基因總覽
TCIM 的正式名稱為 transcriptional and immune response regulator，屬於蛋白質編碼基因。其產物以調節作用參與多種細胞訊息與生物學過程；現有資料並未提供蛋白質家族或結構特色的說明。TCIM 的功能具有情境差異：在不同組織或細胞類型中，可能呈現不同甚至相反的作用。因此，理解其角色需考量具體細胞環境，而不能概括為單一方向的生長調節因子。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000315792 ★ | 40,153,482–40,155,310 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TCIM 參與細胞生長與分化的調節，但其作用方向可能依組織或細胞類型而異。在 WNT-CTNNB1 路徑中，TCIM 可能藉由減弱 CBY1 的拮抗作用而增強路徑訊號；在濾泡樹突細胞中，則可促進細胞增殖。這些結果顯示，TCIM 的作用須放在各自的細胞背景中理解。
TCIM 也參與 mitogen-activated MAPK2/3 訊息路徑，並正向調節細胞週期由 G1 期進入 S 期的轉換。在甲狀腺癌或肺癌等情境中，資料描述 TCIM 可促進細胞增殖及 G1 至 S 期轉換，並抑制細胞凋亡；然而，在肝癌細胞中，TCIM 透過抑制 NOTCH2 訊號而負向調節癌細胞的自我更新。這些相反方向的觀察再次反映其作用具有情境依賴性。
在內皮細胞中，TCIM 透過調節 NF-kappaB 的轉錄調控活性，提升重要發炎介質及發炎反應。TCIM 亦參與熱休克反應，並似乎與 HSF1 形成正向回饋，以調節熱休克下游基因的表現。此外，TCIM 參與造血調節，但相關機制仍未知；此項功能為相似性推論。
Promoter 與基因調控
>TCIM ENST00000315792 GRCh38 chr8:40152482-40153582 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AAAAAGAAAAACGAAAAGACCTGTCCTGCTTTCTTAAAGGACTAGAAAGCGGACCAGGCGTAAGATCCAC AAAGAGAATCTCCAGGACCCTTTGAAGCTCACATTTAGCATATGACAACTCCATAGGTCAGTGAGGACAC TGGCTGGCTTGAATATTGTGGAAGACAGGAAGAACACATTTATATGCTTCCAAAGAAGTTATTGCTCTAT GTCTGGGTAATGCCAAAATAAATTTGAAAACAAAAGATCACCTCGTTCATTTTGGGCACTGTGCACGTAA AACACTTGATTAACTTTTCCTGCTGGCTTTTTTGATAGCTATTGTTGTGGATGTATACACAAGCCTAAGG AGATAGCCTCTACTATTCATATTATTACTACACCCAAATTACAATGGTCTTCAGTGACACTTAGCACTTG TACACAATCTCTGAAAAGTCACCGTTTCAAGCTGTGTCATGTCAGCGTTTTGTATGTAAAATCCCATCCT AGAATTGATCACACCCCAAATTATTATCCTTGATTGCTCAGCTTTCTCTCAGTAGCTCTGGAGTTGCCCC TGATATGGATGTCCAAAGGGCACTGATGTGGACTGCCAAATGTTTGCAGTGCACTTTAATTACTTCTCTG CGAACGAAAGCTTTCCTGTAGTTAGCAGAACCCCTTGTTCTAACTGTCGTTTGGGAAGATTTGAGAGTCT AAGCAACCTCGTTTATGTCTTATCTTTGCATTTTCCTGTATTCAGCTATTTTCTTAAAGGAAGGCCCAGG TCTGTATTATCCTACTGCCACATAGGAAGTAAAATGAGTACTCACAGCCTTGCGCCTAATCACTGAACAC AGCTTTTAGTAATGTTTTACACAAGAACAGGATATTGGCAACTCAACTGTTAAGCCTTTCTGTGATTATT CTTCCTTGAGATCACTCTGATGTCACCAGTGTAATTTGAGCCTGGAGCTTTTGTTCACACTTTAAATAGC AGTCCCAGAATGATTTCACTACAGACTCTCTGGAAAGCCTGGGAGCTGAATTCCGGAAGATCCCCACATC GATGAAAGCAAAGCGAAGCCACCAAGCCGTCATCATGTCCACGTCGCTACG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR8_9KXBD · enhancer · 40153048–40153352 · regulatory
ENSR8_836TLX · promoter · 40153353–40153492 · regulatory
ENSR8_5CG27L · CTCF_binding_site · 40154520–40154541 · regulatory
ENSR8_C5ZKS · enhancer · 40155541–40157050 · regulatory
· motif · 40152942–40152953 · motif
· motif · 40153050–40153064 · motif
· motif · 40154522–40154538 · motif
TNF、IL1B 等促發炎細胞激素可經由 NF-kappaB 訊息傳遞誘導 TCIM。熱休克、TPA、lipopolysaccharide 與 UV 等細胞壓力也會誘導 TCIM；此外，thrombin 等促細胞分裂原亦可誘導其表現。
蛋白質結構域與序列
蛋白質三維結構
細胞內定位
TCIM 可位於細胞質及細胞核，包括核仁與核斑點。 CBY1 存在時，TCIM 會定位於核斑點；遭遇 H(2)O(2) 等細胞壓力時，TCIM 則會轉位至細胞核。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- FBXW7Q969H0 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
TCIM 以單體形式存在。它透過 ANK repeats 與 NOTCH2 互作，並抑制 NOTCH2 的 N2ICD 轉位至細胞核；也透過雙方的 C 端與 CBY1 互作。TCIM 與 CTNNB1 競爭結合 CBY1，這屬於結合競爭關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TCIM 可能參與細胞生長與分化調節，作用方向會依組織或細胞類型而異。它可能藉由減弱 CBY1 的拮抗作用增強 WNT-CTNNB1 路徑，並促進濾泡樹突細胞增殖；也參與 MAPK2/3 訊息傳遞及 G1 至 S 期轉換。在內皮細胞中可增強 NF-kappaB 調控的發炎反應，並可能與 HSF1 正向回饋調節熱休克基因。TCIM 亦參與造血調節，但機制未知；在不同癌細胞中則有促進增殖、抑制凋亡或抑制自我更新等相異作用。 | 含實驗來源 | 證據與來源Seems to be involved in the regulation of cell growth an differentiation, may play different and opposite roles depending on the tissue or cell type. May enhance the WNT-CTNNB1 pathway by relieving antagonistic activity of CBY1. Enhances the proliferation of follicular dendritic cells. Plays a role in the mitogen-activated MAPK2/3 signaling pathway, positively regulates G1-to-S-phase transition of the cell cycle. In endothelial cells, enhances key inflammatory mediators and inflammatory response through the modulation of NF-kappaB transcriptional regulatory activity. Involved in the regulation of heat shock response, seems to play a positive feedback with HSF1 to modulate heat-shock downstream gene expression. Plays a role in the regulation of hematopoiesis even if the mechanisms are unknown (By similarity). In cancers such as thyroid or lung cancer, it has been described as promoter of cell proliferation, G1-to-S-phase transition and inhibitor of apoptosis. However, it negatively regulates self-renewal of liver cancer cells via suppresion of NOTCH2 signaling PMID 15087392 ↗ · PMID 16424001 ↗ · PMID 16730711 ↗ · PMID 17603013 ↗ · PMID 18959821 ↗ · PMID 19684084 ↗ · PMID 24941347 ↗ · PMID 25985737 ↗ |
| 交互作用 | TCIM 以單體形式存在，並與 NOTCH2 及 CBY1 互作。TCIM 透過 ANK repeats 與 NOTCH2 結合，該互作會抑制 NOTCH2 N2ICD 轉位至細胞核；TCIM 也透過自身與 CBY1 的 C 端互作，並與 CTNNB1 競爭結合 CBY1。 | 含實驗來源 | 證據與來源Monomer. Interacts with NOTCH2 (via ANK repeats), the interaction inhibits the nuclear translocation of NOTCH2 N2ICD. Interacts (C-terminus) with CBY1 (C-terminus), TCIM competes with CTNNB1 for the interaction with CBY1 PMID 15087392 ↗ · PMID 16424001 ↗ · PMID 25985737 ↗ |
| 細胞定位 | TCIM 可位於細胞質、細胞核、核仁及核斑點。CBY1 存在時，TCIM 定位於核斑點；遭遇 H(2)O(2) 等細胞壓力時，TCIM 會轉位至細胞核。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm; Nucleus, nucleolus; Nucleus speckle; Nucleus; Localizes in nucleus speckles in presence of CBY1. Translocates to the nucleus upon cellular stress such as H(2)O(2) PMID 16424001 ↗ · PMID 25985737 ↗ |
| 調控 | TNF、IL1B 等促發炎細胞激素可透過 NF-kappaB 訊息傳遞誘導 TCIM。熱休克、TPA、lipopolysaccharide 與 UV 等細胞壓力也會誘導 TCIM；thrombin 等促細胞分裂原同樣具有誘導作用。 | 含實驗來源 | 證據與來源Induced by pro-inflammatory cytokines such as TNF and IL1B, via NF-kappaB signaling. Induced by cellular stresses such as heat shock, TPA, lipopolysaccharide and UV. Induced by mitogens such as thrombin PMID 16730711 ↗ · PMID 17603013 ↗ · PMID 18959821 ↗ · PMID 19684084 ↗ |
核酸與蛋白質序列
ACAGACTCTCTGGAAAGCCTGGGAGCTGAATTCCGGAAGA40TCCCCACATCGATGAAAGCAAAGCGAAGCCACCAAGCCGT80CATCATGTCCACGTCGCTACGAGTCAGCCCATCCATCCAT120GGCTACCACTTCGACACAGCCTCTCGTAAGAAAGCCGTGG160GCAACATCTTTGAAAACACAGACCAAGAATCACTAGAAAG200GCTCTTCAGAAACTCTGGAGACAAGAAAGCAGAGGAGAGA240GCCAAGATCATTTTTGCCATAGATCAAGATGTGGAGGAGA280AAACGCGTGCCCTGATGGCCTTGAAGAAGAGGACAAAAGA320CAAGCTTTTCCAGTTTCTGAAACTGCGGAAATATTCCATC360AAAGTTCACTGAAGAGAAGAGGATGGATAAGGACGTTATC400CAAGAATGGACATTCAAAGACCAAGTGAGTTTGTGAGATT440CTAACAGATGCAGCATTTTGCTGCTACCTTACAAGCTTCT480CTTCTGTCAGGACTCCAGAGGCTGGAAAGGGACCGGGACT520GGAAAGGGACCAGGACTGAACAGACTGGTTACAAAGACTC560CAAACAATTTCATGCCCTGTGCTGTTACAGAGGAGAACAA600AATGCTTTCAGCAAGGATTTGAAAACTCTTCCGTCCCTGC640AGGAAAGGATTGATGCTGATAGAAGAGCCTGGACAGATGT680AATGAGAACTAAAGAAAACAGATGGCTGGAGATGACATTT720ATCCAGGGTCACTTTGTCAGGCCCTAGGACTTAAATCGAA760GTTGAACTTTTTTTTTTTTTTTTAACCAAATAGATAGGGG800AAGGGAGGAGGGAGAGGGAGGACAGGGAGAGAAAATACCA840TGCATAAATTGTTTACTGAATTTTTATATCTGAGTGTTCA880AAATATTTCCAAGCCTGAGTATTGTCTATTGGTATAGATT920TTTAGAAATCAATAATTGATTATTTATTTGCACTTATTAC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。