基因總覽
TFE3（transcription factor binding to IGHM enhancer 3）是位於 X 染色體的蛋白質編碼基因，產物屬於 MiT/TFE 家族。其蛋白質具有 basic helix-loop-helix（bHLH）結構域及 leucine-zipper 區域，並含有轉錄活化區與核定位訊號。這些特徵構成其作為轉錄因子的基本分子架構；其具體 DNA 辨識與調控作用則依細胞狀態而定。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000315869 ★ | 49,028,726–49,043,357 | 10 |
| ENST00000874969 | 49,028,726–49,043,476 | 10 |
| ENST00000912302 | 49,028,726–49,043,476 | 10 |
| ENST00000996419 | 49,028,726–49,043,476 | 11 |
| ENST00001043066 | 49,028,726–49,043,476 | 9 |
| ENST00001043071 | 49,028,726–49,043,476 | 10 |
| ENST00001064215 | 49,028,726–49,043,476 | 10 |
| ENST00001132550 | 49,028,726–49,043,476 | 10 |
顯示 8/8 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TFE3 是調控溶酶體生成與免疫反應的重要轉錄因子。它辨識 E-box 序列（5'-CANNTG-3'），並能結合免疫球蛋白增強子中的 MUE3 box，也可結合 USF/MLTF 位點。有效的 DNA 結合需要 TFE3 形成同源二聚體，或與 MiT/TFE 家族成員 TFEB、MITF 形成異源二聚體。TFE3 也會辨識許多溶酶體基因調控區中的 CLEAR-box 序列（5'-GTCACGTGAC-3'），促進這些基因的表現，因而在溶酶體相關基因的轉錄調控中居於重要位置。
TFE3 的轉錄活性會隨營養狀態改變，並受 MTOR 調控。營養充足時，MTOR 促使 TFE3 磷酸化並使其失活；飢餓或溶酶體受壓力時，MTOR 活性受到抑制，TFE3 去磷酸化後則可恢復轉錄因子活性。這套調節方式使細胞能依營養或溶酶體狀態調整相關基因表現。營養缺乏時，TFE3 也可能透過促進 PIP4P1 表現，參與調節溶酶體的位置。
在幹細胞相關過程中，TFE3 促進 ESRRB 等基因表現，有助維持胚胎幹細胞的多能性；在造血幹細胞中，它是維持初始多能狀態所必需的。依據相似性資料，MTOR 依賴的 TFE3 胞質滯留與失活會促進這些細胞離開多能狀態；TFE3 活性也與抑制神經前驅細胞分化有關，但此項作用同樣是依據相似性註解。
TFE3 亦參與其他組織與免疫調控。依據相似性資料，它可促進脂肪組織棕色化相關標的基因表現，而 MTOR 依賴的磷酸化及胞質滯留會抑制此過程。在活化的 CD4(+) T 細胞及胸腺中，TFE3 與 TFEB 協同活化 CD40L 表現，參與 T 細胞依賴的抗體反應及胸腺依賴性體液免疫。此外，TFE3 可在 TSC22D1 參與下，促進 TGF-beta 誘導的 COL1A2 轉錄。
Promoter 與基因調控
>TFE3 ENST00000315869 GRCh38 chrX:49043257-49044357 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TCTTGTATGCCAAACAACCTGCTAGCACTTTTCATACATTATCTTTAATCCTCAGAACAACCCTGCCAGA CAGGTATTTTGACCCCCATTTAACAGGCCAGGAAAGCTGAGGCTGGGAGAGGGGAGGTCCCCTTCCCTAT TCAAACCTGGATCTTTGTGATTCCAGAAGTCGTCATTCACCGAAGGGACCAGATTCATTCACCCGTCAAG AATTTATTAAGCACATATTGCGCAGCGCAATGAACATAGTACAACCGCTCTCGATGGCATGGAACAGGCG GAATACTCCCGGAAGACCAGCTGGGCGGCTGGACTGCGGACAGCGAAAGGGGGGGGTTTCTGGCCCGCAC CTTCAGGGAATGTAGCTGCCTCTGCCTCATAGTTATGGCTTTGGCTGAGAGAGCACAGCCAGATCGAGGT TGGAGCGCGGTCTAGGGCTCAGATATTACAAATATTGGCCGAAAGAGGGCGCGGTTCCGCAGCTAAAAGC TTGGCCAGGAGACCCTCCGTGCGCCGACTGGCCATCGATGCGCAGGCGCAGAGGACCCAAGGAGCGGCTT AATATTACCTTGCAGAGGGATAATTTGAGAAGAGAGGGCGTGGCTCCGAAAGCGACGCAAACATAGAGGC GTGGTTCAACCAAATCAACCCTCGCCTATTTGTCGCTGCCCCTGAGGGCGTGGTCTGGGTGCTGCTTCTC GGAATGAGGGCGGGCCGAATCGCGTTTTTCCTCCGCGTCGGAGGCGTCGCTTAGGGTGGGCCCTCGAATC GCCGTTCAGCGATTGGCCGCCTCGCTAATGGGTCGTGGCCAGACGGGCCATCCATCCCCAGTGCGGTCAC TTCCTGTGGAGTTTCCCCATCCCTGGGAGGAGGGAGGAGGGGGAAGAAGACGAGGGGGAGGAGGGCGGTC GTCCGGGGTTAGGTTGAGGGGGGGCGTCGGTCCGTTCTGGGCGGGGGATGACTCACAGCCCATCCCATCT CCCCGACGCCGCCCGCCCGCGCAGTGCTAGCTCCATGGCTTAGCGGAGGAGGCGGCGGTGGCGAGCTGGG GGGAGGGGGGACTCTTATTTTGTTAGGGGGACCGGGCCGAGGCCCGACCGG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TFE3_1 ↗ | X:49,043,355 | 負股 | 49,043,345–49,043,404 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSRX_C6TDG · enhancer · 49039595–49040938 · regulatory
ENSRX_C6TDM · enhancer · 49041586–49043346 · regulatory
ENSRX_5FJG73 · CTCF_binding_site · 49042367–49042388 · regulatory
ENSRX_9PGKT · promoter · 49043347–49043829 · regulatory
ENSRX_9PGKZ · enhancer · 49043830–49044307 · regulatory
ENSRX_5FJGG3 · CTCF_binding_site · 49043883–49043904 · regulatory
· motif · 49039994–49040008 · motif
· motif · 49039994–49040008 · motif
· motif · 49039997–49040005 · motif
· motif · 49040001–49040012 · motif
· motif · 49040529–49040540 · motif
· motif · 49040573–49040583 · motif
· motif · 49040579–49040589 · motif
· motif · 49040678–49040688 · motif
· motif · 49040712–49040722 · motif
· motif · 49040742–49040752 · motif
· motif · 49040915–49040925 · motif
· motif · 49040923–49040933 · motif
· motif · 49041836–49041847 · motif
· motif · 49041984–49041995 · motif
· motif · 49042369–49042385 · motif
· motif · 49042400–49042422 · motif
· motif · 49042400–49042422 · motif
· motif · 49043325–49043338 · motif
· motif · 49043418–49043428 · motif
· motif · 49043420–49043430 · motif
· motif · 49043420–49043433 · motif
· motif · 49043454–49043464 · motif
· motif · 49043456–49043469 · motif
· motif · 49043475–49043485 · motif
· motif · 49043511–49043520 · motif
· motif · 49043674–49043684 · motif
· motif · 49043723–49043733 · motif
· motif · 49043754–49043764 · motif
· motif · 49043818–49043829 · motif
· motif · 49043818–49043829 · motif
· motif · 49043885–49043901 · motif
· motif · 49044018–49044028 · motif
· motif · 49044020–49044030 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：575 aa
TFE3 蛋白質長 575 個胺基酸，屬於 MiT/TFE 家族。其 bHLH 結構域位於胺基酸 346–399，leucine-zipper 區域位於 409–430；另有位於 356–359 的核定位訊號。胺基酸 260–271 被註解為強轉錄活化區。資料亦標示多段無序區，分布於 90–153、211–246、473–498 及 534–575。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TFE3 可位於細胞質、細胞核及溶酶體膜，且定位會隨營養狀態改變。 營養充足時，TFE3 經 GDP 結合型 RagC 或 RagD 招募至溶酶體膜，並由 MTOR 磷酸化；磷酸化會阻止其進入細胞核，並促進泛素化與降解。 相反地，mTORC1 受抑制、飢餓或溶酶體受破壞時，TFE3 去磷酸化並轉位至細胞核。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 4 個夥伴
- IPO8O15397 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- LAMTOR3Q9UHA4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MITFO75030 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- SUMO1P63165 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
TFE3 可形成同源二聚體，也可與 TFEB 或 MITF 形成異源二聚體。它與 GDP 結合型 RRAGC/RagC、RRAGD/RagD 有交互作用；在營養充足時，這些關係與 TFE3 被招募至溶酶體膜有關。TFE3 也會與 TSC22D1 互作，且此互作在 TGF-beta 存在時增強。這些資料描述的是二聚體形成或分子互作，不應與單純的功能關聯混為一談。
疾病與遺傳關聯
TFE3 變異與 X-linked syndromic intellectual developmental disorder with pigmentary mosaicism and coarse facies 有關；此疾病可見嚴重發展遲緩、智能發展受損、語言能力不佳、粗獷面容及 Blaschkoid 色素鑲嵌，亦可能伴隨癲癇、骨科異常、肌張力低下或生長異常，男女皆可能受影響。另有染色體異常涉及 TFE3 的病例報告：在 alveolar soft part sarcoma 中，t(X;17)(p11;q25) 與 ASPSCR1 形成 ASPSCR1-TFE3 融合蛋白；在 papillary renal cell carcinoma 中，則報告涉及 TFE3 的染色體易位或倒位。腎細胞癌易感性與影響 TFE3 的變異相關，但這些關聯不等同於單一因果機制。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 6 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TFE3 是調控溶酶體生成與免疫反應的轉錄因子，可辨識 E-box、CLEAR-box、免疫球蛋白增強子中的 MUE3 box，以及 USF/MLTF 位點；有效 DNA 結合需要自身或與 TFEB、MITF 二聚化。其活性受 MTOR 依營養與溶酶體狀態調節，並參與幹細胞多能性、神經前驅細胞分化、脂肪組織棕色化、T 細胞免疫反應及 COL1A2 轉錄等過程；部分功能依據相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源Transcription factor that acts as a master regulator of lysosomal biogenesis and immune response. Specifically recognizes and binds E-box sequences (5'-CANNTG-3'); efficient DNA-binding requires dimerization with itself or with another MiT/TFE family member such as TFEB or MITF. Involved in the cellular response to amino acid availability by acting downstream of MTOR: in the presence of nutrients, TFE3 phosphorylation by MTOR promotes its inactivation. Upon starvation or lysosomal stress, inhibition of MTOR induces TFE3 dephosphorylation, resulting in transcription factor activity. Specifically recognizes and binds the CLEAR-box sequence (5'-GTCACGTGAC-3') present in the regulatory region of many lysosomal genes, leading to activate their expression, thereby playing a central role in expression of lysosomal genes. Maintains the pluripotent state of embryonic stem cells by promoting the expression of genes such as ESRRB; mTOR-dependent TFE3 cytosolic retention and inactivation promotes exit from pluripotency (By similarity). Required to maintain the naive pluripotent state of hematopoietic stem cell; mTOR-dependent cytoplasmic retention of TFE3 promotes the exit of hematopoietic stem cell from pluripotency. TFE3 activity is also involved in the inhibition of neuronal progenitor differentiation (By similarity). Acts as a positive regulator of browning of adipose tissue by promoting expression of target genes; mTOR-dependent phosphorylation promotes cytoplasmic retention of TFE3 and inhibits browning of adipose tissue (By similarity). In association with TFEB, activates the expression of CD40L in T-cells, thereby playing a role in T-cell-dependent antibody responses in activated CD4(+) T-cells and thymus-dependent humoral immunity (By similarity). Specifically recognizes the MUE3 box, a subset of E-boxes, present in the immunoglobulin enhancer. It also binds very well to a USF/MLTF site. Promotes TGF-beta-induced transcription of COL1A2; via its interaction with TSC22D1 at E-boxes in the gene proximal promoter (By similarity). May regulate lysosomal positioning in response to nutrient deprivation by promoting the expression of PIP4P1 PMID 2338243 ↗ · PMID 24448649 ↗ · PMID 29146937 ↗ · PMID 30733432 ↗ · PMID 31672913 ↗ · PMID 36608670 ↗ · PMID 37079666 ↗ |
| 交互作用 | TFE3 可形成同源二聚體，亦可與 TFEB 或 MITF 形成異源二聚體。它與 GDP 結合型 RRAGC/RagC、RRAGD/RagD 互作，並與營養充足時被招募至溶酶體膜有關；此外，TFE3 與 TSC22D1 的互作在 TGF-beta 存在時增強。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer and heterodimer; with TFEB or MITF. Interacts with RRAGC/RagC GDP-bound and RRAGD/RagD GDP-bound; promoting its recruitment to lysosomal membrane in the presence of nutrients. Interacts with TSC22D1; the interaction is enhanced in the presence of TGF-beta (By similarity) PMID 15507434 ↗ · PMID 1748288 ↗ · PMID 24448649 ↗ · PMID 36608670 ↗ |
| 細胞定位 | TFE3 可見於細胞質、細胞核及溶酶體膜。營養充足時，GDP 結合型 RagC 或 RagD 將其招募至溶酶體膜，之後由 MTOR 磷酸化；此磷酸化會阻止核轉位，並促進泛素化與降解。mTORC1 受抑制、飢餓或溶酶體受破壞時，TFE3 去磷酸化並轉位至細胞核。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm, cytosol; Nucleus; Lysosome membrane; When nutrients are present, recruited to the lysosomal membrane via association with GDP-bound RagC/RRAGC (or RagD/RRAGD): it is then phosphorylated by MTOR. Phosphorylation by MTOR prevents nuclear translocation and promotes ubiquitination and degradation. Conversely, inhibition of mTORC1, starvation and lysosomal disruption, promotes dephosphorylation and translocation to the nucleus PMID 21209915 ↗ · PMID 22692423 ↗ · PMID 24448649 ↗ · PMID 30733432 ↗ · PMID 36608670 ↗ · PMID 37079666 ↗ |
| 疾病關聯 | 影響 TFE3 的變異可導致 X-linked syndromic intellectual developmental disorder with pigmentary mosaicism and coarse facies。此疾病以嚴重發展遲緩、智能發展受損、語言能力不佳、粗獷面容及 Blaschkoid 色素鑲嵌為特徵；可能另有癲癇、骨科異常、肌張力低下或生長異常，且男女皆可受影響。 | 含實驗來源 | 證據與來源Intellectual developmental disorder, X-linked, syndromic, with pigmentary mosaicism and coarse facies MRXSPF A disorder characterized by severe developmental delay with impaired intellectual development and poor speech, coarse facial dysmorphisms, and Blaschkoid pigmentary mosaicism. Additional clinical features may include epilepsy, orthopedic abnormalities, hypotonia, and growth abnormalities. The disorder affects both males and females. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 301066 PMID 30595499 ↗ · PMID 31833172 ↗ · PMID 32409512 ↗ · PMID 36608670 ↗ |
| 疾病關聯 | 在 alveolar soft part sarcoma 患者中報告有涉及 TFE3 的染色體異常。t(X;17)(p11;q25) 易位與 ASPSCR1 形成 ASPSCR1-TFE3 融合蛋白。 | 含實驗來源 | 證據與來源A chromosomal aberration involving TFE3 is found in patients with alveolar soft part sarcoma. Translocation t(X;17)(p11;q25) with ASPSCR1 forms a ASPSCR1-TFE3 fusion protein PMID 11358836 ↗ |
| 疾病關聯 | Xp11-associated renal cell carcinoma 的易感性與影響 TFE3 的變異相關；涉及 TFE3 的染色體異常也見於 papillary renal cell carcinoma。報告的重排包括與 PRCC 或 PSF 的易位，以及使 NONO 與 TFE3 融合的 X 染色體倒位。此腎癌類群源自近端腎小管上皮，可呈現不同組織型態；關聯資料不表示所有病例均由相同變異造成。 | 含實驗來源 | 證據與來源Renal cell carcinoma Xp11-associated RCCX1 Renal cell carcinoma is a heterogeneous group of sporadic or hereditary carcinoma derived from cells of the proximal renal tubular epithelium. It is subclassified into clear cell renal carcinoma (non-papillary carcinoma), papillary renal cell carcinoma, chromophobe renal cell carcinoma, collecting duct carcinoma with medullary carcinoma of the kidney, and unclassified renal cell carcinoma. RCCX1 histology shows both clear cells and papillary architecture, often with abundant psammoma bodies, although variable histologic features have been observed. Disease susceptibility is associated with variants affecting the gene represented in this entry. Chromosomal aberrations involving TFE3 are found in patients with papillary renal cell carcinoma. Translocation t(X;1)(p11.2;q21.2) with PRCC; translocation t(X;1)(p11.2;p34) with PSF; inversion inv(X)(p11.2;q12) that fuses NONO to TFE3 MIM: 300854 PMID 8872474 ↗ · PMID 8986805 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GCAGTGCTAGCTCCATGGCTTAGCGGAGGAGGCGGCGGTG40GCGAGCTGGGGGGAGGGGGGACTCTTATTTTGTTAGGGGG80ACCGGGCCGAGGCCCGACCGGCCTGGCAGGGCTCGCCCGG120GGCCGGGCGTCATGTCTCATGCGGCCGAACCAGCTCGGGA160TGGCGTAGAGGCCAGCGCGGAGGGCCCTCGAGCCGTGTTC200GTGCTGTTGGAGGAGCGCAGGCCGGCCGACTCGGCTCAGC240TGCTCAGCCTGAACTCTTTGCTTCCGGAATCCGGGATTGT280TGCTGACATAGAATTAGAAAACGTCCTTGATCCTGACAGC320TTCTACGAGCTCAAAAGCCAACCCTTACCCCTTCGCTCAA360GCCTCCCAATATCACTGCAGGCCACACCAGCCACCCCAGC400TACACTCTCTGCATCGTCTTCTGCAGGGGGCTCCAGGACC440CCTGCCATGTCGTCATCTTCTTCATCGAGGGTCTTGCTGC480GGCAGCAGCTAATGCGGGCCCAGGCGCAGGAGCAGGAGAG520GCGTGAGCGTCGGGAACAGGCCGCCGCGGCTCCCTTCCCC560AGTCCTGCACCTGCCTCTCCTGCCATCTCTGTGGTTGGCG600TCTCTGCTGGGGGCCACACATTGAGCCGTCCACCCCCTGC640TCAGGTGCCCAGGGAGGTGCTCAAGGTGCAGACCCATCTG680GAGAACCCAACGCGCTACCACCTGCAGCAGGCGCGCCGGC720AGCAGGTGAAACAGTACCTGTCCACCACACTCGGGCCCAA760GCTGGCTTCCCAGGCCCTCACCCCACCGCCGGGGCCCGCA800AGTGCCCAGCCACTGCCTGCCCCTGAGGCTGCCCACACTA840CCGGCCCCACAGGCAGTGCGCCCAACAGCCCCATGGCGCT880GCTCACCATCGGGTCCAGCTCAGAGAAGGAGATTGATGAT920GTCATTGATGAGATCATCAGCCTGGAGTCCAGTTACAATG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。