演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

TFF3HITF

trefoil factor 3

TFF3(trefoil factor 3)是蛋白質編碼基因,其產物參與腸黏膜維持與修復,並促進上皮細胞在癒合過程中的移動。

Homo sapiens21q22.3UniProt Q07654
OFFICIAL SYMBOL
TFF3
CHROMOSOME
21
UNIPROT
Q07654
PDB / ALPHAFOLD
1E9T
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

TFF3(trefoil factor 3)是蛋白質編碼基因,產生的蛋白質長度為 80 個胺基酸。其序列包含位於第 1 至 21 個胺基酸的訊號區,以及第 30 至 73 個胺基酸的 P-type 結構域。現有資料指出,TFF3 與腸黏膜維持和修復有關;其具體作用見功能說明。

Official symbol
TFF3
Gene name
trefoil factor 3
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:11757
UniProt
Q07654
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
HITFITF

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 2121q22.3
chr21 · 46,709,983 bp · GRCh38chr21p13 · 1–3100000 · gvarchr21p12 · 3100001–7000000 · stalkchr21p11.2 · 7000001–10900000 · gvarchr21p11.1 · 10900001–12000000 · acenchr21q11.1 · 12000001–13000000 · acenchr21q11.2 · 13000001–15000000 · gnegchr21q21.1 · 15000001–22600000 · gpos100chr21q21.2 · 22600001–25500000 · gnegchr21q21.3 · 25500001–30200000 · gpos75chr21q22.11 · 30200001–34400000 · gnegchr21q22.12 · 34400001–36400000 · gpos50chr21q22.13 · 36400001–38300000 · gnegchr21q22.2 · 38300001–41200000 · gpos50chr21q22.3 · 41200001–46709983 · gnegTFF3pq1 bp46,709,983 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr21:42,311,667–42,315,530
Gene span
3,864 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000518498 ★42,311,667–42,315,4093
ENST0000089117342,311,667–42,315,5304
ENST0000109783842,311,667–42,315,5302
ENST0000109784042,311,667–42,315,5303
ENST0000109784342,311,667–42,315,5303
ENST0000039843142,312,053–42,315,3363

顯示 6/6 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

TFF3 的功能與腸黏膜的維持及修復有關。腸黏膜需要在受損後進行癒合,來源資料將 TFF3 列為參與這些維護與修復過程的因子,但未進一步說明其作用的分子機制或在不同情境下的具體效應。

在癒合過程中,TFF3 促進上皮細胞移動,因此具有促運動因子(motogen)的作用。這項描述指出其影響的是細胞移動,並將此作用連結至組織修復;資料未提供細胞移動如何被促進、相關訊號路徑或實驗條件等細節。

因此,來源支持的功能重點是 TFF3 參與腸黏膜維護與修復,並在癒合時促進上皮細胞移動。其可能的生物學意義在於支持修復過程中的細胞移動,但現有資訊不足以進一步界定其作用範圍或其他功能。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 42315409 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>TFF3 ENST00000518498 GRCh38 chr21:42315309-42316409 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
GCAGATCACTTGAGTCCAGGAGTCTGAGACCAGCCTGGCCAACATGGCGACACCTGGTCTCTAAAAAAAT
ACAAAATATTAGCTGGACACATGCCTGTGGCCCAGCTACTTAGGAGGCTGAGGTGGGAGGATCACTTGAG
CCCCGCGAGGGCGGGGGTCTCAGTGAGTTGAGATTGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTAACAGAGCAAG
ACCCTGTCTCCAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAACAAACAAACAAACAAAAACA
AACCAAAAAAACGTGCTTAGATCCAGAGAGAAAAATTCTGAAAGGATACCTAAAAAAGTGTTCACAATAG
ATCAATAGATGCCTCTGGATAGGAAAGGCTCTTTTGTATTATTTGATTTTAAAAATCAATTATGTGTACC
ATGTTTTTACTAACATATTTTCAATCAATTCATTTCATCCACTTATTAAAATGTAGTTACTAATTTTTAG
GGGAGAAAGCAAAAAGGAAAGACAAGGAATCTCTGTGTTTCAGGAGTTGTGAGAGAGCCGCAGGGTCCTG
ACTCACTCAGAGCTGCCTGTCTCCGAGGCCGATCTGGGATGAAGCAGCCTGGGGCTCTCTTGTCATGGGA
CCAGGGGTGTTCTGAGGGCTTCTGGCTGGGAGGCTGAGATGGAACGGACACCACACCCTGGTCCTGCCAC
CCCACATGGCTCCTGCACACTACACCAGGCCAGGCTAGGAGGGCAATTGACACACATCCGCTCCCCAGTA
GAGGACCCGGAACCAGAACTGGAATCCGCCCTTACCGCTTGCTGCCAAAACAGTGGGGGCTGAACTGACC
TCTCCCCTTTGGGAGAGAAAAACTGTCTGGGAGCTTGACAAAGGCATGCAGGAGAGAACAGGAGCAGCCA
CAGCCAGGAGGGAGAGCCTTCCCCAAGCAAACAATCCAGAGCAGCTGTGCAAACAACGGTGCATAAATGA
GGCCTCCTGGACCATGAAGCGAGTCCTGAGCTGCGTCCCGGAGCCCACGGTGGTCATGGCTGCCAGAGCG
CTCTGCATGCTGGGGCTGGTCCTGGCCTTGCTGTCCTCCAGCTCTGCTGAG
TFF3 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
TFF3_2 ↗21:42,315,524負股42,315,514–42,315,573
TFF3_1 ↗21:42,315,625負股42,315,615–42,315,674

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR21_9LRH5 · promoter · 42315399–42315899 · regulatory

ENSR21_5CXPZC · CTCF_binding_site · 42316841–42316862 · regulatory

ENSR21_BBDQM · enhancer · 42319379–42320281 · regulatory

· motif · 42314577–42314591 · motif

· motif · 42315619–42315633 · motif

· motif · 42315625–42315639 · motif

· motif · 42315648–42315657 · motif

· motif · 42316843–42316859 · motif

· motif · 42317299–42317312 · motif

· motif · 42317299–42317312 · motif

· motif · 42317322–42317335 · motif

· motif · 42317322–42317335 · motif

· motif · 42319545–42319554 · motif

· motif · 42319625–42319636 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:80 aa

1 aa80 aa結構域訊號胜肽
依 Q07654 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

TFF3 蛋白質長 80 個胺基酸。序列第 1 至 21 位為訊號區;第 30 至 73 位註解為 P-type 結構域。資料未提供其他功能區域或序列特徵說明。

訊號胜肽1–21 aa
結構域P-type30–73 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 1E9T…

PDB · 1E9T

NMR · - · A=22-80

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。細胞外定位以細胞周圍、與細胞膜保持距離的圓點表示。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Secreted, extracellular space, extracellular matrix;Cytoplasm

TFF3 的定位資料包括分泌、細胞外空間、細胞外基質及細胞質;來源未說明這些位置之間的轉換條件或動態。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 4 個夥伴 · 最多顯示 50 個
HITFTFF3FCGBPPCBD1SGTAUBQLN2
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 4 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

TFF3 可呈單體形式,也可形成由二硫鍵連結的同源二聚體。資料未指出其他結合夥伴或複合體。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

3 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 3 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能TFF3 參與腸黏膜的維持與修復,並在癒合過程中促進上皮細胞移動,具有促運動因子的作用;來源未提供更細的機制或實驗條件。含實驗來源
證據與來源

Involved in the maintenance and repair of the intestinal mucosa. Promotes the mobility of epithelial cells in healing processes (motogen)

PMID 11694446 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用TFF3 可為單體,也可形成由二硫鍵連結的同源二聚體;資料未說明不同形式的條件或功能差異。含實驗來源
證據與來源

Monomer. Homodimer; disulfide-linked

PMID 14690424 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位TFF3 的定位資料包括分泌、細胞外空間、細胞外基質與細胞質;來源未說明各定位之間的條件或動態。含實驗來源
證據與來源

Secreted, extracellular space, extracellular matrix; Cytoplasm

PMID 8454642 ↗ · PMID 10824705 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 3 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000518498 · 867 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1GAGTCCTGAGCTGCGTCCCGGAGCCCACGGTGGTCATGGC40
41TGCCAGAGCGCTCTGCATGCTGGGGCTGGTCCTGGCCTTG80
81CTGTCCTCCAGCTCTGCTGAGGAGTACGTGGGCCTGTCTG120
121CAAACCAGTGTGCCGTGCCAGCCAAGGACAGGGTGGACTG160
161CGGCTACCCCCATGTCACCCCCAAGGAGTGCAACAACCGG200
201GGCTGCTGCTTTGACTCCAGGATCCCTGGAGTGCCTTGGT240
241GTTTCAAGCCCCTGCAGGAAGCAGAATGCACCTTCTGAGG280
281CACCTCCAGCTGCCCCCGGCCGGGGGATGCGAGGCTCGGA320
321GCACCCTTGCCCGGCTGTGATTGCTGCCAGGCACTGTTCA360
361TCTCAGCTTTTCTGTCCCTTTGCTCCCGGCAAGCGCTTCT400
401GCTGAAAGTTCATATCTGGAGCCTGATGTCTTAACGAATA440
441AAGGTCCCATGCTCCACCCGAGGACAGTTCTTCGTGCCTG480
481AGACTTTCTGAGGTTGTGCTTTATTTCTGCTGCGTCGTGG520
521GAGAGGGCGGGAGGGTGTCAGGGGAGAGTCTGCCCAGGCC560
561TCAAGGGCAGGAAAAGACTCCCTAAGGAGCTGCAGTGCAT600
601GCAAGGATATTTTGAATCCAGACTGGCACCCACGTCACAG640
641GAAAGCCTAGGAACACTGTAAGTGCCGCTTCCTCGGGAAA680
681GCAGAAAAAATACATTTCAGGTAGAAGTTTTCAAAAATCA720
721CAAGTCTTTCTTGGTGAAGACAGCAAGCCAATAAAACTGT760
761CTTCCAAAGTGGTCCTTTATTTCACAACCACTCTCGCTAC800
801TGTTCAATACTTGTACTATTCCTGGGTTTTGTTTCTTTGT840
841ACAGTAAACATTATGAACAAACAGGCA867

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。