基因總覽
TAGLN 是人類的蛋白質編碼基因,正式名稱為 transgelin。其產物屬於 calponin 家族,來源將其描述為與肌動蛋白交聯及凝膠形成相關的蛋白質;這項功能註記標示為依相似性推定,應保留其推論性質。蛋白質序列包含 Calponin-homology(CH)結構域及 Calponin-like 重複區,構成其可辨識的結構特色。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000392951 ★ | 117,199,370–117,207,464 | 5 |
| ENST00000525531 | 117,197,509–117,204,541 | 6 |
| ENST00000902404 | 117,197,509–117,204,792 | 5 |
| ENST00000902405 | 117,197,509–117,204,792 | 5 |
| ENST00000902406 | 117,197,509–117,204,792 | 5 |
| ENST00000902408 | 117,197,509–117,204,792 | 5 |
| ENST00000931920 | 117,197,509–117,204,795 | 5 |
| ENST00000931921 | 117,197,509–117,204,793 | 6 |
| ENST00000931922 | 117,197,509–117,204,792 | 6 |
| ENST00000943133 | 117,197,509–117,204,813 | 7 |
| ENST00000943135 | 117,197,509–117,204,808 | 5 |
| ENST00000943136 | 117,197,509–117,204,796 | 6 |
顯示 12/58 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TAGLN 產物被描述為肌動蛋白交聯/凝膠形成蛋白,這項功能註記是依相似性推定,並非此處提供直接驗證的結論。因此,來源支持將它與肌動蛋白相關的交聯及凝膠形成作用連結,但不宜據此延伸出未列明的分子細節。
來源也指出,TAGLN 參與鈣離子相關作用,以及細胞的收縮特性。這些描述呈現其可能涉及的細胞活動面向,但未進一步說明鈣離子如何參與、收縮特性如何改變,或這些作用之間的具體機制,故不宜補入更細的因果關係。
上述作用可能有助於複製性細胞衰老。原始註記以「可能」表達其與此過程的關聯,並未將 TAGLN 說成細胞衰老的唯一原因,也未提供特定實驗系統或條件;因此,其功能意義應限於可能參與相關細胞特性,並可能對複製性衰老有所貢獻。
Promoter 與基因調控
>TAGLN ENST00000392951 GRCh38 chr11:117198370-117199470 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AGATGAGAGTGGGTTATCTCTGGAGTGACAGAGGCTGGTCTGTTTTCCAGGCTGGTAGGGACTGTTCCTA AAGGGAGGAAGGGATGATACCAGCCTCCTGAGCCTCCTTCTCCTGCGTTAGTGTCTCAGGCCCTGCCAGG CCTTATAGACCCTCTTATTGACACTGCCCACTGGATGGGGACCGGAGTTGGACTCAGCTTCTGCCGAACC CTCAAATCCCAGCCCCAACTAAAGCATATAACTCAAGACCTACCTGCACTGAAAGCTCTTCTCAACCTGA GCAGGGTGGTCCAATTGAAAGGGTGGGTCTGACCACCTCTCCTGCACCCATGCGGGTTGGCAGAGGTGTG CAGGATCTGCCACTTACCATTCACCATGTGGCCTTGAGGAAGACGCACTCGGGGCCTCAGTTTCCTCATC TATAAAATGGGGATGTAATTACACCCTCACACTGTAGCTGTGAGTATTCAATGAGAGCACTGCAAAGGGC CTGGTGTGGAGTAGGTCCTCAGGAAAGGTTGGATCCCATGTCCCATCAGAGCTAAAAGCCCCAGGAGGAG AGGGTGGCTGGTTTGTCCCCACAAACCCCTGGGATTCCCGGCTCCCCAGCCCCTTGCCCCTCTCTCCAGC CAGACTCTATTGAACTCCCCCTCTTCTCAAACTCGGGGCCAGAGAACAGTGAAGTAGGAGCAGCCGTAAG TCCGGGCAGGGTCCTGTCCATAAAAGGCTTTTCCCGGGCCGGCTCCCCGCCGGCAGCGTGCCCCGCCCCG GCCCGCTCCATCTCCAAAGCATGCAGAGAATGTCTCGGCAGCCCCGGTAGACTGCTCCAACTTGGTGTCT TTCCCCAAATATGGAGCCTGTGTGGAGTCACTGGGGGAGCCGGGGGTGGGGAGCGGAGCCGGCTTCCTCT AGCAGGGAGGGGGCCGAGGAGCGAGCCAGTGGGGGAGGCTGACATCACCACGGCGGCAGCCCTTTAAACC CCTCACCCAGCCAGCGCCCCATCCTGTCTGTCCGAACCCAGACACAAGTCTTCACTCCTTCCTGCGAGCC CTGAGGAAGCCTTGTGAGTGCATTGGCTGGGGCTTGGAGGGAAGTTGGGCT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TAGLN_1 ↗ | 11:117,199,373 | 正股 | 117,199,324–117,199,383 |
| TAGLN_2 ↗ | 11:117,201,088 | 正股 | 117,201,039–117,201,098 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR11_CFLZT · enhancer · 117197455–117199009 · regulatory
ENSR11_532K9NN · CTCF_binding_site · 117198067–117198088 · regulatory
ENSR11_93PHZR · promoter · 117199010–117199380 · regulatory
ENSR11_BT8ZZ · enhancer · 117199381–117200003 · regulatory
ENSR11_93PJ24 · promoter · 117200004–117200457 · regulatory
ENSR11_BT928 · promoter · 117201260–117201883 · regulatory
ENSR11_BT92C · enhancer · 117201884–117202803 · regulatory
· motif · 117198069–117198085 · motif
· motif · 117198104–117198120 · motif
· motif · 117198335–117198346 · motif
· motif · 117199207–117199218 · motif
TAGLN 在衰老的人類纖維母細胞中有過度表現的記錄;來源未提供更具體的誘導條件或調控機制。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:201 aa
TAGLN 產物長 201 個胺基酸,屬於 calponin 家族。其 Calponin-homology(CH)結構域位於第 24 至 137 個胺基酸,另有一段 Calponin-like 重複區,位於第 175 至 200 個胺基酸。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TAGLN 蛋白質定位於細胞質;來源未提供定位變化的條件或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- GORASP2Q9H8Y8 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- IGF1RP08069 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- TINF2Q9BSI4 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TAGLN 產物被描述為肌動蛋白交聯/凝膠形成蛋白,此功能是依相似性推定。來源並指出它參與鈣離子相關作用及細胞收縮特性,這些作用可能有助於複製性細胞衰老。 | 推論支持 | 證據與來源Actin cross-linking/gelling protein (By similarity). Involved in calcium interactions and contractile properties of the cell that may contribute to replicative senescence |
| 細胞定位 | TAGLN 蛋白質定位於細胞質。此定位資訊未附帶特定條件或異構型差異。 | 推論支持 | |
| 調控 | TAGLN 在衰老的人類纖維母細胞中有過度表現的記錄。此資訊未說明過度表現的誘導條件或調控機制。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
ATCCTGTCTGTCCGAACCCAGACACAAGTCTTCACTCCTT40CCTGCGAGCCCTGAGGAAGCCTTCTTTCCCCAGACATGGC80CAACAAGGGTCCTTCCTATGGCATGAGCCGCGAAGTGCAG120TCCAAAATCGAGAAGAAGTATGACGAGGAGCTGGAGGAGC160GGCTGGTGGAGTGGATCATAGTGCAGTGTGGCCCTGATGT200GGGCCGCCCAGACCGTGGGCGCTTGGGCTTCCAGGTCTGG240CTGAAGAATGGCGTGATTCTGAGCAAGCTGGTGAACAGCC280TGTACCCTGATGGCTCCAAGCCGGTGAAGGTGCCCGAGAA320CCCACCCTCCATGGTCTTCAAGCAGATGGAGCAGGTGGCT360CAGTTCCTGAAGGCGGCTGAGGACTATGGGGTCATCAAGA400CTGACATGTTCCAGACTGTTGACCTCTTTGAAGGCAAAGA440CATGGCAGCAGTGCAGAGGACCCTGATGGCTTTGGGCAGC480TTGGCAGTGACCAAGAATGATGGGCACTACCGTGGAGATC520CCAACTGGTTTATGAAGAAAGCGCAGGAGCATAAGAGGGA560ATTCACAGAGAGCCAGCTGCAGGAGGGAAAGCATGTCATT600GGCCTTCAGATGGGCAGCAACAGAGGGGCCTCCCAGGCCG640GCATGACAGGCTACGGACGACCTCGGCAGATCATCAGTTA680GAGCGGAGAGGGCTAGCCCTGAGCCCGGCCCTCCCCCAGC720TCCTTGGCTGCAGCCATCCCGCTTAGCCTGCCTCACCCAC760ACCCGTGTGGTACCTTCAGCCCTGGCCAAGCTTTGAGGCT800CTGTCACTGAGCAATGGTAACTGCACCTGGGCAGCTCCTC840CCTGTGCCCCCAGCCTCAGCCCAACTTCTTACCCGAAAGC880ATCACTGCCTTGGCCCCTCCCTCCCGGCTGCCCCCATCAC920CTCTACTGTCTCCTCCCTGGGCTAAGCAGGGGAGAAGCGG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。