses nucleolytic activity against cytotoxic lymphocyte target cells PMID 10613902 ↗ · PMID 11106748 ↗ · PMID 12486009 ↗ · PMID 14966131 ↗ · PMID 17488725 ↗ · PMID 17580305 ↗ · PMID 1934064 ↗ · PMID 8576255 ↗ |
| 功能 | TIA1 的剪接調控活性高於 TIA isoform Long。 | 含實驗來源 | |
| 交互作用 | TIA1 可形成受 Zn(2+) 誘導的同源寡聚體，此項為相似性推論；它與 FASTK 互作並因此磷酸化。TIA1 也透過 RRM1 與 C 端富含 glutamine 的 Q 序列，和 SNRPC/U1-C 的 N 端互作，促進剪接體 U1 snRNP 招募至 5′ 剪接位點。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homooligomer; homooligomerization is induced by Zn(2+) (By similarity). Interacts with FASTK; the interactions leads to its phosphorylation. Interacts (via RRM1 and the C-terminal glutamine-rich (Q) sequence) with SNRPC/U1-C (via N-terminus); thereby facilitating spliceosomal U1 snRNP recruitment to 5' splice sites PMID 12486009 ↗ · PMID 17135269 ↗ · PMID 7544399 ↗ |
| 細胞定位 | TIA1 位於細胞核與細胞質；細胞受損後會累積於細胞質壓力顆粒。壓力顆粒招募受 Zn(2+) 誘導，此調控關係為相似性推論。 | 含實驗來源 | 證據與來源Nucleus; Cytoplasm; Cytoplasm, Stress granule; Accumulates in cytoplasmic stress granules (SG) following cellular damage. Recruitment to SG is induced by Zn(2+) (By similarity) PMID 10613902 ↗ · PMID 15371533 ↗ · PMID 17984221 ↗ · PMID 18201561 ↗ · PMID 17488725 ↗ |
| 疾病關聯 | TIA1 相關變異可致 Welander distal myopathy，屬常染色體顯性疾病，多於成年發病，出現遠端肌無力，主要影響手部長伸肌，並可緩慢波及手部小肌肉與小腿；肌肉切片可見肌病變化及明顯鑲邊空泡。少數純合患者發病較早、進展較快且近端肌肉受累。 | 含實驗來源 | 證據與來源Welander distal myopathy WDM An autosomal dominant disorder characterized by adult onset of distal muscle weakness predominantly affecting the distal long extensors of the hands, with slow progression to involve all small hand muscles and the lower legs. Skeletal muscle biopsy shows myopathic changes and prominent rimmed vacuoles. Rare homozygous patients showed earlier onset, faster progression, and proximal muscle involvement. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 604454 PMID 23348830 ↗ · PMID 23401021 ↗ |
| 疾病關聯 | TIA1 相關變異與可伴或不伴額顳葉失智的肌萎縮性側索硬化症 26（ALS26）有關，屬常染色體顯性遺傳。肌萎縮性側索硬化症影響上、下運動神經元，可導致致命性癱瘓；其成因可能涉及遺傳與環境因素，部分 ALS26 患者可能出現額顳葉失智。 | 含實驗來源 | 證據與來源Amyotrophic lateral sclerosis 26, with or without frontotemporal dementia ALS26 A form of amyotrophic lateral sclerosis, a neurodegenerative disorder affecting upper motor neurons in the brain and lower motor neurons in the brain stem and spinal cord, resulting in fatal paralysis. Sensory abnormalities are absent. The pathologic hallmarks of the disease include pallor of the corticospinal tract due to loss of motor neurons, presence of ubiquitin-positive inclusions within surviving motor neurons, and deposition of pathologic aggregates. The etiology of amyotrophic lateral sclerosis is likely to be multifactorial, involving both genetic and environmental factors. The disease is inherited in 5-10% of the cases. ALS26 inheritance is autosomal dominant. Some patients may develop frontotemporal dementia. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 619133 PMID 28817800 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GCCGCCATCTTGTATTGGGGTTTCATTGTTCCCGCTGGGC40CGGGCGGTTTAGTGTAATTGCCGCCGGAGGAGGAGGCGGA80GTAACCTCTGGTCAGCCGAGAAACCCCACTATCCTGTAGC120CATAACCGCTTAAACGATTTGGGAGGTAGTGAAGGGCAGG160GAGCTGGACCTGGAGGCGCCGCCGCGACAGCAGCAGCCAT200GGAGGACGAGATGCCCAAGACTCTATACGTCGGTAACCTT240TCCAGAGATGTGACAGAAGCTCTAATTCTGCAACTCTTTA280GCCAGATTGGACCTTGTAAAAACTGCAAAATGATTATGGA320TACAGCTGGAAATGATCCCTATTGTTTTGTGGAGTTTCAT360GAGCATCGTCATGCAGCTGCAGCATTAGCTGCTATGAATG400GACGGAAGATAATGGGTAAGGAAGTCAAAGTGAATTGGGC440AACAACCCCTAGCAGTCAAAAGAAAGATACAAGCAGTAGT480ACCGTTGTCAGCACACAGCGTTCACAAGATCATTTCCATG520TCTTTGTTGGTGATCTCAGCCCAGAAATTACAACTGAAGA560TATAAAAGCTGCTTTTGCACCATTTGGAAGAATATCAGAT600GCCCGAGTGGTAAAAGACATGGCAACAGGAAAGTCTAAGG640GATATGGCTTTGTCTCCTTTTTCAACAAATGGGATGCTGA680AAACGCCATTCAACAGATGGGTGGCCAGTGGCTTGGTGGA720AGACAAATCAGAACTAACTGGGCAACCCGAAAGCCTCCCG760CTCCAAAGAGTACATATGAGTCAAATACCAAACAGCTATC800ATATGATGAGGTTGTAAATCAGTCTAGTCCAAGCAACTGT840ACTGTATACTGTGGAGGTGTTACTTCTGGGCTAACAGAAC880AACTAATGCGTCAGACTTTTTCACCATTTGGACAAATAAT920GGAAATTCGAGTCTTTCCAGATAAAGGATATTCATTTGTT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。