基因總覽
TEX13B 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 testis expressed 13B。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 Xq22.3。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000302917 ★ | 107,980,864–107,982,370 | 3 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>TEX13B ENST00000302917 GRCh38 chrX:107982270-107983370 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CCTGAGATTTGTCTGATTTATCTTGTGGGTCTCAGAAAGTCATTCAAGGTTTTCTTGTTTTTGTGTTTGT TTGTTTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTACAGTGCAGTGGTGCGATCTCGGCTCACTGCAAC CTCCGCCTCGTGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACATGCGCGTGCC ACCACATCTGGCTAATTTTTTGTAATTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCCTGTTAGCCAGGATGGTCTCG ATCTTCTGACCTCGTGATCCGCCCATCTCGGTCTCCCAAAGTACTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGCG CCCGGCCGAAGGTTTTAAGAGACATATTCATATCCCTCTGATGGAAGATCTCTGATATTTCATGTTTTGG TAAAAAGGTGTATTTATGCTACTCCTAACTCTCTTTCTCCCACAGTTGCTTCAAGATTCAAGGCGTTTCA GTAGGGGAGGAGTGGGAGAAGGGGTGATGGGAGGAGTGTGGGGAAAGAGGAGCTAAGGGAGGAAAGGCAG GCCAGGATTTGTTAGGGTGTCTGGGATGTTTAGTCCTGAGCAAACAGGGGATAAGCTCCGCTCCTGGCTC CACCCTCTTCCTCCAAGGGCAACTGAGGGGTTGGGGCTGTTTCCTGCTCTAGAATATTCCAGTTGGGGGC GAAACTCCCCTGGCATGGCACAAACCATTATGATGGGGAGGGATAAGTCTTCAACTTGTTCACAAATACT TTTTTTGGTCCTAAGTCCTTCCGGACCACTCCTGTTTCTTTCAGCCTTCAAGGTCTCCCGACCATGTGGC AGGTTCCCTTTTGTCCCAGTGGAATGGCAGAGGCCTTCCTCACTCACTCCCTTTCACCCCTACAGTCTCT GGAAATTGGAACAGTCCCAGAGTAAAATCCTCATGGGTTGGCCCTGAGGCTTCTTTTCCCGCAGAGCCCT AGGAGGGAAAGAGGCCACCCTCTCTTCAGGCGTGTTAAGCAGCGGGGTTGGCCTGTACTTCCTCTGGCCC TGGCTGAAGAGGTGAGGCCTGGTGGGAGATGTCCTAGGGTAGGACAAGCCG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TEX13B_1 ↗ | X:107,982,402 | 負股 | 107,982,392–107,982,451 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSRX_93KT6T · enhancer · 107978714–107979009 · regulatory
ENSRX_5XDPWC · CTCF_binding_site · 107978894–107978915 · regulatory
· motif · 107978896–107978912 · motif
· motif · 107985222–107985233 · motif
· motif · 107985226–107985240 · motif
· motif · 107985226–107985240 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:312 aa
Testis-expressed protein 13B 屬於 TEX13 家族。現有資料未提供其結構域、功能區域或其他序列註解。
蛋白質三維結構
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- HPCAL4Q9UM19 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- VSNL1P62760 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
TCTCTTCAGGCGTGTTAAGCAGCGGGGTTGGCCTGTACTT40CCTCTGGCCCTGGCTGAAGAGGGCTAGTGAAACCGTTAAG80CCCCTAGGCGATCATGGCCTTGAGACCTGAGGACCCCAGT120AGTGGGTTCCGGCACGGAAACGTGGTGGCCTTCATCATCG160AGAAAATGGCCAGGCACACGAAAGGCCCCGAGTTCTACTT200CGAGAATATATCCTTATCCTGGGAGGAGGTGGAAGACAAG240CTCAGGGCCATCCTGGAGGACAGCGAGGTGCCCAGCGAGG280TCAAAGAGGCCTGCACCTGGGGCAGCCTGGCCTTGGGTGT320GCGCTTTGCCCACAGGCAGGGGCAGTTACAAAACCGCAGG360GTGCAGTGGCTGCAAGGCTTTGCCAAACTGCACAGATCAG400CTGCGCTGGTCTTGGCCTCAAACCTGACGGAACTCAAGGA440ACAGCAGGAGATGGAATGCAATGAGGCGACCTTCCAGTTG480CAGCTAACCGAGACCAGCCTTGCGGAGGTGCAGAGAGAGC520GGGACATGCTGAGATGGAAGCTCTTCCATGCCGAGCTGGC560ACCTCCCCAGGGACAGGGCCAGGCTACAGTGTTTCCAGGC600CTGGCCACTGCCGGAGGGGATTGGACAGAAGGAGCAGGTG640AGCAGGAAAAGGAGGCGGTGGCTGCTGCTGGTGCTGCTGG680AGGAAAAGGAGAGGAGAGGTATGCAGAGGCAGGGCCTGCC720CCCGCAGAGGTCTTGCAGGGGCTGGGAGGAGGCTTCAGGC760AGCCCCTCGGAGCTATTGTAGCAGGCAAATTACACCTTTG800CGGGGCAGAGGGAGAAAGATCTCAGGTCAGTACAAACAGC840CATGTCTGTCTTCTCTGGGCTTGGGTCCACAGTCTCACTG880GAGCCTCTTCCTGTCCAGCTCCCTACCTCATTCACATACT920CATACCCATGCCCTTTGTCCGCCTTCTCAGCCATACCCAA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。