基因總覽
TCF12（transcription factor 12）是位於人類第 15 號染色體的蛋白質編碼基因，產物為轉錄因子，屬於 bHLH 蛋白質。其蛋白質全長 682 個胺基酸，具有 bHLH 結構域，並含有 leucine-zipper 區域及多段預測為無序的區域。這些結構註解呈現其蛋白質的組成特徵；已知資料亦指出它可作為轉錄調控因子，具備調節基因轉錄的角色。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000333725 ★ | 56,918,644–57,289,853 | 21 |
| ENST00000888322 | 56,918,099–57,288,512 | 20 |
| ENST00000945987 | 56,918,158–57,292,592 | 20 |
| ENST00000438423 | 56,918,524–57,288,514 | 21 |
| ENST00000267811 | 56,918,524–57,289,853 | 20 |
| ENST00000557843 | 56,918,524–57,288,085 | 20 |
| ENST00000888320 | 56,918,524–57,298,261 | 20 |
| ENST00000888321 | 56,918,524–57,289,851 | 20 |
| ENST00000888323 | 56,918,524–57,288,518 | 20 |
| ENST00000888324 | 56,918,524–57,288,512 | 21 |
| ENST00000888325 | 56,918,524–57,288,508 | 20 |
| ENST00000888326 | 56,918,524–57,288,506 | 20 |
顯示 12/49 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TCF12 是轉錄調控因子，參與神經分化的起始。其轉錄活性與 DNA 結合有關：TCF12 可結合 E box 序列（5'-CANNTG-3'）並活化轉錄；此項功能註記為依相似性推定（By similarity），因此不應視為此來源所述的直接驗證結果。
TCF12 的有效 DNA 結合需要與另一個 bHLH 蛋白質形成二聚體。資料指出它可形成同源或異源寡聚體，參與其中的蛋白質包括 myogenin、E12 與 ITF2。這些寡聚化關係提供了 DNA 結合所需的分子條件；來源並未將所有互作都界定為相同的轉錄作用或生物學結果。
除上述寡聚體夥伴外，TCF12 也與 PTF1A、NEUROD2、RUNX1T1、AML1-MTG8/ETO 及 BHLHA9 有互作記錄。其中 TCF12 以寡聚化形式透過 nervy homology region 2 與 AML1-MTG8/ETO 互作；與 NEUROD2 的互作則標註為依相似性推定。另有資料指出 ZNF652 可抑制 TCF12 的轉錄因子活性，顯示 TCF12 的調控作用可受互作蛋白影響。
在人類 GnRH 軸發育方面，TCF12 可能參與調控此軸發育的功能網絡。來源以「可能參與」描述此關係，未提供更具體的作用步驟或因果結論。這項資料與其神經分化相關功能分屬不同脈絡，不宜據此推論未載明的細胞類型或調控機制。
Promoter 與基因調控
>TCF12 ENST00000333725 GRCh38 chr15:56917644-56918744 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CTCAGTGTTTCTTCTGCGTGGGCCTTACCGGTCTTTACTGCACTCACTTACCTAAGAGGCAAAACAATGG CTGCCATTCAAGAAAATCTCACTTCAGCCCAGAATCGAAGAACTGGGGCTTATTTTGTCTTCTTTCTACT CTGGGGCTTCTCTGAGGCCAAGTTCAGAACTTGTGCACAAGACAGTGGCTGTGTGACAGAGCCACCCAGG GCTGTCTCCGTTAGATGAAGAGACTGGCTTGATCCATTCCCAAGAACTAGTCCCACGTGCAGTTCGGTTG CTCCGAATGGGATTTGGGTGCGAGGGGCTGACTGGAGATGTGGGGTCTGGGTGAGTGGGGTATTTGAGAA CCTGAAGCTCACAAGGCTTTGTCTGGTTTGAGGTACGTTTTGCCCTTTCTCCCGCATTCGGCTCTGCATC GAATCTGACCGGCCGCGCCTACTCTCGGAACGGCCGAGGAGGATGGGTCTCCCGTCTCCACACGCGCGGT GTCTGCGCCGACTGCAGCCCTCCTGGACGGGAGCCTCTGGGCCCAGCTTAGGGTGGCGTCCAGCGTGACC TACTCGGGAATGGCAGCCTTCAGTGTCCTGCGGCCTCGGGTTCCGGGAAGCTCGGGGACCTGGGCAGCGG ATCCAGATGCTTCCACAGCTGTGTCTCCGTCGCTCCGCTTCGGGGGCCGAGAACCAGCAAGACCAACGCG AGGAGGCGCCACGGTACCTGCCACCCCGCTCCCAGGAGGCCCGGACGAGGCTTCGTCGGCGAGCGGTCGG GGCCTGCTTCTCGAGGTGCCTGCGAGCGCCTCATGCCCCTCCCCACCGGCCCCAACTCCGTCCCGCCTCA CCCGACCGCGGGCTTTGTCCACCCGCCGCGGTGCGGCTCCTCCCAGTCCCCGACAGCTCCTCCCCGCCCC CTCTGCCGGCCCCACTTCCTAGGCGGCGGAGCGGGTCGGGGAGGGAAGGGTTAACCCGCGGCTCTTCCCG GCGCGGAGGGATCCGGAGGCGAGCCGAGCGCGGTGGTGAGGCCGCCTCAGCGAAAAAAATGTCCGCCTGA AGAGACCCACAAGTTCTATTCGGGGGGACCGACAGCCCGCCCCGGGAGGAA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 4 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TCF12_4 ↗ | 15:56,918,572 | 正股 | 56,918,523–56,918,582 |
| TCF12_1 ↗ | 15:56,918,675 | 正股 | 56,918,626–56,918,685 |
| TCF12_3 ↗ | 15:56,918,780 | 正股 | 56,918,731–56,918,790 |
| TCF12_2 ↗ | 15:57,219,430 | 正股 | 57,219,381–57,219,440 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR15_83N6T9 · enhancer · 56913771–56913968 · regulatory
ENSR15_83N6XD · enhancer · 56917441–56917637 · regulatory
ENSR15_9SKZ9 · promoter · 56917638–56918138 · regulatory
ENSR15_5HDGMT · CTCF_binding_site · 56918335–56918356 · regulatory
ENSR15_9SKZH · promoter · 56918375–56918842 · regulatory
ENSR15_5HDGQ3 · CTCF_binding_site · 56918812–56918833 · regulatory
ENSR15_C7MHG · enhancer · 56918843–56920760 · regulatory
· motif · 56918337–56918353 · motif
· motif · 56918472–56918488 · motif
· motif · 56918575–56918591 · motif
· motif · 56918814–56918830 · motif
· motif · 56919068–56919081 · motif
· motif · 56919308–56919328 · motif
· motif · 56919466–56919474 · motif
· motif · 56919802–56919811 · motif
· motif · 56919802–56919811 · motif
TCF12 的表現受到 ZNF652 與 CBFA2T3 抑制。此資料描述的是基因表現調控，與 ZNF652 抑制 TCF12 蛋白質轉錄因子活性的互作註記不同。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：682 aa
TCF12 蛋白質長 682 個胺基酸，含有位於第 577–630 位的 bHLH 結構域，以及第 119–140 位的 leucine-zipper 區域。另有多段區域註記為無序，包括第 25–122、140–219、281–313、349–395、462–580 及 651–682 位。第 19–27 位有 9aaTAD motif，第 632–655 位為 Class A specific domain；第 182–196 位則註記與 RUNX1T1 互作。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TCF12 的細胞定位記錄為細胞核。 來源未提供定位改變的條件或異構型差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 73 個夥伴
- AIRIMQ9NX04 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ARMC8Q8IUR7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ASCL4Q6XD76 · UniProt INTERACTION · 4 experiments · 2 筆來源紀錄
- BMERB1Q96MC5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CDKN2CP42773 · UniProt INTERACTION · 5 experiments · 2 筆來源紀錄
- CFAP206Q8IYR0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CRCPO75575 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EDRF1Q3B7T1-5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FOXH1O75593 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- HEXIM2Q96MH2 · UniProt INTERACTION · 6 experiments · 2 筆來源紀錄
- HOPXQ9BPY8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ID1P41134 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- ID2Q02363 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- ID3Q02535 · UniProt INTERACTION · 5 experiments · 2 筆來源紀錄
- LYSMD1Q96S90 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MAPKBP1O60336 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MLLT6Q6P2C6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MORN4Q8NDC4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- MORN4Q8WVZ3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MYF6P23409 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MYOGP15173 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- NAGKQ9UJ70 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NEUROG3Q9Y4Z2 · UniProt INTERACTION · 7 experiments · 2 筆來源紀錄
- OSGIN1Q9UJX0 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- PSMA1P25786 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
TCF12 與另一個 bHLH 蛋白質形成二聚體是有效 DNA 結合所需條件，並可與 myogenin、E12 和 ITF2 形成同源或異源寡聚體。其他互作對象包括 PTF1A、NEUROD2、RUNX1T1、AML1-MTG8/ETO 與 BHLHA9；其中 NEUROD2 的互作為依相似性推定，且 AML1-MTG8/ETO 的互作涉及寡聚化形式及 nervy homology region 2。ZNF652 與 TCF12 互作並抑制其轉錄因子活性。
疾病與遺傳關聯
影響 TCF12 的變異與顱縫早閉症 3（Craniosynostosis 3）及伴或不伴嗅覺缺失的低促性腺激素性性腺功能低下症 26（Hypogonadotropic hypogonadism 26）相關；來源將兩者描述為由影響該基因的變異所致。
顱縫早閉症 3 的特徵是至少一條顱縫過早融合，可能造成頭形異常，部分情況下顱內壓升高。低促性腺激素性性腺功能低下症 26 可有出生時小陰莖與隱睪、青春期缺如及嗅覺缺失；部分患者也有顱縫早閉症。其遺傳方式可為體染色體顯性或體染色體隱性。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 6 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TCF12 是轉錄調控因子，參與神經分化的起始，並可藉由結合 E box（5'-CANNTG-3'）活化轉錄；此結合與活化的描述依相似性推定。另有資料指出，TCF12 可能參與調控 GnRH 軸發育的功能網絡。 | 含實驗來源 | 證據與來源Transcriptional regulator. Involved in the initiation of neuronal differentiation. Activates transcription by binding to the E box (5'-CANNTG-3') (By similarity). May be involved in the functional network that regulates the development of the GnRH axis PMID 32620954 ↗ |
| 交互作用 | TCF12 有效結合 DNA 需要與另一個 bHLH 蛋白質二聚化，並可與 myogenin、E12、ITF2 形成同源或異源寡聚體。它也與 PTF1A、NEUROD2、RUNX1T1、AML1-MTG8/ETO 及 BHLHA9 互作；NEUROD2 的互作依相似性推定，與 AML1-MTG8/ETO 的互作涉及寡聚化形式及 nervy homology region 2。ZNF652 互作可抑制 TCF12 的轉錄因子活性。 | 含實驗來源 | 證據與來源Efficient DNA binding requires dimerization with another bHLH protein. Forms homo- or heterooligomers with myogenin, E12 and ITF2 proteins. Interacts with PTF1A. Interacts with NEUROD2 (By similarity). Interacts with RUNX1T1. Interacts with AML1-MTG8/ETO (via nervy homology region 2 in oligomerized form). Interacts with BHLHA9. Interacts with ZNF652; inhibiting TCF12 transcription factor activity PMID 16616331 ↗ · PMID 18456661 ↗ · PMID 19204326 ↗ · PMID 23812588 ↗ · PMID 25466284 ↗ |
| 細胞定位 | TCF12 的細胞定位記錄為細胞核。 | 資料庫紀錄 | |
| 調控 | TCF12 的表現受到 ZNF652 與 CBFA2T3 抑制。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | 影響 TCF12 的變異與顱縫早閉症 3（CRS3）相關。此病為一條或多條顱縫過早融合，顱骨生長速度可能無法配合發育中的腦部，造成頭形異常；部分患者會有顱內壓升高，需及時處理以避免永久性神經發育障礙。 | 含實驗來源 | 證據與來源Craniosynostosis 3 CRS3 A primary abnormality of skull growth involving premature fusion of one or more cranial sutures. The growth velocity of the skull often cannot match that of the developing brain resulting in an abnormal head shape and, in some cases, increased intracranial pressure, which must be treated promptly to avoid permanent neurodevelopmental disability. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 615314 PMID 23354436 ↗ · PMID 25271085 ↗ |
| 疾病關聯 | 影響 TCF12 的變異與伴或不伴嗅覺缺失的低促性腺激素性性腺功能低下症 26（HH26）相關。此病可有出生時小陰莖與隱睪，以及男性或女性青春期缺如和嗅覺缺失；部分患者也有顱縫早閉症。其遺傳方式可為體染色體顯性或體染色體隱性。低促性腺激素性性腺功能低下症可伴隨其他非生殖表現，包括嗅覺缺失、裂顎及感音神經性聽力損失。 | 含實驗來源 | 證據與來源Hypogonadotropic hypogonadism 26 with or without anosmia HH26 A form of hypogonadotropic hypogonadism, a group of disorders characterized by absent or incomplete sexual maturation by the age of 18 years, in conjunction with low levels of circulating gonadotropins and testosterone, and no other abnormalities of the hypothalamic-pituitary axis. In some cases, it is associated with non-reproductive phenotypes, such as anosmia, cleft palate, and sensorineural hearing loss. Anosmia or hyposmia is related to the absence or hypoplasia of the olfactory bulbs and tracts. In the presence of anosmia, idiopathic hypogonadotropic hypogonadism is referred to as Kallmann syndrome, whereas in the presence of a normal sense of smell, it has been termed normosmic idiopathic hypogonadotropic hypogonadism (nIHH). HH26 is characterized by micropenis and cryptorchidism at birth in male patients, and absent puberty and anosmia in male or female patients. Some affected individuals also exhibit craniosynostosis. Inheritance can be autosomal dominant or autosomal recessive. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 619718 PMID 32620954 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GAGCCGAGCGCGGTGGTGAGGCCGCCTCAGCGAAAAAAAT40GTCCGCCTGAAGAGACCCACAAGTTCTATTCGGGGGGACC80GACAGCCCGCCCCGGGAGGAAGGGGCGGCCAGGCCCGAAA120GCCGCCTCCCCCTCCCAGACCCGAGAGCTCGTGCGGGGCA160AAGTGAACCGAGCCGCTGGGCGGTGCAAGGGGAAGCCCAA200GCCCGTTCTCCCGGCCAAAGTGAACTTTAATCGGGGTGGT240TGGATGCGGAGACGGGGCGGCAGGACCTGCTAGAAGTGGC280CGAAGATGAATCCCCAGCAACAACGCATGGCCGCTATAGG320GACCGACAAGGAGCTGAGCGACCTACTGGACTTCAGTGCG360ATGTTTTCCCCACCTGTTAATAGTGGGAAAACTAGACCAA400CTACACTGGGAAGCAGTCAATTCAGTGGATCAGGTATTGA440TGAAAGAGGAGGTACAACATCTTGGGGAACAAGTGGTCAA480CCAAGTCCTTCCTATGATTCATCTAGAGGTTTTACAGACA520GCCCTCATTACAGTGATCACTTGAATGACAGTCGATTAGG560AGCCCATGAAGGCTTGTCCCCAACACCTTTCATGAACTCA600AATCTGATGGGAAAAACATCAGAGAGAGGCTCATTTTCCC640TGTACAGCAGAGATACTGGATTACCAGGCTGTCAATCTAG680TCTCCTGAGACAAGATCTGGGGCTTGGGAGCCCAGCACAG720CTATCTTCTTCAGGAAAACCTGGGACAGCATACTATTCAT760TCTCTGCTACAAGTTCCAGGAGGAGACCACTCCATGACTC800TGCAGCGCTTGATCCCTTGCAAGCAAAAAAAGTCAGAAAG840GTGCCTCCTGGTTTGCCTTCTTCTGTATATGCACCATCCC880CAAATTCAGATGATTTCAACCGTGAATCTCCTAGTTATCC920ATCTCCTAAGCCACCAACCAGTATGTTCGCTAGCACTTTC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。