基因總覽
TCL6 是人類非蛋白質編碼 RNA 基因,正式名稱為 T cell leukemia/lymphoma 6。登錄類型為 RNA, long non-coding。此基因座位於 14q32.13。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000716989 ★ | 95,620,927–95,663,892 | 8 |
| ENST00000555032 | 95,620,914–95,645,232 | 4 |
| ENST00000662225 | 95,620,923–95,642,748 | 5 |
| ENST00000663425 | 95,620,932–95,642,814 | 4 |
| ENST00000661620 | 95,620,932–95,642,916 | 3 |
| ENST00000655483 | 95,620,932–95,643,046 | 3 |
| ENST00000716990 | 95,620,934–95,655,237 | 5 |
| ENST00000716991 | 95,620,957–95,636,457 | 2 |
| ENST00000716992 | 95,620,974–95,654,667 | 4 |
| ENST00000357168 | 95,650,498–95,671,560 | 9 |
| ENST00000460130 | 95,650,501–95,654,647 | 4 |
| ENST00000483087 | 95,651,178–95,671,850 | 8 |
顯示 12/22 個RNA轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>TCL6 ENST00000716989 GRCh38 chr14:95619927-95621027 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CTCACACCAAGCCTATGAGGGTACTATACGTATCTTCATTATCCCCATTTTACTGATGGGACAATTAAGG CACAGAGTAATCACAGCTGGTAAGTAGAGCTGGGATCTGAACGTGTAGTCTTTCGTCTTAAATAATACAC AGGCTCTCTTTACGTGACAGCAGAAGCTGTGTTTGACGTGCTTATGAAAGTCTCCAAGTGGCGCAACAGG GACTCAATACGTTATTGTTATGTAAATGATGCCCACCTCCCTCTCCCAGAAGAGGCCTGGTTGATCCTTG TCAGTCGTGTAGGGATAAGGGTGTGGTCAGAACATCTTTACTTTAAAATGCTGCTGACTGTGGCCCAGTG CGGTGGTGCGCTTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTAACAGAATGAGGCCCTGTCTCTCCAAAAACAAAAG GAAATGCTGCTGAATGGAGTCAAAGGTGGGAGGATTTCAAAGGGAAGGCTTGACTGGGGCAGGTGGAGAT GTGCCAATGTGTCACATCCCAGGAGGACGCCGGAGACTACTGAGAACCACACATTCACAGGACCCGGGAA GCGGGAGCGAGGGAGAGTGGATTGACAGAGATGTCATGTGGCTGGCTGGCCAAAGCCTGGAGACCGGAAC AGCCTAAGGTTGGGATCTTTGTGCTTCCCCGGGCAGCGTGTGTGGCCAGCTGCCTAACCTGGATGGCTAG GACTGACTTTGGGCAAGTCTCTGAAAATTTCCAGGTTGCCATTTCCTCACCTAAAAAATGGGGCAAACAG TGTCTGTTGGTTCCTATCTTACGTCATCAAGCACTTTGCTCTACGAACAATGCTGAGAAATGTTTATTTT CACAGCAGTTAGCATGGGTGTGTTTTGTAGGGATGACCTGTCTTTGTGGAAGGGCACAGGTAAGCCAACT ACGGCACAAAAAGGTGCTGGGTCTCCGGGGCCGCACAGGAGCCACGGAGGAGGGGAAGGGTTTCTCTGAT GCTCAGGAAGTGAGTCGGCGGAAGTGGGAGCGCGGCAAGCGGATGGAGCCAGCGAGAAACACATAGCCAG GGTTCTGTCGCATGACCCCCGACGGCACCTGCTCCCCATCAGCAGCATCAT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
RNA 轉錄本與序列
TCL6 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000716989 ★ | lncRNA | 1,701 nt | 8 |
| ENST00000555032 | lncRNA | 3,661 nt | 4 |
| ENST00000662225 | lncRNA | 1,293 nt | 5 |
| ENST00000663425 | lncRNA | 1,310 nt | 4 |
| ENST00000661620 | lncRNA | 1,216 nt | 3 |
| ENST00000655483 | lncRNA | 1,261 nt | 3 |
| ENST00000716990 | lncRNA | 1,202 nt | 5 |
| ENST00000716991 | lncRNA | 354 nt | 2 |
| ENST00000716992 | lncRNA | 547 nt | 4 |
| ENST00000357168 | lncRNA | 1,939 nt | 9 |
| ENST00000460130 | lncRNA | 911 nt | 4 |
| ENST00000483087 | lncRNA | 2,194 nt | 8 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
DNA 與 RNA 序列
GAAGTGGGAGCGCGGCAAGCGGATGGAGCCAGCGAGAAAC40ACATAGCCAGGGTTCTGTCGCATGACCCCCGACGGCACCT80GCTCCCCATCAGCAGCATCATACTCCGGTAACTTCTGGAA120ATGCTTGAAAGAGTGGAGTTTTGTGGAAATTGGACCTGGG160GCTGGGTTCTGACGGAGGAAGCAGGAAGTCAAATGGATAA200ACTGAGGGCTCAGTGGGTCATGACCTGCCCAGAGTCATGG240AGGGAGTGAGAGGCAGAGCCAGGATGAGCTCCCAGGCCCT280GAAACTTCTGGGCCAGTGGCCTACACACAGAGCTTCCCAC320CCTTCCTCATTGGGTTTCTGCAAGCCCTCCCCACCCCAGC360ACTCTGCAGGGCCTGGGAAGTGAACCAGCTGGGAGGATTC400TTAGAGAAGAAAAGTGCTGATTTAAGAGAAACTGCATTAT440TTGTGAAATACAAAATTCATCTTGTGGGTGTAAGAGATGC480CTTCGTGGACGGATGAAGCTCCTGGTACTAAGTAGCAGAC520AATGTGATGGTCATGAAGTCTCTGTCAGAGAGGAAAGAGG560GAGTTAATCTATAATGAAGATCAACAGTGAAGAGGAAAGG600GGTCTTCCCTGGAACGCTTCAGTCATATACGACATTTTAC640ACAACAATAATGGACCTGTGTAAGGAGGTATGTGTGGGAG680AAGATTCCAGAAGGTCTTGAGACACTCCAGATGAAGGTTG720GTGTGGGGCTGTGCTGCTGGAGCACCAGAGAGTGAAAAGA760GGTTATCTCCCTCTGTGCCAGGCCAGAGTGCAGTGGTGCA800ATCACGGCTCACTGTAGTCTCAACCTCCTGGGCTCAAGAG840ATCCTCCCACTTCAGCCTCCCAAGCAGCTAAGACTACAGT880TATTTTATTCTTATGAGCTTGTGGGCTCCATCTACCAACC920TCTGGGCAAATGCTCATCTGACTTCCATAGACACACAGCA960cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。