基因總覽
TCEA1 是蛋白質編碼基因，正式名稱為 transcription elongation factor A1。其產物屬於 TFS-II 家族，也稱為 TFIIS，是與 RNA polymerase II 轉錄相關的蛋白質。蛋白質長 301 個胺基酸，具有 TFIIS N-terminal 與 TFIIS central 兩個結構域，以及 TFIIS-type zinc finger；序列中另有一段被註記為無序區。這些家族與結構特徵界定了 TCEA1 蛋白質的基本分子身分。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000521604 ★ | 53,966,556–54,022,448 | 10 |
| ENST00000396401 | 53,966,552–54,022,448 | 9 |
| ENST00000522635 | 53,966,552–54,022,448 | 5 |
| ENST00000911142 | 53,966,552–54,022,448 | 9 |
| ENST00000911143 | 53,966,552–54,022,448 | 8 |
| ENST00000911144 | 53,966,552–54,022,448 | 4 |
| ENST00000911145 | 53,966,552–54,022,448 | 9 |
| ENST00000911146 | 53,966,552–54,022,448 | 4 |
| ENST00000920395 | 53,966,552–54,022,448 | 10 |
| ENST00000920396 | 53,966,552–54,022,448 | 9 |
| ENST00000959335 | 53,966,552–54,022,448 | 10 |
| ENST00001135402 | 53,966,552–54,022,448 | 10 |
顯示 12/15 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TCEA1 的主要功能是協助 RNA polymerase II 有效率地進行轉錄延長，尤其是在聚合酶沿 DNA 模板前進時遇到會使其停滯的序列位點。這類 DNA 位點會使通過的部分延長中聚合酶受困，形成無法繼續延長的鎖定型三元複合體；因此，即使聚合酶已經開始合成 RNA，轉錄仍可能在這些位置中斷。
TCEA1 所屬的 S-II 因子可促進新生 RNA 轉錄本的切割。切割後，RNA 鏈會形成新的 3′ 末端，RNA polymerase II 隨後能從這個新末端恢復延長。這種作用使聚合酶得以脫離停滯狀態，繼續沿模板合成 RNA，支持轉錄過程順利越過會造成阻滯的 DNA 位點。
因此，TCEA1 的功能重點不是單純促進聚合酶開始轉錄，而是協助處理延長階段的停滯，讓部分受困的聚合酶重新進入有效延長。來源指出，這項作用對 RNA polymerase II 越過模板編碼的停滯位點並維持有效轉錄延長是必要的；所述機制以新生轉錄本切割及新 3′ 末端的形成，連結聚合酶受困與延長恢復。
Promoter 與基因調控
>TCEA1 ENST00000521604 GRCh38 chr8:54022348-54023448 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GTGTAATTTCTGACCAGAAGGTTTCCGTCAACTGTTCTTCAACTATTCAAAATGCCATGCCCAAGACTGG TTCTTAGTACTCCAGGAGCTCACGAACGATTTCACCTTTATTTATTTTTTATTTTTTTTGAGACGGAGTT TCGCTCTTGTCGCCCAGGCTAGAATGCAATGGCAGTCTCGGCTCACCGCAACTTCCGCCTCCCGGGTTCA AACGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTGGCTGGGATCACAGGCCATGACGCCCGGCTAATTTTGTATT TTTAGTAGTGACGATGTTTCTCCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTCACCTCAGTTGATCCGCCC GCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGCGCCCGGCCGATTTTTTTTAAAAAAA GGAACGCTTAGCCGGGTGCAGTGGCTCAGGTCTGTAATCGCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGAT CACTAGGTCAAGAGATCAAAACCATCCTGGCCAACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAA ATTAGCAGGGCGTGGTGGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAAACTAAAGCAGGAGAATCGCTTG AACCCGGGGGGGGGAGCTTGCAGTGAGTGGAGATCGCGCCACTGTACTCCAGCCAGGCGACAGAACGAGG CTCCGTCTCAAAAAAAAAGGAACTCTTAAAACGAGTAACTCCGTAACCTAACTTAGAGGACACGGGTTCC ATTTTTCCCCGTAGCAGTCTCCTATGGAGAAAGTGCTTGGCTTCCCACAGACTTTAAAACCTGCCAAAGT TCCATGCTCGGAATCTGCCCCCGTTTCGAGATACTTGGGCCTCCGCGAGTTCTAAAACTCCGGGATGTCC CGATGCAATAGGGGGCCGAAAACCCGCCCCGTGAGGGGGCGGGACCGGAGGTGAACGCGCAGCAAAACCG GGCGCCTTCCACGACCCTCTAGCCGGAAGCCACGCCTGCCCACTAGCCCGACGCCCGCCTGGCGGGAACA TGGGCTCGCCCCTCACCAGCGATCTGCAGTCAGTTGGTAGCGCCTGCACGT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TCEA1_1 ↗ | 8:54,022,287 | 負股 | 54,022,277–54,022,336 |
| TCEA1_2 ↗ | 8:54,022,448 | 負股 | 54,022,438–54,022,497 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR8_9RFWF · enhancer · 54018575–54018964 · regulatory
ENSR8_9RFWQ · enhancer · 54019655–54020072 · regulatory
ENSR8_C7CPR · enhancer · 54020203–54022137 · regulatory
ENSR8_BDPGQ · promoter · 54022138–54022938 · regulatory
ENSR8_9RFXR · enhancer · 54023233–54023726 · regulatory
· motif · 54018821–54018832 · motif
· motif · 54018821–54018832 · motif
· motif · 54019141–54019153 · motif
· motif · 54019354–54019369 · motif
· motif · 54020486–54020499 · motif
· motif · 54022274–54022287 · motif
· motif · 54022438–54022447 · motif
· motif · 54022438–54022449 · motif
· motif · 54022438–54022449 · motif
· motif · 54022486–54022495 · motif
· motif · 54022496–54022509 · motif
· motif · 54022940–54022955 · motif
· motif · 54022945–54022957 · motif
· motif · 54022948–54022963 · motif
· motif · 54023112–54023127 · motif
· motif · 54023434–54023449 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：301 aa
TCEA1 蛋白質長 301 個胺基酸，屬於 TFS-II 家族。其 N 端第 3–80 位為 TFIIS N-terminal 結構域，第 140–256 位為 TFIIS central 結構域；第 259–299 位則註記有 TFIIS-type zinc finger。第 80–137 位另被註記為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 5 個夥伴
- BROXQ5VW32 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- GPKOWQ92917 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LEO1Q8WVC0 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- PAF1Q8N7H5 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- POLR2AP24928 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
TCEA1 與 EAF2 的互作依據為相似性推定。TCEA1 也與 UBR5 關聯，並和 CDK9、Pol II、UBR5 一同構成轉錄調控複合體。此外，TCEA1 是以 TBP 為基礎的 Pol II 轉錄前起始複合體（PIC）成員；該多亞基複合體參與 DNA 解旋，並將 Pol II 核心帶至轉錄起始位點。
疾病與遺傳關聯
涉及 TCEA1 的染色體異常可能是唾液腺多形性腺瘤的成因之一；來源描述的染色體轉位為 t(3;8)(p21;q12)，並涉及 PLAG1。此資訊支持的是可能的疾病關聯，不能據此視為 TCEA1 異常已被證實會造成腫瘤。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TCEA1 對 RNA polymerase II 有效率地越過模板編碼的停滯位點並持續延長轉錄是必要的。DNA 上的停滯位點會使一部分通過的延長中聚合酶受困，形成鎖定型三元複合體；S-II 切割新生轉錄本後，聚合酶可由新形成的 3′ 末端恢復延長。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Necessary for efficient RNA polymerase II transcription elongation past template-encoded arresting sites. The arresting sites in DNA have the property of trapping a certain fraction of elongating RNA polymerases that pass through, resulting in locked ternary complexes. Cleavage of the nascent transcript by S-II allows the resumption of elongation from the new 3'-terminus |
| 交互作用 | TCEA1 與 EAF2 的互作依據為相似性推定。TCEA1 與 UBR5 關聯，並和 CDK9、Pol II、UBR5 組成轉錄調控複合體；它也是以 TBP 為基礎的 Pol II 轉錄前起始複合體成員。該複合體包含多種一般與特定起始因子，可促進 DNA 解旋並將 Pol II 核心導向轉錄起始位點，使第一個磷酸二酯鍵形成。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with EAF2 (By similarity). Associates with UBR5 and forms a transcription regulatory complex made of CDK9, Pol II, UBR5 and TCEA1/TFIIS. Part of TBP-based Pol II pre-initiation complex (PIC), in which Pol II core assembles with general transcription factors and other specific initiation factors including GTF2E1, GTF2E2, GTF2F1, GTF2F2, TCEA1, ERCC2, ERCC3, GTF2H2, GTF2H3, GTF2H4, GTF2H5, GTF2A1, GTF2A2, GTF2B and TBP; this large multi-subunit PIC complex mediates DNA unwinding and targets Pol II core to the transcription start site where the first phosphodiester bond forms PMID 21127351 ↗ · PMID 27193682 ↗ |
| 細胞定位 | TCEA1 定位於細胞核。 | 資料庫紀錄 | |
| 疾病關聯 | 涉及 TCEA1 的染色體異常可能是唾液腺多形性腺瘤的成因之一。來源將多形性腺瘤描述為最常見的唾液腺良性上皮腫瘤，並指出與 PLAG1 有關的 t(3;8)(p21;q12) 染色體轉位；這是可能的關聯，並非確定因果。 | 含實驗來源 | 證據與來源A chromosomal aberration involving TCEA1 may be a cause of salivary gland pleiomorphic adenomas (PA) [181030]. Pleiomorphic adenomas are the most common benign epithelial tumors of the salivary gland. Translocation t(3;8)(p21;q12) with PLAG1 PMID 10029085 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGCCGGAAGCCACGCCTGCCCACTAGCCCGACGCCCGCCT40GGCGGGAACATGGGCTCGCCCCTCACCAGCGATCTGCAGT80CAGTTGGTAGCGCCTGCACGTCGCGCGCGGTGTTCGATTG120TCGCTGCCTGGGGAGGAGGAGCCGGAGCCGCCGCCGCCGC160CGCCGCCGCCGCGGGCTTCGTTCGTAAGGAAGGGGGCCTA200GGCCCGGGCCTGCGGTGGTGGGGGTTGCTGCGCGCCGGGG240GTCGCTCCTGCTGTGTCTTCCGCTCCAGCTTCGCCCACTT280CCCCTTGCCAGCGGGGTGGGCGCGGAGAAGACCTGCCGGA320GCCATGGAGGACGAAGTGGTCCGCTTTGCCAAGAAGATGG360ACAAGATGGTGCAGAAGAAGAACGCGGCTGGAGCATTGGA400TTTGCTAAAGGAGCTTAAGAATATTCCTATGACCCTGGAA440TTACTGCAGTCCACAAGAATCGGAATGTCAGTTAATGCTA480TTCGCAAGCAGAGTACAGATGAGGAAGTTACATCTTTGGC520AAAGTCTCTCATCAAATCCTGGAAAAAATTATTAGATGGG560CCATCAACTGAGAAAGACCTTGACGAAAAGAAGAAAGAAC600CTGCAATTACATCGCAGAACAGCCCTGAGGCAAGAGAAGA640AAGTACTTCCAGCGGCAATGTAAGCAACAGAAAGGATGAG680ACAAATGCTCGAGATACTTATGTTTCATCCTTTCCTCGGG720CACCAAGCACTTCTGATTCTGTGCGGTTGAAGTGTAGGGA760GATGCTTGCTGCAGCTCTTCGAACAGGGGATGACTACATT800GCAATTGGAGCTGATGAGGAAGAATTAGGATCTCAAATTG840AAGAAGCTATATATCAAGAAATAAGGAATACAGACATGAA880ATACAAAAATAGAGTACGAAGTAGGATATCAAATCTTAAA920GATGCAAAAAATCCAAATTTAAGGAAAAATGTCCTCTGTG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。