基因總覽
TAF1A 是蛋白質編碼基因，正式名稱為 TATA-box binding protein associated factor, RNA polymerase I subunit A。其產物屬於 RNA polymerase I 轉錄因子 SL1/TIF-IB 複合體，是此複合體的組成次單元。現有資料未提供蛋白質的結構域、胺基酸長度或其他結構特徵，因此不進一步推定其分子構造。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000352967 ★ | 222,558,312–222,589,933 | 11 |
| ENST00000366890 | 222,557,902–222,589,785 | 11 |
| ENST00000350027 | 222,557,902–222,589,936 | 12 |
| ENST00000925618 | 222,557,906–222,589,936 | 11 |
| ENST00000925619 | 222,557,906–222,589,936 | 10 |
| ENST00000925620 | 222,557,906–222,589,636 | 11 |
| ENST00000972077 | 222,557,906–222,589,936 | 12 |
| ENST00000972078 | 222,557,906–222,590,162 | 11 |
| ENST00001142044 | 222,557,906–222,589,936 | 11 |
| ENST00001080566 | 222,558,312–222,589,936 | 10 |
| ENST00000391883 | 222,563,285–222,589,759 | 8 |
顯示 11/11 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TAF1A 是轉錄因子 SL1/TIF-IB 的組成部分。此複合體參與 RNA polymerase I 依賴的轉錄，協助組裝轉錄前起始複合體（PIC），其作用場域涉及核糖體 DNA（rDNA）啟動子。資料指出，PIC 形成速率可能主要取決於 SL1/TIF-IB 與 rDNA 啟動子結合的速率；這項關係帶有「可能」的限定，不能解讀為唯一決定因素。
SL1/TIF-IB 也參與穩定核仁轉錄因子 1（UBTF）在 rDNA 上的定位。這表示該複合體與 UBTF 在 rDNA 上的作用具有關聯，並連結轉錄起始複合體的組裝與啟動子區域的因子穩定性。資料並未進一步描述這種穩定作用的分子步驟或其對轉錄量的影響幅度。
SL1/TIF-IB 的形成會排除 TBP 與 TFIID 次單元的結合。這項互斥關係呈現 TBP 在不同轉錄因子複合體中的結合選擇；來源並未說明其調控條件或對其他轉錄途徑的後續影響。整體而言，現有資料支持 TAF1A 作為 SL1/TIF-IB 組成次單元，參與 RNA polymerase I 轉錄起始相關複合體的形成與 rDNA 上轉錄因子的穩定，但未提供更廣泛的生物學作用或具體調控機制。
Promoter 與基因調控
>TAF1A ENST00000352967 GRCh38 chr1:222589833-222590933 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GAGGCATGCATCATCACCCCAGCTTATTTTTTTTTATTTTTATTTTGTAGGGACGGGGTTTCATCATGTT GACTAGGCTGGTTTCGAACTCCTGAGCTCAAACTTTCCGCCTGCCTCGGCCTCCCAAAGGGCTGGGATTA CAGGCATGAGCCACCGCGCCCGGCCTCAAACTCTTACCAGACCCTTTAATTTCCTCTCCGATACTCCGAT TCTACTCAAACTGTTCACCTACACAGAGGAAACTCAGTGATTCCTGGGGGAGCCTATGCTATATTTGTGC ATCCTCATTTGTGGACAAAATTCTTTCTTGCTGTGACTTGAAAGCAGCCTCCCTTTACCTTTCACTTATT AGTCCTAGTTCTGTTCTCTGCTGCTAAGAAAAAGGGTCTGATCCTTCTTTCACTGATCAGCCCTCCAAAT ATTGGAGAAGCACACTGCGTTTCCATGGGCCTGCAGTCCTTTTCCGGGATCATCTTCCCTAGAACCCCTC AACTGTCTCTCATTTCACACGGTTTAACCATCTTACCTTTAACCCATATTTCATTTGTTTGTCTCAATGT CCCTCATGAAAGTTGACCCAGACGGGTCCGCAGAACAACTTTTGCTGAGAAGGCAAAGGAAATTCTCGCC CAAATTGTGGAGAAGGCAGTCGAACCAATTAAACCTAAAGCTAAAACTGTAATAGAAAAGAACTTTCAAG CTCGCAATGAAAAGGCTATGCATGGATTTATCTCATCACAGCCACTAGCCACACCTCCACTCGTGCAGTG CGCCTGCGAGCCGAGCAGAAACCAATGGCCCATCGTAGTGAATTTCTCGGGTAAAGTGACATTCTCCGCT TTTGAATGCTCCCTTCGCCCAGCCGCCAACCCCTCGCCCCAATTTCCATTTTAAATGAAAGTCTCCCACT TTCTAGCTGAGACAGACAAAAATAAAACTCGGGCAAAACCAATCGCAGAGAGGCAGCTCACTGTCACTTC CTGGGTCACTTCCAGAAGTCACTTCCGGGGTCGAGGCGAGGCCAACGATACGCCTGCTGCAGCAGGAGGA GTTACGAGCCGGGCCGCGCGCTGCCTAAATACCTAAACCAGGTTTAGCGCC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TAF1A_2 ↗ | 1:222,589,797 | 負股 | 222,589,787–222,589,846 |
| TAF1A_1 ↗ | 1:222,589,910 | 負股 | 222,589,900–222,589,959 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR1_B3M6PB · enhancer · 222589068–222589774 · regulatory
ENSR1_B3M6PF · promoter · 222589775–222590423 · regulatory
ENSR1_88JNX3 · enhancer · 222592301–222592516 · regulatory
· motif · 222589150–222589162 · motif
· motif · 222589563–222589578 · motif
· motif · 222589563–222589578 · motif
· motif · 222589605–222589627 · motif
· motif · 222589605–222589627 · motif
· motif · 222589923–222589934 · motif
· motif · 222589923–222589934 · motif
· motif · 222589925–222589934 · motif
· motif · 222589948–222589959 · motif
· motif · 222589950–222589959 · motif
· motif · 222590042–222590055 · motif
· motif · 222590158–222590174 · motif
· motif · 222590158–222590174 · motif
· motif · 222590180–222590195 · motif
· motif · 222590301–222590312 · motif
· motif · 222590318–222590332 · motif
· motif · 222590318–222590332 · motif
· motif · 222590325–222590336 · motif
· motif · 222590398–222590411 · motif
· motif · 222591341–222591356 · motif
· motif · 222594086–222594099 · motif
· motif · 222594086–222594099 · motif
蛋白質結構域與序列
蛋白質三維結構
細胞內定位
TAF1A 的定位記錄為細胞核與核仁；來源未提供定位隨條件改變或異構型間差異的資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 4 個夥伴
- NKAPD1Q6ZUT1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- SETQ01105 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- TAF1BQ53T94 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- TBPP20226 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
TAF1A 是 SL1/TIF-IB 複合體成員；該複合體由 TBP 及至少 TAF1A、TAF1B、TAF1C、TAF1D 組成，且資料記載 TAF1A 在複合體中直接與 TBP、TAF1A 和 TAF1B 互作。SL1/TIF-IB 次單元與 TBP 的互作會排除 TBP 與 TFIID 次單元的互作。另記載其與 UBFT、CEBPA（異構型 1 與 4）互作；其亦屬於包含 Pol I、RRN3、啟動子結合的 UTBF 與 SL1/TIF-IB 的 PIC。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TAF1A 是轉錄因子 SL1/TIF-IB 的組成部分；該複合體參與 RNA polymerase I 依賴轉錄時 PIC 的組裝。PIC 的形成速率可能主要取決於 SL1/TIF-IB 與 rDNA 啟動子的結合速率。SL1/TIF-IB 參與穩定 UBTF 在 rDNA 上的作用，且其形成會排除 TBP 與 TFIID 次單元的結合。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the transcription factor SL1/TIF-IB complex, which is involved in the assembly of the PIC (pre-initiation complex) during RNA polymerase I-dependent transcription. The rate of PIC formation probably is primarily dependent on the rate of association of SL1/TIF-IB with the rDNA promoter. SL1/TIF-IB is involved in stabilization of nucleolar transcription factor 1/UBTF on rDNA. Formation of SL1/TIF-IB excludes the association of TBP with TFIID subunits PMID 11250903 ↗ · PMID 11283244 ↗ · PMID 15970593 ↗ · PMID 7801123 ↗ |
| 交互作用 | SL1/TIF-IB 由 TBP 及至少 TAF1A、TAF1B、TAF1C、TAF1D 組成；複合體中記載有 TAF1A 與 TBP、TAF1A、TAF1B 的直接互作，且其與 TBP 的互作排除 TBP 和 TFIID 次單元互作。另記載 TAF1A 與 UBFT、CEBPA 異構型 1 和 4 互作，並屬於含 Pol I、RRN3、啟動子結合 UTBF 與 SL1/TIF-IB 的 PIC。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the transcription factor SL1/TIF-IB complex, composed of TBP and at least TAF1A, TAF1B, TAF1C and TAF1D. In the complex interacts directly with TBP, TAF1A and TAF1B. Interaction of the SL1/TIF-IB subunits with TBP excludes interaction of TBP with the transcription factor IID (TFIID) subunits. Interacts with UBFT. Interacts with CEBPA (isoform 1 and isoform 4). Part of Pol I pre-initiation complex (PIC), in which Pol I core assembles with RRN3 and promoter-bound UTBF and SL1/TIF-IB complex PMID 11250903 ↗ · PMID 11283244 ↗ · PMID 20075868 ↗ · PMID 7491500 ↗ · PMID 7801123 ↗ |
| 細胞定位 | TAF1A 的細胞內定位記錄為細胞核與核仁。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
ACTTCCGGGGTCGAGGCGAGGCCAACGATACGCCTGCTGC40AGCAGGAGGAGTTACGAGCCGGGCCGCGCGCTGCCTAAAT80ACCTAAACCAGGTTTAGCGCCTGCTCATATAAAGCTCTCC120TAACTCGTCTTCCGGTGGGAATTTCTTCACGTGGGCCGGA160GTCGGAGACTGAGTTTAGCTTTACTGAGGAGCTCTAAATT200TAGGCGGGTATGAGTGATTTCAGTGAAGAATTAAAAGGGC240CTGTGACAGATGATGAAGAAGTGGAAACATCTGTGCTCAG280TGGTGCAGGAATGCATTTTCCTTGGCTTCAAACATACGTA320GAAACTGTGGCCATTGGAGGGAAAAGGAGGAAGGATTTTG360CTCAGACAACAAGTGCTTGTTTAAGTTTTATCCAAGAAGC400TCTGCTGAAGCACCAATGGCAGCAAGCTGCAGAATACATG440TACAGTTATTTTCAGACCTTGGAAGATTCAGATAGCTACA480AAAGGCAGGCTGCACCTGAGATTATTTGGAAGCTCGGAAG520TGAAATTCTATTTTATCATCCCAAAAGCAACATGGAGAGT560TTCAATACTTTTGCTAACCGGATGAAAAATATTGGCGTCA600TGAATTATTTAAAGATCTCCTTACAACATGCATTATACCT640TCTGCATCATGGAATGCTTAAAGATGCTAAGAGAAATCTG680AGTGAGGCAGAGACATGGAGACATGGTGAAAATACGTCTT720CCCGGGAAATATTAATCAACCTTATTCAGGCCTATAAAGG760GCTTTTACAGTATTATACCTGGTCTGAAAAGAAGATGGAA800TTGTCAAAGCTTGATAAGGATGATTATGCTTACAATGCAG840TAGCCCAGGATGTGTTCAACCACAGCTGGAAGACATCTGC880AAATATTTCTGCATTGATTAAAATTCCTGGAGTTTGGGAC920CCTTTTGTGAAGAGTTATGTAGAAATGCTGGAATTCTATG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。