基因總覽
TCFL5(transcription factor like 5)是蛋白質編碼基因,產物為 Transcription factor-like 5 protein。此蛋白質被註記為推定的轉錄因子,並具有 bHLH 結構域;來源未提供更完整的家族分類或其他結構資訊。TCFL5 有不同異構型,其中第 3 號異構型被提出可能與精子形成早期階段有關,但這項功能描述仍保留可能性。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000335351 ★ | 62,841,005–62,861,822 | 6 |
| ENST00000895007 | 62,840,997–62,861,834 | 6 |
| ENST00000895008 | 62,840,997–62,861,834 | 3 |
| ENST00000949323 | 62,840,997–62,861,775 | 4 |
| ENST00001028389 | 62,840,997–62,861,834 | 5 |
| ENST00001028390 | 62,840,997–62,861,834 | 5 |
| ENST00001132196 | 62,840,997–62,861,834 | 6 |
| ENST00001028392 | 62,843,577–62,861,834 | 6 |
| ENST00001028394 | 62,843,579–62,861,834 | 3 |
| ENST00000217162 | 62,845,138–62,861,834 | 6 |
| ENST00001066677 | 62,851,488–62,861,834 | 6 |
| ENST00001066678 | 62,851,488–62,861,834 | 6 |
顯示 12/14 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TCFL5 的產物被註記為推定的轉錄因子,表示其轉錄調控角色尚以推定性質描述。來源未提供其調控哪些基因、如何影響轉錄,或參與哪些其他生物過程的資訊,因此不能據此延伸出特定的分子機制。
功能描述特別提到第 3 號異構型可能參與精子形成早期階段。這項說法限定於特定異構型與生殖細胞發育的早期階段,且以「可能」表述;來源並未說明其作用方式、作用對象或對精子形成的具體影響。
Promoter 與基因調控
>TCFL5 ENST00000335351 GRCh38 chr20:62861722-62862822 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TGGGAATGTGGGTGAGAGGTTAAGTACAGGAATTATTTCAAGATTGCAAAAATAAGTCTCTTAAAGACCA CATATTGCATAGTTCCCTTAACAGGGAAGGCCCAGCCTAGGCAAACTCCTGGACACAGAAGATTAGTGGC TGCAGGCGGGGGAGGGGCAGTGTGCTGACTGCTACAGGAGACCGGTGGTGAATGCAGCGGTGGAGGCGGG CCCAGCGCTGGGAATGTACCACCACCGTCGCGCTGTGCATTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGAAGTCTGGC TCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCAAGATCTCGACTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGC GATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCACGCACTACCACGTCCAGCTAATTTTTG TATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGATCTCCTGACCTCCTGATCCAC CTGCCTCGGCCTCCCAAAGTACTGGGATTACAGGCATGAGCCACAGAACCCGGCCATGCGCTGCGCATTT TACGCGGATGAAGCGGATGGCCTGGGCACTGTGGACTGTGGGTCCAGGGAGCTGTTTTGACAACGTCTTC ATTCCTGCCGCTGTAATGGGGCGCACGTGCACGCACGGACGTGGCTTCTCCCCAGGGTGTCACCGCGTAG GTATCACGCTGATTCCAGCGCAGCCGCCCTCGCCGGGCCTCAGCGGGGAGTGGCCGGGCAGCAGGGGCGT GGCTGGGAACCGGGCGTGGCCTGAGCTGGGGGCGTGGCCTAGCTGTGGGGGCGTGGCTGGGCCGTGGGGG CGGGCCCTCCGCGCAAGCATCCGCCGACGTGGGGCGGGGCCGGGCGTGCGGGCGGTTGGGCGGGGGCGGG GCCGGCGGCGGCGGGTAACGGAGGGGGCGGGGCTGGCGCAGGGGTGGGGTTGCCGTTGCGGGGCGGGGCG GCGCAGGCGCTGTGCGCGGCACTCAGCGGTTTTCCCTCCCCCAACGGCGCGCCGGCTGTGGCCGGCGCAG AGTAGTGCTCGGGCCGGGGGTCGCCTCCCGCCTCCCGCCTCCCGCCTCCCG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TCFL5_1 ↗ | 20:62,861,822 | 負股 | 62,861,812–62,861,871 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR20_5JR7JT · CTCF_binding_site · 62860497–62860518 · regulatory
ENSR20_BGGSH · promoter · 62860906–62861474 · regulatory
ENSR20_BGGSL · promoter · 62861753–62862312 · regulatory
ENSR20_BGGSQ · enhancer · 62862502–62863206 · regulatory
· motif · 62857361–62857369 · motif
· motif · 62860499–62860515 · motif
· motif · 62861832–62861843 · motif
· motif · 62861832–62861843 · motif
· motif · 62861882–62861895 · motif
· motif · 62861913–62861926 · motif
· motif · 62861939–62861952 · motif
· motif · 62861979–62861992 · motif
· motif · 62861998–62862011 · motif
· motif · 62862133–62862146 · motif
· motif · 62862133–62862146 · motif
· motif · 62862162–62862173 · motif
· motif · 62862393–62862404 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:500 aa
Transcription factor-like 5 protein 長 500 個胺基酸,含有位於第 400 至 450 個胺基酸的 bHLH 結構域。序列另有三段被註記為無序區,分別位於第 1–34、191–211 及 365–410 個胺基酸。第 347–356 個胺基酸區段為可被 Chagas 抗體辨識的 R3 表位;第 481–500 個胺基酸區段則為可被 Chagas 抗體辨識的 R1 表位。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TCFL5 的定位註記為細胞核;來源未提供定位隨條件改變或不同異構型間存在差異的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
TCFL5 有效結合 DNA 需要與另一個 bHLH 蛋白二聚化。來源未指出該 bHLH 蛋白的身分,也未提供特定複合體或其他互作資訊。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TCFL5 被描述為推定的轉錄因子;其第 3 號異構型可能參與精子形成的早期階段。此描述只指出可能的角色,未提供具體作用機制或其他異構型的相關功能。 | 含實驗來源 | 證據與來源Putative transcription factor. Isoform 3 may play a role in early spermatogenesis PMID 9763657 ↗ |
| 交互作用 | TCFL5 有效結合 DNA 需要與另一個 bHLH 蛋白形成二聚體。此敘述指出二聚化是有效 DNA 結合的必要條件,但未指明另一個蛋白的身分,也未說明其他互作或功能結果。 | 資料庫紀錄 | |
| 細胞定位 | TCFL5 的細胞定位註記為細胞核。此項資訊僅指出其定位,未說明定位變化的條件、不同異構型的差異,或定位與其他蛋白質的關係。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
ACTCAGCGGTTTTCCCTCCCCCAACGGCGCGCCGGCTGTG40GCCGGCGCAGAGTAGTGCTCGGGCCGGGGGTCGCCTCCCG80CCTCCCGCCTCCCGCCTCCCGCCGCCCGCCGCCCGCGTCG120CCCTCGCCGCCGTTGGGCCGCGCCGCGCCGCCATGTCGGG160CCCCGGACCGCGGGAGCCGCCGCCGGAGGCAGGCGCGGCA200GGCGGCGAGGCGGCCGTCGAGGGCGCGGGCGGCGGGGACG240CGGCGCTGGGCGAGCCGGGGCTGAGCTTCACGACCACCGA280CCTGAGCCTGGTGGAGATGACGGAGGTGGAGTACACGCAG320CTGCAGCACATCCTCTGCTCGCACATGGAGGCGGCGGCTG360ACGGCGAGCTCGAGACGCGCCTCAACTCGGCGCTGCTGGC400GGCGGCGGGCCCGGGCGCAGGCGCGGGCGGCTTCGCGGCG440GGCGGTCAGGGGGGCGCGGCGCCCGTGTACCCCGTGCTGT480GCCCGTCCGCGCTGGCGGCCGACGCGCCCTGCCTGGGCCA520CATCGACTTCCAGGAGCTGCGCATGATGCTGCTAAGCGAG560GCGGGCGCGGCGGAGAAGACGTCGGGCGGCGGGGACGGAG600CGAGGGCCCGGGCCGACGGCGCCGCCAAGGAGGGCGCGGG640CGCGGCTGCGGCTGCGGCTGGACCCGACGGCGCGCCCGAG680GCCCGGGCCAAGCCGGCCGTGCGCGTCCGCCTGGAGGACC720GCTTCAACAGCATCCCCGCCGAGCCGCCGCCCGCGCCGCG760CGGCCCCGAGCCCCCCGAGCCGGGCGGGGCGCTCAACAAT800TTGGTAACTCTCATTCGACATCCATCTGAACTAATGAATG840TTCCTCTTCAGCAACAAAACAAATGTACAGCATTAGTGAA880AAATAAAACTGCGGCTACAACTACTGCTTTGCAATTTACA920TACCCACTGTTTACTACAAATGCTTGCTCTACTAGTGGAA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。