基因總覽
TANK 的正式名稱為 TRAF family member associated NFKB activator,屬於蛋白質編碼基因。其產物是適配蛋白,可與多種訊號調控蛋白互作,參與 IKK 調節及 TRAF 功能控制。蛋白質長 425 個胺基酸,帶有 UBZ1-type zinc finger;另有多個已註釋區域與 ZC3H12A、TRAF6、TBK1、IKBKE 或 TRAF family member 的互作相關。這些特徵反映 TANK 可在不同蛋白質組合中發揮連接與調節作用;其具體訊號功能依情境而異。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000392749 ★ | 161,160,428–161,236,230 | 8 |
| ENST00000259075 | 161,136,908–161,236,230 | 8 |
| ENST00000432002 | 161,136,927–161,224,637 | 6 |
| ENST00001029053 | 161,136,927–161,236,230 | 7 |
| ENST00000882698 | 161,136,950–161,236,230 | 9 |
| ENST00000882699 | 161,139,848–161,236,230 | 8 |
| ENST00000406287 | 161,160,294–161,236,230 | 8 |
| ENST00000402568 | 161,160,294–161,236,230 | 8 |
| ENST00000440506 | 161,160,299–161,204,781 | 4 |
| ENST00000882700 | 161,160,308–161,236,230 | 9 |
| ENST00001084669 | 161,160,313–161,180,088 | 3 |
| ENST00000882701 | 161,160,323–161,236,230 | 9 |
顯示 12/69 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TANK 是 I-kappa-B-kinase(IKK)調控相關的適配蛋白,並持續與 TBK1 及 IKBKE 結合,參與抗病毒先天免疫。它也能調節 TRAF 功能,使 TRAF 維持在潛伏狀態。對 LMP1 訊號而言,TANK 阻止 TRAF2 與 LMP1 結合,並抑制 LMP1 介導的 NF-kappa-B 活化。
在 DNA 損傷時,TANK 會負向調節 NF-kappaB 訊號與細胞存活。它可作為適配者,組成包含 ZC3H12A 與 USP10 的去泛素化複合體;在 interleukin-1-beta(IL1B)刺激或 DNA 損傷情境下,該複合體透過促進 IKBKG 或 TRAF6 去泛素化,形成負回饋並減弱 NF-kappaB 活化。DNA 損傷時,TANK 也促進 USP10 誘導的 TRAF6 去泛素化。
此外,TANK 可能負向調控由 CD40、TNFR1 或 TNFR2 傳遞、且由 TRAF2 介導的 NF-kappa-B 活化。這些作用顯示 TANK 可依不同刺激與訊號組件調節 NF-kappaB 路徑;來源所述的部分調控具有「可能」性質,不應視為已確立的普遍作用。
Promoter 與基因調控
>TANK ENST00000392749 GRCh38 chr2:161159428-161160528 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TGTGATGTTTAACTCAATTACTTATTACAAGAAAACTATTCAACTGGTCAAAACGTTATATATAAGAAGT TTCTGTTTGTTAAAAACATTGTTTCAAATATATTTAGGCTTTGACTTTTAAAAGTATACAGCAACATTCA AGATAACTAGACAGAATGCACTGCAACTTGGCAGGTTTTTAAATCCTTGGACTTACTGGCCTAAGGAAAG ATGTGTAAACATCCATGATTCAGAAATACAGGGAGAAATTGGGGCAGCCAGACCTCATCCTCTTGCCCTA AAGGGAAAAGATATCTTTCTTGCGGTATCTAAGATATGAATCTTAGATAATATTCATGCATGGCTAGGAA TTGGAATAATGGGAAAGTCTTAATTCATGGGAAATTTTCTAATAAAGTTCCACCTCCATTTCCAGCCATT CCTCTTTAACAAATACATTTAGTGAAAAATACTACCAGTTGGGGAGAAACCAAATGGGTATGTGTATATG TAGTGTTTCTCAGAGTGTGGACTTTAACCACGTTTAATTACATAAATTTACGAGGATCTGTTGAAAATGC AGGTTCCTGGGCTTCACTCCAGTTGCTCTGAAATGAAAGCTGTAGGAGTCGGTTGGTGAAACTACATTTT GTTTCTCAGGTGATTCTTGTGTACTCTAACTCATATATAGGGTGATGTTATTTATTTACTGGTTATTTAT TTACCGGTTATTTATCGTTTGGCAAAAAAATCCAGCAAAGACTCACAAGTGACCTTTACACTTGACATAG GATTCTCTTCCGCTGCTGACGCTTTTTTTTTCTAAGAGGCGGGGACTTGGCTGGGCAGGGCTGGGGGAGG GCGCTAGGCGGGGCGGGCAGGGGCGGGGCAGAAGAGCCCTGGGCTGGGTGGGGCAGGGCGGAAGGGCCCT GGCCTTGTTGGGTGGAGGTGAAGAGTTAATGGCTCCGCGCGCAGGCACTGCCCTCTGAACTGGAACAAAA TGCAACTTCCGGTTGGAGTCACTCGGCCAGGCGCCGGCGACCTGAGGGGAGAGGGAACGCAGCTGAAAGC GTGAACTGTGTGAGTAAGAAACTTTGTGAATTGGTGTGTCCGAATCCGTCA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 4 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TANK_2 ↗ | 2:161,136,963 | 正股 | 161,136,914–161,136,973 |
| TANK_4 ↗ | 2:161,160,327 | 正股 | 161,160,278–161,160,337 |
| TANK_1 ↗ | 2:161,160,428 | 正股 | 161,160,379–161,160,438 |
| TANK_3 ↗ | 2:161,179,682 | 正股 | 161,179,633–161,179,692 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR2_B36ZJX · enhancer · 161159521–161160213 · regulatory
ENSR2_86PX84 · promoter · 161160214–161160447 · regulatory
ENSR2_CKZR3 · enhancer · 161160448–161161772 · regulatory
ENSR2_CKZRD · enhancer · 161165160–161166204 · regulatory
· motif · 161159800–161159811 · motif
· motif · 161159885–161159896 · motif
· motif · 161159933–161159948 · motif
· motif · 161160082–161160104 · motif
· motif · 161160082–161160104 · motif
· motif · 161160173–161160185 · motif
· motif · 161160175–161160190 · motif
· motif · 161160176–161160190 · motif
· motif · 161160177–161160190 · motif
· motif · 161160260–161160270 · motif
· motif · 161160286–161160296 · motif
· motif · 161160352–161160367 · motif
· motif · 161160385–161160399 · motif
· motif · 161160386–161160399 · motif
· motif · 161160411–161160420 · motif
· motif · 161160411–161160422 · motif
· motif · 161160411–161160422 · motif
· motif · 161160521–161160537 · motif
· motif · 161160648–161160659 · motif
· motif · 161160792–161160802 · motif
· motif · 161160952–161160961 · motif
· motif · 161160952–161160961 · motif
· motif · 161161037–161161050 · motif
· motif · 161161501–161161514 · motif
· motif · 161161503–161161514 · motif
· motif · 161161503–161161514 · motif
· motif · 161161505–161161514 · motif
· motif · 161162618–161162631 · motif
· motif · 161162618–161162631 · motif
· motif · 161163403–161163414 · motif
· motif · 161163634–161163645 · motif
· motif · 161165019–161165034 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:425 aa
TANK 蛋白長 425 個胺基酸。其 N 端第 1–31 位區域為與 ZC3H12A 互作所需;第 70–191 位區域與 TRAF6 互作相關。第 133–172 位區域註記為與 TBK1、IKBKE 互作,第 172–191 位區域則與 TRAF family member 互作相關。C 端第 393–420 位含 UBZ1-type zinc finger。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TANK 的定位註記為細胞質;來源未提供其在不同刺激下的定位變化或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 17 個夥伴
- APBA3O96018 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- CEP63Q96MT8 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- HTTP42858 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- IKBKEQ14164 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- IKBKGQ9Y6K9 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- PLK1P53350 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- SRSF11Q05519 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SUMO1P63165 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- SUMO2P61956 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TBK1Q9UHD2 · UniProt INTERACTION · 14 experiments
- TP53BP2Q13625-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRAF1Q13077 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- TRAF2Q12933 · UniProt INTERACTION · 10 experiments
- TRAF3Q13114 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- TSC1Q92574 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NSP03495 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- OPG029P17362 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
TANK 可形成同源二聚體,並與 TBK1、IKBKE、IKBKG、USP10、ZC3H12A 及 TRAF1、TRAF2、TRAF3、TRAF6 互作;其與 TRAF1、TRAF2 的互作強於與 TRAF3 的互作。TANK、IKBKB 與 IKBKG 可組成三元複合體;TANK、USP10、ZC3H12A 則可形成去泛素化複合體。感染情境下,TANK 也與 vaccinia virus 蛋白 C6 互作;Seneca Valley virus protease 3C 可與 TANK 互作並使其裂解,進而抑制宿主先天免疫。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TANK 是 IKK 調控適配蛋白,持續結合 TBK1 與 IKBKE 並參與抗病毒先天免疫;它可使 TRAF 維持潛伏狀態,阻止 TRAF2 結合 LMP1,抑制 LMP1 介導的 NF-kappa-B 活化。DNA 損傷時,TANK 負向調節 NF-kappaB 訊號與細胞存活,並協助組成 ZC3H12A、USP10 去泛素化複合體,以減弱 IL1B 刺激或 DNA 損傷下的 NF-kappaB 活化;也可能負向調控特定受體傳遞的 TRAF2 訊號。 | 含實驗來源 | 證據與來源Adapter protein involved in I-kappa-B-kinase (IKK) regulation which constitutively binds TBK1 and IKBKE playing a role in antiviral innate immunity. Acts as a regulator of TRAF function by maintaining them in a latent state. Blocks TRAF2 binding to LMP1 and inhibits LMP1-mediated NF-kappa-B activation. Negatively regulates NF-kappaB signaling and cell survival upon DNA damage. Plays a role as an adapter to assemble ZC3H12A, USP10 in a deubiquitination complex which plays a negative feedback response to attenuate NF-kappaB activation through the deubiquitination of IKBKG or TRAF6 in response to interleukin-1-beta (IL1B) stimulation or upon DNA damage. Promotes UBP10-induced deubiquitination of TRAF6 in response to DNA damage. May control negatively TRAF2-mediated NF-kappa-B activation signaled by CD40, TNFR1 and TNFR2 PMID 12133833 ↗ · PMID 21931631 ↗ · PMID 25861989 ↗ |
| 交互作用 | TANK 可形成同源二聚體,並與 TBK1、IKBKE、IKBKG、USP10、ZC3H12A 及多種 TRAF 蛋白互作。DNA 損傷會增強其與 IKBKG、TRAF6、USP10、ZC3H12A 的互作;IKBKE 磷酸化則會破壞 TANK 與 TRAF2 的互作。TANK 也參與含 USP10、ZC3H12A 的去泛素化複合體,以及由 TANK、IKBKB、IKBKG 組成的三元複合體。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer. Found in a deubiquitination complex with TANK, USP10 and ZC3H12A; this complex inhibits genotoxic stress- or interleukin-1-beta-mediated NF-kappaB activation by promoting IKBKG or TRAF6 deubiquitination. Interacts with IKBKG; this interaction increases in response to DNA damage. Interacts with TRAF6; this interaction increases in response to DNA damage and recruits USP10 to the ubiquitinated TRAF6. Interacts with USP10; this interaction increases in response to DNA damage. Interacts with ZC3H12A; this interaction increases in response to DNA damage. Interacts with TBK1. Interacts with IKBKE. Also interacts with TRAF1, TRAF2, and TRAF3 by binding to their TRAF-C domains; the interaction with TRAF2 is disrupted by the phosphorylation of TANK by IKBKE. Interacts more strongly with TRAF1 and TRAF2 than TRAF3. Interacts with IKBKG; the interaction is enhanced by IKBKE and TBK1. Part of a ternary complex consisting of TANK, IKBKB and IKBKG PMID 10581243 ↗ · PMID 10759890 ↗ · PMID 12005438 ↗ · PMID 12133833 ↗ · PMID 17568778 ↗ · PMID 21931631 ↗ · PMID 25861989 ↗ · PMID 29251827 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染情境下,TANK 與 vaccinia virus 蛋白 C6 互作。 | 含實驗來源 | |
| 交互作用 | 在微生物感染情境下,TANK 與 Seneca Valley virus protease 3C 互作;此互作使 TANK 被切割,並進而抑制宿主先天免疫。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts with Seneca Valley virus protease 3C; this interaction allows the cleavage of TANK and subsequent suppression of host innate immunity PMID 28566380 ↗ |
| 細胞定位 | TANK 的細胞定位註記為細胞質。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
ACTCGGCCAGGCGCCGGCGACCTGAGGGGAGAGGGAACGC40AGCTGAAAGCGTGAACTGTACCTGTCATTTACTCCATCCT80TTATAGTGATGCTACAGGACGAAGAGGAATGGATAAAAAC120ATTGGCGAGCAACTCAATAAAGCGTATGAAGCCTTCCGGC160AGGCATGCATGGATAGAGATTCTGCAGTAAAAGAATTACA200GCAAAAGACTGAGAACTATGAGCAGAGAATACGTGAACAA240CAGGAACAGCTGTCACTTCAACAGACTATTATTGACAAGC280TAAAATCTCAGTTACTTCTTGTGAATTCCACTCAAGATAA320CAATTATGGCTGTGTTCCTCTGCTTGAAGACAGTGAAACA360AGAAAGAATAATTTGACTCTTGATCAGCCACAAGATAAAG400TGATTTCAGGAATAGCAAGAGAAAAACTACCAAAGGTAAG440AAGACAAGAGGTTTCTTCTCCTAGAAAAGAAACTTCAGCA480AGGAGTCTTGGCAGTCCTTTGCTCCATGAAAGGGGTAATA520TAGAGAAGACTTTCTGGGATCTGAAAGAAGAATTTCATAA560AATATGCATGCTAGCAAAAGCACAGAAAGACCACTTAAGC600AAACTTAATATACCAGACACTGCAACTGAAACACAGTGCT640CTGTGCCTATACAGTGTACGGATAAAACAGATAAACAAGA680AGCGCTGTTTAAGCCTCAGGCTAAAGATGATATAAATAGA720GGTGCACCATCCATCACATCTGTCACACCAAGAGGACTGT760GCAGAGATGAGGAAGACACCTCTTTTGAATCACTTTCTAA800ATTCAATGTCAAGTTTCCACCTATGGACAATGACTCAACT840TTCTTACATAGCACTCCAGAGAGACCCGGCATCCTTAGTC880CTGCCACGTCTGAGGCAGTGTGCCAAGAGAAATTTAATAT920GGAGTTCAGAGACAACCCAGGGAACTTTGTTAAAACAGAA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。