基因總覽
TCF7L1(transcription factor 7 like 1)是蛋白質編碼基因,產物屬於 TCF/LEF 家族。其蛋白質具有 DNA 結合區域,並參與 Wnt 訊息傳遞。序列註解指出,蛋白質含有 HMG box,另有一段與 CTNNB1 結合的區域;這些特徵構成其分子辨識與調控相關的基本特性。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000282111 ★ | 85,133,392–85,310,387 | 12 |
| ENST00000868102 | 85,133,348–85,310,388 | 12 |
| ENST00000922942 | 85,133,348–85,310,388 | 12 |
| ENST00000922943 | 85,133,348–85,310,388 | 11 |
| ENST00001127786 | 85,133,348–85,193,699 | 4 |
| ENST00001145107 | 85,133,348–85,310,388 | 12 |
| ENST00000442813 | 85,213,623–85,302,494 | 6 |
顯示 7/7 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TCF7L1 參與 Wnt 訊息傳遞,並可結合 DNA。其轉錄調控方向與 CTNNB1 的存在狀態相關:沒有 CTNNB1 時,TCF7L1 作為轉錄抑制因子;有 CTNNB1 時,則作為轉錄活化因子。因此,來源所述的作用不是固定的單一方向,而是依 CTNNB1 是否存在而改變。
依相似性推定,TCF7L1 對表皮細胞的終末分化具有必要性,也與角質透明顆粒形成及表皮屏障功能的發育有關。這些表皮相關作用的證據標註為「By similarity」,應視為相似性推論,而非此處直接證實的結論。
此外,TCF7L1 會下調 NQO1;來源指出,這會導致對 mitomycin c 的抗性增加。這項描述建立了 TCF7L1、NQO1 表現調控與 mitomycin c 抗性之間的關聯,但未提供更細的分子步驟或適用條件。
Promoter 與基因調控
>TCF7L1 ENST00000282111 GRCh38 chr2:85132392-85133492 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ACAGGTTGGAGAGAAACGACATCTTAATGTCATTGTAACAGGCATTTCTTTATTAAAAAAATTTTTTTTT TGGAGACAAGGTCTTGCTATGTTGCCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGGGCTCCAGCGATCCTCCTGCCTA GGCCTCGGGAGTAGATGGAACTCCAGGCGCGGGCCGTGGCGCTCGCACCACAGGCATTACTTAGGTATGA GGCTGGTTGAGCATTTTTCTCGTGTTCACTGGCTACTCACGCAGCTTTGTGAATGGCTTCGGAGATCACT GGACAGGCAATTTTCCCTCTCAATGAACCAAATCCAAATTCTTTTGGAACCCAAGACCGCGATTTTTCGA TTTAGGACCTAGTCCCAAACAATGAAGAAAAGGTGATCTTCAAGATTTCAGCAGGGAAATCTGTATATCT GTACAAGGTTGAAAACCTGGGCCGGGGGTCGCGTTGGAACCCCACAGGAAAAAGGCGCGGAAAGCCGCCG GGCATTTTCCGGGGTTCCATAGATGTCCCCAGTGTCCTAGTCCGTGCATCAGCTCGCGCACTCGGAGGGA CTCTAGGCAGGGGGAGGGCCCCGCGGCCAGTATGTGCGTCCGAGGCTTTCCCGCAGGGGGCAGTGCCGCC CGCCCGCGCGCCGATACGGTGGGAGGGGGTGGGAACCTGCGCGGAGTTCTGGAGGTTCTTTGGGAGAAAG TTAGGGGATGCGGAGGGGTGGGCGCAAGACTTCCAGGACTCCAGGGAGGCCGTGGGGAGGGCCGCCGAGG GTGCAGTGTGAGGCGCAGGAGGGGGTTGGGGGCGGTGCACGTTGCAGGGAGACGCAGCCCCTGGAAGATG CGAGTGTGAACGTGTGAGTGTGAGTGCGTGTGTATGTGTGTGTGTGCGCGCGCACCGCAGCTCTCCGGGT TCCGCGAGGCGCGCGGGTGTCAGCTTGCAGCCGGGGCTCCTCCCTCCGGCCCCCCTGCCCAGCCCGGCGG TCCCTCCTCCCTCCCTCCCCGCTCGCCCCTCCCCGGCGGGCCAGGGGCTGGGACGCCCCGGCGGAGCAGG CGGCGGCGGTGGCGAGTTGGGGAGCCCTAGGCTCGGCGCTGCCGGAGGGGC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TCF7L1_1 ↗ | 2:85,133,414 | 正股 | 85,133,365–85,133,424 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR2_5Q2M8S · CTCF_binding_site · 85131173–85131194 · regulatory
ENSR2_84HKMR · enhancer · 85131215–85131436 · regulatory
ENSR2_5Q2M9G · CTCF_binding_site · 85131307–85131328 · regulatory
ENSR2_938RCF · promoter · 85132902–85133402 · regulatory
ENSR2_938RCW · promoter · 85134523–85135023 · regulatory
ENSR2_5Q2MSN · CTCF_binding_site · 85134597–85134618 · regulatory
ENSR2_7726KM · enhancer · 85137341–85137464 · regulatory
· motif · 85131175–85131191 · motif
· motif · 85131309–85131325 · motif
· motif · 85134599–85134615 · motif
· motif · 85135232–85135242 · motif
· motif · 85135297–85135307 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:588 aa
TCF7L1 蛋白質長 588 個胺基酸,屬於 TCF/LEF 家族。其 HMG box 位於第 346–414 個胺基酸,並註記為 DNA 結合區;第 1–74 個胺基酸區域與 CTNNB1 結合。序列另有數段被註記為無序區,以及位於第 421–427 個胺基酸的核定位訊號。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TCF7L1 的細胞內定位註記為細胞核。 來源未提供定位變化的條件或不同異構型之間的差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
TCF7L1 可與 CTNNB1 的 armadillo repeat 結合並形成穩定複合體;此關係標註為依相似性推定。另有與 DAZAP2 互作的記錄,但來源未進一步說明該互作是否形成複合體或其功能後果。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TCF7L1 參與 Wnt 訊息傳遞並結合 DNA;沒有 CTNNB1 時作為轉錄抑制因子,有 CTNNB1 時則作為活化因子。依相似性推定,它對表皮細胞終末分化、角質透明顆粒形成及表皮屏障功能發育具有必要性;此外會下調 NQO1,並導致對 mitomycin c 的抗性增加。 | 推論支持 | 證據與來源Participates in the Wnt signaling pathway. Binds to DNA and acts as a repressor in the absence of CTNNB1, and as an activator in its presence. Necessary for the terminal differentiation of epidermal cells, the formation of keratohyalin granules and the development of the barrier function of the epidermis (By similarity). Down-regulates NQO1, leading to increased mitomycin c resistance |
| 交互作用 | TCF7L1 可與 CTNNB1 的 armadillo repeat 結合並形成穩定複合體,此項關係依相似性推定;來源另記載 TCF7L1 與 DAZAP2 互作,但未說明該互作的複合體狀態或功能結果。 | 含實驗來源 | 證據與來源Binds the armadillo repeat of CTNNB1 and forms a stable complex (By similarity). Interacts with DAZAP2 PMID 19304756 ↗ |
| 細胞定位 | TCF7L1 的細胞內定位註記為細胞核;此項資料未提供其他定位位置、發生變化的條件,或不同異構型之間的定位差異。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
GCTCGCCCCTCCCCGGCGGGCCAGGGGCTGGGACGCCCCG40GCGGAGCAGGCGGCGGCGGTGGCGAGTTGGGGAGCCCTAG80GCTCGGCGCTGCCGGAGGGGCCCGAGCCGAGCCGCCTGCG120CCCCGGCCGGGCAGCGCCGGGCCCGCTTCCCGCGGGGCCA160CGCCCTGTCAAACTTTGTTGCGGCGGCTAGCGCAGCGGGC200CCGCAAGCGGGCGGGAGGGGCGCCGGGCCGGGCCGGGCAG240GGCGCGGGCGGCTAGGGGCTCCGAGAGCGGCGGCCCCGGC280CCGCGGCCCCACCATGCCCCAGCTCGGCGGCGGGGGCGGC320GGCGGCGGCGGCGGCAGCGGGGGAGGCGGCGGCTCCAGCG360CCGGGGCGGCCGGCGGAGGGGACGACCTCGGGGCGAACGA400CGAGCTGATCCCCTTCCAGGACGAGGGGGGCGAGGAGCAG440GAGCCGAGCAGCGATAGCGCCTCGGCGCAGCGGGACCTAG480ACGAGGTCAAGTCGTCCCTGGTCAACGAGTCGGAGAACCA520GAGCAGCAGCTCGGACTCGGAGGCGGAGAGGCGCCCGCAG560CCCGTCCGGGACACTTTCCAGAAGCCGCGGGACTATTTCG600CCGAAGTGAGAAGGCCTCAGGACAGCGCGTTCTTTAAAGG640ACCCCCGTACCCTGGGTACCCCTTCCTGATGATCCCGGAC680CTGAGCAGCCCGTACCTCTCCAACGGACCCCTGTCTCCCG720GAGGAGCGCGCACCTACCTGCAGATGAAATGGCCCCTCCT760CGATGTCCCCTCCAGCGCCACAGTCAAGGACACGAGGTCA800CCATCTCCAGCACACTTGTCTAATAAAGTTCCTGTCGTTC840AGCACCCGCATCACATGCATCCGCTGACTCCCCTCATCAC880CTACAGCAATGACCACTTCTCCCCCGGCTCCCCTCCCACC920CACCTCTCCCCAGAGATCGATCCAAAGACAGGAATCCCCC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。