基因總覽
TFAP4 是位於人類第 16 號染色體的蛋白質編碼基因,其產物為 transcription factor AP-4。這種轉錄因子具有 bHLH 結構域,並含有兩段 leucine-zipper 區域;蛋白質序列中另有被註記為無序的區段。這些結構特色構成其分子辨識與組裝相關的基礎。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000204517 ★ | 4,257,186–4,273,023 | 7 |
| ENST00000880819 | 4,257,186–4,273,023 | 7 |
| ENST00000880820 | 4,257,186–4,273,023 | 6 |
| ENST00000880821 | 4,257,186–4,272,959 | 4 |
| ENST00000880822 | 4,257,186–4,273,023 | 7 |
| ENST00000572393 | 4,261,779–4,263,737 | 4 |
顯示 6/6 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
transcription factor AP-4 可活化病毒基因與細胞基因。其作用與辨識特定 DNA 序列有關:它能結合對稱序列 5'-CAGCTG-3',藉此參與基因轉錄的調控。來源將其描述為轉錄因子,並指出其活化作用涵蓋病毒及細胞兩類基因,但未提供更細的下游機制或特定基因清單。
有效的 DNA 結合需要 AP-4 與另一個 bHLH 蛋白形成二聚體;來源亦記載同源二聚體。這表示結合 DNA 的能力與蛋白質組裝狀態相關,而非僅由單一蛋白質直接完成。現有資料未進一步說明同源二聚體與其他 bHLH 蛋白二聚體在結合或調控上的差異,也未提供其形成條件。
因此,來源支持的功能重點是:transcription factor AP-4 透過二聚化相關的 DNA 結合,辨識特定對稱序列並活化病毒與細胞基因。資料未交代這些作用所涉及的細胞過程、特定生理情境或生物學後果,故不宜由此延伸推論其他調控路徑。
Promoter 與基因調控
>TFAP4 ENST00000204517 GRCh38 chr16:4272923-4274023 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CCGTCCCTGCCCCAAGTCGTCACCCCCTCTTGGGGAGCGCATCCTGGCGGAGGGGCAAGTCCCACACGGG CTTTGTTATGAATGGGAAGCTGCAGCCTTCAGCCCGCGGAGGGAACAGTGCGGGTCTGGGGGAATAGCAG GGGACCCGGCAGCAACCAGCAGACCTCCCCGCAGCGCTGGCAGCCTGCGCCCGGGGGCCGCTGCCGTTCA GGCCCGCCTCCACCCTCCCCTCCCTGCCGGGGCCCCCGGCTTCCTAGGGCGGCCCCAGCATCCGAGGCGC CCTTTGCCGTCCCGTCGCCGGGTCCAAGATTCCCAGGATCCGGAGTCCCGGCCGTGCGGCCAGCTAAGCA AGGCGGGAGGGAGGAAGCTGGCCGGCCTCCGAAGTCAGCCCCGAGTTACATGTGGGAAGCGGTGGCTGTG ACGCAAGTTTCCAGGGGGCCCTGGGCTCGGCTCGAAGGGAGCACACCGGAGAGGCTCCGCTCCGTGCAGC TGCAATGGTGAAAAAGCAGAAGCCCCAAGCGCGAACCCCAGGCCGCCTTCCTTGCTGCCGCTGCACGCCC GACCCAGCCGCGCCCCCTCCTCCCTGCGGGCCGGCCGAGCGCGCGGACCCTGCTCTGGGCCAGTCGCTGC TGGACTCCGGGCTGCACGGGCTGGGCTCCCTGCGCGGTGGCTGGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTGCAACGC TTGCCAACCTGTCAGCTGATGGACCTCATCACCCATAGTGGCGCATGTAGCTCGGCCGCAGCTCGCTCCA TTCACGCCGCGCCCCGCAAGCCCGCCCGCGGCCCCCGGCCCCCTGCGCCCCGCGAGAGGCCTGCAGACCC CGGTTGCAGCCGGTCCCCGGGGGCCCGCGCCCCTCTCGCCCCGGCCTCGCGCCGCCCGGGGGGCGCTGCA AATAGTCCTTTGTTTACATGCAATTCCTTACTCCGCGGAAGGAGGCCGGGGGAGTGCTGAGTTTTCACCA GCTGTTTCCCGCCTTGAAACAGACATCTGATCAGCTGCAAACACACACACACACACACACACACACACAC ACACACACACACACACACATACACACGCCCGGGGAGGCAGGCCGGAGAGAC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TFAP4_3 ↗ | 16:4,272,883 | 負股 | 4,272,873–4,272,932 |
| TFAP4_2 ↗ | 16:4,273,023 | 負股 | 4,273,013–4,273,072 |
| TFAP4_4 ↗ | 16:4,273,761 | 負股 | 4,273,751–4,273,810 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR16_D7PH · enhancer · 4270561–4273012 · regulatory
ENSR16_5325BP · CTCF_binding_site · 4270897–4270918 · regulatory
ENSR16_93NRG · promoter · 4273013–4273513 · regulatory
ENSR16_5325SX · CTCF_binding_site · 4273970–4273991 · regulatory
· motif · 4270899–4270915 · motif
· motif · 4271228–4271237 · motif
· motif · 4271228–4271237 · motif
· motif · 4271349–4271358 · motif
· motif · 4271349–4271358 · motif
· motif · 4271349–4271358 · motif
· motif · 4271349–4271358 · motif
· motif · 4271678–4271693 · motif
· motif · 4271829–4271842 · motif
· motif · 4271946–4271959 · motif
· motif · 4272084–4272097 · motif
· motif · 4272097–4272110 · motif
· motif · 4272113–4272126 · motif
· motif · 4272168–4272181 · motif
· motif · 4272323–4272336 · motif
· motif · 4273289–4273304 · motif
· motif · 4273468–4273482 · motif
· motif · 4273493–4273508 · motif
· motif · 4273510–4273523 · motif
· motif · 4273972–4273988 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:338 aa
transcription factor AP-4 長 338 個胺基酸。其 bHLH 結構域位於第 48–99 位,另有兩段 leucine-zipper 區域,分別位於第 100–120 位及第 151–179 位。第 118–141 位與第 283–338 位被註記為無序區段。
蛋白質三維結構
細胞內定位
transcription factor AP-4 定位於細胞核。 來源未提供定位隨條件改變的資訊,也未描述不同異構型之間的定位差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 14 個夥伴
- AJUBAQ96IF1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EXOSC8Q96B26 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- GEMP55040 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- GOLGA2Q08379 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- INCA1Q0VD86 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KLK6Q92876 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MCRS1Q96EZ8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NDUFB7P17568 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PTPN3P26045 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SFMBT2Q5VUG0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TEKT4Q8WW24 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRAF1Q13077 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- TRAF4Q9BUZ4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- VMACQ2NL98 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
transcription factor AP-4 的有效 DNA 結合需要與另一個 bHLH 蛋白二聚化;來源也記載其可形成同源二聚體。此處支持的是二聚化與 DNA 結合效率相關,未提供其他特定結合夥伴或複合體資訊。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | transcription factor AP-4 是轉錄因子,可透過結合對稱 DNA 序列 5'-CAGCTG-3',活化病毒基因與細胞基因。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Transcription factor that activates both viral and cellular genes by binding to the symmetrical DNA sequence 5'-CAGCTG-3' |
| 交互作用 | 有效的 DNA 結合需要與另一個 bHLH 蛋白二聚化;來源並記載同源二聚體。 | 資料庫紀錄 | |
| 細胞定位 | transcription factor AP-4 位於細胞核。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
AGACATCTGATCAGCTGCAAACACACACACACACACACAC40ACACACACACACACACACACACACACACATACACACGCCC80GGGGAGGCAGGCCGGAGAGACCTCCCTCCCGCCCCTCCCG120CCCGCCTCCCTCCCCTCGCCGCCGCCGCCGCCGCCAGCAT160CTGGGACCGGCCGATTCTGCACCTCCGTCCGGCGCTGCCC200TTTGATTCGGATTTCCATCTTGCATTCTCCGGCTGATCGC240GGGACCTGGCTCGTGCAGAGGAGGGGGGCCGATCGCTATG280GAGTATTTCATGGTGCCCACTCAGAAGGTGCCCTCTTTGC320AACATTTCAGGAAAACAGAGAAAGAAGTGATAGGAGGGCT360CTGTAGCCTTGCCAACATTCCACTAACCCCCGAGACTCAG400CGGGACCAGGAGCGGCGGATTCGGCGGGAGATCGCCAACA440GCAACGAGCGGAGACGCATGCAGAGCATCAACGCGGGATT480CCAGTCCCTCAAGACCCTCATCCCCCACACAGACGGAGAG520AAGCTCAGCAAGGCAGCCATTCTCCAGCAGACAGCCGAGT560ACATCTTCTCCCTGGAGCAGGAGAAGACCAGGCTCTTGCA600GCAGAACACACAGCTCAAGCGCTTCATCCAGGAGCTGAGC640GGCTCGTCCCCCAAGCGACGGCGGGCAGAGGACAAGGACG680AAGGCATAGGCTCCCCGGACATCTGGGAGGACGAGAAGGC720GGAGGACCTGCGGCGGGAGATGATTGAGCTGCGGCAGCAG760CTGGACAAGGAGCGCTCGGTGCGCATGATGCTGGAGGAGC800AGGTGCGCTCGCTGGAGGCCCACATGTACCCGGAAAAGCT840CAAGGTGATTGCGCAGCAGGTGCAGCTGCAGCAGCAGCAG880GAACAGGTGAGGCTGCTGCACCAGGAGAAGCTGGAGCGGG920AACAGCAGCAGCTGCGGACCCAGCTTCTGCCCCCTCCGGC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。