基因總覽
TBX2 是蛋白質編碼基因，其產物為 T-box transcription factor 2，屬於具有 T-box DNA 結合區域的轉錄因子。蛋白質全長 712 個胺基酸，除 DNA 結合區域外，也具有被註記為不定型的區段及轉錄抑制區域 RD1。這些結構特徵與其轉錄調控角色相符；來源指出它主要具有轉錄抑制作用，也可能具有轉錄活化功能，但後者屬於相似性推定。TBX2 參與多種發育與細胞調控過程，包括心臟和肢體形成，以及肺、乳腺、內耳與色素細胞相關過程。其作用依不同生物學情境而異，部分功能可能與其他調控因子共同參與。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000240328 ★ | 61,399,843–61,409,466 | 7 |
| ENST00000964761 | 61,399,630–61,409,466 | 3 |
| ENST00000964762 | 61,399,630–61,409,466 | 8 |
| ENST00001118702 | 61,399,630–61,409,466 | 6 |
| ENST00001143767 | 61,399,630–61,409,466 | 7 |
顯示 5/5 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TBX2 是轉錄因子，主要作為轉錄抑制因子，能辨識調控區中的迴文 T 位點 DNA 序列 5'-TTCACACCTAGGTGTGAA-3'，或其半位點。來源亦指出它可能具有轉錄活化功能，但此項為相似性推定。TBX2 參與多種胚胎發育與細胞調控工作，其作用方向及合作對象會依組織和過程而異。
在心臟發育中，TBX2 是心房室管形成所必需的因子。它可能與 NKX2.5 合作，降低心房室管中 NPPA/ANF 的表現；在發育中的心臟流出道心肌，則可能與 GATA4 協同，促進 TGFB2 表現。TBX2 也參與肢體模式形成。上述涉及 NKX2.5 與 GATA4 的調控關係均以可能性描述，並非確定結論。
在肺部與乳腺，TBX2 透過抑制目標基因參與分支形態發生，並與 TBX3 具有冗餘作用；在胚胎肺間質中，TBX2 與 TBX3 共同維持細胞增殖，且可能位於 SHH、BMP 與 TGFbeta 訊號作用的下游。TBX2 也參與早期內耳發育，在不同耳部區域可獨立作用，或與 TBX3 冗餘地共同作用。它並可抑制 ADAM10 基因表現，HDAC1 可能作為協同因子。
在細胞衰老相關調控中，TBX2 負向調節 PML 功能，也會抑制 CDKN1A/p21、IL33、CCN4、CDKN2A/p14ARF 與 CDH1/E-cadherin 的表現。UV 誘發的壓力可增強其對 CDKN1A 的抑制；這可能與 p38 MAPK 磷酸化有關。TBX2 亦參與上皮間質轉化的誘導。
在色素細胞中，TBX2 可能透過調節 CCND1 參與黑色素細胞增殖，並藉由降低 TYRP1 與 OCA2 的表現參與黑色素生成。在視網膜色素上皮細胞，TBX2 參與細胞增殖調控，可能透過負向調節轉錄因子 CEBPD 的轉錄發揮作用。
Promoter 與基因調控
>TBX2 ENST00000240328 GRCh38 chr17:61398843-61399943 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GAGACGTGCGCTTCCGAGAGATGAGAAGAAACTAAAAAAGTGGTTGGCAGGGCGAAGAGAGGAAGCCGGT ATTTCGGAAGAAGGAGACTTTCGTCTCCGGTACCGGATAGGGCGAAAATTCGTTGGGTCGCGGGTGGAGA ATCCGGGGTCCGCCCGCGCGGTGCCGCCCTGTGCTCAGCGAAAGGTGCGCTCACCTTCCTGGCCCCGAGG ATCCGCTCCTCCCGGCCGCTGGAAAGCTCAGGGCGGGGCCCGGGCCTGCGGAGAACTCCAGGTTCCTTCC GAGTCTTCCGGTGAAGGCGGGCGCGGGTAGGGGGTCCCCGCGTTTCCCCAGCGCAAGGCCGCGTCCCGCT CCCGCCCGCGCCGGCCCCAGCAGGGCTCGGCCATGGCTCCACTCACCAGCTCCCGCCACCTGGGATCCGC TCCCGGACCTCGGCCGCCCGAGCCTCCCGACTCGCCCGCCCACCGGCCTCGCTTTCCAGTGCCTGCTGTC TCTTTCCGGGGCGCAGGGACCCCCAGGCGGCGCCACGACCCGGAGCTGGGTCGGAGGCCAGGCTGGGGCT CGGGCCAGAGCGGCCGGGCCTCTGGGCGCGGGAGAAGGAGGGCGCCCCCTCTCCGCTCGGGGTCGTGTCA ATGCTTTGCACTTGGGGCCGGCGTGCGGCTGCGGGTCCTTCCCCAAGGCCCCGGGACCCGGGCTCCCCTC GCCTCAGGCCCTTTCGGCGGGTCAGGTCGGCCCTCCGCGCTCTCCAGTCCGGCGCAGGCAGCCGCAGGCG CGGGCGGGCGGTGGGGGCCGGGGCAGGAGGAGGGGTCTCGGGGCCCGGCGGCCCGTCATTGGTTAATATT TTATTCTGTTGACATGTTTTCTTACTGCTGAGGCTTCCGACACCTTCTCCCAGGCCCCCCCTCCCGGCCG GAGCTTGGCCTGAGCTGTCAAAACCCCGCCCCCGGAGACCCACAATTGGTCCAAAAAGCGTAAAATCAGC AATCAAGGGGGGCCTGGCTCGTTAGCGCAGGGGATCCGAGCTGGGCAGGACATGTGAGATAGTCACAGTT TTCCAGAGATCACGACAAGATCTAACCAGTCGCGCGTGGTCCCCGGCGCCG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TBX2_1 ↗ | 17:61,399,883 | 正股 | 61,399,834–61,399,893 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR17_BG6ZL · promoter · 61396303–61396853 · regulatory
ENSR17_9WCZD · promoter · 61396986–61397486 · regulatory
ENSR17_BG6ZR · enhancer · 61397487–61398506 · regulatory
ENSR17_9WCZS · promoter · 61398507–61399007 · regulatory
ENSR17_BG723 · promoter · 61399334–61399853 · regulatory
ENSR17_5JFX2Q · CTCF_binding_site · 61399451–61399472 · regulatory
ENSR17_9WD2C · promoter · 61400309–61400809 · regulatory
· motif · 61398934–61398948 · motif
· motif · 61399453–61399469 · motif
· motif · 61400655–61400669 · motif
· motif · 61400662–61400676 · motif
· motif · 61400669–61400683 · motif
· motif · 61400903–61400917 · motif
· motif · 61400909–61400923 · motif
· motif · 61402782–61402796 · motif
· motif · 61402911–61402925 · motif
· motif · 61403254–61403263 · motif
· motif · 61403254–61403263 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：712 aa
T-box transcription factor 2 全長 712 個胺基酸。其 T-box DNA 結合區域位於第 109–287 位胺基酸；第 313–450 位及第 637–687 位被註記為不定型區段。第 518–601 位為轉錄抑制區域 RD1。
蛋白質三維結構
細胞內定位
來源未提供其定位隨條件改變或不同異構型間差異的資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 10 個夥伴
- ATXN1LP0C7T5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CIDEBQ9UHD4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CNOT2Q9NZN8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CYSRT1A8MQ03 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP6-3Q3LI67 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LMO2P25791-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MEIS2O14770-4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PMLP29590 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- TNPO2O14787-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TTC19Q6DKK2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
TBX2 可單體形式結合 DNA。另有實體互作報告指出，TBX2 與 PML 的 PML-2、PML-3 及 PML-4 異構型互作；這項互作不等同於兩者必然組成同一複合體。
疾病與遺傳關聯
TBX2 基因變異與常染色體顯性症候群「椎骨異常及可變性內分泌與 T 細胞功能障礙」（VETD）相關。其描述包括以椎骨為主的骨骼畸形、免疫缺陷、內分泌異常（如副甲狀腺功能低下與生長激素缺乏）、顱顏異常、先天性心臟異常及發育障礙。心臟異常可包括雙出口右心室、肺動脈瓣狹窄與心房中隔缺損。來源將此疾病歸因於影響 TBX2 的變異。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TBX2 主要作為轉錄抑制因子，結合特定迴文 T 位點或其半位點；它也可能具有轉錄活化作用。TBX2 對心臟房室管形成及肢體模式形成有作用，並參與肺、乳腺、內耳發育，以及細胞衰老、上皮間質轉化、色素生成和多種細胞增殖調控。部分調控可能與 NKX2.5、GATA4、HDAC1 或 TBX3 協同；若干作用方向與訊號關係仍屬推測。 | 含實驗來源 | 證據與來源Transcription factor which acts as a transcriptional repressor. May also function as a transcriptional activator (By similarity). Binds to the palindromic T site 5'-TTCACACCTAGGTGTGAA-3' DNA sequence, or a half-site, which are present in the regulatory region of several genes. Required for cardiac atrioventricular canal formation. May cooperate with NKX2.5 to negatively modulate expression of NPPA/ANF in the atrioventricular canal (By similarity). May play a role as a positive regulator of TGFB2 expression, perhaps acting in concert with GATA4 in the developing outflow tract myocardium (By similarity). Plays a role in limb pattern formation. Acts as a transcriptional repressor of ADAM10 gene expression, perhaps in concert with histone deacetylase HDAC1 as cofactor. Involved in branching morphogenesis in both developing lungs and adult mammary glands, via negative modulation of target genes; acting redundantly with TBX3 (By similarity). Required, together with TBX3, to maintain cell proliferation in the embryonic lung mesenchyme; perhaps acting downstream of SHH, BMP and TGFbeta signaling (By similarity). Involved in modulating early inner ear development, acting independently of, and also redundantly with TBX3, in different subregions of the developing ear (By similarity). Acts as a negative regulator of PML function in cellular senescence. Acts as a negative regulator of expression of CDKN1A/p21, IL33 and CCN4; repression of CDKN1A is enhanced in response to UV-induced stress, perhaps as a result of phosphorylation by p38 MAPK (By similarity). Negatively modulates expression of CDKN2A/p14ARF and CDH1/E-cadherin. Plays a role in induction of the epithelial-mesenchymal transition (EMT). Plays a role in melanocyte proliferation, perhaps via regulation of cyclin CCND1 (By similarity). Involved in melanogenesis, acting via negative modulation of expression of DHICA oxidase/TYRP1 and P protein/OCA2 (By similarity). Involved in regulating retinal pigment epithelium (RPE) cell proliferation, perhaps via negatively modulating transcription of the transcription factor CEBPD PMID 11062467 ↗ · PMID 11111039 ↗ · PMID 12000749 ↗ · PMID 22002537 ↗ · PMID 22844464 ↗ · PMID 28910203 ↗ · PMID 29726930 ↗ · PMID 30599067 ↗ |
| 交互作用 | TBX2 以單體形式結合 DNA，並與 PML 的 PML-2、PML-3 及 PML-4 異構型互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Binds DNA as a monomer. Interacts with PML (isoform PML-2, isoform PML-3 and isoform PML-4) PMID 11111039 ↗ · PMID 22002537 ↗ |
| 細胞定位 | TBX2 定位於細胞核。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | TBX2 相關的椎骨異常及可變性內分泌與 T 細胞功能障礙（VETD）為常染色體顯性症候群，涉及以椎骨為主的骨骼畸形、免疫缺陷、內分泌異常、顱顏異常、先天性心臟異常及發育障礙。內分泌表現可包括副甲狀腺功能低下與生長激素缺乏；心臟異常可包括雙出口右心室、肺動脈瓣狹窄及心房中隔缺損。來源指出此病由影響 TBX2 的變異造成。 | 含實驗來源 | 證據與來源Vertebral anomalies and variable endocrine and T-cell dysfunction VETD An autosomal dominant syndrome characterized by skeletal malformations primarily involving the vertebrae, immunodeficiency, endocrine abnormalities such as hypoparathyroidism and growth hormone deficiency, craniofacial dysmorphism, congenital cardiac anomalies consisting of double-outlet right ventricle, pulmonary valve stenosis and atrial septal defect, and developmental impairments. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 618223 PMID 29726930 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GTTAGCGCAGGGGATCCGAGCTGGGCAGGACATGTGAGAT40AGTCACAGTTTTCCAGAGATCACGACAAGATCTAACCAGT80CGCGCGTGGTCCCCGGCGCCGGAGCGGGCCAGCTCAGCCC120GGCCCAGCCCGGCCCCGCGCAGAGCCCCCGCCGCCCCCGC160GCACAGAGCCGGGTGCCCCTTGCGGTGCGCCGGACGGGAA200GCCCCGAGGAGCAGCTGCTGCGCCCGCCACCCGGGTCGTC240CGTCCACCGCGCGCGCCGCCGCCCGGGCCGGGGGTCCGAG280CCGCGCGCCCCCGGCCCCGGCCCCGGCCCCCGGGCGCCTG320GGCCGGATGTCCCGATGAGAGAGCCGGCGCTGGCGGCCAG360CGCCATGGCTTACCACCCGTTCCACGCGCCACGGCCCGCC400GACTTCCCCATGTCCGCCTTTCTGGCGGCGGCGCAGCCCT440CCTTCTTCCCGGCACTCGCGCTGCCGCCCGGCGCGCTGGC480CAAGCCGCTGCCCGACCCGGGCCTGGCGGGGGCGGCGGCC520GCGGCGGCGGCGGCGGCAGCAGCGGCCGAGGCGGGGCTGC560ACGTCTCGGCACTGGGCCCGCACCCGCCCGCCGCGCATCT600GCGCTCCCTCAAGAGCCTGGAGCCCGAGGACGAGGTGGAG640GACGACCCCAAGGTGACGCTGGAGGCCAAGGAGCTGTGGG680ACCAGTTCCACAAGCTAGGCACGGAGATGGTCATCACCAA720GTCCGGGAGGCGGATGTTCCCCCCCTTCAAGGTGCGAGTC760AGCGGCCTGGACAAGAAGGCCAAGTATATCCTGCTGATGG800ACATTGTAGCCGCTGACGATTGCCGCTATAAGTTCCACAA840CTCGCGCTGGATGGTGGCGGGCAAGGCCGACCCTGAGATG880CCCAAACGCATGTACATCCACCCAGACAGCCCAGCCACGG920GGGAGCAGTGGATGGCTAAGCCTGTGGCCTTCCACAAGCT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。