基因總覽
TFDP1 是蛋白質編碼基因，正式名稱為 transcription factor Dp-1，產物屬於 E2F/DP 家族。這個蛋白質可與 E2F 家族成員形成異源二聚體，是 E2F 轉錄因子複合體的一員。其序列包含 DNA 結合區、二聚化區，以及與 CEBPA 互作和增強 RB 蛋白結合 E2F 相關的區域；另有數段被註記為無序區。這些結構特徵與其參與轉錄調控的角色相符。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000375370 ★ | 113,584,753–113,641,473 | 12 |
| ENST00000866241 | 113,584,525–113,641,509 | 12 |
| ENST00000866242 | 113,584,525–113,641,509 | 12 |
| ENST00000866243 | 113,584,525–113,641,509 | 10 |
| ENST00000960058 | 113,584,525–113,641,509 | 13 |
| ENST00000960066 | 113,584,525–113,641,509 | 12 |
| ENST00001045696 | 113,584,525–113,586,163 | 3 |
| ENST00001060778 | 113,584,525–113,586,185 | 4 |
| ENST00001116764 | 113,584,525–113,641,509 | 11 |
| ENST00001131228 | 113,584,525–113,634,342 | 7 |
| ENST00000866244 | 113,584,698–113,641,509 | 12 |
| ENST00000866245 | 113,584,698–113,641,509 | 12 |
顯示 12/53 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
transcription factor Dp-1 可促進 E2F 依賴的轉錄，並與 E2F 家族成員協同結合 DNA。此複合體辨識位於多種基因啟動子區域的 E2 recognition site（5'-TTTC[CG]CGC-3'）；這些基因的產物參與細胞週期調控或 DNA 複製。因此，TFDP1 所在的複合體能參與控制與細胞週期及 DNA 複製相關的基因表現。
E2F1:DP 複合體被認為可能同時介導細胞增殖與細胞凋亡，顯示其轉錄調控作用涉及不同的細胞命運過程。來源未進一步限定這些作用各自發生的條件或相對方向，因此不宜將其簡化為只促進增殖或只促進凋亡。
TFDP1 也參與抑制脂肪細胞分化。TFDP1:E2F1 與 CEBPA 互作，會妨礙 CEBPA 結合其標的基因啟動子，並抑制 CEBPA 的轉錄活性；此作用與阻止脂肪細胞分化相關。這項作用不同於透過 E2F 結合位點調節細胞週期或 DNA 複製基因的方式，反映 TFDP1 可藉由與不同轉錄調控因子形成互作，影響不同類型的基因表現。
Promoter 與基因調控
>TFDP1 ENST00000375370 GRCh38 chr13:113583753-113584853 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter ATGCACACACACTAGTGCACACACCAGTCCCCGCTCCCTCACATGCACACACACGAGTGCACACACCAGT CCCCGCTCCCTCACATGCACACACTAGTGCACACACCAGTCCCCGCTCCCTCACATGCACACACTAGTGC ACACACCAGTCCCCGCTCCCTCACATGCACACACTAGTGCACACACCAGTCCCCGCTCCCTCACATGCAC ACACACGAGTGCACACACCAGTCCCCGCTCCCTCACATGCACACACACGAGTGCACACACCAGTCCCCGC TCCCTCACATGCACACACACGAGTGCACACACCAGTCCCCGCTCCCTCACATGCACACACACGAGTGCAC ACACCAGTCCCCGCTCCCTCACATGCACACACACGAGTGCACACACCAGTCCCCGCTCCCTCACATGCAC ACACACTAGTGCACACACCAGTCCCCGCTCCCTCACGTGCACATGCACTAGTGCACACACTAGTCCCTGC TCCCCCACGTGCACACACACTCTTGCACACAGCCGGCCCCGCTCCCCCACGTGCACACACCAGCTCCCGC TCCCCCACATGCACACACACTCGTGCACATAGCCGGCCCCGCTCCCCCATGTGCACACACACTCTTGCAC ACAGCCGGCCACCTCTCTCTCCGGACACACACAGTCAGAGGCGCGCACAAACACAGTCCCTTGGCCGCCG AGCGCACGCCGCGCGCGCGCACTGCCCGTCCCGGCGCAGGCCCCAGCTACATCTCCGCACGCGCACGCGC ACACACGGACACGCGCGCACAGCCCCTCCCCGCTCTCCCAGGGCGCGCAGCACTGGCGGGAGGAGCGGGA GACCGAGGAGCAGCAGAAGAGGAGGAGGAGGGCGCCGAAGGCGCGAAAAGGCGCGCAGGCGCGCTGCGCG GAGCGGGCCCGCCGCCGCCCACGTCACCGCGCCGCGCGCACGTCACGCCGGCCCGACGCTCGGCCAGGGT GAGCCCCGCGTCCCGGCGCCACTCGGCCCAGGGCAGGGACCCCGCCACGGCCGGGACCGCCCGGCCCGGC CCCAGCCCGCGCCTCTCCGCGCCGCCCCGCGCTCCGCACCGCGCCCTCTCC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TFDP1_1 ↗ | 13:113,584,753 | 正股 | 113,584,704–113,584,763 |
| TFDP1_3 ↗ | 13:113,584,858 | 正股 | 113,584,809–113,584,868 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR13_93N48W · promoter · 113584263–113584763 · regulatory
ENSR13_BSJM3 · enhancer · 113584764–113585702 · regulatory
ENSR13_85C6K8 · enhancer · 113586985–113587118 · regulatory
· motif · 113583379–113583394 · motif
· motif · 113584462–113584473 · motif
· motif · 113584462–113584473 · motif
· motif · 113584506–113584517 · motif
· motif · 113584506–113584517 · motif
· motif · 113584512–113584523 · motif
· motif · 113584512–113584523 · motif
· motif · 113584644–113584655 · motif
· motif · 113584644–113584655 · motif
· motif · 113584670–113584683 · motif
· motif · 113584676–113584689 · motif
· motif · 113584884–113584893 · motif
· motif · 113585318–113585327 · motif
· motif · 113585326–113585335 · motif
· motif · 113585423–113585432 · motif
· motif · 113585584–113585595 · motif
· motif · 113585584–113585595 · motif
· motif · 113586107–113586113 · motif
· motif · 113587046–113587061 · motif
· motif · 113587053–113587061 · motif
· motif · 113587065–113587073 · motif
· motif · 113587931–113587943 · motif
· motif · 113588068–113588083 · motif
· motif · 113588073–113588085 · motif
· motif · 113588076–113588083 · motif
TFDP1 的表現會在分化過程中下調；來源未說明這項變化所涉及的分化類型或具體調控機制。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：410 aa
transcription factor Dp-1 長 410 個胺基酸，屬於 E2F/DP 家族。蛋白質含有 DNA 結合區（113–195）、二聚化區（204–277），以及 DEF box（161–195）。另有一段與 CEBPA 互作的區域（105–127），和一段可增強 RB 蛋白結合 E2F 的區域（211–327）；後者涵蓋 DCB1（214–246）與 DCB2（259–315）。第 73–116 與 370–410 位胺基酸區段被註記為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
transcription factor Dp-1 可在細胞質與細胞核之間穿梭；與 E2F1 形成異源二聚體後，會轉移至細胞核。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 7 個夥伴
- DVL1O14640 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- E2F1Q01094 · UniProt INTERACTION · 17 experiments
- E2F2Q14209 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- E2F4Q16254 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- E2F6O75461 · UniProt INTERACTION · 24 experiments
- MAXP61244 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- NLKQ9UBE8 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
transcription factor Dp-1 可與 E2F 家族成員形成異源二聚體，並參與 E2F:DP、E2F6.com-1 與 DREAM（亦稱 LINC）複合體。與 E2F 結合的 RB1、RBL1 或 RBL2 可抑制 E2F 的轉錄活化區，並透過招募 HDAC 參與抑制；G1 期中晚段 RB 家族蛋白磷酸化並脫離複合體後，E2F 轉為具轉錄活性。來源亦指出，病毒致癌蛋白可隔離 RB 蛋白，使活化複合體得以釋出。另 TFDP1:E2F1 與 CEBPA 互作，妨礙 CEBPA 結合標的啟動子並抑制其轉錄活性。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | transcription factor Dp-1 可促進 E2F 依賴的轉錄，並與 E2F 家族成員協同結合 DNA 上的 E2 recognition site（5'-TTTC[CG]CGC-3'）。此序列位於多種與細胞週期調控或 DNA 複製相關基因的啟動子區域。E2F1:DP 複合體被認為可能介導細胞增殖與凋亡；此外，TFDP1 可透過抑制 CEBPA 與其標的啟動子結合，阻止脂肪細胞分化。 | 含實驗來源 | 證據與來源Can stimulate E2F-dependent transcription. Binds DNA cooperatively with E2F family members through the E2 recognition site, 5'-TTTC[CG]CGC-3', found in the promoter region of a number of genes whose products are involved in cell cycle regulation or in DNA replication. The E2F1:DP complex appears to mediate both cell proliferation and apoptosis. Blocks adipocyte differentiation by repressing CEBPA binding to its target gene promoters PMID 20176812 ↗ · PMID 7739537 ↗ · PMID 8405995 ↗ |
| 交互作用 | TFDP1 與 E2F 家族成員形成異源二聚體，參與 E2F:DP、E2F6.com-1 及 DREAM（LINC）複合體。低磷酸化的 RB1、RBL1、RBL2 可抑制 E2F 轉錄活化區，並透過招募 HDAC 參與抑制；G1 期中晚段 RB 家族蛋白磷酸化並脫離後，E2F 轉為活化。病毒致癌蛋白可隔離 RB 蛋白而釋出活化複合體。TFDP1:E2F1 與 CEBPA 互作，抑制其結合標的啟動子及轉錄活性。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the E2F:DP transcription factor complex. Forms heterodimers with E2F family members. The complex can interact with hypophosphorylated retinoblastoma protein RB1 and related proteins (RBL1 and RBL2) that inhibit the E2F transactivation domain. This repression involves recruitment of histone deacetylase (HDAC). During the cell cycle, from mid-to-late G1 phase, RB family members become phosphorylated, detach from the DRTF1/E2F complex to render E2F transcriptionally active. Viral oncoproteins, notably E1A, T-antigen and HPV E7, are capable of sequestering RB protein, thus releasing the active complex. Part of the E2F6.com-1 complex in G0 phase is composed of E2F6, MGA, MAX, TFDP1, CBX3, BAT8, EUHMTASE1, RING1, RNF2, MBLR, L3MBTL2 YAF2. Component of the DREAM complex (also named LINC complex) at least composed of E2F4, E2F5, LIN9, LIN37, LIN52, LIN54, MYBL1, MYBL2, RBL1, RBL2, RBBP4, TFDP1 and TFDP2. The complex exists in quiescent cells where it represses cell cycle-dependent genes. It dissociates in S phase when LIN9, LIN37, LIN52 and LIN54 form a subcomplex that binds to MYBL2. The complex TFDP1:E2F1 interacts with CEBPA; the interaction prevents CEBPA binding to target gene promoters and represses its transcriptional activity PMID 12004135 ↗ · PMID 17531812 ↗ · PMID 20176812 ↗ · PMID 7739537 ↗ · PMID 8405995 ↗ |
| 細胞定位 | transcription factor Dp-1 位於細胞核與細胞質之間，並可在兩者間穿梭；與 E2F1 形成異源二聚體後，會轉移至細胞核。 | 推論支持 | 證據與來源Nucleus; Cytoplasm; Shuttles between the cytoplasm and nucleus and translocates into the nuclear compartment upon heterodimerization with E2F1 |
| 調控 | TFDP1 的表現會在分化過程中下調；來源未提供分化類型或下調機制的進一步資訊。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
ACTCGGCCCAGGGCAGGGACCCCGCCACGGCCGGGACCGC40CCGGCCCGGCCCCAGCCCGCGCCTCTCCGCGCCGCCCCGC80GCTCCGCACCGCGCCCTCTCCGCGTCCCCGCCCGCGCGGC120CGGACCGGGCAGCCAGAAAAATCATTTTTCTTCTCTGGGA160AGGTGAACATTTGTAGCATTGATTTCCCGGATCTGGTAAC200ATGGCAAAAGATGCCGGTCTAATTGAAGCCAACGGAGAAC240TCAAGGTCTTCATAGACCAGAACCTTAGTCCCGGGAAAGG280CGTGGTGTCCCTCGTGGCCGTTCACCCCTCCACCGTCAAC320CCGCTCGGGAAGCAGCTCTTGCCAAAAACCTTTGGACAGT360CCAATGTCAACATTGCCCAGCAAGTGGTAATTGGTACGCC400TCAGAGACCGGCAGCGTCAAACACCCTGGTGGTAGGAAGC440CCACACACCCCCAGCACTCACTTTGCCTCTCAGAACCAGC480CTTCCGACTCCTCACCTTGGTCTGCCGGGAAGCGCAACAG520GAAAGGAGAGAAGAATGGCAAGGGCCTACGGCATTTCTCC560ATGAAGGTCTGCGAGAAGGTGCAGAGGAAAGGGACCACTT600CCTACAACGAAGTGGCAGACGAGCTGGTTGCGGAGTTCAG640TGCTGCCGACAACCACATCTTACCAAACGAGTCAGCTTAT680GACCAGAAAAACATAAGACGGCGCGTCTACGATGCCTTAA720ACGTGCTAATGGCCATGAACATCATCTCCAAGGAGAAGAA760GGAGATCAAGTGGATTGGTCTGCCCACCAACTCGGCTCAG800GAATGTCAGAACTTAGAGGTGGAAAGACAGAGGAGACTTG840AAAGAATAAAACAGAAACAGTCTCAACTTCAAGAACTTAT880TCTACAGCAAATTGCCTTCAAGAACCTGGTGCAGAGAAAC920CGGCATGCGGAGCAGCAGGCCAGCCGGCCACCGCCACCCA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。