基因總覽
TARBP2 的正式名稱為 TARBP2 subunit of RISC loading complex，屬於蛋白質編碼基因，產物屬於 TARBP2 family。其蛋白質長 366 個胺基酸，含有三個 double-stranded RNA-binding motif（DRBM），分布於蛋白質序列的不同區段。TARBP2 是 RISC loading complex 的組成成員；這個複合體也稱為 micro-RNA loading complex，並由 TARBP2、DICER1 與 AGO2 組成。上述基本特徵反映 TARBP2 與 RNA 調控複合體的關聯；其在 RNA 加工及裝載過程中的具體作用見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000266987 ★ | 53,501,283–53,506,431 | 9 |
| ENST00000456234 | 53,500,953–53,506,431 | 9 |
| ENST00000552857 | 53,501,274–53,506,229 | 6 |
| ENST00000710362 | 53,501,274–53,506,431 | 9 |
| ENST00001143749 | 53,501,274–53,506,431 | 9 |
| ENST00000547064 | 53,501,366–53,505,793 | 7 |
| ENST00000552817 | 53,501,597–53,505,686 | 7 |
| ENST00000394357 | 53,501,619–53,506,431 | 9 |
| ENST00000550407 | 53,502,051–53,506,396 | 7 |
顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TARBP2 是 RISC loading complex（RLC）的成員；此複合體亦稱 micro-RNA loading complex（miRLC），由 TARBP2、DICER1 與 AGO2 組成。DICER1 與 TARBP2 共同參與將 precursor miRNA（pre-miRNA）加工為成熟 miRNA，並將成熟 miRNA 裝載至 AGO2。與成熟 miRNA 結合的 AGO2 可構成最小型 RISC，之後可能與 DICER1 和 TARBP2 分離。資料亦指出，TARBP2 可能參與 DICER1 將雙股 RNA（dsRNA）轉製為 short interfering RNA（siRNA）的過程；此項作用為相似性推定。
TARBP2 對部分 pre-miRNA 底物可能影響 DICER1 選擇的切割位置。它在體外可結合 PRM1 的 3' 非翻譯區，並被描述為似乎具有抑制轉譯的作用；這些敘述並未將該作用限定為普遍適用於所有 RNA 底物。因而，資料所支持的角色包括協助 miRNA 成熟與裝載，以及可能影響特定底物的切割選擇或轉譯。
病毒感染引發的 IRF7 介導 IFN-beta 訊號也受 TARBP2 負向調節。來源指出，TARBP2 抑制 IRF7 磷酸化，並促進其 Lys-48 連結的泛素化與降解；另有互作資料指出，TARBP2 與 IRF7 的結合可阻止其磷酸化與活化。這些描述將作用限定在 IRF7 相關訊號，不宜擴大解讀為 TARBP2 對所有免疫訊號均有相同效果。
在 HIV-1 感染情境中，TARBP2 可結合位於 HIV-1 長末端重複序列（LTR）的 TAR RNA，並促進含 TAR 序列 RNA 的轉譯。此作用至少部分透過結合並抑制 EIF2AK2/PKR，使 EIF2S1/eIF-2-alpha 的磷酸化及其造成的轉譯抑制降低；來源也指出，TARBP2 可能以不依賴 EIF2AK2/PKR 的方式促進該轉譯。此外，TARBP2 可促使 FTSJ3 methyltransferase 招募至 HIV-1 RNA，導致病毒基因組發生 2'-O-甲基化，並使 HIV-1 得以逃避免疫先天防禦。
Promoter 與基因調控
>TARBP2 ENST00000266987 GRCh38 chr12:53500283-53501383 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AAACAATGCGCGTCTGCTCAACACCCAGATCAGTTGATTAATCTTAGGCGGCCAAAATTCACTTTTGCTC TCTTCAGCTGAGAGACCCAAGACTCATGGAAGAGGGAACAAGACCACCAAGGTGCCTAGTCCTTCTAATC CTGTCGTCCCACATTACAGCCTGATTATCAGGCCCCAGAGGTTTCCTCGCCAGTTAAAGAGAGGTTCACT AGAGCGGTTCTAAAAAGGTTTCACAAAAGAAGCAACACCTGAAGGGAGGTGAAGGACGACCTAGGAAAAG GAAGCAAGTTCTGTGTCACGGAGGCCCAAGGGCAAGGGGCTTAGGCTGTGGGTTGAGGGGACTGTCTGAG ACGGACTTAAACCTGCACCAGCTCCAGAGCCCTGCGGAAACAGAGATCGGTCCCCTCCGGCGTCTAGGTA AGGCCCACCCTCCCAGACCGCAAAGAGCCAGGATCCGACGGCAGCCTCTCCGGACCAATCACAACCTTCC TTCATCAAGGAGGCGGGGTCGGGGGGGGCTGACTTTTCCTTGTCTCCGCCCCTTTAGTCGAAGTAACCAA TCTCAGTGCACCTAGGGGAAGTAATCGCAATGGGAGTAACCAATGACGCCATGAAGCTTCTCGTGCGTGC TTGACCCTGCCTCTCCAGCTGCGACACAGATGGCGCGCGGGCTCTTGGGTTCTGTAGTTTTCTCGCGATC CAAAAGGCTCCGTGCCCAAGTGAGTCCTTACCGCCTCCCTACCCAGCGGCTTCCCCTCCGCTAGTACGCA TGTCCACAGCTTCACGGACCGGGAGAGAGGGGGCGCGGAAGGAAGGAGGCGGGACGGTATTACAAACAAA AAAATACGGCCTTCTCGAGAAGCGACGGCGGAGGGCCCGCTCCTCCCAGAAGGCGGTGCAGCCTGCCCGG GCGAGCCACGCACGCAGAGGGTTGTGGGGCGGATAGCTCCCCTCCAGATGGAGGCTCACGAAGTAGGGTG GGCGGGGGACTCCATATCCCAGCGTGCCCCGCGGCGGGCCCTACCGGCCGCGACTCCGGGCTTGGCCCCG GCCCTAGCTCGTCGGCTGTGTATTGGGGCGCGTGGAGGCTGCAGTCACGGT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TARBP2_3 ↗ | 12:53,500,923 | 正股 | 53,500,874–53,500,933 |
| TARBP2_1 ↗ | 12:53,501,283 | 正股 | 53,501,234–53,501,293 |
| TARBP2_2 ↗ | 12:53,501,586 | 正股 | 53,501,537–53,501,596 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR12_BDLML · enhancer · 53496001–53496638 · regulatory
ENSR12_C7BBZ · enhancer · 53498184–53499447 · regulatory
ENSR12_5GKQFN · CTCF_binding_site · 53499446–53499467 · regulatory
ENSR12_BDLN5 · promoter · 53499448–53500036 · regulatory
ENSR12_5GKQG3 · CTCF_binding_site · 53499531–53499552 · regulatory
ENSR12_BDLN9 · promoter · 53500463–53501293 · regulatory
ENSR12_5GKQPL · CTCF_binding_site · 53501164–53501185 · regulatory
ENSR12_755XG5 · promoter · 53501565–53501629 · regulatory
· motif · 53496434–53496443 · motif
· motif · 53496434–53496443 · motif
· motif · 53496548–53496559 · motif
· motif · 53496825–53496834 · motif
· motif · 53496825–53496834 · motif
· motif · 53498745–53498755 · motif
· motif · 53498839–53498849 · motif
· motif · 53499096–53499109 · motif
· motif · 53499395–53499408 · motif
· motif · 53499448–53499464 · motif
· motif · 53499491–53499504 · motif
· motif · 53499533–53499549 · motif
· motif · 53500241–53500250 · motif
· motif · 53500241–53500250 · motif
· motif · 53500708–53500725 · motif
· motif · 53500717–53500725 · motif
· motif · 53500717–53500732 · motif
· motif · 53500781–53500791 · motif
· motif · 53500883–53500896 · motif
· motif · 53500883–53500896 · motif
· motif · 53501047–53501058 · motif
· motif · 53501047–53501058 · motif
· motif · 53501081–53501091 · motif
· motif · 53501097–53501107 · motif
· motif · 53501166–53501182 · motif
· motif · 53501260–53501270 · motif
· motif · 53501440–53501455 · motif
· motif · 53501539–53501548 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：366 aa
TARBP2 蛋白質長 366 個胺基酸，具有三個 double-stranded RNA-binding motif（DRBM），分別位於胺基酸 30–97、159–227 與 293–361。序列區段 22–105、152–234 及 287–366 足以與 PRKRA 互作；228–366 則足以與 DICER1 互作。蛋白質屬於 TARBP2 family。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TARBP2 註記於細胞質、細胞質核周區域及細胞核；來源未提供不同定位所對應的條件或動態變化。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 14 個夥伴
- ADARP55265-1 · UniProt INTERACTION · 2 experiments · 2 筆來源紀錄
- ADARB1P78563-4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- AGO2Q9UKV8 · UniProt INTERACTION · 12 experiments
- DICER1Q9UPY3 · UniProt INTERACTION · 25 experiments · 2 筆來源紀錄
- EIF2AK2P19525 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- PNKPQ96T60 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PRKRAO75569 · UniProt INTERACTION · 15 experiments
- STRBPQ96SI9 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- TCEA2Q15560 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TCEANCQ8N8B7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- ZMAT3Q9HA38 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZMAT4Q9H898-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZNF346Q9UL40 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- NP0DTC9 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
TARBP2 可自我結合，並與 DICER1、AGO2 組成 RISC loading complex；另與 MOV10、EIF6 及 RPL7A 等共同形成大型 RISC。它也與 DHX9、PRKRA、EIF2AK2/PKR 及 IRF7 互作，其中可抑制 EIF2AK2/PKR 的蛋白激酶活性，並阻止 IRF7 磷酸化與活化。感染情境下，TARBP2 與 FTSJ3 及 HIV-1 TAR RNA 形成複合體。ebolavirus VP30 僅在有 siRNA 時與 TARBP2 互作；VP30 與 VP35 均可阻止 TARBP2 結合 DICER1，協助病毒對抗宿主 RNA 沉默。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 7 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TARBP2 是 RISC loading complex（亦稱 miRNA loading complex）的成員，與 DICER1、AGO2 一同參與複合體功能；DICER1 和 TARBP2 協助 pre-miRNA 成熟並裝載至 AGO2，成熟 miRNA 結合的 AGO2 可形成最小型 RISC，之後可能與兩者分離。TARBP2 也可能參與 siRNA 生成、影響部分底物的切割位置，並負向調節病毒感染誘發的 IRF7 訊號。 | 含實驗來源 | 證據與來源Required for formation of the RNA induced silencing complex (RISC). Component of the RISC loading complex (RLC), also known as the micro-RNA (miRNA) loading complex (miRLC), which is composed of DICER1, AGO2 and TARBP2. Within the RLC/miRLC, DICER1 and TARBP2 are required to process precursor miRNAs (pre-miRNAs) to mature miRNAs and then load them onto AGO2. AGO2 bound to the mature miRNA constitutes the minimal RISC and may subsequently dissociate from DICER1 and TARBP2. May also play a role in the production of short interfering RNAs (siRNAs) from double-stranded RNA (dsRNA) by DICER1 (By similarity). Binds in vitro to the PRM1 3'-UTR (By similarity). Seems to act as a repressor of translation (By similarity). For some pre-miRNA substrates, may also alter the choice of cleavage site by DICER1. Negatively regulates IRF7-mediated IFN-beta signaling triggered by viral infection by inhibiting the phosphorylation of IRF7 and promoting its 'Lys'-48-linked ubiquitination and degradation PMID 15973356 ↗ · PMID 16142218 ↗ · PMID 16271387 ↗ · PMID 16357216 ↗ · PMID 16424907 ↗ · PMID 17452327 ↗ · PMID 18178619 ↗ · PMID 23063653 ↗ · PMID 30927622 ↗ |
| 功能 | 在 HIV-1 感染相關情境中，TARBP2 結合病毒 LTR 中的 TAR RNA，促進含 TAR RNA 的轉譯；此作用至少部分透過抑制 EIF2AK2/PKR，降低 EIF2S1/eIF-2-alpha 磷酸化及轉譯抑制，也可能有不依賴該途徑的作用。此外，它招募 FTSJ3 methyltransferase 至 HIV-1 RNA，使病毒基因組 2'-O-甲基化，協助病毒逃避免疫先天防禦。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Binds to the HIV-1 TAR RNA which is located in the long terminal repeat (LTR) of HIV-1, and stimulates translation of TAR-containing RNAs. This is achieved in part at least by binding to and inhibiting EIF2AK2/PKR, thereby reducing phosphorylation and inhibition of EIF2S1/eIF-2-alpha. May also promote translation of TAR-containing RNAs independently of EIF2AK2/PKR. Mediates recruitment of FTSJ3 methyltransferase to HIV-1 RNA, leading to 2'-O-methylation of the viral genome, allowing HIV-1 to escape the innate immune system PMID 11438532 ↗ · PMID 12475984 ↗ · PMID 2011739 ↗ · PMID 30626973 ↗ |
| 交互作用 | TARBP2 可自我結合，並與 DICER1、AGO2 組成 RISC loading complex；與 MOV10、EIF6、RPL7A 等也共同形成大型 RISC。它另與 DHX9、PRKRA、EIF2AK2/PKR 及 IRF7 互作，且能抑制 EIF2AK2/PKR 的激酶活性；與 IRF7 的互作則阻止 IRF7 磷酸化和活化。 | 含實驗來源 | 證據與來源Self-associates. Component of the RISC loading complex (RLC), or micro-RNA (miRNA) loading complex (miRLC), which is composed of DICER1, AGO2 and TARBP2. Note that the trimeric RLC/miRLC is also referred to as RISC. Interacts with EIF2AK2/PKR and inhibits its protein kinase activity. Interacts with DHX9 and PRKRA. Interacts with DICER1, AGO2, MOV10, EIF6 and RPL7A (60S ribosome subunit); they form a large RNA-induced silencing complex (RISC). Interacts with IRF7; this interaction prevents IRF7 phosphorylation and activation PMID 11438532 ↗ · PMID 15973356 ↗ · PMID 16142218 ↗ · PMID 16271387 ↗ · PMID 16357216 ↗ · PMID 16424907 ↗ · PMID 17452327 ↗ · PMID 17507929 ↗ · PMID 17531811 ↗ · PMID 18178619 ↗ · PMID 18421256 ↗ · PMID 30927622 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染情境中，TARBP2 與 FTSJ3 互作，並與 FTSJ3 及 HIV-1 TAR RNA 共同形成複合體。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts with FTSJ3; forms a complex with FTSJ3 and HIV-1 TAR RNA PMID 30626973 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染情境中，ebolavirus VP30 與 TARBP2 的互作只在 siRNA 存在時發生。此互作會阻止 TARBP2 結合 DICER1，使病毒得以對抗宿主 RNA 沉默。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts with ebolavirus VP30; this interaction, which occurs only in the presence of siRNA, prevents TARBP2 binding to DICER1 and thus allows the virus to counteract host RNA silencing PMID 21228243 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染情境中，ebolavirus VP35 與 TARBP2 互作，並阻止 TARBP2 結合 DICER1；此作用可使病毒對抗宿主 RNA 沉默。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts with ebolavirus VP35; this interaction prevents TARBP2 binding to DICER1 and thus allows the virus to counteract host RNA silencing PMID 21228243 ↗ |
| 細胞定位 | TARBP2 的細胞內定位包括細胞質、細胞質核周區域及細胞核；此定位資料未進一步描述條件或動態變化。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
AGCGTGCCCCGCGGCGGGCCCTACCGGCCGCGACTCCGGG40CTTGGCCCCGGCCCTAGCTCGTCGGCTGTGTATTGGGGCG80CGTGGAGGCTGCAGTCACGGTGGCGCCCGCGGGGACGGAG120GAGGGAATGAGTGAAGAGGAGCAAGGCTCCGGCACTACCA160CGGGCTGCGGGCTGCCTAGTATAGAGCAAATGCTGGCCGC200CAACCCAGGCAAGACCCCGATCAGCCTTCTGCAGGAGTAT240GGGACCAGAATAGGGAAGACGCCTGTGTACGACCTTCTCA280AAGCCGAGGGCCAAGCCCACCAGCCTAATTTCACCTTCCG320GGTCACCGTTGGCGACACCAGCTGCACTGGTCAGGGCCCC360AGCAAGAAGGCAGCCAAGCACAAGGCAGCTGAGGTGGCCC400TCAAACACCTCAAAGGGGGGAGCATGCTGGAGCCGGCCCT440GGAGGACAGCAGTTCTTTTTCTCCCCTAGACTCTTCACTG480CCTGAGGACATTCCGGTTTTTACTGCTGCAGCAGCTGCTA520CCCCAGTTCCATCTGTAGTCCTAACCAGGAGCCCCCCCAT560GGAACTGCAGCCCCCTGTCTCCCCTCAGCAGTCTGAGTGC600AACCCCGTTGGTGCTCTGCAGGAGCTGGTGGTGCAGAAAG640GCTGGCGGTTGCCGGAGTACACAGTGACCCAGGAGTCTGG680GCCAGCCCACCGCAAAGAATTCACCATGACCTGTCGAGTG720GAGCGTTTCATTGAGATTGGGAGTGGCACTTCCAAAAAAT760TGGCAAAGCGGAATGCGGCGGCCAAAATGCTGCTTCGAGT800GCACACGGTGCCTCTGGATGCCCGGGATGGCAATGAGGTG840GAGCCTGATGATGACCACTTCTCCATTGGTGTGGGCTCCC880GCCTGGATGGTCTTCGAAACCGGGGCCCAGGTTGCACCTG920GGATTCTCTACGAAATTCAGTAGGAGAGAAGATCCTGTCC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。