基因總覽
TARBP1（tRNA guanosine 2 -O-methyltransferase TARBP1）是蛋白質編碼基因，產物屬於 class IV-like SAM-binding methyltransferase superfamily，也歸入 RNA methyltransferase TrmH family。其已知角色涵蓋 RNA 修飾，並能在 HIV-1 感染情境下與病毒 TAR RNA 結合。這些特性顯示 TARBP1 的作用對象包括特定 tRNA 與病毒 RNA；其具體催化反應及相關條件如下方功能說明所述。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000040877 ★ | 234,391,313–234,479,179 | 30 |
| ENST00000870825 | 234,391,304–234,479,197 | 28 |
| ENST00000870826 | 234,391,304–234,479,197 | 30 |
| ENST00000919732 | 234,391,304–234,479,197 | 29 |
| ENST00000919733 | 234,391,304–234,479,197 | 29 |
| ENST00000919734 | 234,391,304–234,479,197 | 29 |
| ENST00000919735 | 234,391,304–234,479,197 | 29 |
| ENST00000943775 | 234,391,304–234,479,197 | 29 |
| ENST00000943776 | 234,391,304–234,479,197 | 29 |
| ENST00000943777 | 234,391,304–234,479,197 | 29 |
| ENST00000943778 | 234,391,304–234,479,197 | 29 |
| ENST00000943779 | 234,391,304–234,479,197 | 27 |
顯示 12/16 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TARBP1 是依賴 S-adenosyl-L-methionine 的 2′-O-核糖甲基轉移酶，能在部分 tRNA 的第 18 位鳥苷上催化甲基化，生成 2′-O-methylguanosine，亦稱 Gm18。此反應以 tRNA 中的 guanosine(18) 和 S-adenosyl-L-methionine 為反應物，產生帶有 Gm18 修飾的 tRNA、S-adenosyl-L-homocysteine 與 H⁺。因此，TARBP1 直接參與特定 tRNA 的轉錄後化學修飾。
這項修飾具有選擇性：TARBP1 會介導 tRNAGln-TTG/CTG 與 tRNASer-TGA/GCT 的 Gm18 甲基化，而不是來源所述所有 tRNA 的通用修飾。Gm18 修飾可能提高已修飾 tRNA 的穩定性；來源以「can enhance」描述此效果，並未指出這種影響適用於所有 tRNA 或所有細胞條件。
在 HIV-1 感染情境中，TARBP1 會結合病毒 TAR RNA 的環區。RNA polymerase II 也會結合該區域，而兩者與 HIV-1 TAR RNA 的結合具有互斥性。根據此一觀察，TARBP1 可能單獨作用，或與 HIV-1 Tat 協同，使 RNA polymerase II 脫離 HIV-1 TAR RNA；這是來源提出的可能作用方式，不應視為已確立的必然結果。
因此，來源描述了 TARBP1 對兩類 RNA 的作用：在特定 tRNA 上催化 Gm18 形成，並在 HIV-1 感染時結合病毒 TAR RNA。前者與 tRNA 修飾及其可能的穩定性提升相關；後者則涉及 TAR RNA 上 RNA polymerase II 結合的調節可能性。
Promoter 與基因調控
>TARBP1 ENST00000040877 GRCh38 chr1:234479079-234480179 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AGCAATGGATGCTGTCAGAAATACAGAAAAGACAGACACAGGGACTATTTTTGAGTTTGCACATGGGAGC ACATGCATTGTGCAGGAGGCTCTGCATCCTGGAGTCATCTTGGGCACTTGGCTGTGAGGGCTGGCGTGGG CATCTTGGTTTTAGCTGAATCCTAGCACATTGCTATAGGTACCTCTAAGGCAGGAGAATAGGGCCTGGAG GCAGGGAATCCAAAAACTCCCTAGAACCAAATCAGATAGAAACACTTCAGCTATGACAGGAAATATCCTC TTCATTTACATAGGGAGTACACCAAGTAAATAACTTTGTAACTTCATTTTATCCTCTTCAGTTACATAGT GTGTACACCAAGTAACCAATTGAAACCTCTATAGGTATTTAAACCCCAGAAAATTCTGTAACCAGCCCCC CTTGAGCGGCTTGCTTGGGTCTGCCCCCACCCTGTGGAGTGTACTTTTGCAATAAATCTCTGCTTTTGTG GCTTCATTCTGTCTTTGCTTTGTTTGTGCGCTTTGTCCAATTCTTGGACCTGGACACCCTCCACCGGTAA CACTTCTCACTCCTGGCCTTACGTCTAAATCATTCTTGTGTTTTCATGACTTATTTTTAATGCAGATGTC CAGAACCAATTTCAGACCTACTGTGTCAGTCTCTTTGTGGATGGTGCCCATCATGCAACGTTTGGAAAAT AATCTAAAGTGATTCTGCTGTGCACCTTCTGTGAACTGGTTTATGCTCACAGGCACGCCTGATTTAGGGT CCTGGGCAGACCAACCTCCAATCAGGAATCGATGAAGCTGGTGTAGATACTACATTAACTTTTAACGAAG GCCTCGTTTCTCCTAAAAATAAGAGACCAGGTGGGTTCTATCTAGGCAGGGTTGGTGGCAGGAACCCAAG GGAAGCTGAGCTGCACCAAGCCGGGCTGGGATCCCCCTCTCTGCGGCCGCGCGCCCGGCTCCGTCGGCGC ACGCGCACGTAGGGGCCGGCCGGTCCTGTGCGCACGCATCGCACACGCCGGCGCCTTCCTTTGGGAGCCC GGGCCGGTGGCGCGGGCGCTCGGCAAATGGAGTGGGTGCTCGCGGAAGCGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TARBP1_1 ↗ | 1:234,479,157 | 負股 | 234,479,147–234,479,206 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR1_B3PJDX · enhancer · 234475144–234475716 · regulatory
ENSR1_88W5MC · enhancer · 234476271–234476480 · regulatory
ENSR1_95G3SL · promoter · 234477698–234478008 · regulatory
ENSR1_95G3T3 · promoter · 234479169–234479669 · regulatory
ENSR1_54364NS · CTCF_binding_site · 234479619–234479640 · regulatory
· motif · 234477293–234477305 · motif
· motif · 234478166–234478186 · motif
· motif · 234478191–234478200 · motif
· motif · 234478435–234478448 · motif
· motif · 234478435–234478448 · motif
· motif · 234478872–234478883 · motif
· motif · 234478936–234478947 · motif
· motif · 234478936–234478947 · motif
· motif · 234478942–234478955 · motif
· motif · 234479080–234479091 · motif
· motif · 234479132–234479145 · motif
· motif · 234479145–234479156 · motif
· motif · 234479193–234479204 · motif
· motif · 234479193–234479204 · motif
· motif · 234479265–234479278 · motif
· motif · 234479265–234479278 · motif
· motif · 234479305–234479314 · motif
· motif · 234479322–234479333 · motif
· motif · 234479621–234479637 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：1621 aa
TARBP1 屬於 class IV-like SAM-binding methyltransferase superfamily，並歸入 RNA methyltransferase TrmH family。來源未提供其結構域排列、胺基酸區段或其他序列層級特徵，因此此處僅能概述其家族分類。
蛋白質三維結構
細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
TARBP1 可呈單體或同源二聚體形式。這項資料描述其亞基狀態，未提供二聚化條件或其與其他蛋白質形成複合體的資訊。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TARBP1 是依賴 S-adenosyl-L-methionine 的 2′-O-核糖甲基轉移酶，可在部分 tRNA 第 18 位催化形成 2′-O-methylguanosine（Gm18），並選擇性修飾 tRNAGln-TTG/CTG 與 tRNASer-TGA/GCT。此修飾可能提高已修飾 tRNA 的穩定性。 | 含實驗來源 | 證據與來源S-adenosyl-L-methionine-dependent 2'-O-ribose methyltransferase that catalyzes the formation of 2'-O-methylguanosine at position 18 (Gm18) in a subset of tRNA. Selectively mediates Gm18 methylation of tRNAGln-TTG/CTG and tRNASer-TGA/GCT. Gm18 modification can enhance the stability of modified tRNAs PMID 18412263 ↗ · PMID 31019095 ↗ · PMID 38867004 ↗ |
| 功能 | 在 HIV-1 感染情境中，TARBP1 會結合 HIV-1 TAR RNA 的環區；RNA polymerase II 也會結合該區，且兩者與 TAR RNA 的結合互斥。這表示 TARBP1 可能單獨作用，或與 HIV-1 Tat 協同，使 RNA polymerase II 脫離 HIV-1 TAR RNA。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) In case of infection by HIV-1, it binds to the loop region of TAR RNA, a region also bound by RNA polymerase II. Binding of TARBP1 and RNA polymerase II to HIV-1 TAR RNA is mutually exclusive, suggesting that TARBP1 may function alone or in conjunction with HIV-1 Tat to disengage RNA polymerase II from HIV-1 TAR RNA PMID 7638159 ↗ · PMID 8626763 ↗ · PMID 8846792 ↗ |
| 分子活性 | guanosine(18) in tRNA + S-adenosyl-L-methionine = 2'-O-methylguanosine(18) in tRNA + S-adenosyl-L-homocysteine + H(+) | 含實驗來源 | 證據與來源guanosine(18) in tRNA + S-adenosyl-L-methionine = 2'-O-methylguanosine(18) in tRNA + S-adenosyl-L-homocysteine + H(+) PMID 38867004 ↗ |
| 交互作用 | TARBP1 可呈現單體或同源二聚體形式。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
CGGTCCTGTGCGCACGCATCGCACACGCCGGCGCCTTCCT40TTGGGAGCCCGGGCCGGTGGCGCGGGCGCTCGGCAAATGG80AGTGGGTGCTCGCGGAAGCGCTGCTCTCGCAGAGCCGGGA120CCCCCGGGCCCTGCTTGGGGCGCTGTGCCAAGGGGAGGCA160TCCGCGGAGCGCGTGGAGACGCTGCGCTTCCTTCTGCAGC200GGCTCGAGGACGAGGAGGCGCGCGGCAGCGGGGGCGCAGG240CGCGCTCCCGGAGGCGGCGCGCGAGGTGGCTGCAGGGTAC280CTCGTGCCACTGCTGCGGAGCCTGCGCGGACGCCCCGCGG320GCGGCCCGGACCCCAGTCTGCAGCCTCGCCACCGCCGGCG360CGTGCTGAGGGCGGCGGGCGCGGCCCTGCGCTCGTGCGTC400CGCCTGGCCGGGCGTCCGCAGCTGGCGGCCGCGCTGGCTG440AGGAGGCGCTGCGCGATCTGCTCGCCGGGTGGCGCGCGCC480TGGCGCCGAGGCTGCCGTGGAAGTGCTAGCAGCCGTCGGG520CCATGTTTGCGGCCCCGCGAGGACGGGCCGCTACTGGAGC560GCGTGGCGGGGACCGCCGTCGCCCTGGCGCTGGGCGGGGG600CGGGGACGGGGATGAGGCCGGGCCTGCCGAGGACGCGGCG640GCGCTGGTGGCCGGGCGACTGCTGCCAGTGCTGGTCCAAT680GTGGCGGGGCGGCGCTGCGGGCCGTGTGGGGCGGGCTGGC720CGCGCCTGGGGCGTCCCTGGGGTCCGGCCGCGTAGAGGAG760AAGCTGCTGGTCCTGAGCGCCCTGGCCGAGAAGCTGTTGC800CCGAGCCCGGCGGCGACCGCGCCCGCGGCGCGCGCGAGGC840GGGCCCGGACGCCCGGCGCTGCTGGCGCTTCTGGAGGACG880GTGCAGGCGGGGCTGGGCCAGGCGGACGCCCTGACGCGCA920AGCGAGCGCGCTACCTGCTGCAGAGGGCGGTGGAGGTGTC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。