基因總覽
TAF12（TATA-box binding protein associated factor 12）是蛋白質編碼基因，其產物屬於 TAF12 家族。這個蛋白質是 TATA-box binding protein associated factor 家族成員之一，參與基礎轉錄因子複合體及轉錄共活化複合體的組成。其序列具有 histone-fold 結構域，並含有一段被註記為無序的區域，呈現明確的結構特徵。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000373824 ★ | 28,602,850–28,643,067 | 6 |
| ENST00000685589 | 28,587,829–28,643,104 | 5 |
| ENST00000693642 | 28,587,837–28,643,085 | 7 |
| ENST00000688108 | 28,587,861–28,643,104 | 7 |
| ENST00000691563 | 28,588,495–28,643,019 | 6 |
| ENST00000471683 | 28,589,323–28,643,115 | 7 |
| ENST00000495422 | 28,602,850–28,643,115 | 7 |
| ENST00000689843 | 28,603,096–28,643,007 | 6 |
| ENST00000691050 | 28,603,096–28,643,015 | 5 |
| ENST00000685312 | 28,603,096–28,648,291 | 6 |
| ENST00000857942 | 28,603,096–28,648,358 | 7 |
| ENST00000857945 | 28,603,096–28,643,091 | 7 |
顯示 12/31 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TAF12 是 TFIID 基礎轉錄因子複合體的組成成員。TFIID 在 RNA polymerase II（Pol II）依賴的轉錄起始中扮演重要角色；它透過其中的 TBP 識別並結合啟動子，無論啟動子是否具有 TATA box，並促進轉錄前起始複合體（PIC）的組裝。TFIID 由 TBP 與多種 TBP-associated factors（TAFs）構成，TAF12 是其中之一。
TAF12 也參與不含 TATA-binding protein 的 TAF complex（TFTC），以及 PCAF histone acetylase complex 和 STAGA transcription coactivator-HAT complex。這些複合體是來源所列的轉錄相關組成；TAF12 因此同時出現在 TFIID 與其他 TAF 或轉錄共活化複合體中。資料支持其複合體成員身分，但未進一步說明 TAF12 在各複合體中的個別分子作用方式。
與轉錄調控因子 ATF7 的關係則有特定條件：TAF12 可與 ATF7 的 transactivation domain 互作，並促進 ATF7 的 transactivation；然而，ATF7 的 sumoylation 會阻止這項互作。另有資料指出 TAF12 並非在所有描述中都促進 ATF7 transactivation，因此其作用不能概括為無條件的促進效果。
Promoter 與基因調控
>TAF12 ENST00000373824 GRCh38 chr1:28642967-28644067 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CTCTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGG CTCACTGCAACCTCCGCCCCTCCAGGTTTAAGCAGTTCTCTGCGTCAGCCTCCGGAGTAGCTGCGATTAC AGGCGCATGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATCTTGGCCA GACTGGTCTTGAACTCTTGACCTCGTGATCCACCCTCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGT GAGCCACATAACAGCAGTTCTCACCAAGCATCTGACAGCCGAAAAACTGAAAGCATTAGAGAATGCTACA GGACAGGCTTTGGCTTAGTAGTGAGTTCTGAGTTCAAGCTGAGGCTCTGCACTTATTAGCTAGAACTTTG CTTAATCTCTCACAGGTCTCCTCTAAATGATTAAATGGCGTAACGGAGGTAAGCGGATTAGCACAATTCC CGGCAAACAGTAAGCACTCAATTGTTACTACTGAATTGCCAGTTCACAGGCACAACCAACCGATCTCTCT CATCTCCTGGTTCCTCTGTTGCCAACTTCCTCGTTGAGGTCCAACAGGATACCTGTGGGGTAATGTGTCC CAGATGATATCCCAGTCCTGACACCAAGACAAAGGCACCAACCAAAAATGGCGACCTCAAAGCCATCCGA GGGCGTCAATTACCCGTCATGCTACCGATAGATAAATAAGCAGCGTCGGGAAGAAAAGCTAGTGAAGGAT TCTTAACGCCGGGTTGGAATACGCAGAGCTCGCTCATGCTGCCACTCAACCACAAGCAGTTAAAAGCGCA AGCTGCAGGGTGTACCTACACACAGCTCAATATCGCCACCACGTGTCGGAGGGCAGTCTGCGCCTGCGCA AGCGAGGCGCGCGCCCGCCGGCCGGAAGAGCCGCGCGTTTCCGGGTTGGAGGCGGGGAGCGGTGCCGGAA GTAGTCGGGGAGGGCCGCGCAGTCGGACCGGCTGCTGAGACGAACGCTTCACTGGGGCAGTCTCTGCATA TCATGGGGAGATAGACGCTGCTGCCTGTGAGTCTTGGGCCCTGGCAGTTGA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TAF12_1 ↗ | 1:28,643,026 | 負股 | 28,643,016–28,643,075 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR1_8SPTL · enhancer · 28640840–28641074 · regulatory
ENSR1_B7NGT · enhancer · 28641992–28642994 · regulatory
ENSR1_8SPWT · promoter · 28642995–28643173 · regulatory
ENSR1_C4SQ3 · enhancer · 28643174–28644773 · regulatory
ENSR1_58PWDC · CTCF_binding_site · 28643178–28643199 · regulatory
ENSR1_8SPZP · enhancer · 28646218–28646452 · regulatory
ENSR1_B7NHN · enhancer · 28647634–28648280 · regulatory
ENSR1_58PX6P · CTCF_binding_site · 28647793–28647814 · regulatory
· motif · 28643085–28643094 · motif
· motif · 28643085–28643096 · motif
· motif · 28643085–28643096 · motif
· motif · 28643111–28643122 · motif
· motif · 28643111–28643122 · motif
· motif · 28643152–28643163 · motif
· motif · 28643158–28643169 · motif
· motif · 28643158–28643169 · motif
· motif · 28643180–28643196 · motif
· motif · 28643181–28643190 · motif
· motif · 28643181–28643190 · motif
· motif · 28643220–28643235 · motif
· motif · 28643243–28643251 · motif
· motif · 28643382–28643392 · motif
· motif · 28643473–28643484 · motif
· motif · 28643473–28643484 · motif
· motif · 28643571–28643582 · motif
· motif · 28643605–28643615 · motif
· motif · 28643826–28643841 · motif
· motif · 28643832–28643844 · motif
· motif · 28643834–28643841 · motif
· motif · 28643834–28643849 · motif
· motif · 28647795–28647811 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：161 aa
TAF12 蛋白質長 161 個胺基酸，屬於 TAF12 family。序列第 59–126 位註有 histone-fold domain；第 15–55 位則標示為無序區域。這些註解描述其序列區段與結構特徵，未提供其他功能區域資訊。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TAF12 的細胞內定位記錄為細胞核；來源未提供定位改變的條件或不同異構型之間的差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 5 個夥伴
- PRKAR2BP31323 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PRKAR2BQ6DHZ2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TAF1CQ15572 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- TAF4O00268 · UniProt INTERACTION · 5 experiments · 2 筆來源紀錄
- TBPP20226 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
TAF12 是 TFIID、TFTC、PCAF 與 STAGA 複合體的組成成員。另有直接互作記錄指出，TAF12 可與 TBP 及 TAF10 結合；它也會與 ATF7 互作並促進其 transactivation，但 ATF7 的 sumoylation 會阻止該互作。另有記錄指出 TAF12 不促進 ATF7 的 transactivation，故來源所載的功能關係並非一致描述。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TFIID 是 RNA polymerase II（Pol II）依賴性轉錄起始的重要基礎轉錄因子複合體。它透過 TBP 辨識並結合有或沒有 TATA box 的啟動子，促進轉錄前起始複合體（PIC）組裝；複合體由 TBP 與多種 TAF 組成，TAF12 是其中一員。TAF12 也屬於 TFTC、PCAF histone acetylase complex 與 STAGA transcription coactivator-HAT complex。 | 含實驗來源 | 證據與來源The TFIID basal transcription factor complex plays a major role in the initiation of RNA polymerase II (Pol II)-dependent transcription. TFIID recognizes and binds promoters with or without a TATA box via its subunit TBP, a TATA-box-binding protein, and promotes assembly of the pre-initiation complex (PIC). The TFIID complex consists of TBP and TBP-associated factors (TAFs), including TAF1, TAF2, TAF3, TAF4, TAF5, TAF6, TAF7, TAF8, TAF9, TAF10, TAF11, TAF12 and TAF13. Component of the TATA-binding protein-free TAF complex (TFTC), the PCAF histone acetylase complex and the STAGA transcription coactivator-HAT complex PMID 10373431 ↗ · PMID 33795473 ↗ · PMID 7729427 ↗ · PMID 8598932 ↗ · PMID 8663456 ↗ · PMID 9674425 ↗ · PMID 9885574 ↗ |
| 交互作用 | TAF12 是含 TBP 與多種 TAF 的 TFIID 複合體成員，也參與 TFTC、PCAF 與 STAGA 複合體。PCAF 的列示組成至少包括 TADA2L/ADA2、TADA3L/ADA3、TAF5L/PAF65-beta、SUPT3H、TAF6L、TAF9、TAF10、TAF12 與 TRRAP；STAGA 的列示組成至少包括 SUPT3H、GCN5L2、TAF5L、TAF6L、STAF65-gamma/SUPT7L、TADA3L、TAD1L、TAF10、TAF12、TRRAP 與 TAF9。TAF12 可經 ATF7 的 transactivation domain 與其互作，但 ATF7 sumoylation 會阻止此互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the TFIID basal transcription factor complex, composed of TATA-box-binding protein TBP, and a number of TBP-associated factors (TAFs), including TAF1, TAF2, TAF3, TAF4, TAF5, TAF6, TAF7, TAF8, TAF9, TAF10, TAF11, TAF12 and TAF13. Component of the TATA-binding protein-free TAF complex (TFTC), the PCAF histone acetylase complex and the STAGA transcription coactivator-HAT complex. Component of the PCAF complex, at least composed of TADA2L/ADA2, TADA3L/ADA3, TAF5L/PAF65-beta, SUPT3H, TAF6L, TAF9, TAF10, TAF12 and TRRAP. Component of the STAGA transcription coactivator-HAT complex, at least composed of SUPT3H, GCN5L2, TAF5L, TAF6L, STAF65-gamma/SUPT7L, TADA3L, TAD1L, TAF10, TAF12, TRRAP and TAF9. Interacts with ATF7 (via the transactivation domain); the interaction is prevented by sumoylation of ATF7 PMID 10373431 ↗ · PMID 10594036 ↗ · PMID 11564863 ↗ · PMID 15735663 ↗ · PMID 33795473 ↗ · PMID 9885574 ↗ |
| 交互作用 | TAF12 與 TBP 及 TAF10 均有直接互作記錄；此外，TAF12 與 ATF7 互作，並促進 ATF7 的 transactivation。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with TBP; the interaction is direct. Interacts with TAF10; the interaction is direct. Interacts with ATF7, promoting transactivation by ATF7 PMID 15735663 ↗ · PMID 7729427 ↗ |
| 交互作用 | 此項記錄指出，TAF12 不會促進 ATF7 的 transactivation。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | TAF12 的定位記錄為細胞核。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
AGTCGGACCGGCTGCTGAGACGAACGCTTCACTGGGGCAG40TCTCTGCATATCATGGGGAGATAGACGCTGCTGCCTTTAA80TTGGCCTTGGTCCTCACAGCTCCAAAAAGAAACAGGATCT120CGATAAGCTCTATGAGCTGAAGTCCAAAGCTCGGCAGATT160ATGAACCAGTTTGGCCCCTCAGCCCTAATCAACCTCTCCA200ATTTCTCATCCATAAAACCGGAACCAGCCAGCACCCCTCC240ACAAGGCTCCATGGCCAATAGTACTGCAGTGGTAAAGATA280CCAGGCACTCCTGGGGCAGGAGGTCGTCTTAGCCCTGAAA320ACAATCAGGTATTGACCAAGAAGAAATTACAGGACTTAGT360AAGAGAAGTGGATCCTAATGAGCAGTTGGATGAAGATGTG400GAGGAGATGCTGCTGCAGATTGCTGATGATTTTATCGAGA440GTGTGGTGACAGCAGCCTGTCAGCTTGCGCGGCATCGCAA480GTCTAGCACCCTGGAGGTGAAAGATGTCCAGCTGCATTTA520GAGCGCCAGTGGAACATGTGGATCCCAGGATTTGGCTCTG560AAGAAATCCGACCCTACAAAAAAGCTTGCACCACAGAAGC600TCACAAACAGAGAATGGCATTGATCCGGAAAACAACCAAG640AAATAACACACGGAAAGGTCAGGGAATGGACAGCAATGTA680TTTGGAGATACTTGAGCTGAGAACTCAGCCATCTCATCCT720TGGATTTTTTTTTTTAATGCTTTACAGAGAAGCATATATT760TTTTATTAACAGTGCAGCAATATCTATAATGACTGAGAGG800ATCTGCCAAAAGAATAAAGCCTCCTACCCCAACTTCCGGT840CCCTTTTCCCTGCCATCTCAAAGAGGAGCAATGTATCTTC880CAGAGAAGATTTTATTTGTGGTTTATTATATAAGTGACTG920AATATGGGACAAAGCATTATGGTCTTTTTGGGTAAGACAG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。