基因總覽
TAF7L(TATA-box binding protein associated factor 7 like)是蛋白質編碼基因,所產生的蛋白質屬於 TAF7 family。其名稱反映它與 TATA-box binding protein associated factor 7 的相似性;現有資料將它描述為可能與轉錄起始因子複合體 TFIID 有關的成員。TAF7L 蛋白質長 462 個胺基酸,序列註解指出其第 1–97 與第 327–366 個胺基酸區段為無序區。這些基本特徵提供其家族歸屬與序列概況;其可能參與的生殖細胞相關功能及複合體關係,詳述於功能與交互作用欄位。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000356784 ★ | 101,268,257–101,291,334 | 13 |
| ENST00000372907 | 101,268,253–101,293,057 | 13 |
| ENST00000324762 | 101,268,253–101,287,805 | 11 |
| ENST00001095800 | 101,268,253–101,291,336 | 13 |
| ENST00001134347 | 101,268,253–101,291,334 | 13 |
顯示 5/5 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TAF7L 可能是精子生成特異性 TFIID 的組成部分。TFIID 是多蛋白質複合體,參與媒介啟動子對多種活化因子與抑制因子的反應,因此 TAF7L 若納入此複合體,可能與生殖細胞中的轉錄調控有關。來源以「Probably」描述其作為該複合體成員的功能,並以「By similarity」標示推論依據,故這項角色應視為可能性,而非已確立的結論。
資料也指出 TAF7L 可能參與精子生成,但未提供更具體的作用步驟或生物學結果。對其功能的描述因此限於可能的複合體角色,以及可能與精子生成相關;現有資訊不足以進一步判定它如何影響特定基因的啟動子反應,或精子生成的哪些階段。
Promoter 與基因調控
>TAF7L ENST00000356784 GRCh38 chrX:101291234-101292334 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CCCAAGTAGCTGAGATTACAGGCGCCTGCCATCATGCCTGGCTAATTATTATTATTATTATTTTTATTTA TTTTTTTTATTTATTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCG GGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGC TGGGACTACAGGCGCCCGCCACTACGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCAACA TGTTGGCCAGGCTGATCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCGACTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGG ATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCCCAACTCGCCTCTTAGGAGTATCACTGTCCCCTGGTAAAAAT CTTCTGGCGCCCTGAAGGTTGCCCCTGTGTAAAGGTAATTTTTTTTTTTTCGGACAGAGTCTCACTCTGT CGCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCAATCTCGGCTCACTGCAATCTCCACCTCCCGGGTTCAAGCGATTCT CCTGCCTCAGCCTACTGAGCAGCTGGGACTACAGGCGCGCGCAACCACGCCCAGCTAATTTTTGTATTTT TAGTAGAGACGGGGGTTTCATCATGTTGGCCAGGATGGTCTCGATCTTTTGACCTTGAGATCTGCCCGCC TTGGCCTCCCAAAGTACTGGGATTACAGTCGTGAGCCACCGCGCCTGGCCAAGGTAACTTGTTTTGAAGC CTCGGTCTTGCTTCGCGAGGTCCCTGAGCAGTCGCGTCCCCCTCAGCCCTCCCCTCGGCGCTCCCCTCGG CGCTCCGCGCCTTTCGAGCCTTCCCGCCCAGCACGCGGTGAGCGGGCCACTGCCTCGAAGTCGTGCTCCA GTCCGCTGGGCAGCGCGGCCGCGGAGGCGTGGCGAGGCGGGGAGGGGCCGGCGCGCGCCGCTTTTACTGT CCAGGCGCCGGCAGCCCAGCGTTCGCCTCTACGTTCCGCGCGGGAGCCCACGCGCGGTTCGTCCGGAACC CACAGACCAGAGACGCAGGTCCCAGCCTTTTCGGTGTCGGCGCCAGTTCCC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TAF7L_1 ↗ | X:101,291,334 | 負股 | 101,291,324–101,291,383 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSRX_84ZDXH · open_chromatin_region · 101287498–101287722 · regulatory
ENSRX_5TS8K4 · CTCF_binding_site · 101287597–101287618 · regulatory
· motif · 101286570–101286579 · motif
· motif · 101287599–101287615 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:462 aa
TAF7L 蛋白質長 462 個胺基酸,屬於 TAF7 family。序列註解將第 1–97 個胺基酸及第 327–366 個胺基酸標示為無序區;資料未提供其他結構域或功能區域的描述。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TAF7L 在精原細胞及早期精母細胞(細線期、偶線期與粗線期之前的階段)位於細胞質;到了粗線期精母細胞與圓形精子細胞,則轉移至細胞核。 這種發育階段相關的定位變化,與其和 TBP 的互作受細胞內定位調控的描述相符。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- NAA10P41227 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
TAF7L 可能在精子生成特異性 TFIID 中取代 TAF7;此複合體由 TBP 與多種 TAF 組成。TAF7L 與 TBP 有互作,但此互作僅見於部分細胞,包括粗線期精母細胞及單倍體圓形精子細胞,並受兩種蛋白質的細胞內定位差異及發育階段調控。另有資料指出 TAF7L 與 TAF1 互作,該描述標示為 By similarity。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TAF7L 可能是精子生成特異性 TFIID 的組成部分。TFIID 是多蛋白質複合體,在媒介啟動子對多種活化因子與抑制因子的反應方面具有核心作用;TAF7L 也可能參與精子生成。這些功能描述帶有推論性質,來源以 By similarity 標示。 | 推論支持 | 證據與來源Probably functions as a spermatogenesis-specific component of the DNA-binding general transcription factor complex TFIID, a multimeric protein complex that plays a central role in mediating promoter responses to various activators and repressors. May play a role in spermatogenesis (By similarity) |
| 交互作用 | TFIID 由 TBP 與多種 TAF 組成;TAF7L 可能在精子生成特異性 TFIID 中取代 TAF7。TAF7L 與 TBP 的互作出現在部分細胞,包括粗線期精母細胞與單倍體圓形精子細胞,且受兩種蛋白質細胞內定位差異所形成的發育調控。資料亦記載 TAF7L 與 TAF1 互作,並標示為 By similarity。 | 推論支持 | 證據與來源TFIID is composed of TATA binding protein (TBP) and a number of TBP-associated factors (TAFs). TAF7L may replace TAF7 in a spermatogenesis-specific form of TFIID. Interacts with TBP; the interaction occurs in a sub-population of cells (pachytene and haploid round spermatids) and is developmentally regulated through differential intracellular localization of the two proteins. Interacts with TAF1 (By similarity) |
| 細胞定位 | TAF7L 在精原細胞及早期精母細胞(細線期、偶線期與合線期)位於細胞質;之後轉移至粗線期精母細胞與圓形精子細胞的細胞核。資料亦列出細胞核與細胞質定位。 | 推論支持 | 證據與來源Nucleus; Cytoplasm; Cytoplasmic in spermatogonia and early spermatocytes (preleptotene, leptotene, and zygotene); translocates into the nuclei of pachytene spermatocytes and round spermatids |
核酸與蛋白質序列
GTTCGCCTCTACGTTCCGCGCGGGAGCCCACGCGCGGTTC40GTCCGGAACCCACAGACCAGAGACGCAGGTCCCAGCCTTT80TCGGTGTCGGCGCCAGTTCCCGGAGGAGCGGACATGAGTG120AAAGCCAGGATGAAGTTCCTGATGAAGTTGAGAACCAGTT160TATATTGCGTCTGCCTCTGGAACATGCTTGTACTGTCAGG200AACCTAGCACGTTCTCAAAGTGTCAAGATGAAGGATAAAC240TAAAAATTGACTTATTGCCTGATGGGCGCCATGCAGTTGT280TGAAGTAGAAGATGTCCCACTAGCTGCTAAGCTGGTTGAC320TTGCCTTGTGTTATTGAAAGCCTGAGAACGCTTGATAAAA360AAACCTTTTATAAAACAGCAGACATTTCTCAGATGCTTGT400GTGCACTGCTGATGGTGATATCCACCTTTCTCCAGAAGAA440CCAGCTGCCTCTACTGATCCTAATATAGTCAGGAAAAAAG480AAAGGGGGAGAGAAGAAAAATGTGTCTGGAAGCATGGCAT520TACGCCACCACTTAAGAATGTCAGAAAGAAAAGGTTCCGG560AAAACACAAAAAAAGGTCCCTGATGTCAAAGAAATGGAAA600AAAGCAGCTTTACTGAGTACATTGAATCTCCAGACGTGGA640AAATGAAGTAAAGAGACTGCTGCGTTCGGATGCTGAAGCC680GTAAGTACCCGTTGGGAAGTCATTGCTGAAGATGGAACCA720AGGAAATAGAAAGTCAAGGCTCCATCCCAGGATTTTTGAT760ATCCTCGGGAATGAGCAGCCACAAGCAGGGTCATACCTCG800TCAGAATATGATATGCTTCGGGAGATGTTCAGTGATTCTA840GAAGTAACAATGATGATGATGAGGATGAGGATGATGAAGA880TGAGGATGAGGATGAGGATGAGGATGAAGATGAAGACAAA920GAAGAGGAGGAGGAAGATTGTTCTGAAGAGTATCTGGAAA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。