基因總覽
TCOF1 是蛋白質編碼基因，產物為 treacle ribosome biogenesis factor 1，亦稱 Treacle protein。此蛋白質位於核仁，與核糖體生合成相關；其特點是能作為連結者，將 RNA polymerase I 與負責核糖體加工及修飾的酵素聯繫起來。來源並指出，TCOF1 參與神經嵴指定，相關作用發生於分化細胞的轉譯程式調整過程。蛋白質序列含 LisH 結構域，且多個區段被註記為無序區域。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000643257 ★ | 150,357,697–150,400,293 | 27 |
| ENST00000650162 | 150,357,629–150,398,429 | 23 |
| ENST00000377797 | 150,357,634–150,400,510 | 27 |
| ENST00000445265 | 150,357,634–150,400,510 | 26 |
| ENST00000323668 | 150,357,634–150,400,510 | 26 |
| ENST00000513538 | 150,357,634–150,384,253 | 19 |
| ENST00000439160 | 150,357,634–150,400,510 | 26 |
| ENST00000394269 | 150,357,634–150,384,249 | 18 |
| ENST00000427724 | 150,357,634–150,400,510 | 26 |
| ENST00000930540 | 150,357,634–150,400,510 | 26 |
| ENST00000930541 | 150,357,634–150,400,510 | 25 |
| ENST00000930542 | 150,357,634–150,400,510 | 26 |
顯示 12/67 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
treacle ribosome biogenesis factor 1 是核仁蛋白質，參與調節 RNA polymerase I。其作用方式之一，是將 RNA polymerase I 與負責核糖體加工及修飾的酵素連結，使轉錄與後續核糖體 RNA 處理相關環節得以協調。來源支持它具有這種調節角色，但未進一步描述各酵素或加工步驟的細節。
此蛋白質也與神經嵴指定有關。研究指出，在 BCR(KBTBD8) 複合體使其發生單泛素化之後，treacle ribosome biogenesis factor 1 會與 NOLC1 結合，形成可連接 RNA polymerase I 與核糖體加工、修飾酵素的平台。此一條件下的連結作用，會促使分化中細胞的轉譯程式重新調整，方向有利於神經嵴指定。
因此，來源呈現的功能不只涉及核糖體生合成相關調節，也包括特定分化情境中的細胞命運指定。神經嵴相關作用與單泛素化及 NOLC1 結合相連；不宜將此條件下描述的機制擴大解讀為所有細胞或情境皆相同。
Promoter 與基因調控
>TCOF1 ENST00000643257 GRCh38 chr5:150356697-150357797 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GCAATCTTTTAAAAACACAAAACAGGGTCAACCTCCTCGGAAAAGCCAGTCAGAGACTATCTAATGCCCT CAGAGCAAAGTCCAAACTCTGTTGGGGGTGGGGGAGTTGTAGGCCTTGTCTACTTCTTCATCCTCATGTG CCCTCATTTGTTCCCTCTTCCCCACCTCACCCCACCCCACCTGGACAGCCCAGCAGCGCAGACTAGGGGT TCTGGGTTTAGGGTTCCCAGGCAATAGCAGGGTGTTTTCTCATGCCTAGACTCATGCAGTGCCCTCTGCC AGTCCTCTCCTTTGCACCCAGCAATTTCGGGTGTCTTTATGCCTCAGCTTAGATATCTCTCTGGGGTTCG GTGCTCCTCCTTGGGGCGCCCATAGGCTGCATCTGTCCCTGACAAGGCACACAAGATATTGAACTATAGT TGCTTGGTTACGGACAGTCGTCTCTGTGAGCTTTGAGGGCAACTGCCATGTATTATGCATCTTTTGAATC CCCCTAGCCTAGCCGGGTGCTAGCCCAAGTTAGGTGCTTATTACAGATTTGTTCAGTTAGCGAATGAATC AATGAATAAACTGGCAATTCGTGTCTGGTTCATGGGCACCAAAAACCGTGCGAAATGGATAAATGAGCAG GTAATGGCAGTACAAAGTTCGGATCTAGAGAAAGATCCAGATTAGGGAGTTCAGAGATGAGTAAAACGCA GACCCAGCCATCAGAGAATTAACAAGGAAGATAAATCTCTTCAAGAAGCCAGCCGGAAGGATTAAAAGAG AGTCGTCCAAGTCCCGGCCGGCCCCGGGGGCGGGTCCCTGTCTAGCCCCGCATGCTCCGCGCCAATGGGC GGTATTGTTGATCACGAGTCTCCGCCCCCTTCGCCTTGAGGGGCGGGGCCGGCCACTCCCGGAGAGGGGA CTACGTTTCCCGGCGCGCCGCGCGGCCGGAGCGAAAGAGGAGCCGGAAGTGTGGCGCGCGAGGTCTAAGG GCGCGAGGGAAGTGGCGGGCGGGGACTAAGGCGGGGCGTGCAGGTAGCCGGCCGGCCGGGGGTCGCGGGT ATGGCCGAGGCCAGGAAGCGGCGGGAGCTACTTCCCCTGATCTACCACCAT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TCOF1_1 ↗ | 5:150,357,704 | 正股 | 150,357,655–150,357,714 |
| TCOF1_2 ↗ | 5:150,357,835 | 正股 | 150,357,786–150,357,845 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR5_53BCTD4 · CTCF_binding_site · 150356962–150356983 · regulatory
ENSR5_B34SN4 · promoter · 150357149–150357757 · regulatory
ENSR5_CJWSL · enhancer · 150357758–150358983 · regulatory
· motif · 150356767–150356781 · motif
· motif · 150356767–150356782 · motif
· motif · 150356767–150356782 · motif
· motif · 150356790–150356800 · motif
· motif · 150356796–150356806 · motif
· motif · 150356865–150356875 · motif
· motif · 150356964–150356980 · motif
· motif · 150357446–150357457 · motif
· motif · 150357448–150357457 · motif
· motif · 150357492–150357502 · motif
· motif · 150357555–150357565 · motif
· motif · 150357575–150357585 · motif
· motif · 150357646–150357657 · motif
· motif · 150357646–150357657 · motif
· motif · 150357648–150357657 · motif
· motif · 150357691–150357701 · motif
· motif · 150357991–150358008 · motif
· motif · 150358135–150358146 · motif
· motif · 150358176–150358185 · motif
· motif · 150358176–150358185 · motif
· motif · 150358672–150358683 · motif
· motif · 150358779–150358787 · motif
· motif · 150361406–150361419 · motif
· motif · 150361406–150361419 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：1488 aa
treacle ribosome biogenesis factor 1 長 1,488 個胺基酸。其 N 端第 6–38 位具有 LisH 結構域；第 57–1,288 位及第 1,322–1,488 位被註記為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
treacle ribosome biogenesis factor 1 的定位記錄為細胞核與核仁。 來源未提供定位隨條件改變或不同異構型間差異的資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 10 個夥伴
- ARRB1P49407 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ARRB2P32121 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FGF12P61328-2 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
- NBNO60934 · UniProt INTERACTION · 10 experiments
- SRPK2P78362 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- APLP2Q06481-5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NEK7Q8TDX7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PECAM1P16284 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TGFBR2P37173 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- VIMP08670 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
單泛素化後，treacle ribosome biogenesis factor 1 與 NOLC1 形成異源二聚體。它也屬於大型前核糖體核糖核蛋白複合體；該複合體至少含 62 種核糖體蛋白、45 種非核糖體蛋白，以及前體與成熟 rRNA。在此複合體中，它與 NOP56 直接作用，且此交互作用不依賴 RNA。
疾病與遺傳關聯
TCOF1 相關變異可導致 Treacher Collins syndrome 1（TCS1），這是顱顏發育障礙的一型。其特徵可包括雙側眼瞼裂向下傾斜、下眼瞼缺損且缺損內側睫毛稀少、顏面骨發育不全、腭裂、外耳畸形、外耳道閉鎖，以及雙側傳導性聽力損失。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | treacle ribosome biogenesis factor 1 是核仁蛋白質，透過連結 RNA polymerase I 與負責核糖體加工及修飾的酵素來調節 RNA polymerase I。它也是神經嵴指定所必需；經 BCR(KBTBD8) 複合體單泛素化後，會與 NOLC1 結合並形成連結平台，調整分化細胞的轉譯程式，使其有利於神經嵴指定。 | 含實驗來源 | 證據與來源Nucleolar protein that acts as a regulator of RNA polymerase I by connecting RNA polymerase I with enzymes responsible for ribosomal processing and modification. Required for neural crest specification: following monoubiquitination by the BCR(KBTBD8) complex, associates with NOLC1 and acts as a platform to connect RNA polymerase I with enzymes responsible for ribosomal processing and modification, leading to remodel the translational program of differentiating cells in favor of neural crest specification PMID 12777385 ↗ · PMID 26399832 ↗ |
| 交互作用 | treacle ribosome biogenesis factor 1 在單泛素化後與 NOLC1 形成異源二聚體。它也是大型前核糖體核糖核蛋白複合體的一部分；該複合體至少包含 62 種核糖體蛋白、45 種非核糖體蛋白，以及前體和成熟 rRNA。在複合體內，它與 NOP56 直接作用，且此作用不依賴 RNA。 | 含實驗來源 | 證據與來源Heterodimer; heterodimerizes with NOLC1 following monoubiquitination. Part of a large pre-ribosomal ribonucleoprotein (RNP) complex, that consists of at least 62 ribosomal proteins, 45 nonribosomal proteins and both pre-rRNA and mature rRNA species. Within this complex directly interacts with NOP56 in an RNA-independent manner PMID 12777385 ↗ · PMID 26399832 ↗ |
| 細胞定位 | treacle ribosome biogenesis factor 1 的定位為細胞核與核仁。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | 影響 TCOF1 的變異會造成 Treacher Collins syndrome 1，這是一種顱顏發育障礙。其表徵包括雙側眼瞼裂向下傾斜、下眼瞼缺損且缺損內側睫毛稀少、顏面骨發育不全、腭裂、外耳畸形、外耳道閉鎖及雙側傳導性聽力損失。 | 含實驗來源 | 證據與來源Treacher Collins syndrome 1 TCS1 A form of Treacher Collins syndrome, a disorder of craniofacial development. Treacher Collins syndrome is characterized by a combination of bilateral downward slanting of the palpebral fissures, colobomas of the lower eyelids with a paucity of eyelashes medial to the defect, hypoplasia of the facial bones, cleft palate, malformation of the external ears, atresia of the external auditory canals, and bilateral conductive hearing loss. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 154500 PMID 9042910 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GGGGACTAAGGCGGGGCGTGCAGGTAGCCGGCCGGCCGGG40GGTCGCGGGTATGGCCGAGGCCAGGAAGCGGCGGGAGCTA80CTTCCCCTGATCTACCACCATCTGCTGCGGGCTGGCTATG120TGCGTGCGGCGCGGGAAGTGAAGGAGCAGAGCGGCCAGAA160GTGTTTCCTGGCTCAGCCCGTAACCCTTCTGGACATCTAT200ACACACTGGCAACAAACCTCAGAGCTTGGTCGGAAGCGGA240AGGCAGAGGAAGATGCGGCACTGCAAGCTAAGAAAACCCG280TGTGTCAGACCCCATCAGCACCTCGGAGAGCTCGGAAGAG320GAGGAAGAAGCAGAAGCCGAAACCGCCAAAGCCACCCCAA360GACTAGCATCTACCAACTCCTCAGTCCTGGGGGCGGACTT400GCCATCAAGCATGAAAGAAAAAGCCAAGGCAGAGACAGAG440AAAGCTGGCAAGACTGGGAATTCCATGCCACACCCTGCCA480CTGGGAAGACGGTGGCCAACCTTCTTTCTGGGAAGTCTCC520CAGGAAGTCAGCAGAGCCCTCAGCAAATACTACGTTGGTC560TCAGAAACTGAGGAGGAGGGCAGCGTCCCGGCCTTTGGAG600CTGCTGCCAAGCCTGGGATGGTGTCAGCGGGCCAGGCCGA640CAGCTCCAGCGAGGACACCTCCAGCTCCAGTGATGAGACA680GACGTGGAGGGGAAACCCTCAGTAAAACCAGCCCAGGTCA720AAGCCTCATCAGTTTCTACTAAGGAGTCTCCAGCAAGAAA760GGCGGCCCCAGCCCCTGGGAAGGTGGGGGATGTGACACCC800CAGGTCAAAGGAGGGGCCCTGCCCCCAGCCAAGAGGGCCA840AGAAGCCAGAAGAGGAGTCAGAGAGTAGTGAGGAGGGATC880TGAAAGTGAGGAGGAGGCCCCTGCAGGGACACGAAGCCAG920GTAAAGGCCTCTGAAAAAATTCTCCAGGTCAGAGCTGCCT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。