基因總覽
TCEA3 是一種蛋白質編碼基因，其產物 transcription elongation factor A3 屬於 TFS-II family。蛋白質具有 TFIIS N-terminal 與 TFIIS central 兩個結構域，並含有 TFIIS-type zinc finger；另有一段被註記為無序區。這些結構特徵構成其蛋白質的基本架構，而其主要角色與 RNA polymerase II 的轉錄延伸相關。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000450454 ★ | 23,380,909–23,424,748 | 11 |
| ENST00000898818 | 23,370,591–23,425,169 | 12 |
| ENST00001108993 | 23,370,591–23,425,169 | 12 |
| ENST00001113843 | 23,370,591–23,425,169 | 11 |
| ENST00001108994 | 23,370,592–23,425,169 | 12 |
| ENST00000941055 | 23,370,601–23,425,169 | 12 |
| ENST00000941056 | 23,376,396–23,425,169 | 12 |
| ENST00001108995 | 23,379,952–23,425,169 | 11 |
| ENST00001143791 | 23,380,909–23,425,169 | 11 |
| ENST00000898819 | 23,380,934–23,425,169 | 10 |
| ENST00000898820 | 23,381,062–23,425,169 | 10 |
| ENST00000898822 | 23,381,062–23,425,169 | 10 |
顯示 12/31 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TCEA3 對 RNA polymerase II 有效進行轉錄延伸是必要的，尤其是在聚合酶通過 DNA 模板中具有停滯作用的位點時。這類 arresting sites 並非使所有通過的聚合酶都停止，而是會捕捉其中一部分正在延伸的 RNA polymerase II，使其形成受鎖定的三元複合體。
當聚合酶受困於這些位點時，新生 RNA 的切割可使轉錄延伸恢復。S-II 會切割新生轉錄本，產生新的 3′ 末端；RNA polymerase II 隨後可從這個新末端繼續延伸。這項作用將轉錄受阻的複合體與延伸恢復連結起來，支持聚合酶越過模板所編碼的停滯位點。
因此，TCEA3 的功能重點在於協助 RNA polymerase II 維持有效延伸，並讓部分遭 DNA 模板序列限制的聚合酶得以重新開始合成。現有資料描述了停滯位點造成的複合體狀態，以及 S-II 切割新生 RNA 後延伸恢復的方式；未進一步說明此作用在特定細胞或生理條件下的調控情形。
Promoter 與基因調控
>TCEA3 ENST00000450454 GRCh38 chr1:23424648-23425748 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AAAAAAAAAAAAAAAGAATCTCATCTGTAATTACAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGCGGATCGCTTGA GACCAGGAGTTCCAGACCAGCCTGGGCAACGTAGTAAGACCTAGTCTTTACAAAAAATTAAAAAATTAGC TGGGCATGATGGATGGCTCACGCCTGTAGTCCTAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGAAAGGATCACTTGA GCTGGGGAAGTCGAGGCAGTGAGCCTGATTGCTCCACTCCACTCTGGCCTCAGCCACAGAGGGAGACCCT GTCTCAAAAAAATAAAAAGAATCTCCCCGATAAGCTCTCACTACTCGAGAGTGTAGTTCTGGGACCAGCA GCACCCCCAGCACATAGGAGCTTGTTAAAAATGCAAAGCCTTACTAACAAAACAGCCAGCAAAGGAAGTT TTAGGTAGACAGAGGCAAACAGGAGCCTGGATACACGTGGCATGCACAGGCCGTGTGCACGATGGAGTGA GTGCAGGTTAAAGCAGAGCTGGATTTAGTGATCTACACACACACACACACACACACACACACACACACAC ACACACACACACGGGATTCGAGCGCACCGAGTTGCCTCCACTTGGGCATAGGCGCGGAACTGTGTCCTCC CGCTTTGAGATGCAACGGTGCAGAGACGCGGGAGCCCAGAACGCTTCCCAGGGCCCCTGGGACACCCTCG GGCGCCCTCCGCGCCGCGACCGCCGCCTGTGGCCAGGTCACAGCCTCCCAGCTCGCCAGAGAGCCCTCCT TCCCAAATCTCTCTTCGGTCCCCCGGCGCCCCTGGAAGGGCCGGAGTTGGAGGGTCCCCTCTCTCAGCCT CGTCCCTCCCCTGAGGCCCGATCGGCCGGCGCGGGCAATCAGTGCCCGGGCAAGTCCTTGAAGTCTATAT TTAGTGCCCGCCACCCCTCCCCCGCACAGTTGGGAGGCGGGCGGTGGGGGGGTGGGGGTGGGGAGAGCCC CGCCCCCGCCGGGCGTGTGTGTCGTGTGTGTTTGGGGCCCGCGCGGGTTGCGCGCCCTCCGCCTTCGCGC CTCCTGCCCCCGAGGCCCTACTGCTGCCCCTGTGCCCCTCGCCCCGCCGGG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TCEA3_1 ↗ | 1:23,424,748 | 負股 | 23,424,738–23,424,797 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR1_57HQ4D · CTCF_binding_site · 23421819–23421840 · regulatory
ENSR1_9CB2Z · promoter · 23424623–23424892 · regulatory
ENSR1_B6MJ3 · enhancer · 23424893–23425440 · regulatory
· motif · 23421821–23421837 · motif
· motif · 23428307–23428322 · motif
· motif · 23428308–23428322 · motif
· motif · 23428309–23428322 · motif
· motif · 23428343–23428357 · motif
· motif · 23428344–23428357 · motif
· motif · 23428418–23428431 · motif
· motif · 23428653–23428666 · motif
· motif · 23428680–23428693 · motif
· motif · 23428680–23428693 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：348 aa
TCEA3 蛋白長 348 個胺基酸，屬於 TFS-II family。其 TFIIS N-terminal domain 位於第 5–82 個胺基酸，TFIIS central domain 位於第 187–303 個胺基酸；第 306–346 個胺基酸區段含有 TFIIS-type zinc finger。第 78–166 個胺基酸另被註記為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TCEA3 的定位註記為細胞核。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- LEO1Q8WVC0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TCEA3 對 RNA polymerase II 有效通過 DNA 模板上具停滯作用的位點並持續進行轉錄延伸是必要的。這些位點會使一部分通過的延伸中聚合酶受困，形成受鎖定的三元複合體；S-II 切割新生轉錄本後，聚合酶可從新的 3′ 末端恢復延伸。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Necessary for efficient RNA polymerase II transcription elongation past template-encoded arresting sites. The arresting sites in DNA have the property of trapping a certain fraction of elongating RNA polymerases that pass through, resulting in locked ternary complexes. Cleavage of the nascent transcript by S-II allows the resumption of elongation from the new 3'-terminus |
| 細胞定位 | TCEA3 定位於細胞核。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
GTCGTGTGTGTTTGGGGCCCGCGCGGGTTGCGCGCCCTCC40GCCTTCGCGCCTCCTGCCCCCGAGGCCCTACTGCTGCCCC80TGTGCCCCTCGCCCCGCCGGGCGTCGCGGGCCAACATGGG120CCAGGAAGAGGAGCTGCTGAGGATCGCCAAAAAGCTGGAG160AAGATGGTGGCCAGGAAGAACACGGAAGGGGCCCTGGACC200TTCTGAAGAAGCTGCACAGCTGCCAGATGTCCATCCAGCT240ACTACAGACAACCAGGATTGGAGTTGCTGTTAATGGGGTC280CGCAAGCACTGCTCAGACAAGGAGGTGGTGTCCTTGGCCA320AAGTCCTTATCAAAAACTGGAAGCGGCTGCTAGACTCCCC360TGGACCCCCAAAAGGAGAAAAAGGAGAGGAAAGAGAAAAG400GCAAAGAAGAAGGAAAAAGGGCTTGAGTGTTCAGACTGGA440AGCCAGAAGCAGGCCTTTCTCCACCAAGGAAAAAACGAGA480AGACCCCAAAACCAGGAGAGACTCTGTGGACTCCAAGTCT520TCTGCCTCCTCCTCTCCAAAAAGACCATCGGTGGAAAGAT560CAAACAGCAGCAAATCAAAAGCGGAGAGCCCCAAAACACC600TAGCAGCCCCTTGACCCCCACGTTTGCCTCTTCCATGTGT640CTCCTGGCCCCCTGCTATCTCACAGGGGACTCTGTCCGGG680ACAAGTGTGTGGAGATGCTGTCAGCAGCCCTGAAGGCGGA720CGATGATTACAAGGACTATGGAGTCAACTGTGACAAGATG760GCATCAGAAATCGAAGATCATATCTACCAAGAGCTCAAGA800GCACGGACATGAAGTACCGGAACCGCGTGCGCAGCCGCAT840AAGCAACCTCAAGGACCCCAGGAACCCCGGCCTGCGGCGG880AACGTGCTCAGTGGGGCCATCTCCGCAGGGCTTATAGCCA920AGATGACGGCAGAGGAAATGGCCAGTGATGAACTGAGGGA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。