基因總覽
TCF3（transcription factor 3）是位於人類第 19 號染色體的蛋白質編碼基因。其蛋白質長 654 個胺基酸，屬於含 basic helix-loop-helix（bHLH）結構域的轉錄因子。蛋白質序列具有多段預測為無序的區域，另含 leucine-zipper 區域、9aaTAD motif，以及核定位訊號。這些是其序列與結構註解；來源所述的功能包括轉錄調控，以及與組織特異性 bHLH 蛋白形成異源二聚體，參與胚胎發育中的細胞命運決定。具體的 DNA 結合與分化相關作用見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000262965 ★ | 1,609,292–1,652,615 | 19 |
| ENST00000931964 | 1,609,291–1,652,864 | 19 |
| ENST00001072548 | 1,609,291–1,652,864 | 19 |
| ENST00000588136 | 1,609,292–1,652,615 | 20 |
| ENST00000931963 | 1,609,292–1,652,864 | 19 |
| ENST00000931965 | 1,609,292–1,652,864 | 17 |
| ENST00000931966 | 1,609,292–1,652,864 | 19 |
| ENST00000931967 | 1,609,292–1,652,864 | 19 |
| ENST00000931969 | 1,609,292–1,652,864 | 17 |
| ENST00000592628 | 1,609,293–1,619,135 | 5 |
| ENST00000593064 | 1,609,293–1,619,209 | 5 |
| ENST00000453954 | 1,609,293–1,652,864 | 20 |
顯示 12/35 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TCF3 是轉錄調控因子，來源指出它參與神經分化的起始，以及間質細胞向上皮細胞轉換（mesenchymal to epithelial transition）；這些功能標註為依相似性推定。與組織特異性的 basic helix-loop-helix（bHLH）蛋白形成異源二聚體時，TCF3 可參與胚胎發育期間的組織特異性細胞命運決定，相關例子包括肌肉分化與早期 B 細胞分化，同樣屬依相似性推定。TCF15 與 TCF3 也被指出共同參與間質至上皮轉換，且此項功能標註為依相似性推定。
TCF3 二聚體可結合 DNA 上的 E-box 序列，其共識形式為 5'-CANNTG-3'；此項結合描述亦為依相似性推定。另有資料指出，TCF3 會結合免疫球蛋白 κ 基因增強子中的 kappa-E2 位點，也會結合胰島素基因轉錄控制區內的短 DNA 序列 IEB1 與 IEB2；其中 IEB1 與 IEB2 的結合標註為依相似性推定。
在 ATOH7 相關作用中，TCF3 形成的異源二聚體是 ATOH7 結合 DNA 所需，並促進 ATOH7 在共識序列 5'-CAGGTG-3' 上的 DNA 結合，同時正向調節轉錄活性。這些資料說明 TCF3 可透過與不同 bHLH 蛋白協作，參與 DNA 結合及轉錄調控；不同生物學作用則依合作夥伴與目標序列而異。
Promoter 與基因調控
>TCF3 ENST00000262965 GRCh38 chr19:1652515-1653615 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GTCAACTTTTTAAATTATTATTTTAAATTATTTTAAATATTTTTAGAGACGGGTGTGGGTGGGGGGGGTT TCACTATGTTGTTCAGGCTGTTCTCGAACTCCTGGCCTCAAGCGATCTTCCCGCCTCGGCCTCCTTCAAA GCGCTGGGATCACAGGCAGGAGCCACGGCGCCCGATCCTAGGCGGGGTCACTTTTTACTAAAATGTAGAC ACGGACTACTAAGAATCAGGAAGCCAGATCTGGCCTGAGTTCTGTCCAAAGTCAGGTCCAAATTCACAGA TGCCGAGACGGAGACTCAAGTCGGCAAAGGCACCGCTGAGACTCCCCGCGGGGCTCTCTGACCCAGAGCC GGAGCCAGAGTCGGTTTTCCCGCCGGGAAAATGGGTCTGACGTAGCCCCCTCGGGGCCGTGATACCCGCT CGCACCACTCAGCACGCGGGGCCGGCCCGAGGAACGCAAATATAACCAAGCAGAAGGCTCCGCGCGGGCG GCCACGCCAACCTGAGAACAAAACTCCAGGACCCACCCCGGCCGCCTCTCGCGGCCTCTCGCTCGCAGAG TCCCGCCTCTGCTGAGGGGCGGGGCCGAGAAGAAAGGAGGCGGGGCCTCACCACGAATGGCTAGGATCCC CGCCCATCAGACTTTCGCGGCTTCCGATTGACCAGACTGCTCTGCCTTAGCTTTCAATCTCACGGGCCTT ACTCGCTTGCGTCATGGACTAAGCGCACAGCTCGTGTGTGCTTCCGCGGACGGGGATAGTCCGTGATTTC TCCCCGCGCCGTGGCCCGACCGCCTCCTCTGCGCGTCCCCGCTCCCAGGCTCTGGACCTCACGGGATTCG GGGTCCTCACGAGGGTGCTCGAGAGGCCGAGCTAGGGCGTTCGGGCCCGAGCCGCCCGGAGGTGGCGGAG GGATCCGCGTGGGCCGCCGGGCGGGGCACTCGGGGGCGGGGCAGGGGCGGGGCCTGCACGGGGCGGGGCG GGGCGGCGCGGGCGGGGGGCGGAACATGTCTCCCGCCGCAGGAAGATGAGGCAGCGGCGGCGGCTGCGGG CGTAGCGGGCCGGAGCCGACGCGGCGGCGGGCACCGCGGGCACCGCGCACG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TCF3_3 ↗ | 19:1,622,148 | 負股 | 1,622,138–1,622,197 |
| TCF3_1 ↗ | 19:1,652,345 | 負股 | 1,652,335–1,652,394 |
| TCF3_2 ↗ | 19:1,652,885 | 負股 | 1,652,875–1,652,934 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR19_C6F8 · enhancer · 1647530–1649539 · regulatory
ENSR19_D47P · enhancer · 1650159–1652580 · regulatory
ENSR19_5DH3D · CTCF_binding_site · 1650748–1650769 · regulatory
ENSR19_5DH88 · CTCF_binding_site · 1651794–1651815 · regulatory
ENSR19_BBT5 · promoter · 1652581–1653105 · regulatory
ENSR19_BBTJ · enhancer · 1655319–1655830 · regulatory
· motif · 1647910–1647923 · motif
· motif · 1647910–1647923 · motif
· motif · 1648478–1648493 · motif
· motif · 1648492–1648503 · motif
· motif · 1648741–1648752 · motif
· motif · 1648976–1648989 · motif
· motif · 1648976–1648989 · motif
· motif · 1649290–1649298 · motif
· motif · 1649466–1649475 · motif
· motif · 1650247–1650260 · motif
· motif · 1650247–1650260 · motif
· motif · 1650559–1650572 · motif
· motif · 1650559–1650572 · motif
· motif · 1650718–1650731 · motif
· motif · 1650718–1650731 · motif
· motif · 1650750–1650766 · motif
· motif · 1650929–1650940 · motif
· motif · 1651014–1651025 · motif
· motif · 1651100–1651113 · motif
· motif · 1651100–1651113 · motif
· motif · 1651232–1651245 · motif
· motif · 1651232–1651245 · motif
· motif · 1651467–1651475 · motif
· motif · 1651796–1651812 · motif
· motif · 1652020–1652033 · motif
· motif · 1652178–1652191 · motif
· motif · 1652323–1652336 · motif
· motif · 1652404–1652417 · motif
· motif · 1652446–1652459 · motif
· motif · 1652535–1652548 · motif
· motif · 1652653–1652663 · motif
· motif · 1652664–1652674 · motif
· motif · 1652666–1652679 · motif
· motif · 1652901–1652909 · motif
· motif · 1652979–1652989 · motif
· motif · 1653010–1653020 · motif
· motif · 1653031–1653041 · motif
· motif · 1653115–1653125 · motif
· motif · 1654560–1654572 · motif
· motif · 1654780–1654787 · motif
· motif · 1655569–1655577 · motif
· motif · 1655569–1655584 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：654 aa
TCF3 蛋白質長 654 個胺基酸，註解出位於第 549–602 位的 bHLH 結構域。序列另含第 389–425 位的 leucine-zipper 區域、第 19–27 位的 9aaTAD motif，以及第 170–176 位的核定位訊號。多段區域被註解為無序區，包括第 31–103、135–205、239–268、292–329、343–385、461–552 與 633–654 位。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TCF3 的定位資料為細胞核。 來源未提供不同條件、異構型或定位動態的差異資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 19 個夥伴
- ASCL1P50553 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- FOXH1O75593 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- ID2Q02363 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- ID3Q02535 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- TAL1P17542 · UniProt INTERACTION · 10 experiments
- TCAF1Q9Y4C2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- CCNDBP1O95273 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MYOD1P15172 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- PSMD9O00233 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- TWIST1Q15672 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- ASCL3Q9NQ33 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ATP1A3P13637 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HAND1O96004 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ID1P41134 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PECAM1P16284 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PLD1Q13393 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RAB5AP20339 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TWIST2Q8WVJ9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- VIMP08670 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
TCF3 可形成同源二聚體，也會與多種 bHLH 蛋白形成異源二聚體；有效 DNA 結合需要與另一個 bHLH 蛋白二聚。部分二聚體與特定功能相關，例如 TCF3–MYOG 可增強 MYOG 的 DNA 結合及轉錄活性，TCF3–ATOH7 則是 ATOH7 DNA 結合所需。TCF3 也參與至少由 CBFA2T3、LDB1、TAL1 與 TCF3 組成的核內 TAL-1 複合體。另有多種蛋白質互作記錄；其中 ASB2 透過 SKP2 與 TCF3 互作，並使 TCF3 成為 Notch 誘導之蛋白酶體降解的目標。
疾病與遺傳關聯
TCF3 相關染色體異常可造成部分前 B 細胞急性淋巴性白血病（B-ALL）。已記錄的異常包括與 PBX1 的 t(1;19)(q23;p13.3)、與 HLF 的 t(17;19)(q22;p13.3)，以及涉及 TFPT 的 inv(19)(p13;q13)。在 TCF3-PBX1 融合的描述中，細胞轉化與持續活化由 PBX1 或其他 PBX 家族成員調控的基因轉錄相關。
TCF3 變異亦與常染色體顯性及常染色體隱性無丙種球蛋白血症相關。兩者均可有血清抗體極低或缺失、循環 B 細胞低下或缺失，並與 B 細胞發育早期受阻相關。顯性型患者在生命最初幾年可能發生嚴重感染；隱性型則描述為幼年早期反覆感染，部分患者可有特殊面容及其他免疫細胞（例如 T 細胞）的細微異常。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 9 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TCF3 是轉錄調控因子，依相似性資料參與神經分化起始及間質至上皮轉換。它與組織特異性 bHLH 蛋白形成的異源二聚體，參與胚胎發育時的細胞命運決定，例如肌肉或早期 B 細胞分化；與 TCF15 合作也與間質至上皮轉換相關。二聚體可結合 E-box，並有結合免疫球蛋白 κ 基因增強子 kappa-E2 位點及胰島素基因控制區 IEB1、IEB2 序列的記錄。 | 含實驗來源 | 證據與來源Transcriptional regulator involved in the initiation of neuronal differentiation and mesenchymal to epithelial transition (By similarity). Heterodimers between TCF3 and tissue-specific basic helix-loop-helix (bHLH) proteins play major roles in determining tissue-specific cell fate during embryogenesis, like muscle or early B-cell differentiation (By similarity). Together with TCF15, required for the mesenchymal to epithelial transition (By similarity). Dimers bind DNA on E-box motifs: 5'-CANNTG-3' (By similarity). Binds to the kappa-E2 site in the kappa immunoglobulin gene enhancer. Binds to IEB1 and IEB2, which are short DNA sequences in the insulin gene transcription control region (By similarity) PMID 2493990 ↗ |
| 功能 | TCF3 可促進 ATOH7 在共識序列 5'-CAGGTG-3' 上結合 DNA，並正向調節其轉錄活性。此敘述涵蓋 DNA 結合與轉錄調控兩項作用，未提供其他實驗條件或特定細胞背景。 | 含實驗來源 | 證據與來源Facilitates ATOH7 binding to DNA at the consensus sequence 5'-CAGGTG-3', and positively regulates transcriptional activity PMID 31696227 ↗ |
| 交互作用 | TCF3 可形成同源二聚體，且有效 DNA 結合需要與另一個 bHLH 蛋白二聚；互作對象包括 ASH1、TWIST1、TWIST2、MYOG、NEUROD1、TCF15 與 ATOH8。不同二聚體作用各異：MYOG 的 DNA 結合及轉錄活性可增強，NEUROD1 二聚體對 E-box 的作用受 ID2 而非 NR0B2 抑制，ATOH8 則抑制特定轉錄活化。TCF3 亦參與 TAL-1 複合體，並與多種蛋白互作；ASB2 透過 SKP2 介導互作，與 Notch 誘導的 TCF3 蛋白酶體降解相關。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer. Heterodimer; efficient DNA binding requires dimerization with another bHLH protein (By similarity). Forms a heterodimer with ASH1, TWIST1 and TWIST2 (By similarity). Forms a heterodimer with MYOG; heterodimerization enhances MYOG DNA-binding and transcriptional activities (By similarity). Forms a heterodimer with NEUROD1; the heterodimer is inhibited in presence of ID2, but not NR0B2, to E-box element. Forms a heterodimer with TCF15; the heterodimer binds E-box element (By similarity). Forms a heterodimer with ATOH8; repress transcription of TCF3 and TCF3/NEUROG3 dimer-induced transactivation of E box-dependent promoters (By similarity). Component of a nuclear TAL-1 complex composed at least of CBFA2T3, LDB1, TAL1 and TCF3 (By similarity). Interacts with NEUROD2, PTF1A and TGFB1I1 (By similarity). Interacts with EP300 and UBE2I. Interacts with BHLHA9. Interacts with ASB2; the interaction is mediated by SKP2 and targets TCF3 for Notch-induced proteasomal degradation PMID 14752053 ↗ · PMID 21119685 ↗ · PMID 2112746 ↗ · PMID 25466284 ↗ · PMID 9409784 ↗ |
| 交互作用 | TCF3 與 ATOH7 形成異源二聚體；此二聚體是 ATOH7 結合 DNA 所需。來源未提供其他細胞背景、處理條件或下游讀值。 | 含實驗來源 | |
| 交互作用 | TCF3 有與 RALGAPA1 及 FIGLA 互作的記錄。來源未進一步說明這些互作是否為直接結合、是否形成複合體，或其功能結果。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | TCF3 的定位註解為細胞核；此筆資料未提供其他定位區室或定位條件。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | 涉及 TCF3 的染色體異常可造成部分前 B 細胞急性淋巴性白血病，包括與 PBX1 的 t(1;19)(q23;p13.3)、與 HLF 的 t(17;19)(q22;p13.3)，以及涉及 TFPT 的 inv(19)(p13;q13)。TCF3-PBX1 融合可藉由持續活化 PBX1 或其他 PBX 家族成員調控的基因轉錄而轉化細胞。 | 含實驗來源 | 證據與來源Chromosomal aberrations involving TCF3 are cause of forms of pre-B-cell acute lymphoblastic leukemia (B-ALL). Translocation t(1;19)(q23;p13.3) with PBX1. TCF3-PBX1 transforms cells by constitutively activating transcription of genes regulated by PBX1 or by other members of the PBX protein family. Translocation t(17;19)(q22;p13.3) with HLF. Inversion inv(19)(p13;q13) with TFPT PMID 10086727 ↗ · PMID 1386162 ↗ · PMID 1671560 ↗ · PMID 1967983 ↗ |
| 疾病關聯 | 常染色體顯性無丙種球蛋白血症 8A 與影響 TCF3 的變異相關。此原發性免疫缺陷的特徵包括血清抗體極低或缺失、循環 B 細胞低下或缺失，並因 B 細胞發育早期受阻而發生；患者在生命最初幾年可能出現嚴重感染。 | 含實驗來源 | 證據與來源Agammaglobulinemia 8A, autosomal dominant AGM8A A form of agammaglobulinemia, a primary immunodeficiency characterized by profoundly low or absent serum antibodies and low or absent circulating B-cells due to an early block of B-cell development. Affected individuals develop severe infections in the first years of life. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 616941 PMID 24216514 ↗ |
| 疾病關聯 | 常染色體隱性無丙種球蛋白血症 8B 與影響 TCF3 的變異相關，屬於原發性免疫缺陷，具有血清抗體極低或缺失、循環 B 細胞低下或缺失及 B 細胞發育早期受阻等特徵。患者幼年早期可能反覆感染，也可能有特殊面容及其他免疫細胞（如 T 細胞）的細微異常。 | 含實驗來源 | 證據與來源Agammaglobulinemia 8B, autosomal recessive AGM8B A form of agammaglobulinemia, a primary immunodeficiency characterized by profoundly low or absent serum antibodies and low or absent circulating B-cells due to an early block of B-cell development. AGM8B is characterized by onset of recurrent infections in early childhood. AGM8B patients may show dysmorphic facies and subtle abnormalities of other immune cells, such as T cells. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 619824 PMID 28532655 ↗ · PMID 30063982 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GGAACATGTCTCCCGCCGCAGGAAGATGAGGCAGCGGCGG40CGGCTGCGGGCGTAGCGGGCCGGAGCCGACGCGGCGGCGG80GCACCGCGGGCACCGCGCACGCCGCTGCCCCAGGGGCGCC120CCGGCCGGCCGCGCGCACGGGCCCCGCGGGACGGGCCACG160CGGGGGTGGGAGGGGCCCGGGCCACGCGCGCCGCCGCCGC200CGCCCACGCGCGACCCTCGGGGGCCCGGCCGCGACGCACC240TTTGTCCGGGGGGGGGCCCCCCCGCTTCATGCCGCCGCCC280CCCCCCACGCGCCGCGTGCCCGGCCGCGCCCAGCAGGGTT320TCCAGGCCTGAGGTGCCCGCCCTGGCCCCAGGAGAATGAA360CCAGCCGCAGAGGATGGCGCCTGTGGGCACAGACAAGGAG400CTCAGTGACCTCCTGGACTTCAGCATGATGTTCCCGCTGC440CTGTCACCAACGGGAAGGGCCGGCCCGCCTCCCTGGCCGG480GGCGCAGTTCGGAGGTTCAGGTCTTGAGGACCGGCCCAGC520TCAGGCTCCTGGGGCAGCGGCGACCAGAGCAGCTCCTCCT560TTGACCCCAGCCGGACCTTCAGCGAGGGCACCCACTTCAC600TGAGTCGCACAGCAGCCTCTCTTCATCCACATTCCTGGGA640CCGGGACTCGGAGGCAAGAGCGGTGAGCGGGGCGCCTATG680CCTCCTTCGGGAGAGACGCAGGCGTGGGCGGCCTGACTCA720GGCTGGCTTCCTGTCAGGCGAGCTGGCCCTCAACAGCCCC760GGGCCCCTGTCCCCTTCGGGCATGAAGGGGACCTCCCAGT800ACTACCCCTCCTACTCCGGCAGCTCCCGGCGGAGAGCGGC840AGACGGCAGCCTAGACACGCAGCCCAAGAAGGTCCGGAAG880GTCCCGCCGGGTCTTCCATCCTCGGTGTACCCACCCAGCT920CAGGTGAGGACTACGGCAGGGATGCCACCGCCTACCCGTC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。