基因總覽
TERF2 是人類的蛋白質編碼基因,產物為 telomeric repeat binding factor 2。其蛋白質是 shelterin(telosome)複合體的一員,主要位於端粒相關的染色體末端。蛋白質序列包含 TRFH 二聚化區域、HTH myb-type 結構域及 H-T-H DNA 結合基序,另有數段被註記為無序區域;這些區域構成其辨識及組成端粒相關分子複合體的結構基礎。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000254942 ★ | 69,355,567–69,386,007 | 10 |
| ENST00000903039 | 69,355,464–69,386,029 | 10 |
| ENST00000966429 | 69,355,464–69,386,029 | 10 |
| ENST00001132617 | 69,355,464–69,386,029 | 10 |
| ENST00000930142 | 69,355,571–69,386,029 | 10 |
| ENST00001022702 | 69,355,571–69,386,029 | 10 |
| ENST00000566051 | 69,356,334–69,361,471 | 2 |
| ENST00001084264 | 69,362,896–69,386,029 | 6 |
| ENST00000569584 | 69,364,967–69,372,282 | 4 |
| ENST00001084265 | 69,364,970–69,386,029 | 7 |
| ENST00000566750 | 69,366,935–69,385,570 | 6 |
| ENST00000569542 | 69,366,947–69,384,650 | 3 |
顯示 12/17 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TERF2 可辨識端粒上的雙股 5'-TTAGGG-3' 重複序列,並在端粒維護與保護中扮演核心角色。它是 shelterin 的組成成員;shelterin 與端粒酶添加的重複序列結合,使染色體末端受到保護,避免被 DNA 損傷監測系統視為需要修復的末端。若缺少這種保護,染色體末端可能遭 DNA 修復途徑不適當處理,並發生端對端融合。
TERF2 除了直接結合端粒 DNA,也負責將多種端粒保護所需的因子與酵素帶至端粒,包括 shelterin 成員、TERF2IP/RAP1 與 DCLRE1B/Apollo。它與 DCLRE1B/Apollo 協同參與端粒環(T loop)形成:在前導股端粒產生 3' 單股突出端,而 T loop 被提出可能有助於避免染色體末端遭降解或修復。TERF2 不僅需要將 DCLRE1B/Apollo 招募至端粒,也能活化其核酸外切酶活性。
TERF2 對 DNA 的結合偏好正超螺旋構形。它與 DCLRE1B/Apollo 一同控制端粒複製叉通過時所需的 DNA 拓撲異構酶,包括 TOP1、TOP2A 與 TOP2B,避免端粒拓撲異常。TERF2 招募 TERF2IP/RAP1 至端粒,並據相似性推定參與抑制同源導向修復(HDR);此作用可能影響端粒長度。
Promoter 與基因調控
>TERF2 ENST00000254942 GRCh38 chr16:69385907-69387007 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TGGCCACCTGCACTTCTGAGTTGTCTTTGAGTGGCCCCAAACTGGATCTTTGCAGGTTCCAGACTAGTGG GGCTGGTAGGACAATCTTTGAAGCTAGACCAGTTACTGGGCCTCTCAGGAAGAGGCACCCACAACCACCA TCCTGAACTAAGGTCTGAGCTGGAGGTTCTCCATTTGGTCAAGTGCCAGTTGGTGAATTCCAAGAGTATC AGAGATATCTGAAAGTGACTCAGACCCTCTATGGGACTATGGGTGGTCCTTTTGCTTATTTTTCTAATTG TTCTACAACAAAATGTGTTATTTTTGTGATTACAAAGAGTATATGTCTAGCGGCTGGGTTGCCAGGTGCA TTCTATTTATTGGTATCACACTGGTCTTTGCTTTATAATTACAGTATTTGTTAAAATACAAATTTGTTTA AAGACTTTCCTCTGTGTATGCTCTCTTCCACAATTTTCAAAGTGTTTAATAAGGTGCACATATTTGGTTT TCTTTTTTTTCTTTTCTTTTTTTTGAGACGGAGTTTCGCTCTTGTTGCCCAGACTGGAGTGCAATGGCGC GATCTCGGCTCACCGCAACCTCCGCCTCGCGGGTTCAAGCGAGTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCT AGGATTACAGGCATGCGCCACCACGTCTGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCTCCATGT TGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCCGACCTCAGGTGATCCACCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATT ACAGGCGTAGAGCCACCGATCCCGGCCTGTTTTTCAGTCTCTAATACACTGTTCCGCGTCCCTAGCATAG TAGCTGTTTTCTGTAAATTCGGAGCGAAGTTGACTGCAAAACCCGCCGGGTTCACCGGCCTGGGCGGTGT GGACTTCAAGCCCCAGGAGGCATTGCGGCCGGCACATCGGGAACTACGGCGTCTGAGAAGGGGGCCGGGC CCTCCGGTCCTTTCCCTCCCAGAAGCCCGCGGGCGGCTCGGAACGCTGTTTCTATCATGGCCGCGGGAGC CGGGACGGCGGGCCCCGCTTCCGGCCCGGGCGTCGTGCGTGACCCAGCGGC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TERF2_1 ↗ | 16:69,385,988 | 負股 | 69,385,978–69,386,037 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR16_932JL2 · promoter · 69385978–69386437 · regulatory
· motif · 69381316–69381328 · motif
· motif · 69384909–69384921 · motif
· motif · 69384912–69384925 · motif
· motif · 69384912–69384925 · motif
· motif · 69385709–69385722 · motif
· motif · 69385755–69385768 · motif
· motif · 69385914–69385930 · motif
· motif · 69385933–69385942 · motif
· motif · 69386120–69386137 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:542 aa
TERF2 蛋白質長 542 個胺基酸。其 TRFH 二聚化區域位於第 84–287 位;C 端含 HTH myb-type 結構域(第 484–541 位),其中第 512–537 位註記為 H-T-H DNA 結合基序。序列另有數段無序區域,並在第 371–375 位註記核定位訊號。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TERF2 位於細胞核及染色體端粒;間期細胞中與端粒 DNA 共定位,分裂中期則位於染色體末端。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
未繪示構造:Chromosome, telomere。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 34 個夥伴
- ATMQ13315 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- BLMP54132 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- CCDC137Q6PK04 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- DCLRE1BQ9H816 · UniProt INTERACTION · 12 experiments
- DDX21Q9NR30 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- H2AXP16104 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- HDGFL2Q7Z4V5 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- HEXIM1O94992 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- HMGN2P05204 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- MCPH1Q8NEM0 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- NAIF1Q69YI7 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- ORC1Q13415 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- ORC2Q13416 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- POT1Q9NUX5 · UniProt INTERACTION · 10 experiments
- RPL13P26373 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- SLX4Q8IY92 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- TERF2IPQ9NYB0 · UniProt INTERACTION · 37 experiments
- TINF2Q9BSI4 · UniProt INTERACTION · 13 experiments · 2 筆來源紀錄
- WRNQ14191 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- ZC3H18Q86VM9 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- EBNA1P03211 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- Ppp1r10Q80W00 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ATXN1P54253 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- ATXN3P54252 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DCTN1Q14203-5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
TERF2 可形成同源二聚體,並是由 TERF1、TERF2、TINF2、TERF2IP/RAP1、ACD 與 POT1 組成的 shelterin 複合體成員。它與 DCLRE1B/Apollo、TERF2IP/RAP1 有直接交互作用,也與 SLX4/BTBD12、NBN、DSP 及 FBXO47 有交互作用。與未磷酸化 NBN 的交互作用發生於 G1 期,並可防止 ATM 活化及非同源末端接合修復;在細胞核中與 DSP 的交互作用則是 DSP 結合端粒所需。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TERF2 結合端粒雙股 5'-TTAGGG-3' 重複序列,參與端粒維護並防止染色體末端融合;它也是 shelterin 的組成成員,可招募端粒保護因子,包括 TERF2IP/RAP1 與 DCLRE1B/Apollo。TERF2 與 DCLRE1B/Apollo 協助形成端粒環,產生前導股端粒的 3' 單股突出端,且負責招募並活化 DCLRE1B/Apollo。兩者也共同調控端粒複製所需的拓撲異構酶及 DNA 拓撲;TERF2 偏好結合正超螺旋 DNA,並據相似性推定透過招募 TERF2IP/RAP1 參與抑制 HDR,可能影響端粒長度。 | 含實驗來源 | 證據與來源Binds the telomeric double-stranded 5'-TTAGGG-3' repeat and plays a central role in telomere maintenance and protection against end-to-end fusion of chromosomes. In addition to its telomeric DNA-binding role, required to recruit a number of factors and enzymes required for telomere protection, including the shelterin complex, TERF2IP/RAP1 and DCLRE1B/Apollo. Component of the shelterin complex (telosome) that is involved in the regulation of telomere length and protection. Shelterin associates with arrays of double-stranded 5'-TTAGGG-3' repeats added by telomerase and protects chromosome ends; without its protective activity, telomeres are no longer hidden from the DNA damage surveillance and chromosome ends are inappropriately processed by DNA repair pathways. Together with DCLRE1B/Apollo, plays a key role in telomeric loop (T loop) formation by generating 3' single-stranded overhang at the leading end telomeres: T loops have been proposed to protect chromosome ends from degradation and repair. Required both to recruit DCLRE1B/Apollo to telomeres and activate the exonuclease activity of DCLRE1B/Apollo. Preferentially binds to positive supercoiled DNA. Together with DCLRE1B/Apollo, required to control the amount of DNA topoisomerase (TOP1, TOP2A and TOP2B) needed for telomere replication during fork passage and prevent aberrant telomere topology. Recruits TERF2IP/RAP1 to telomeres, thereby participating in to repressing homology-directed repair (HDR), which can affect telomere length (By similarity) PMID 15608617 ↗ · PMID 16166375 ↗ · PMID 20655466 ↗ · PMID 28216226 ↗ · PMID 31595153 ↗ · PMID 9326950 ↗ · PMID 9326951 ↗ · PMID 9476899 ↗ |
| 交互作用 | TERF2 可形成同源二聚體,並參與由 TERF1、TERF2、TINF2、TERF2IP/RAP1、ACD 與 POT1 組成的 shelterin 複合體。它與 DCLRE1B/Apollo、TERF2IP/RAP1 有直接交互作用,也與 NBN、SLX4/BTBD12、DSP 及 FBXO47 交互作用。TERF2 與未磷酸化 NBN 的交互作用發生於 G1 期,可防止 ATM 活化及非同源末端接合修復;在細胞核中與 DSP 的交互作用則是 DSP 結合端粒所需。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer. Component of the shelterin complex (telosome) composed of TERF1, TERF2, TINF2, TERF2IP/RAP1, ACD and POT1. Interacts with NBN; interaction takes place with unphosphorylated NBN during G1 phase and prevents to prevent ATM activation and non-homologous end joining repair. Interacts with SLX4/BTBD12. Interacts with DCLRE1B/Apollo and TERF2IP/RAP1; the interaction is direct. Interacts with DSP in the nucleus; the interaction is required for DSP telomere binding. Interacts with FBXO47 (By similarity) PMID 10888888 ↗ · PMID 15316005 ↗ · PMID 15383534 ↗ · PMID 15608617 ↗ · PMID 16606622 ↗ · PMID 16730175 ↗ · PMID 16730176 ↗ · PMID 18202258 ↗ · PMID 18468965 ↗ · PMID 18593705 ↗ · PMID 19596235 ↗ · PMID 20655466 ↗ · PMID 28216226 ↗ · PMID 31595153 ↗ |
| 細胞定位 | TERF2 位於細胞核及染色體端粒;間期細胞中與端粒 DNA 共定位,分裂中期則位於染色體末端。 | 含實驗來源 | 證據與來源Nucleus; Chromosome, telomere; Colocalizes with telomeric DNA in interphase cells and is located at chromosome ends during metaphase PMID 20655466 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGAAGCCCGCGGGCGGCTCGGAACGCTGTTTCTATCATGG40CCGCGGGAGCCGGGACGGCGGGCCCCGCTTCCGGCCCGGG80CGTCGTGCGTGACCCAGCGGCGTCACAGCCGAGGAAGCGG120CCCGGCCGGGAGGGCGGGGAGGGCGCGCGGCGATCGGACA160CGATGGCGGGAGGAGGCGGGAGTAGCGACGGCAGCGGGCG200GGCAGCTGGCAGGCGGGCGTCCCGCAGTAGCGGGCGGGCC240CGGCGGGGGCGCCACGAGCCGGGGCTGGGGGGCCCGGCGG280AGCGCGGCGCGGGGGAGGCACGGCTGGAAGAGGCAGTCAA320TCGCTGGGTGCTCAAGTTCTACTTCCACGAGGCGCTGCGG360GCCTTTCGGGGTAGCCGGTACGGGGACTTCAGACAGATCC400GGGACATCATGCAGGCTTTGCTTGTCAGGCCCTTGGGGAA440GGAGCACACCGTGTCCCGATTGCTGCGGGTTATGCAGTGT480CTGTCGCGGATTGAAGAAGGGGAAAATTTAGACTGTTCCT520TTGATATGGAGGCTGAGCTCACACCACTGGAATCAGCTAT560CAATGTGCTGGAGATGATTAAAACGGAATTTACACTGACA600GAAGCAGTGGTCGAATCCAGTAGAAAACTGGTCAAGGAAG640CTGCTGTCATTATTTGTATCAAAAACAAAGAATTTGAAAA680GGCTTCAAAAATTTTGAAAAAACATATGTCCAAGGACCCC720ACAACTCAGAAGCTGAGAAATGATCTCCTGAATATTATTC760GAGAAAAGAACTTGGCCCATCCTGTTATCCAGAACTTTTC800ATATGAGACCTTCCAGCAGAAGATGCTGCGCTTCCTGGAG840AGCCACCTGGATGACGCCGAGCCCTACCTCCTCACGATGG880CCAAAAAGGCTTTGAAATCTGAGTCCGCTGCCTCAAGTAC920AGGGAAGGAAGATAAACAGCCAGCACCAGGGCCTGTGGAA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。