基因總覽
TEX12(testis expressed 12)是蛋白質編碼基因,產物名稱為 Testis-expressed protein 12。現有資料將其描述為聯會複合體中央區橫向中央元件的組成部分;相關功能註記標示為依相似性推定,並非此處提供的直接驗證。來源未提供其家族分類或更完整的結構描述,因此不據此延伸說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000280358 ★ | 112,167,372–112,172,556 | 5 |
| ENST00000530752 | 112,167,313–112,173,057 | 5 |
| ENST00001090795 | 112,167,313–112,173,057 | 4 |
| ENST00001143737 | 112,167,372–112,173,057 | 5 |
| ENST00000863453 | 112,168,989–112,173,057 | 4 |
顯示 5/5 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
依相似性推定,Testis-expressed protein 12 是減數分裂前期聯會複合體(synaptonemal complex)橫向中央元件的組成部分。這個中央元件形成於同源染色體之間,因此 TEX12 的註記將其與減數分裂前期染色體聯會區域相連。此功能描述屬於依相似性推定,來源未提供直接實驗結果,故不應視為已由該資料確證。
其納入聯會複合體中央元件被描述為需要 SYCP1;換言之,來源指出在缺少此條件時,TEX12 不具備所述的中央元件納入條件。這項依相似性推定的關係,界定了 SYCP1 與 TEX12 位於同一中央結構形成脈絡中的條件性關聯,但沒有交代具體分子作用方式,也不足以推論兩者直接結合。
因此,現有資料支持的功能範圍,限於 TEX12 作為聯會複合體中央元件組成部分的註記,以及其納入該元件需有 SYCP1。來源未進一步說明此組成關係對染色體配對或其他減數分裂結果的影響,也未提供可延伸至其他生物學過程的資訊。
Promoter 與基因調控
>TEX12 ENST00000280358 GRCh38 chr11:112166372-112167472 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CATTGAGCGCTTATTTTCTAGGAACTTATTTAAAACAACCGGCTTCTTCACAAACAGCAAATAAATATAC ACACACAGAATACTTCCAAGACTTAATGATAACTAACATTTAATCAAGCAAAAGGAAAAAAAAAACCTTA GTAATGTATGTAAATGTTAAATATAGTTCTCTAAGATGTAAGATTTTGTACCTGGAGCTTATGGATGTGT GTTATTGACCTTTGTGTTATGAGGTAATTTGCTTTTTTTTTTCTTCCACATCCACTAACTGGGCGTAAGC TTGGAATGTATATCTTTGAAATTGCAGGTCAAAGCCTCCGCATTAAAGCACCCGATGAGGCAAAGCTACA ATTATGTGAGCCATGTGTGTTATGCAACACTTTTTGATAGCTGTTGCCAATTAGACTTAACTTATTGACA CACCCGGGGAAGAATTTTCTAAGAAGGCGTGATTCTGAACGTTTGGTTGCACCAAAGAGGAAGAGGGGGC AGTAACTGAGGCTCTGGATCTAAAAGCCTTGCTTGTGGGCCAGGGGAACACGTGATTAAAGCCTTCCTGC AAACAGAGCATCTGCAAACGCAGTTTTAAACCCTTCCTGCAAACAAACCAAGTAAATTTTACTCGAAAAG AGGCCGTGGATGTGCTATTTTGTGTTCCTTTGCTGAGATTCTAAGCTGCTGGGACACACACCGGCCTTGC TTTGGCAAGTCTTCCTTGTTCTTTCTTGACCAGTTTCAGATTTTTTCCTGGTTCAAACACACACAGGGTG GCAGGGAGAGATTTTTGTTTCACGAGTATTCCAAGTGGAGGGGAAAGAGCGGGAGAAAACCGGGAAAAAG CTGCCTTTCCGTGGGGCCTGGCTCTGGGAGGCTACGGTGGGGAAGTTGGGGGGGGTGGTGGTGGGAGAGC TGTCACGTGACTCGTGCAGGGGCTGCTGGGAGTGCGGCGCGCTTCCCACCTCCACCCCCGAAGTCCGAGC ACCCCGCGCCCGGGGTCTTCACTCCCTCGCGTTCGCTGACGAGGAAGGTCCCCATACCGCGAAGTACATT GGCCTTGGGGTGGGGCTGGAGGGATGGGCGCCTGTGAGAATGTGACGGACT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TEX12_1 ↗ | 11:112,167,372 | 正股 | 112,167,323–112,167,382 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR11_CF5HN · enhancer · 112162810–112164063 · regulatory
ENSR11_5ZDBHQ · CTCF_binding_site · 112163982–112164003 · regulatory
ENSR11_93MJ2X · promoter · 112164064–112164433 · regulatory
ENSR11_93MJ3M · enhancer · 112166558–112166982 · regulatory
· motif · 112163984–112164000 · motif
· motif · 112165153–112165164 · motif
· motif · 112166740–112166749 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:123 aa
Testis-expressed protein 12 長 123 個胺基酸。序列第 1 至 39 位被註記為無序區域;此項特徵來自序列分析註解。來源未列出其他結構域或功能區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
在減數分裂前期 I,TEX12 位於聯會複合體中央區、側向元件之間的橫向中央元件;其出現限於染色體核心已完成聯會的位置。 此定位描述針對 TEX12,來源未提供其他階段或異構型的定位差異。
未繪示構造:Chromosome。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 30 個夥伴
- AIMP2Q13155 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- AP2B1P63010-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BACE2Q9Y5Z0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCNCP24863 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CEP57Q86XR8-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- COX5BP10606 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CRYAAP02489 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DYNC1H1Q14204 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FAM161BQ96MY7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FAM9CQ8IZT9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FGFR3P22607 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GRIN2CQ14957 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HRASP01112 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- INCA1Q0VD86 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KCNIP3Q9Y2W7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KLF11O14901 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LENG1Q96BZ8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MESDQ14696 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MSGN1A6NI15 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NUP54Q7Z3B4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NUP58Q9BVL2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- OIP5O43482 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PAK1Q13153 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PPP1R13BQ96KQ4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SGF29Q96ES7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
資料註記 TEX12 與 SYCE2 有交互作用,但未進一步說明此關係屬於直接結合或複合體組成,也未提供實驗情境或功能後果。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | 依相似性推定,TEX12 是減數分裂前期形成於同源染色體之間的聯會複合體橫向中央元件的組成部分;其納入該中央元件需要 SYCP1。此註記屬推定性描述。 | 推論支持 | 證據與來源Component of the transverse central element of synaptonemal complexes (SCS), formed between homologous chromosomes during meiotic prophase (By similarity). Requires SYCP1 in order to be incorporated into the central element (By similarity) |
| 交互作用 | 資料註記 TEX12 與 SYCE2 有交互作用;未提供此交互作用是否為直接結合、所處實驗系統或其功能後果等資訊。 | 推論支持 | |
| 細胞定位 | 在減數分裂前期 I,TEX12 位於聯會複合體中央區中、側向元件之間的橫向中央元件;此定位只見於染色體核心已聯會的位置。來源未說明其他階段的定位。 | 推論支持 | 證據與來源Chromosome; In prophase I stage of meiosis, localizes in the transverse central elements of the central region between lateral elements of the synaptonemal complexes. Found only where the chromosome cores are synapsed |
核酸與蛋白質序列
ACTCCCTCGCGTTCGCTGACGAGGAAGGTCCCCATACCGC40GAAGTACATTGGCCTTGGGGTGGGGCTGGAGGGATGGGCG80CCTGTGAGAATGTGACGGACTGTGACACAAGGAAGGCTGG120TGCCTTCGGAATATGATGGCAAATCACCTTGTAAAGCCTG160ATAATAGAAATTGCAAGAGGCCAAGAGAATTGGAGTCTCC200AGTGCCAGATAGTCCACAGCTGTCCTCTCTTGGAAAATCA240GATTCATCTTTCTCTGAAATTTCCGGACTATTTTATAAAG280ATGAAGCCTTGGAGAAAGATTTAAATGATGTGAGCAAGGA320AATTAATCTAATGTTGTCTACCTATGCAAAGCTTTTAAGT360GAGAGAGCAGCAGTAGATGCATCTTACATTGATGAGATAG400ATGAACTCTTCAAAGAAGCCAATGCTATTGAAAACTTTCT440AATACAAAAAAGAGAGTTCCTGCGACAGAGGTTTACAGTG480ATTGCAAACACATTACACAGATAAAATATATACTTGAAAT520AAGCTGAGAATTTAAACCTATTATTGTTATAATGAAAGAA560TGACATTTATGCTTTGAAAGCTCTCGAGTTGTTAAAGAAA600ATGTATATCTCGAATAGAGAAGGGGAAACTCCTTGAATTT640CTAGGTTTAAAAAGGAACTTTTAAATTCCTTAATGTTAAT680ATTAATGTTCATGTTAATGTCCTAAGCTGGCCATTAACAT720GAACTACGTCACTTTTCTTTTGAGGGTCAAATATTTAGTG760CATTTTATAGAAGTGTAAATTATTTAAATCTTATGTGGAT800TCTTTTATTTTTTCCTTAAACTTCTTAGTGTTTCTGAAAC840TTCTAAAAAAGGATTCAGTTAATTTATAATGTTTAATAAT880ATTATACTTTTAGAATATTTTGTTTAAATATCAGATAGTT920TTGGAGATAATTTTGAAATTTTTTTTATGGTCAGGATTAT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。