基因總覽
TFF3(trefoil factor 3)是蛋白質編碼基因,產生的蛋白質長度為 80 個胺基酸。其序列包含位於第 1 至 21 個胺基酸的訊號區,以及第 30 至 73 個胺基酸的 P-type 結構域。現有資料指出,TFF3 與腸黏膜維持和修復有關;其具體作用見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000518498 ★ | 42,311,667–42,315,409 | 3 |
| ENST00000891173 | 42,311,667–42,315,530 | 4 |
| ENST00001097838 | 42,311,667–42,315,530 | 2 |
| ENST00001097840 | 42,311,667–42,315,530 | 3 |
| ENST00001097843 | 42,311,667–42,315,530 | 3 |
| ENST00000398431 | 42,312,053–42,315,336 | 3 |
顯示 6/6 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TFF3 的功能與腸黏膜的維持及修復有關。腸黏膜需要在受損後進行癒合,來源資料將 TFF3 列為參與這些維護與修復過程的因子,但未進一步說明其作用的分子機制或在不同情境下的具體效應。
在癒合過程中,TFF3 促進上皮細胞移動,因此具有促運動因子(motogen)的作用。這項描述指出其影響的是細胞移動,並將此作用連結至組織修復;資料未提供細胞移動如何被促進、相關訊號路徑或實驗條件等細節。
因此,來源支持的功能重點是 TFF3 參與腸黏膜維護與修復,並在癒合時促進上皮細胞移動。其可能的生物學意義在於支持修復過程中的細胞移動,但現有資訊不足以進一步界定其作用範圍或其他功能。
Promoter 與基因調控
>TFF3 ENST00000518498 GRCh38 chr21:42315309-42316409 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GCAGATCACTTGAGTCCAGGAGTCTGAGACCAGCCTGGCCAACATGGCGACACCTGGTCTCTAAAAAAAT ACAAAATATTAGCTGGACACATGCCTGTGGCCCAGCTACTTAGGAGGCTGAGGTGGGAGGATCACTTGAG CCCCGCGAGGGCGGGGGTCTCAGTGAGTTGAGATTGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTAACAGAGCAAG ACCCTGTCTCCAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAACAAACAAACAAACAAAAACA AACCAAAAAAACGTGCTTAGATCCAGAGAGAAAAATTCTGAAAGGATACCTAAAAAAGTGTTCACAATAG ATCAATAGATGCCTCTGGATAGGAAAGGCTCTTTTGTATTATTTGATTTTAAAAATCAATTATGTGTACC ATGTTTTTACTAACATATTTTCAATCAATTCATTTCATCCACTTATTAAAATGTAGTTACTAATTTTTAG GGGAGAAAGCAAAAAGGAAAGACAAGGAATCTCTGTGTTTCAGGAGTTGTGAGAGAGCCGCAGGGTCCTG ACTCACTCAGAGCTGCCTGTCTCCGAGGCCGATCTGGGATGAAGCAGCCTGGGGCTCTCTTGTCATGGGA CCAGGGGTGTTCTGAGGGCTTCTGGCTGGGAGGCTGAGATGGAACGGACACCACACCCTGGTCCTGCCAC CCCACATGGCTCCTGCACACTACACCAGGCCAGGCTAGGAGGGCAATTGACACACATCCGCTCCCCAGTA GAGGACCCGGAACCAGAACTGGAATCCGCCCTTACCGCTTGCTGCCAAAACAGTGGGGGCTGAACTGACC TCTCCCCTTTGGGAGAGAAAAACTGTCTGGGAGCTTGACAAAGGCATGCAGGAGAGAACAGGAGCAGCCA CAGCCAGGAGGGAGAGCCTTCCCCAAGCAAACAATCCAGAGCAGCTGTGCAAACAACGGTGCATAAATGA GGCCTCCTGGACCATGAAGCGAGTCCTGAGCTGCGTCCCGGAGCCCACGGTGGTCATGGCTGCCAGAGCG CTCTGCATGCTGGGGCTGGTCCTGGCCTTGCTGTCCTCCAGCTCTGCTGAG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TFF3_2 ↗ | 21:42,315,524 | 負股 | 42,315,514–42,315,573 |
| TFF3_1 ↗ | 21:42,315,625 | 負股 | 42,315,615–42,315,674 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR21_9LRH5 · promoter · 42315399–42315899 · regulatory
ENSR21_5CXPZC · CTCF_binding_site · 42316841–42316862 · regulatory
ENSR21_BBDQM · enhancer · 42319379–42320281 · regulatory
· motif · 42314577–42314591 · motif
· motif · 42315619–42315633 · motif
· motif · 42315625–42315639 · motif
· motif · 42315648–42315657 · motif
· motif · 42316843–42316859 · motif
· motif · 42317299–42317312 · motif
· motif · 42317299–42317312 · motif
· motif · 42317322–42317335 · motif
· motif · 42317322–42317335 · motif
· motif · 42319545–42319554 · motif
· motif · 42319625–42319636 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:80 aa
TFF3 蛋白質長 80 個胺基酸。序列第 1 至 21 位為訊號區;第 30 至 73 位註解為 P-type 結構域。資料未提供其他功能區域或序列特徵說明。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TFF3 的定位資料包括分泌、細胞外空間、細胞外基質及細胞質;來源未說明這些位置之間的轉換條件或動態。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 4 個夥伴
- FCGBPQ9Y6R7 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- PCBD1P61457 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- SGTAO43765 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- UBQLN2Q9UHD9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
TFF3 可呈單體形式,也可形成由二硫鍵連結的同源二聚體。資料未指出其他結合夥伴或複合體。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TFF3 參與腸黏膜的維持與修復,並在癒合過程中促進上皮細胞移動,具有促運動因子的作用;來源未提供更細的機制或實驗條件。 | 含實驗來源 | 證據與來源Involved in the maintenance and repair of the intestinal mucosa. Promotes the mobility of epithelial cells in healing processes (motogen) PMID 11694446 ↗ |
| 交互作用 | TFF3 可為單體,也可形成由二硫鍵連結的同源二聚體;資料未說明不同形式的條件或功能差異。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | TFF3 的定位資料包括分泌、細胞外空間、細胞外基質與細胞質;來源未說明各定位之間的條件或動態。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
GAGTCCTGAGCTGCGTCCCGGAGCCCACGGTGGTCATGGC40TGCCAGAGCGCTCTGCATGCTGGGGCTGGTCCTGGCCTTG80CTGTCCTCCAGCTCTGCTGAGGAGTACGTGGGCCTGTCTG120CAAACCAGTGTGCCGTGCCAGCCAAGGACAGGGTGGACTG160CGGCTACCCCCATGTCACCCCCAAGGAGTGCAACAACCGG200GGCTGCTGCTTTGACTCCAGGATCCCTGGAGTGCCTTGGT240GTTTCAAGCCCCTGCAGGAAGCAGAATGCACCTTCTGAGG280CACCTCCAGCTGCCCCCGGCCGGGGGATGCGAGGCTCGGA320GCACCCTTGCCCGGCTGTGATTGCTGCCAGGCACTGTTCA360TCTCAGCTTTTCTGTCCCTTTGCTCCCGGCAAGCGCTTCT400GCTGAAAGTTCATATCTGGAGCCTGATGTCTTAACGAATA440AAGGTCCCATGCTCCACCCGAGGACAGTTCTTCGTGCCTG480AGACTTTCTGAGGTTGTGCTTTATTTCTGCTGCGTCGTGG520GAGAGGGCGGGAGGGTGTCAGGGGAGAGTCTGCCCAGGCC560TCAAGGGCAGGAAAAGACTCCCTAAGGAGCTGCAGTGCAT600GCAAGGATATTTTGAATCCAGACTGGCACCCACGTCACAG640GAAAGCCTAGGAACACTGTAAGTGCCGCTTCCTCGGGAAA680GCAGAAAAAATACATTTCAGGTAGAAGTTTTCAAAAATCA720CAAGTCTTTCTTGGTGAAGACAGCAAGCCAATAAAACTGT760CTTCCAAAGTGGTCCTTTATTTCACAACCACTCTCGCTAC800TGTTCAATACTTGTACTATTCCTGGGTTTTGTTTCTTTGT840ACAGTAAACATTATGAACAAACAGGCA867cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。