基因總覽
TAF1C 的正式名稱為 TATA-box binding protein associated factor, RNA polymerase I subunit C，是一種蛋白質編碼基因，其產物屬於 RNA polymerase I 相關轉錄因子組成。它是 SL1/TIF-IB 複合體的成員；該複合體由 TBP 與至少 TAF1A、TAF1B、TAF1C 和 TAF1D 組成，與 RNA polymerase I 依賴的轉錄有關。這些資料將 TAF1C 定位為轉錄起始複合體中的一個組成單元，並指出其參與核糖體 RNA 基因啟動子相關的轉錄過程。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000566732 ★ | 84,177,855–84,187,057 | 15 |
| ENST00000963849 | 84,177,846–84,187,070 | 15 |
| ENST00000541676 | 84,177,847–84,187,070 | 12 |
| ENST00000341690 | 84,177,852–84,187,049 | 15 |
| ENST00000898178 | 84,177,852–84,187,070 | 16 |
| ENST00001001215 | 84,177,852–84,187,070 | 14 |
| ENST00000963852 | 84,177,854–84,187,070 | 15 |
| ENST00000567759 | 84,177,855–84,187,070 | 14 |
| ENST00000898181 | 84,177,855–84,187,070 | 16 |
| ENST00000898184 | 84,177,855–84,187,070 | 17 |
| ENST00000898189 | 84,177,855–84,185,011 | 14 |
| ENST00000919615 | 84,177,855–84,187,070 | 14 |
顯示 12/39 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TAF1C 是轉錄因子 SL1/TIF-IB 複合體的組成部分，參與 RNA polymerase I 依賴的轉錄起始。SL1/TIF-IB 參與 pre-initiation complex（PIC，轉錄前起始複合體）的組裝；PIC 的形成速率可能主要取決於 SL1/TIF-IB 與 rDNA 啟動子的結合速率，此處的速率關係帶有推測性。
SL1/TIF-IB 也參與穩定核仁轉錄因子 1／UBTF 在 rDNA 上的結合。形成 SL1/TIF-IB 時，TBP 與 TFIID 次單元的結合會受到排除，顯示 TBP 在這些轉錄因子複合體中的關聯具有互斥性。
在轉錄起始過程中，TAF1C 所在的 SL1/TIF-IB 可透過與 RRN3 互作，將 RNA polymerase I 招募至 rRNA 基因啟動子。因而，來源所述的功能涵蓋啟動子上的因子組織、PIC 組裝，以及 RNA polymerase I 的招募；資料未進一步說明各步驟的調控條件或 TAF1C 單獨作用的效果。
Promoter 與基因調控
>TAF1C ENST00000566732 GRCh38 chr16:84186957-84188057 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter ACCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCGCAGGCCTGTA ATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGAAGAATTGCTTGAACCCAAGAGGCGGAGGTTGCAGTGTGCCA AGATCGTGCCACTGCACTCTAGCCTCCATCTCAAAAAAATAAATAAAGACATAGATGACAGCTGAGAATT TGGAAATTGATTCTTTAAAGCAACGGTTCTCAAAGTATGGCCCCTGGACCAGCATCATCTGGGAACTTGC TAGAAATGCAGACTCTTGGGCCACATCCCAGATCTACTGAATCAGCAACTCGGGGGGCAGAGGTAGGGTG GAGCCTAGCAAACTTGTAACAAGCCCCCCAGGTGGTTCTAAGGCTCACTGAAGTTTGAGAAGTACTATGT TAGGATAACGGTAAGGTTCATGACTGGACAGTGGTTCTTAAAGCATGGCCCCCAGATAAGCAGTTTCAGC ATCACCTGGGAACTTAGGCAAATCATCAGGTCCCACCCCAGACTCACCGAATTGGAGACTGTGTTTTAAC TAGCCCCCCAGGTGCTACTGCTGACGCACGCTAGCTAGAGTTTGAAGACCACTGCCTAAAGCTCTCCCTG CCTGACCACCCCTGGAAAAGCTTCACTCTTAGTAGGTATTTGTACCCTTATTTGTAAAGCCCGCTTCTTG GGATTTAAGGACAATCAGTAGGATACCTACTGACCAATACAGGTCTGGCTTATAGTAGGTGTTCTGTGGG AGTTCGTTAAATGATTAATTTAATACAACTCTGAGGAAATTGGTGAAGTAGATGTGGGATTCGAACCTAA GTCCACCCGGCCTCCACTATTGGGACTCAAGGGAGCTTTATTTCCGCTGCCCACGCGCCGCCTGCACGCC CGTTCCCTCTCCTCCCGGGAGGGGGCGCGCCAGGACCCTAAGAGGCCTGGCTGGGAGGCGGGACTTCCTG CCTCCGCAGGAGGCACTTCCGGTCCAAACCGGAAGACCGTGGGTAGCTGCGGCGGGGCTGACCCGTCCCG AGTGCCAAAGCTGGGGTTCTACTTGAGATTTCCCTCGTGGTGCCAGGGTCC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TAF1C_1 ↗ | 16:84,187,037 | 負股 | 84,187,027–84,187,086 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR16_BLP4R · enhancer · 84186256–84187000 · regulatory
ENSR16_5PRM9T · CTCF_binding_site · 84186611–84186632 · regulatory
ENSR16_BLP4T · promoter · 84187001–84187560 · regulatory
ENSR16_5PRMD7 · CTCF_binding_site · 84187117–84187138 · regulatory
ENSR16_84GSHN · promoter · 84190922–84191167 · regulatory
· motif · 84186613–84186629 · motif
· motif · 84186754–84186771 · motif
· motif · 84186860–84186876 · motif
· motif · 84186860–84186876 · motif
· motif · 84186901–84186908 · motif
· motif · 84187041–84187052 · motif
· motif · 84187053–84187064 · motif
· motif · 84187053–84187064 · motif
· motif · 84187055–84187064 · motif
· motif · 84187119–84187135 · motif
· motif · 84187159–84187172 · motif
· motif · 84187170–84187179 · motif
· motif · 84187850–84187863 · motif
· motif · 84187850–84187863 · motif
· motif · 84190922–84190932 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：869 aa
TAF1C 蛋白質長 869 個胺基酸。序列註解指出兩段無序區域：第 605–629 位，以及第 729–869 位胺基酸；來源未提供其他結構域或功能區域註解。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TAF1C 的定位記錄為細胞核與核仁；來源未描述定位變化的條件或動態。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 4 個夥伴
- SETQ01105 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- TAF12Q16514 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- TAF1BQ53T94 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- TBPP20226 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
TAF1C 是 SL1/TIF-IB 複合體的一員，並在複合體中直接與 TBP、TAF1A 和 TAF1B 互作；此複合體至少包含 TBP、TAF1A、TAF1B、TAF1C 與 TAF1D。TAF1C 另與 MYC、RRN3 及 p53/TP53 互作。p53/TP53 與 TAF1C 的互作會阻止 SL1/TIF-IB 與 UBTF 結合，並抑制 RNA polymerase I 轉錄。SL1/TIF-IB 也與 RRN3、RNA polymerase I 核心及啟動子結合的 UBTF 一同參與 Pol I 轉錄前起始複合體；這描述的是複合體組成關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TAF1C 是 SL1/TIF-IB 複合體的組成部分，該複合體參與 RNA polymerase I 依賴轉錄時 PIC 的組裝；PIC 形成速率可能主要取決於 SL1/TIF-IB 與 rDNA 啟動子的結合速率。此複合體有助於穩定 UBTF 在 rDNA 上的結合，其形成會排除 TBP 與 TFIID 次單元的結合，並透過與 RRN3 互作將 RNA polymerase I 招募至 rRNA 基因啟動子。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the transcription factor SL1/TIF-IB complex, which is involved in the assembly of the PIC (pre-initiation complex) during RNA polymerase I-dependent transcription. The rate of PIC formation probably is primarily dependent on the rate of association of SL1/TIF-IB with the rDNA promoter. SL1/TIF-IB is involved in stabilization of nucleolar transcription factor 1/UBTF on rDNA. Formation of SL1/TIF-IB excludes the association of TBP with TFIID subunits. Recruits RNA polymerase I to the rRNA gene promoter via interaction with RRN3 PMID 11250903 ↗ · PMID 11283244 ↗ · PMID 15970593 ↗ |
| 交互作用 | SL1/TIF-IB 至少由 TBP、TAF1A、TAF1B、TAF1C 與 TAF1D 組成；TAF1C 在複合體中直接與 TBP、TAF1A 和 TAF1B 互作，且其與 MYC、RRN3 及 p53/TP53 互作。p53/TP53 的互作會阻止 SL1/TIF-IB 與 UBTF 結合並抑制 RNA polymerase I 轉錄；SL1/TIF-IB 也參與包含 RRN3、RNA polymerase I 核心與啟動子結合 UBTF 的 PIC。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the transcription factor SL1/TIF-IB complex, composed of TBP and at least TAF1A, TAF1B, TAF1C and TAF1D. In the complex interacts directly with TBP, TAF1A and TAF1B. Interaction of the SL1/TIF-IB subunits with TBP excludes interaction of TBP with the transcription factor IID (TFIID) subunits. Interacts with MYC and RRN3. Interacts with p53/TP53; the interaction prevents the association of SL1/TIF-IB with UBTF and represses RNA polymerase I transcription. Part of Pol I pre-initiation complex (PIC), in which Pol I core assembles with RRN3 and promoter-bound UTBF and SL1/TIF-IB complex PMID 10913176 ↗ · PMID 11250903 ↗ · PMID 11283244 ↗ · PMID 15723054 ↗ · PMID 7801123 ↗ |
| 細胞定位 | TAF1C 的細胞內定位記錄為細胞核與核仁。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
GGTCCAAACCGGAAGACCGTGGGTAGCTGCGGCGGGGCTG40ACCCGTCCCGAGTGCCAAAGCTGGGGTTCTACTTGAGATT80TCCCTCGTGGTGCCAGGGTCCGGCGAGCATCACGCCGAGG120CCCATTTTCCAGACGACCACGACGAGGCCGGGGTCACGAA160CTCTGGCGCCCCTTACCAGCTTCCAGTCTCTCGAGGTGGC200CAGTGTGGTGCTTGGTCCTTGTTTCCAGGATGGACTTCCC240CAGCTCCCTCCGCCCTGCATTGTTTCTGACCGGCCCCCTT280GGTCTGAGCGACGTCCCTGACCTCTCTTTCATGTGCAGCT320GGCGAGACGCACTGACTCTGCCAGAGGCCCAGCCCCAGAA360CTCAGAGAATGGGGCACTGCATGTGACCAAGGACCTGCTG400TGGGAGCCGGCAACCCCTGGGCCTCTCCCCATGCTGCCTC440CCCTCATCGATCCCTGGGACCCTGGCCTGACTGCCCGGGA480CCTGCTTTTCCGCGGAGGGTGCCGGTATCGGAAGCGGCCC520CGAGTCGTGCTGGATGTGACTGAGCAGATCAGCCGGTTCC560TCTTGGATCATGGAGACGTAGCCTTTGCGCCCCTGGGGAA600GCTGATGCTGGAGAATTTCAAGCTGGAGGGAGCGGGGAGC640CGCACTAAGAAGAAGACAGTGGTCAGTGTGAAGAAGCTGC680TCCAGGACCTCGGTGGACACCAGCCCTGGGGGTGTCCCTG720GGCTTACCTCAGCAACCGACAGCGCCGCTTCTCTATCCTC760GGGGGCCCCATCCTGGGCACGTCGGTGGCGAGCCACTTGG800CAGAGCTGCTGCACGAGGAGCTGGTGCTGCGGTGGGAGCA840GCTGCTTCTGGATGAGGCCTGCACTGGGGGCGCGCTGGCC880TGGGTTCCTGGAAGGACACCCCAGTTCGGGCAGCTGGTCT920ACCCTGCTGGAGGCGCCCAGGACAGGCTGCATTTCCAAGA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。