基因總覽
TGFB2 是蛋白質編碼基因,其產物屬於 TGF-beta family。transforming growth factor beta 2 以前驅蛋白形式產生,經加工後形成兩條鏈:Latency-associated peptide(LAP)是調控部分,Transforming growth factor beta-2(TGF-beta-2)鏈則是活性部分。兩條鏈共同構成 TGF-beta-2 的前驅產物;來源指出它們在細胞外基質儲存期間可保持非共價連結。這項前驅蛋白與雙鏈組成,說明其產物兼有調控與活性部分。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000366930 ★ | 218,345,336–218,444,619 | 7 |
| ENST00000366929 | 218,345,336–218,444,619 | 8 |
顯示 2/2 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TGFB2 產物參與多種生物過程,包括血管新生與心臟發育。其前驅蛋白在高基氏體經切割後,LAP 與 TGF-beta-2 鏈仍以非共價方式相連,使 TGF-beta-2 在細胞外基質儲存期間維持不活化狀態;這項調控方式的證據標示為相似性推論。
LAP 不只與 TGF-beta-2 鏈相連,也會與 LTBP1、LRRC32/GARP 等周邊分子互動,協助控制 TGF-beta-2 的活化,並在細胞外環境中維持其潛伏狀態。來源將這些活化調控關係標示為相似性推論,因此不宜視為所有情境下均已直接確立的機制。
當 LAP 釋出、TGF-beta-2 活化後,活性鏈可結合 TGFBR1 與 TGFBR2,進而傳遞訊號;這項受體作用同樣標示為相似性推論。來源所述的調控與活化步驟,呈現 TGFB2 產物如何由前驅狀態轉為可作用形式;血管新生及心臟發育則是來源列出的相關生物過程。
Promoter 與基因調控
>TGFB2 ENST00000366930 GRCh38 chr1:218344336-218345436 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TGAAGTAGAGAACAGTATAGAGATCTTGGGTTTGGGAGTACATTCAACAGAGTTTCCAGTTTAAATCATC TGTCTGGTCAGTATGGCTGCAGAGTCATGCCGAAATGAAAATGTTGACTTTGAGTAACTAAAGGTAAAAT AAAAGAAAAAGGGAAGGTGGAACAGTGGTAAGAGTTATTCTTGTATTCATCTAATTTAGACTTAGTTGAA ATTGAAAATGTCAAGTTATGAGTAGTGTAGAACAGTAGACATCAAACACTTAAAATTCCAGCTTCCTGGA TTAATGCTATGGAAAGAATGAAGTTGGTTGATAATGTTTAGCCTAGCAAGAAGGTGAAGAAGAAAGCCAT ACAAGAAGTGGCTTAGGCAGCAAATTATAAAGGTGACCATTCATTCAAATCAGTAAAACAAACAAGTATA CCTTATTCTTTAGGTAAAATTGATGGATCTCTGTTTTCCAGCAGTTCACAAACAGAGGGGTACATTGTAA ACAACAAACTAACAAAATAAATTCTGGGATGGCAACCTGCTAAGGTATCCCAGAAAATAAGAGGTAGGAC ATGAATTTAAAAGATTGGAAGGTATGTCTTCAGTACTGGCCTGGCCCTGAGTAGACTAGTGCTCCCTCCC ATAGGGGTGCGTGTGCACACATAATACAGGAGGGAAGCCTTCCCTTCTAGAGCAAGTGATTCAGCTTGGG AGGCTGTGACTGAGCTACACTAAGTAAAAACGGGAGACTTGATTGTCCTTCCTTCAACAGACCTGTCCAA AATGACTGGAAAGTAAATACCGTAAATCACTGTTGTCAGGGCGCACATTCCACCTCCTTCCTCCCTTACC CACAGCGGTCCTCATTTCCACACTCCCTCAACGGTTCGGGGAGAGCTCGTGGTCTAAGTAACGAGAGGAC TTCTGACTGTAATCCTAGCACGTCACTTTGTTGAAGGCAGACACGTGGTTCAGAGAGAACTTATAAATCT CCCCTCCCCGGCAAGATCGTGATGTTATCTGCTGGCAGCAGAAGGTTCGCTCCGAGCGGAGCTCCAGAAG CTCCTGACAAGAGAAAGACAGATTGAGATAGAGATAGAAAGAGAAAGAGAG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TGFB2_1 ↗ | 1:218,346,088 | 正股 | 218,346,039–218,346,098 |
| TGFB2_2 ↗ | 1:218,346,312 | 正股 | 218,346,263–218,346,322 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR1_957MXK · promoter · 218344846–218345346 · regulatory
ENSR1_B3LBZC · enhancer · 218345347–218346007 · regulatory
ENSR1_88FBWP · promoter · 218346008–218346245 · regulatory
ENSR1_957MXZ · promoter · 218346327–218346835 · regulatory
ENSR1_53WCMGG · CTCF_binding_site · 218346931–218346952 · regulatory
· motif · 218345285–218345294 · motif
· motif · 218345285–218345294 · motif
· motif · 218346089–218346098 · motif
· motif · 218346089–218346098 · motif
· motif · 218346933–218346949 · motif
· motif · 218350191–218350204 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:414 aa
transforming growth factor beta 2 前驅蛋白長 414 個胺基酸,屬於 TGF-beta family。其 N 端第 1–20 位胺基酸註記為訊號肽。
蛋白質三維結構
細胞內定位
LAP 會分泌至細胞外空間,並定位於細胞外基質;TGF-beta-2 鏈亦有分泌註記。 來源未提供兩者定位差異隨條件改變的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- APPP05067 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- UNGP13051-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
LAP 與 TGF-beta-2 鏈非共價結合,維持其潛伏狀態;LAP 與 LRRC32/GARP 的互動則與 TGF-beta-2 活化調控有關。另有資料記載 TGFB2 與 HTRA1、HTRA3、ASPN 及 MFAP5 互動,其中部分為相似性推論。TGF-beta-2 可形成雙硫鍵連結的同源二聚體,並與 TGFBR1、TGFBR2 互動以傳遞訊號。NREP 與 TGFB2 的互動則會降低 TGFB2 自我誘導,該作用屬相似性推論。
疾病與遺傳關聯
TGFB2 相關染色體異常曾見於一個 Peters anomaly 家族,涉及與 HDAC9 的 t(1;7)(q41;p21) 易位;此資料呈現家族中的染色體異常關聯,未單獨證明因果。影響 TGFB2 的變異則與 Loeys-Dietz syndrome 4 及 Camurati-Engelmann disease 2 相關。前者可有動脈迂曲、主動脈剝離、顱內動脈瘤及多系統表徵;後者為常染色體顯性疾病,以長骨骨幹過度骨化與硬化為特徵,亦可能伴隨顱底硬化及其他全身表現。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 11 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TGFB2 前驅蛋白可產生兩條鏈:Latency-associated peptide(LAP)與 Transforming growth factor beta-2(TGF-beta-2)。LAP 構成 TGF-beta-2 的調控部分,TGF-beta-2 鏈則構成其活性部分。 | 推論支持 | 證據與來源Precursor of the Latency-associated peptide (LAP) and Transforming growth factor beta-2 (TGF-beta-2) chains, which constitute the regulatory and active subunit of TGF-beta-2, respectively |
| 功能 | 依相似性推論,LAP 有助於 TGF-beta-2 鏈在細胞外基質儲存時維持潛伏狀態。LAP 與 TGF-beta-2 非共價結合,並可透過 LTBP1、LRRC32/GARP 等周邊分子調節 TGF-beta-2 活化。 | 推論支持 | 證據與來源Required to maintain the Transforming growth factor beta-2 (TGF-beta-2) chain in a latent state during storage in extracellular matrix (By similarity). Associates non-covalently with TGF-beta-2 and regulates its activation via interaction with 'milieu molecules', such as LTBP1 and LRRC32/GARP, that control activation of TGF-beta-2 (By similarity) |
| 功能 | TGFB2 產物與血管新生及心臟發育等過程有關。前驅蛋白在高基氏體切割後,LAP 與 TGF-beta-2 鏈仍非共價相連,使後者於細胞外基質中保持不活化;LAP 與 LTBP1、LRRC32/GARP 等分子的互動也參與活化調控。依相似性推論,LAP 釋出後,TGF-beta-2 可結合 TGFBR1、TGFBR2 並傳遞訊號。 | 含實驗來源 | 證據與來源Multifunctional protein that regulates various processes such as angiogenesis and heart development. Activation into mature form follows different steps: following cleavage of the proprotein in the Golgi apparatus, Latency-associated peptide (LAP) and Transforming growth factor beta-2 (TGF-beta-2) chains remain non-covalently linked rendering TGF-beta-2 inactive during storage in extracellular matrix (By similarity). At the same time, LAP chain interacts with 'milieu molecules', such as LTBP1 and LRRC32/GARP, that control activation of TGF-beta-2 and maintain it in a latent state during storage in extracellular milieus (By similarity). Once activated following release of LAP, TGF-beta-2 acts by binding to TGF-beta receptors (TGFBR1 and TGFBR2), which transduce signal (By similarity) PMID 22772368 ↗ · PMID 22772371 ↗ |
| 交互作用 | TGFB2 與絲胺酸蛋白酶 HTRA1、HTRA3 及 MFAP5 的互動屬相似性推論;另有資料記載 TGFB2 與 ASPN 互動。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with the serine proteases, HTRA1 and HTRA3 (By similarity). Interacts with ASPN. Interacts with MFAP5 (By similarity) PMID 17827158 ↗ |
| 交互作用 | LAP 與 TGF-beta-2 鏈非共價互動,依相似性推論可使 TGF-beta-2 維持潛伏狀態。LAP 與 LRRC32/GARP 的互動與 TGF-beta-2 活化調控有關;依相似性推論,NREP 與 TGFB2 的互動會降低 TGFB2 自我誘導。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with Transforming growth factor beta-2 (TGF-beta-2) chain; interaction is non-covalent and maintains (TGF-beta-2) in a latent state (By similarity). Interacts with LRRC32/GARP; leading to regulate activation of TGF-beta-2. Interacts with NREP; the interaction results in a decrease in TGFB2 autoinduction (By similarity) PMID 19651619 ↗ |
| 交互作用 | TGF-beta-2 可形成由雙硫鍵連結的同源二聚體。依相似性推論,TGF-beta-2 與 TGFBR1、TGFBR2 互動後可傳遞訊號。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer; disulfide-linked. Interacts with TGF-beta receptors (TGFBR1 and TGFBR2), leading to signal transduction (By similarity) PMID 1631557 ↗ · PMID 1641027 ↗ |
| 細胞定位 | Latency-associated peptide(LAP)會分泌至細胞外空間,並定位於細胞外基質。 | 推論支持 | |
| 細胞定位 | Transforming growth factor beta-2 鏈有分泌定位註記。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | 一個 Peters anomaly 家族中發現涉及 TGFB2 的染色體異常,為與 HDAC9 相關的 t(1;7)(q41;p21) 易位。資料指出的是家族中的染色體異常,未提供其致病因果機制。 | 含實驗來源 | 證據與來源A chromosomal aberration involving TGFB2 is found in a family with Peters anomaly. Translocation t(1;7)(q41;p21) with HDAC9 PMID 12706107 ↗ |
| 疾病關聯 | 影響 TGFB2 的基因變異與 Loeys-Dietz syndrome 4(LDS4)相關。此主動脈瘤症候群可涉及多系統,特徵包括動脈迂曲、主動脈剝離、顱內動脈瘤與蛛網膜下腔出血,亦可有眼距過寬、分叉懸雍垂、胸廓異常、雙尖瓣、蜘蛛指、脊柱側彎、足部異常、硬脊膜擴張、關節過度活動及皮膚薄且易瘀青或有紋路。 | 含實驗來源 | 證據與來源Loeys-Dietz syndrome 4 LDS4 An aortic aneurysm syndrome with widespread systemic involvement. LDS4 is characterized by arterial tortuosity, aortic dissection, intracranial aneurysm and subarachnoid hemorrhage, hypertelorism, bifid uvula, pectus deformity, bicuspid aortic valve, arachnodactyly, scoliosis, foot deformities, dural ectasia, joint hyperflexibility, and thin skin with easy bruising and striae. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 614816 PMID 22772368 ↗ · PMID 22772371 ↗ · PMID 25046559 ↗ |
| 疾病關聯 | 影響 TGFB2 的變異與 Camurati-Engelmann disease 2(CAEND2)相關。此常染色體顯性疾病以長骨骨幹過度骨化及硬化為特徵,也可能有顱底硬化;通常兒童期發病,可見疼痛、肌肉無力與蹣跚步態,並可能伴隨貧血、白血球減少、肝脾腫大,以及 osteopathia striata with cranial sclerosis 的特徵。 | 含實驗來源 | 證據與來源Camurati-Engelmann disease 2 CAEND2 A form of Camurati-Engelmann disease, an autosomal dominant disorder characterized by hyperostosis and sclerosis of the diaphyses of long bones. Sclerotic changes at the skull base may also be present. The disease typically presents in childhood with pain, muscular weakness, and waddling gait. Systemic manifestations such as anemia, leukopenia, and hepatosplenomegaly may also occur. In addition to diaphyseal dysplasia, CAEND2 affected individuals have features of osteopathia striata with cranial sclerosis. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 606631 PMID 39014191 ↗ · PMID 40204055 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GATGTTATCTGCTGGCAGCAGAAGGTTCGCTCCGAGCGGA40GCTCCAGAAGCTCCTGACAAGAGAAAGACAGATTGAGATA80GAGATAGAAAGAGAAAGAGAGAAAGAGACAGCAGAGCGAG120AGCGCAAGTGAAAGAGGCAGGGGAGGGGGATGGAGAATAT160TAGCCTGACGGTCTAGGGAGTCATCCAGGAACAAACTGAG200GGGCTGCCCGGCTGCAGACAGGAGGAGACAGAGAGGATCT240ATTTTAGGGTGGCAAGTGCCTACCTACCCTAAGCGAGCAA280TTCCACGTTGGGGAGAAGCCAGCAGAGGTTGGGAAAGGGT320GGGAGTCCAAGGGAGCCCCTGCGCAACCCCCTCAGGAATA360AAACTCCCCAGCCAGGGTGTCGCAAGGGCTGCCGTTGTGA400TCCGCAGGGGGTGAACGCAACCGCGACGGCTGATCGTCTG440TGGCTGGGTTGGCGTTTGGAGCAAGAGAAGGAGGAGCAGG480AGAAGGAGGGAGCTGGAGGCTGGAAGCGTTTGCAAGCGGC520GGCGGCAGCAACGTGGAGTAACCAAGCGGGTCAGCGCGCG560CCCGCCAGGGTGTAGGCCACGGAGCGCAGCTCCCAGAGCA600GGATCCGCGCCGCCTCAGCAGCCTCTGCGGCCCCTGCGGC640ACCCGACCGAGTACCGAGCGCCCTGCGAAGCGCACCCTCC680TCCCCGCGGTGCGCTGGGCTCGCCCCCAGCGCGCGCACAC720GCACACACACACACACACACACACACGCACGCACACACGT760GTGCGCTTCTCTGCTCCGGAGCTGCTGCTGCTCCTGCTCT800CAGCGCCGCAGTGGAAGGCAGGACCGAACCGCTCCTTCTT840TAAATATATAAATTTCAGCCCAGGTCAGCCTCGGCGGCCC880CCCTCACCGCGCTCCCGGCGCCCCTCCCGTCAGTTCGCCA920GCTGCCAGCCCCGGGACCTTTTCATCTCTTCCCTTTTGGC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。