基因總覽
TAF5 是由 TAF5 基因編碼的蛋白質，屬於 WD repeat TAF5 family。它是 TATA-box binding protein associated factors（TAFs）之一，亦為 TFIID 基礎轉錄因子複合體的組成成員。TFIID 包含 TBP 與多種 TAF；其結構可分為 TFIID-A、TFIID-B 和 TFIID-C 三個模組，而 TAF5 參與其中兩個模組。蛋白質特徵包括 LisH 結構域、六個 WD 重複，以及多段被註記為無序的區域；這些序列註解呈現其不同區段的結構特性。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000369839 ★ | 103,367,976–103,389,065 | 11 |
| ENST00000692195 | 103,367,948–103,389,323 | 10 |
| ENST00000940446 | 103,367,948–103,389,323 | 10 |
| ENST00001140668 | 103,367,948–103,389,323 | 11 |
顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TAF5 的功能背景是 TFIID 基礎轉錄因子複合體。TFIID 在 RNA polymerase II（Pol II）依賴性轉錄起始中扮演重要角色；複合體透過其亞基 TBP 辨識並結合啟動子，無論啟動子是否含有 TATA box，並促進轉錄前起始複合體（PIC）的組裝。TAF5 是 TFIID 的組成成員之一，參與這項轉錄起始相關工作。
TFIID 由 TBP 與多種 TBP-associated factors（TAFs）構成，包括 TAF1、TAF2、TAF3、TAF4、TAF5、TAF6、TAF7、TAF8、TAF9、TAF10、TAF11、TAF12 和 TAF13。其結構可分為 TFIID-A、TFIID-B 與 TFIID-C 三個模組。TAF5 參與其中兩個模組：在 TFIID-A 中與 TAF3 和 TBP 同處一個模組；在 TFIID-B 中則與 TAF8 同處一個模組。這些組成關係說明 TAF5 在 TFIID 不同部分中皆有參與，但來源未進一步界定其在各模組中的具體分子作用。
在 PIC 中，TAF5 也參與 TFIID 與 TFIIF 之間的接觸。這項關係將 TAF5 所在的 TFIID，連結至轉錄起始複合體中的另一轉錄因子；來源支持其參與兩者接觸，但未提供更進一步的作用方向或後續效應。因此，依現有資料，TAF5 的功能可概括為參與 TFIID 的模組組成，並涉及 PIC 內 TFIID 與 TFIIF 的接觸。
Promoter 與基因調控
>TAF5 ENST00000369839 GRCh38 chr10:103366976-103368076 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TACGGGCCAGGCGCAGTGGTTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCCGGTGGATCACCT GAGGTCAGGAGTTGGAGACCAGCCTCGCCAACATGGCGAAACCCTGTCTCTACTGAAAATACAAAAATTA GCCGGGCGTGGTGGCACACGTCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTCAGGCAGGAGAATCGCTTGAACC CAGGAGGCAGAGATTGCAGTGAGCTGAGATCGGGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGACACTC CGTCTCAAAAGTTAAATAAATAAATAAATGTAATGTAATGCATGCAGCTCGATTAACTTTTACAAAAGTA AAAATGACAAAAAAAAAAAAAAAGTAAGCACTATTCAGGTCAAAATGTAAAACTACCAGTATCTCGGAAG CCTCCCTCTGGCAAATGGTATATGTTTTTGAGTTAAATACGTGGATTCGAATGTTGACATTTGGACTTTC TTCTTGCCTCTGGTAAGTTATTTAACCTCTCTTGGTTTCAACTGAGCCATCTGCGAGGTGGGGATAATAT TACCTCATAAGATTATTTAATTGTAGCAGGGCGTGGTGGCGCATGCCTGTAATCCTAGCTACTGGGGAGG CTGAGGCAGGAGAATCGCTTAACAGCCTGGGCGACAAGAGCGAAACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAGA AAAAAGAAAAAGATTATTGAATTGAAGGAGATCACATAATGTAAAACATCTATCATAATGCCTAAATATA GCTGGCCTGCAATAAATGGCAATTATTCTCAGGCAAATGTAATAGGTGGTCACCAATGCCCACTTCCTGC CTTTCTTTCGCTCGGTTTTGAAAGTTGCTCTCTTTCCTATTCCGTTTCTCCTTCCTTTTCGCTCCTCCTA CTGCCGTAAATGGCCTACTAGAGTTGTCGTGAAATGCTCCTCCCCGCCCTCCATGTGGCGAAAATGCAAT CACGCTTGACGGCGCGAGGTGGCTCAGCCGCAAGATGGCGGCGCTGGCGGAGGAGCAGACGGAGGTGGCG GTCAAGCTAGAGCCTGAGGGACCGCCAACGCTGCTACCTCCGCAGGCGGGG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TAF5_1 ↗ | 10:103,367,976 | 正股 | 103,367,927–103,367,986 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR10_93J2QM · promoter · 103367482–103367986 · regulatory
ENSR10_5WBG9H · CTCF_binding_site · 103367979–103368000 · regulatory
· motif · 103367120–103367135 · motif
· motif · 103367806–103367815 · motif
· motif · 103367950–103367966 · motif
· motif · 103367981–103367997 · motif
· motif · 103367988–103367998 · motif
· motif · 103368123–103368136 · motif
· motif · 103368212–103368225 · motif
· motif · 103368256–103368272 · motif
· motif · 103368750–103368763 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：800 aa
TAF5 蛋白長 800 個胺基酸，屬於 WD repeat TAF5 family。序列註解包含第 92–124 位的 LisH 結構域，以及第 468–748 位間的六個 WD 重複。第 194–340 位區域標註為 NTD2，與同源二聚化及 RNA Pol II PIC 中的 TFIID–TFIIF 接觸有關；此外，第 1–74、153–189 與 384–438 位區段被註記為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TAF5 的細胞內定位為細胞核。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- TAF3Q5VWG9 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
TAF5 可形成同源二聚體，並是 TFIID 與 TFTC-HAT 複合體的組成成員。在 TFIID 中，TAF5 與 TAF3、TBP 同屬 TFIID-A 模組，並與 TAF8 同屬 TFIID-B 模組；在 TFTC-HAT 中，來源列出的成員包括 TAF5L、TAF6L、TADA3L、SUPT3H/SPT3、TAF2、TAF4、TAF5、GCN5L2/GCN5、TAF10 和 TRRAP，且 TBP 不屬於此複合體。另有實體互作紀錄指出，TAF5 強烈互作於 TAF6、TAF9，以及由 TAF6 和 TAF9 組成的穩定複合體；與 TBP、TAF1、TAF11 和 TAF12 的互作較弱，未觀察到與 TAF7 的互作。微生物感染情境下，TAF5 亦與 SV40 Large T antigen 互作。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TFIID 基礎轉錄因子複合體在 RNA polymerase II（Pol II）依賴性轉錄起始中扮演重要角色。TFIID 透過亞基 TBP 結合有或沒有 TATA box 的啟動子，並促進轉錄前起始複合體（PIC）組裝。TAF5 是由 TBP 與多種 TAF 組成的 TFIID 成員之一；複合體分為 TFIID-A、TFIID-B、TFIID-C 三個模組，TAF5 分別與 TAF3、TBP 同屬 TFIID-A，並與 TAF8 同屬 TFIID-B。TAF5 也參與 PIC 中 TFIID 與 TFIIF 的接觸。 | 含實驗來源 | 證據與來源The TFIID basal transcription factor complex plays a major role in the initiation of RNA polymerase II (Pol II)-dependent transcription. TFIID recognizes and binds promoters with or without a TATA box via its subunit TBP, a TATA-box-binding protein, and promotes assembly of the pre-initiation complex (PIC). The TFIID complex consists of TBP and TBP-associated factors (TAFs), including TAF1, TAF2, TAF3, TAF4, TAF5, TAF6, TAF7, TAF8, TAF9, TAF10, TAF11, TAF12 and TAF13. The TFIID complex structure can be divided into 3 modules TFIID-A, TFIID-B, and TFIID-C. TAF5 is involved in two modules of TFIID, in TFIID-A together with TAF3 and TBP, and in TFIID-B with TAF8. Involved in contacts between TFIID and TFIIF in the PIC PMID 33795473 ↗ · PMID 8758937 ↗ · PMID 8942982 ↗ · PMID 9045704 ↗ |
| 交互作用 | TAF5 可形成同源二聚體，並是由 TBP 和多種 TAF 組成的 TFIID 成員；它與 TAF3、TBP 同屬 TFIID-A，並與 TAF8 同屬 TFIID-B。TAF5 亦是 TFTC-HAT 複合體成員，該複合體所列成員不包括 TBP。互作方面，TAF5 強烈互作於 TAF6、TAF9，以及含兩者的穩定複合體；與 TBP、TAF1、TAF11、TAF12 的互作較弱，來源未觀察到與 TAF7 的互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer. Component of the TFIID basal transcription factor complex, composed of TATA-box-binding protein TBP, and a number of TBP-associated factors (TAFs), including TAF1, TAF2, TAF3, TAF4, TAF5, TAF6, TAF7, TAF8, TAF9, TAF10, TAF11, TAF12 and TAF13. The TFIID complex structure can be divided into 3 modules TFIID-A, TFIID-B, and TFIID-C. TAF5 forms the TFIID-A module together with TAF3 and TBP, and in TFIID-B with TAF8. Component of the TFTC-HAT complex, at least composed of TAF5L, TAF6L, TADA3L, SUPT3H/SPT3, TAF2, TAF4, TAF5, GCN5L2/GCN5, TAF10 and TRRAP. TBP is not part of the TFTC-HAT complex. Interacts strongly with the histone H4-related TAF6 and the histone H3-related TAF9, as well as a stable complex comprised of both TAF6 and TAF9. Apparently weaker interactions with TBP, TAF1, TAF11, and TAF12, but not TAF7, also have been observed PMID 10373431 ↗ · PMID 12601814 ↗ · PMID 17227857 ↗ · PMID 33795473 ↗ · PMID 8758937 ↗ · PMID 9045704 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染情境下，TAF5 與 SV40 Large T antigen 互作。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | TAF5 位於細胞核。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
GGCTCAGCCGCAAGATGGCGGCGCTGGCGGAGGAGCAGAC40GGAGGTGGCGGTCAAGCTAGAGCCTGAGGGACCGCCAACG80CTGCTACCTCCGCAGGCGGGGGACGGCGCAGGCGAGGGTA120GCGGCGGCACTACCAACAACGGCCCCAACGGCGGCGGCGG160GAACGTTGCGGCGTCGTCGTCCACTGGCGGGGATGGCGGG200ACCCCCAAGCCCACGGTGGCTGTCTCCGCCGCTGCCCCGG240CGGGGGCGGCCCCGGTGCCCGCCGCTGCTCCGGACGCCGG280CGCTCCGCATGACCGACAGACTCTACTGGCCGTGCTGCAG320TTCCTACGGCAGAGCAAACTCCGCGAGGCCGAAGAGGCGC360TGCGCCGTGAGGCCGGGCTGCTGGAGGAGGCAGTGGCGGG400CTCCGGAGCCCCGGGAGAGGTGGACAGCGCCGGCGCTGAG440GTGACCAGCGCGCTTCTCAGCCGGGTGACCGCCTCGGCCC480CTGGCCCTGCGGCCCCCGACCCTCCGGGCACTGGCGCTTC520GGGGGCCACGGTCGTCTCAGGTTCAGCCTCAGGTCCTGCG560GCTCCGGGTAAAGTTGGAAGTGTTGCTGTGGAAGACCAGC600CAGATGTCAGTGCCGTGTTGTCAGCCTACAACCAACAAGG640AGATCCCACAATGTATGAAGAATACTATAGTGGACTGAAA680CACTTCATTGAATGTTCCCTGGACTGCCATCGGGCAGAGT720TGTCCCAACTTTTTTATCCTCTGTTTGTGCACATGTACTT760GGAGCTAGTCTACAATCAACATGAGAATGAAGCAAAGTCA800TTCTTTGAGAAGTTCCATGGAGATCAGGAATGTTATTACC840AGGATGACCTACGAGTATTATCTAGTCTTACCAAAAAGGA880ACACATGAAAGGGAATGAGACCATGTTGGATTTTCGAACA920AGTAAATTTGTTCTGCGTATTTCCCGTGACTCGTACCAAC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。