基因總覽
TFAP2A 是蛋白質編碼基因，其產物 transcription factor AP-2 alpha 屬於 AP-2 家族，具有序列專一性 DNA 結合能力。此蛋白質可與誘導型病毒及細胞增強子元件互動，參與特定基因的轉錄調控。來源描述其參與多種重要生物功能相關基因的調節，並指出它在 AP-2 家族成員中，對晶狀體囊泡早期形態形成具有特定必要性。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000379613 ★ | 10,396,677–10,415,074 | 7 |
| ENST00000461628 | 10,393,186–10,404,594 | 3 |
| ENST00000379608 | 10,396,677–10,412,391 | 7 |
| ENST00000319516 | 10,396,677–10,419,638 | 7 |
| ENST00000482890 | 10,396,677–10,416,190 | 8 |
| ENST00000466073 | 10,398,602–10,414,985 | 6 |
| ENST00000475264 | 10,400,714–10,410,094 | 5 |
| ENST00000498450 | 10,402,538–10,415,000 | 4 |
| ENST00000465858 | 10,409,997–10,412,879 | 2 |
顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
transcription factor AP-2 alpha 會辨識並結合 DNA 序列，與誘導型病毒及細胞增強子元件互動，以調節特定基因的轉錄。AP-2 因子可結合共識序列 5'-GCCNNNGGC-3'，並參與促進多種基因的表現；相關基因涉及眼、臉、體壁、肢體與神經管的正常發育。
TFAP2A 的轉錄調控作用並非只有促進表現。來源指出，它也可抑制 MCAM/MUC18 與 C/EBP alpha 等基因，並參與 Wnt canonical signaling 的負向調控；此外，TFAP2A 可作為 MYC 的轉錄抑制因子。這些作用顯示其調控方向會因目標基因及生物學脈絡而異。
在發育過程中，TFAP2A 是 AP-2 蛋白中唯一被指出對晶狀體囊泡早期形態形成必需的成員。它也可與共活化因子 CITED2 協同，促進 PITX2 P1 啟動子的轉錄活化，並與 PITX2 P1 啟動子區域的染色質相關聯。這些資料將 TFAP2A 的轉錄調控與特定發育相關基因的啟動子連結起來。
Promoter 與基因調控
>TFAP2A ENST00000379613 GRCh38 chr6:10414974-10416074 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GTGTGCAGTTCCATAGGAGTTCTGTATTCGTGTCCACGTTGCACCCAGGAAACCTTAGCCTGAACACCAA TTTGAACTGTCAGTTGGCCCTAGCTTCACACAAACAGGAGAAAAATTGTTTAACCCCTGGAGCTGTCAAG TAACCTCTTCAGGGTACAACTTTTATTTTACACGCTGCAATTAAGGGATTGCAAACCCCAGCAGAGCCAC CGGAGCCGCTTGGCAGAATCTCCAACCTGGGGGAAAGCTCAAAGCCAATAAAACTCCCAAGGCGCTGCGG CCCGAGGGGGTGGCTGCCTCGAGCGGAGGCGATCCCTTGTTGGGAAAAAATCCTGGAGTGACTTCGCCGG TCTTGGTTTGGTGGTTATGTTTAATTGCGAAAGGGATAATGATTTCTAATAAAATTGCACGGGGCCAAAA GGGCAGCTCGGATCGTGGTAGCAGGGTTAAGGGAGAAGTGCTAGAAGCTGGGCCCCAGGCGTGGCGCTTG GACCTTGAGCAGTGCCGGGCTTTGCAGAAGGCATCTCTGGAGAAAAGGAAGCGGAGAAAGAAAGGAAGGG GAATGTGGCGGAATTGGGGTAAGAGAGGGGGTGTTGGGGCAGGGCCTCGCGGCGGAGCTCGAGGAAGGTT TTATCAGTTCGCAGGCTGGAGTGCGCTCTAGAAGCAAGTTCGCGGCGTAGAGAGGCCTTTATACCTGTGT CGGAGCGGCCGGCGGCAGATTGTGGTACTGGCGAGCAATTGGACTATTGTTGATATGCTAATGAGGCGAT TAGGCTGTTGGTAAAGAGCTGGAAAAGGGAAAAGTTTCTACCATTAGAGGGAGATCTCCGAGCGCACACG GGAGCTCTTTCCCTTCTCTCCTCCTCCTCGCCCTTCTCCTCGCCCTCCTCCTCCTCCTCGCCCTCCTCTT CCTCCTCCTCCTCCTTGCCCTCCTCCTCTCCCTCCTCCTTCTCCTCCTCCACCTCCTCTCCCTCCTCCTC CTCCTCCTGCGCTCACCGCCGGCAGCCAGCACTTTGCGCTCACCCAGAGAGTAGCTCCACTTGGGTGCGA GACCGAGAGGGGCATATCCGTTCACGCCGATCCATGAAAATGCTTTGGAAA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 4 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TFAP2A_4 ↗ | 6:10,412,166 | 負股 | 10,412,156–10,412,215 |
| TFAP2A_1 ↗ | 6:10,412,389 | 負股 | 10,412,379–10,412,438 |
| TFAP2A_2 ↗ | 6:10,415,071 | 負股 | 10,415,061–10,415,120 |
| TFAP2A_3 ↗ | 6:10,415,265 | 負股 | 10,415,255–10,415,314 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR6_B43RG · promoter · 10412381–10413108 · regulatory
ENSR6_965L4 · enhancer · 10413109–10413371 · regulatory
ENSR6_54G5MH · CTCF_binding_site · 10413893–10413914 · regulatory
ENSR6_54G5N6 · CTCF_binding_site · 10414033–10414054 · regulatory
ENSR6_965LH · promoter · 10414372–10414872 · regulatory
ENSR6_965LN · promoter · 10415064–10415564 · regulatory
ENSR6_54G5TR · CTCF_binding_site · 10415248–10415269 · regulatory
ENSR6_8B98X · promoter · 10416180–10416390 · regulatory
ENSR6_C32WK · enhancer · 10416444–10418116 · regulatory
ENSR6_54G66P · CTCF_binding_site · 10416962–10416983 · regulatory
ENSR6_C32WN · enhancer · 10418277–10419627 · regulatory
ENSR6_965N2 · promoter · 10419628–10420128 · regulatory
· motif · 10411364–10411374 · motif
· motif · 10411430–10411440 · motif
· motif · 10411549–10411559 · motif
· motif · 10412491–10412501 · motif
· motif · 10412497–10412507 · motif
· motif · 10412539–10412549 · motif
· motif · 10413035–10413045 · motif
· motif · 10413048–10413058 · motif
· motif · 10413895–10413911 · motif
· motif · 10414035–10414051 · motif
· motif · 10415250–10415266 · motif
· motif · 10416964–10416980 · motif
· motif · 10417277–10417287 · motif
· motif · 10417347–10417357 · motif
· motif · 10418944–10418953 · motif
· motif · 10418993–10419010 · motif
· motif · 10419126–10419141 · motif
· motif · 10419133–10419141 · motif
· motif · 10419205–10419220 · motif
· motif · 10419424–10419434 · motif
· motif · 10419603–10419614 · motif
· motif · 10419603–10419614 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：437 aa
transcription factor AP-2 alpha 長 437 個胺基酸，屬於 AP-2 家族。其第 14–107 與 414–437 位胺基酸區段被註記為無序區；第 57–62 位含有 PPxY motif。第 280–410 位為 H-S-H（helix-span-helix）二聚化區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
transcription factor AP-2 alpha 定位於細胞核。 來源未提供定位變化條件或不同異構型之間的差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 8 個夥伴
- ACOT1Q86TX2 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- EP300Q09472 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- GSTO2Q9H4Y5 · UniProt INTERACTION · 4 experiments · 2 筆來源紀錄
- MAXP61244 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- MKRN3Q13064 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NPM1P06748 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- UBE2IP63279 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- INCA1Q0VD86 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
TFAP2A 以二聚體形式結合 DNA，可形成同源二聚體，或與其他 AP-2 家族成員形成異源二聚體。它也與 WWOX、CITED4、UBE2I、KCTD1、KCTD15、CITED2 及 EP300 互作；其中 CITED2 與 TFAP2A 的 C 端互作可促進其轉錄活化，且 TFAP2A 與 EP300 的 N 端互作需要 CITED2。相對地，KCTD1 會抑制轉錄活化，KCTD15 則抑制 TFAP2A 的轉錄活性。此外，TFAP2A 會在間期與有絲分裂期間，與 RALBP1、EPN1 及 NUMB 出現在同一複合體中。
疾病與遺傳關聯
影響 TFAP2A 的基因變異與 Branchiooculofacial syndrome（BOFS）相關。該症候群可見生長遲緩、雙側鰓裂竇缺陷及伴隨血管瘤樣變化的瘢痕皮膚，也可能有唇裂（可伴或不伴顎裂）、上唇假性裂、鼻淚管阻塞、低位且後旋的耳朵、鼻部形態異常、傳導性或感音神經性聽力損失，以及眼部和腎臟異常。來源指出此病由影響該基因的變異所致。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TFAP2A 可辨識特定 DNA 序列，並與誘導型病毒及細胞增強子元件互動以調節基因轉錄。AP-2 因子結合共識序列 5'-GCCNNNGGC-3'，可促進與眼、臉、體壁、肢體及神經管正常發育相關基因的表現，也能抑制 MCAM/MUC18 和 C/EBP alpha。它另參與 Wnt canonical signaling 負向調控、抑制 MYC 轉錄，並對晶狀體囊泡早期形態形成具有 AP-2 家族中特定的必要性；與 CITED2 協同促進 PITX2 P1 啟動子活化，且與該區域染色質相關。 | 含實驗來源 | 證據與來源Sequence-specific DNA-binding protein that interacts with inducible viral and cellular enhancer elements to regulate transcription of selected genes. AP-2 factors bind to the consensus sequence 5'-GCCNNNGGC-3' and activate genes involved in a large spectrum of important biological functions including proper eye, face, body wall, limb and neural tube development. They can also suppress a number of genes including MCAM/MUC18 and C/EBP alpha. Is involved in the negative regulation of Wnt canonical signaling, and is a transcriptional repressor of MYC. AP-2-alpha is the only AP-2 protein required for early morphogenesis of the lens vesicle. Together with the CITED2 coactivator, stimulates the PITX2 P1 promoter transcription activation. Associates with chromatin to the PITX2 P1 promoter region PMID 11694877 ↗ · PMID 12586840 ↗ · PMID 33000225 ↗ |
| 交互作用 | TFAP2A 以二聚體結合 DNA，可形成同源二聚體或與其他 AP-2 家族成員形成異源二聚體，並與 WWOX、CITED4、UBE2I、KCTD1、CITED2、EP300 及 KCTD15 互作。KCTD1 與 KCTD15 分別抑制轉錄活化及 TFAP2A 轉錄活性；CITED2 與 TFAP2A 的 C 端互作可刺激其轉錄活化，而 N 端與 EP300 的互作需要 CITED2。TFAP2A 也在間期和有絲分裂期間，與 RALBP1、EPN1、NUMB 同處一複合體。 | 含實驗來源 | 證據與來源Binds DNA as a dimer. Can form homodimers or heterodimers with other AP-2 family members. Interacts with WWOX. Interacts with CITED4. Interacts with UBE2I. Interacts with RALBP1 in a complex also containing EPN1 and NUMB during interphase and mitosis. Interacts with KCTD1; this interaction represses transcription activation. Interacts (via C-terminus) with CITED2 (via C-terminus); the interaction stimulates TFAP2A-transcriptional activation. Interacts (via N-terminus) with EP300 (via N-terminus); the interaction requires CITED2. Interacts with KCTD15; this interaction inhibits TFAP2A transcriptional activation PMID 11694877 ↗ · PMID 11744733 ↗ · PMID 12072434 ↗ · PMID 12586840 ↗ · PMID 12775724 ↗ · PMID 15548692 ↗ · PMID 19115315 ↗ · PMID 1998122 ↗ · PMID 23382213 ↗ · PMID 33000225 ↗ |
| 細胞定位 | transcription factor AP-2 alpha 的細胞內定位為細胞核。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | 影響 TFAP2A 的基因變異與 Branchiooculofacial syndrome（BOFS）相關。症狀可包括生長遲緩、雙側鰓裂竇缺陷及血管瘤樣瘢痕皮膚、唇裂或顎裂、上唇假性裂、鼻淚管阻塞、耳朵低位且後旋、鼻部畸形、聽力損失，以及眼部和腎臟異常；聽力損失可為傳導性或感音神經性。 | 含實驗來源 | 證據與來源Branchiooculofacial syndrome BOFS A syndrome characterized by growth retardation, bilateral branchial sinus defects with hemangiomatous, scarred skin, cleft lip with or without cleft palate, pseudocleft of the upper lip, nasolacrimal duct obstruction, low set ears with posterior rotation, a malformed, asymmetrical nose with a broad bridge and flattened tip, conductive or sensorineural deafness, ocular and renal anomalies. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 113620 PMID 18423521 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GGCAGCCAGCACTTTGCGCTCACCCAGAGAGTAGCTCCAC40TTGGGTGCGAGACCGAGAGGGGCATATCCGTTCACGCCGA80TCCATGAAAATGCTTTGGAAATTGACGGATAATATCAAGT120ACGAGGACTGCGAGGACCGTCACGACGGCACCAGCAACGG160GACGGCACGGTTGCCCCAGCTGGGCACTGTAGGTCAATCT200CCCTACACGAGCGCCCCGCCGCTGTCCCACACCCCCAATG240CCGACTTCCAGCCCCCATACTTCCCCCCACCCTACCAGCC280TATCTACCCCCAGTCGCAAGATCCTTACTCCCACGTCAAC320GACCCCTACAGCCTGAACCCCCTGCACGCCCAGCCGCAGC360CGCAGCACCCAGGCTGGCCCGGCCAGAGGCAGAGCCAGGA400GTCTGGGCTCCTGCACACGCACCGGGGGCTGCCTCACCAG440CTGTCGGGCCTGGATCCTCGCAGGGACTACAGGCGGCACG480AGGACCTCCTGCACGGCCCACACGCGCTCAGCTCAGGACT520CGGAGACCTCTCGATCCACTCCTTACCTCACGCCATCGAG560GAGGTCCCGCATGTAGAAGACCCGGGTATTAACATCCCAG600ATCAAACTGTAATTAAGAAAGGCCCCGTGTCCCTGTCCAA640GTCCAACAGCAATGCCGTCTCCGCCATCCCTATTAACAAG680GACAACCTCTTCGGCGGCGTGGTGAACCCCAACGAAGTCT720TCTGTTCAGTTCCGGGTCGCCTCTCGCTCCTCAGCTCCAC760CTCGAAGTACAAGGTCACGGTGGCGGAAGTGCAGCGGCGG800CTCTCACCACCCGAGTGTCTCAACGCGTCGCTGCTGGGCG840GAGTGCTCCGGAGGGCGAAGTCTAAAAATGGAGGAAGATC880TTTAAGAGAAAAACTGGACAAAATAGGATTAAATCTGCCT920GCAGGGAGACGTAAAGCTGCCAACGTTACCCTGCTCACAT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。