基因總覽
TAF9（TATA-box binding protein associated factor 9）是由蛋白質編碼基因產生的蛋白質，屬於 TAF9 family。它是 TATA-box binding protein associated factors（TAFs）之一，可作為多種轉錄相關複合體的組成成分。除含有 TBP 的 TFIID 外，TAF9 也見於不含 TBP 的 TAFII complex（TFTC）、PCAF histone acetylase complex 與 STAGA transcription coactivator-HAT complex。這些複合體為理解 TAF9 所處的分子環境提供了基本脈絡；其參與轉錄起始及調節的具體作用，見下方功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000217893 ★ | 69,364,743–69,369,520 | 3 |
| ENST00000693414 | 69,364,726–69,369,246 | 4 |
| ENST00000691076 | 69,364,726–69,369,220 | 3 |
| ENST00000504109 | 69,364,726–69,369,245 | 4 |
| ENST00000688968 | 69,364,726–69,369,665 | 4 |
| ENST00000506736 | 69,364,726–69,369,654 | 3 |
| ENST00000328663 | 69,364,726–69,370,026 | 3 |
| ENST00000687836 | 69,364,726–69,369,465 | 4 |
| ENST00000689249 | 69,364,726–69,369,024 | 3 |
| ENST00000690749 | 69,364,726–69,369,191 | 3 |
| ENST00000691515 | 69,364,726–69,369,218 | 3 |
| ENST00000508954 | 69,364,726–69,369,465 | 3 |
顯示 12/50 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TAF9 所在的 TFIID basal transcription factor complex，在 RNA polymerase II（Pol II）依賴的轉錄起始中扮演重要角色。TFIID 透過其亞基 TBP 辨識並結合啟動子；這種辨識可發生在有或沒有 TATA box 的啟動子上，並促進轉錄前起始複合體（PIC）的組裝。TFIID 由 TBP 與多個 TAFs 組成，TAF9 是其中一員，因此位於參與啟動子辨識與轉錄起始的複合體之中。
TAF9 也參與數種不完全相同的轉錄相關複合體，包括不含 TBP 的 TFTC、PCAF histone acetylase complex，以及 STAGA transcription coactivator-HAT complex。這些複合體為 TAF9 提供不同的分子組成背景；現有資料指出其共同涉及轉錄調節，但未進一步說明 TAF9 在各複合體中的具體分工或作用機制。
TAF9 與其旁系同源蛋白 TAF9B，參與不同但部分重疊基因集合的轉錄活化與轉錄抑制。這表示兩者涉及的基因範圍並非完全相同，也不是彼此毫無交集；資料未指出哪些基因只由其中一者調節，或兩者在各基因上的作用方向如何決定。TAF9 亦被描述為細胞存活所必需，但來源未提供此結論所對應的細胞系統或實驗條件。
此外，TAF9 可能參與與細胞凋亡相關的基因調控。此處的證據表述為可能具有此角色，不能據此認定其對凋亡基因調控的作用已被確立；來源也未具體說明受調控基因、分子步驟或細胞凋亡結果。
Promoter 與基因調控
>TAF9 ENST00000217893 GRCh38 chr5:69369420-69370520 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TAAAAATGCAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGTGGGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCTGGAGGCTAAGGCA GGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCGGAGGTTGCACTCCAGCCTGGGCGACAAGAGTGAGACTCCGTCTC AAAACAAAACAAAAACAAACAAACAAACAAAAAAAGGTGCAGACTGTTGTCACGGTCAGGTCTCTATTCA CTCTTGAAAACAAGATTGACAATTACCTCCTTTAAAAAGCAGATAACTGTCCCTGAAGATGCGAGGTTAC TGAAATGAGATGTCAGAGGTAGACCTTCAAGACTATTCCTAGCCGACCCACCACCACCCCACACAGTGAA CAGGGAATACTAAGCTCAAATATTCGTCCAACGTAATCCTGTAATCAGTGGGGTGCCGGGTTGAGCTCGC AAATCCCCGCTGCAGGACAGGGCTCTGCACCCTCAATCTTCTCATCCCCAGATGGGATGGGCGGGTCGGG AGGAGGAGCGACGAGAGCCCAGGAAAGCTTGAAGGCAGAGATAGACTCACGTCTCTAAGACATATACATA ATATAGCCGCAACCGCGGCGGCCTTACTTTCCCGGAGCTGCATCCCCTTTTAGGCGAAGAGCGGAGGCGA CCAGGGACTACCCTAGGTGAAAGGGCAGCCACCTGGCCCTACCCGGGCTCAACGCCGAGCCTCTCGGAGG TACGGCCTCCCGGGGACCTTCCAGACTGGTCGGCGCAAGCGAAGGGCGGGGACCACCGAAGGAGTGTGTG ACTTAGGCATCCAGCGCACTGCCTGACCCGAAGTACCGACCCGAGTTATGCCCACCCTCCAACTTTGCGA CGGAAATGTGTCATCGAAAGCCAGGTAACCAGTGGGCCGCGGCTGGGCCGCCGGGGCAGGCTAGGGGCGC CGCGGTGGGCTTCGGGGCCTTTGGGGCCGTGGGCTTTTGCTGCCGCCCGCCCCTTCCGGCTCCTCCCTGT AGAGCAAAGGGCACGTGAGCGAGGCGCCCGAAGCCGTCGCGGCGGGGACCATGTTGCTTCCGAACATCCT GCTCACCGGTCAGGGCGCGCGGCCGGGAGGGACTGGGCTGGGGCAGGCTGG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 4 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TAF9_4 ↗ | 5:69,365,487 | 負股 | 69,365,477–69,365,536 |
| TAF9_3 ↗ | 5:69,366,501 | 負股 | 69,366,491–69,366,550 |
| TAF9_2 ↗ | 5:69,369,211 | 負股 | 69,369,201–69,369,260 |
| TAF9_1 ↗ | 5:69,369,520 | 負股 | 69,369,510–69,369,569 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR5_932JCQ · enhancer · 69364457–69364742 · regulatory
ENSR5_5LBJDH · CTCF_binding_site · 69368068–69368089 · regulatory
ENSR5_932JDX · enhancer · 69368459–69368842 · regulatory
ENSR5_BHQP4 · promoter · 69368843–69369852 · regulatory
ENSR5_5LBJLP · CTCF_binding_site · 69369411–69369432 · regulatory
ENSR5_8433SM · enhancer · 69369853–69370002 · regulatory
ENSR5_7645ND · promoter · 69370003–69370070 · regulatory
ENSR5_932JFG · promoter · 69370215–69370715 · regulatory
ENSR5_7645P8 · enhancer · 69370716–69370825 · regulatory
· motif · 69365039–69365052 · motif
· motif · 69365039–69365052 · motif
· motif · 69368070–69368086 · motif
· motif · 69368712–69368723 · motif
· motif · 69369053–69369063 · motif
· motif · 69369071–69369082 · motif
· motif · 69369292–69369309 · motif
· motif · 69369382–69369391 · motif
· motif · 69369413–69369429 · motif
· motif · 69369522–69369531 · motif
· motif · 69369522–69369531 · motif
· motif · 69369528–69369541 · motif
· motif · 69369549–69369560 · motif
· motif · 69369551–69369560 · motif
· motif · 69369667–69369675 · motif
· motif · 69369864–69369877 · motif
· motif · 69371879–69371894 · motif
· motif · 69371879–69371894 · motif
· motif · 69372885–69372897 · motif
· motif · 69372887–69372902 · motif
· motif · 69372889–69372904 · motif
· motif · 69373770–69373781 · motif
· motif · 69373906–69373918 · motif
凋亡訊號可使 TAF9 表現量增加 6 至 8 倍；來源未提供更具體的訊號條件或測量系統。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：264 aa
TAF9 蛋白長 264 個胺基酸，屬於 TAF9 family。註解指出第 120–137 位胺基酸區段具有 DNA-binding 特徵；第 149–176 位與第 232–264 位則被標註為無序區。這些區域描述了序列特徵，來源未進一步指定其結構或各自的功能。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TAF9 定位於細胞核；來源未提供定位變化的條件或異構型差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 7 個夥伴
- DRAP1Q14919 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
- KAT2BQ92831 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KPNA1P52294 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- KPNA6O60684 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- RPS14P62263 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- TAF6LQ9Y6J9 · UniProt INTERACTION · 11 experiments
- Klf1P46099 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
TAF9 是 TFIID、TFTC、PCAF 與 STAGA 等複合體的組成成分，也存在於部分 MLL1/MLL complex。它可與 TAF6 形成異源二聚體，並與 TAF4B–TAF12 異源二聚體共同出現；另有與 TAF5 的互作記錄。TAF9 可直接結合 DNA，與 TAF6 形成複合時 DNA 結合能力增加。來源亦記載 TAF9 結合 p53/TP53 的 N 端結構域、TFIIB 及 herpes simplex virus activator VP16；這些結合關係不等同於完整複合體組成。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TFIID 在 RNA polymerase II（Pol II）依賴的轉錄起始中具有重要作用，並由 TBP 辨識及結合有或沒有 TATA box 的啟動子，促進轉錄前起始複合體（PIC）組裝。TAF9 是 TFIID 的 TAF 成員，也存在於 TFTC、PCAF 與 STAGA 複合體。TAF9 與旁系同源蛋白 TAF9B 參與不同但部分重疊基因集合的轉錄活化與抑制；TAF9 對細胞存活不可或缺，並可能參與凋亡相關基因調控。 | 含實驗來源 | 證據與來源The TFIID basal transcription factor complex plays a major role in the initiation of RNA polymerase II (Pol II)-dependent transcription. TFIID recognizes and binds promoters with or without a TATA box via its subunit TBP, a TATA-box-binding protein, and promotes assembly of the pre-initiation complex (PIC). The TFIID complex consists of TBP and TBP-associated factors (TAFs), including TAF1, TAF2, TAF3, TAF4, TAF5, TAF6, TAF7, TAF8, TAF9, TAF10, TAF11, TAF12 and TAF13. TAF9 is also a component of the TBP-free TAFII complex (TFTC), the PCAF histone acetylase complex and the STAGA transcription coactivator-HAT complex. TAF9 and its paralog TAF9B are involved in transcriptional activation as well as repression of distinct but overlapping sets of genes. Essential for cell viability. May have a role in gene regulation associated with apoptosis PMID 15899866 ↗ · PMID 33795473 ↗ |
| 交互作用 | TAF9 是 TFIID、TFTC、PCAF、STAGA 及部分 MLL1/MLL complex 的組成成分，並與多個轉錄相關蛋白形成複合體或互作。TAF9 可與 TAF6 形成異源二聚體，並與 TAF4B–TAF12 異源二聚體共同構成複合體；也與 TAF5 互作。它能直接結合 DNA，且與 TAF6 複合時 DNA 結合增加；另可結合 p53/TP53 的 N 端、TFIIB 與 herpes simplex virus activator VP16。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the TFIID basal transcription factor complex, composed of TATA-box-binding protein TBP, and a number of TBP-associated factors (TAFs), including TAF1, TAF2, TAF3, TAF4, TAF5, TAF6, TAF7, TAF8, TAF9, TAF10, TAF11, TAF12 and TAF13. Component of the TATA-binding protein-free TAF complex (TFTC), the PCAF histone acetylase complex and the STAGA transcription coactivator-HAT complex. The PCAF complex consists at least of TADA2L/ADA2, SUPT3H/SPT3, TADA3L/ADA3, TAF5L/PAF65-beta, TAF6L/PAF65-alpha, TAF10/TAFII30, TAF12/TAFII20, TAF9/TAFII31 and TRRAP. The STAGA transcription coactivator-HAT complex consists at least of SUPT3H, GCN5L2, SUPT7L, TAF5L, TAF6L, TADA3L, TAD1L, TAF10, TAF12, TRRAP and TAF9. Binds N-terminal domain of p53/TP53 which is essential for transcription. Component of some MLL1/MLL complex, at least composed of the core components KMT2A/MLL1, ASH2L, HCFC1/HCF1, WDR5 and RBBP5, as well as the facultative components BACC1, CHD8, E2F6, HSP70, INO80C, KANSL1, LAS1L, MAX, MCRS1, MGA, MYST1/MOF, PELP1, PHF20, PRP31, RING2, RUVB1/TIP49A, RUVB2/TIP49B, SENP3, TAF1, TAF4, TAF6, TAF7, TAF9 and TEX10. Binds TFIIB and the Herpes simplex virus activator VP16. Forms a heterodimer with TAF6 in a complex with the TAF4B-TAF12 heterodimer. Also interacts with TAF5. Binds directly DNA. Increased DNA binding when complexed with TAF6 PMID 11564863 ↗ · PMID 15601843 ↗ · PMID 15899866 ↗ · PMID 15960975 ↗ · PMID 33795473 ↗ · PMID 7597030 ↗ · PMID 7761466 ↗ · PMID 9674425 ↗ · PMID 9885574 ↗ |
| 細胞定位 | TAF9 定位於細胞核。 | 含實驗來源 | |
| 調控 | 凋亡訊號可使 TAF9 表現量增加 6 至 8 倍。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
GAGGCGCCCGAAGCCGTCGCGGCGGGGACCATGTTGCTTC40CGAACATCCTGCTCACCGGTACACCAGGGGTTGGAAAAAC80CACACTAGGCAAAGAACTTGCGTCAAAATCAGGACTGAAA120TACATTAATGTGGGTGATTTAGCTCGAGAAGTCTGATCAT160CGGATATCATGGAGTCTGGCAAGACGGCTTCTCCCAAGAG200CATGCCGAAAGATGCACAGATGATGGCACAAATCCTGAAG240GATATGGGGATTACAGAATATGAGCCAAGAGTTATAAATC280AGATGTTGGAGTTTGCCTTCCGATATGTGACCACAATTCT320AGATGATGCAAAAATTTATTCAAGCCATGCTAAGAAAGCT360ACTGTTGATGCAGATGATGTGCGATTGGCAATCCAGTGCC400GCGCTGATCAGTCTTTTACCTCTCCTCCCCCAAGAGATTT440TTTATTAGATATTGCAAGGCAAAGAAATCAAACCCCTTTG480CCATTGATCAAGCCATATTCAGGTCCTAGGTTGCCACCTG520ATAGATACTGCTTAACAGCTCCAAACTATAGGCTGAAATC560TTTACAGAAAAAGGCATCAACTTCTGCGGGAAGAATAACA600GTCCCGCGGTTAAGTGTTGGTTCAGTTACTAGCAGACCAA640GTACTCCCACACTAGGCACACCAACCCCACAGACCATGTC680TGTTTCAACTAAAGTAGGGACTCCCATGTCCCTCACAGGT720CAAAGGTTTACAGTACAGATGCCTACTTCTCAGTCTCCAG760CTGTAAAAGCTTCAATTCCTGCAACCTCAGCAGTTCAGAA800TGTTCTGATTAATCCATCATTAATCGGGTCCAAAAACATT840CTTATTACCACTAATATGATGTCATCACAAAATACTGCCA880ATGAATCATCAAATGCATTGAAAAGAAAACGTGAAGATGA920TGATGATGACGATGATGATGATGATGACTATGATAATCTG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。