基因總覽
TACR2 是蛋白質編碼基因,產物 tachykinin receptor 2 屬於 G protein-coupled receptor 1 family。這種受體可辨識 tachykinin 神經肽,其中 substance K(neurokinin A)是其受體配體;來源也指出它能結合並回應 substance P 與 neurokinin B/neuromedin-K,但此部分依序列相似性推定。受體對不同 tachykinin 的親和力排序為 substance K 高於 neuromedin-K,再高於 substance P。其蛋白質具有多段跨膜區域,構成受體的膜內結構。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000373306 ★ | 69,403,903–69,416,918 | 5 |
| ENST00000373307 | 69,402,885–69,409,282 | 3 |
| ENST00001118981 | 69,402,885–69,416,882 | 5 |
| ENST00001142534 | 69,402,885–69,416,923 | 5 |
顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
tachykinin receptor 2 的主要功能是辨識 tachykinin 神經肽並將配體結合轉換為細胞內訊號。已報告它是 substance K(亦稱 neurokinin A)的受體;此外,依序列相似性資料推定,該受體也能結合並回應 substance P 及 neurokinin B(neuromedin-K)。對這些 tachykinin 的親和力具有排序差異:substance K 最高,其次是 neuromedin-K,substance P 最低。這項排序描述受體對配體的相對親和力,並不表示三者的訊號效果相同。
substance K 與受體結合後,可引發 G protein-coupled receptor 訊號,涉及 G(q) 活化以及 phospholipase C 催化的 phosphatidylinositol 水解。這些事件將細胞外的配體辨識連結到細胞內訊號傳遞;來源明確指出 G(q) 活化與磷脂水解是該受體訊號的一部分,但未提供更下游反應的細節。
substance K 結合也會促進 adenylate cyclase 活性,並使細胞內 cyclic AMP(cAMP)濃度上升。此路徑同樣是受體配體辨識後引發的訊號反應,但資料將其標示為依序列相似性推定。現有資訊支持 tachykinin receptor 2 可透過不同訊號途徑回應 substance K;對其他配體的具體訊號方式與生理效應,則未提供足以進一步說明的內容。
Promoter 與基因調控
>TACR2 ENST00000373306 GRCh38 chr10:69416818-69417918 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CGGGAGACAAGGGCTGGGTGTCAGGAAAGTGACACACAGGGAGAAGCAGAAAATGGACTGGGAGTGTGGG GGCCGAGGCCCAGCCACGAGAAACCCAGGCGGTGCAAGGCAGAGCCCTGGGAGCACAGAGGCTGCTGTGC CGTGGGTTGCTGGTGAATGAGAAGCCTCCTCTGCTTTAATGAAGAACATGCCCCCCCGACTCCCGCTAAT CCTGCCCTGCCTTCATGGTCCACACACCACAGGTGTGCACAGGTTCATGCGTGTGTGTGAGCTTAACACG TCAGCCGCACATACAGTTGCTCAGAAACATCTTCACTGCTTCACACACGTGCACACAGTCAATGACCAGG AGCAGGGATCTTGGGGCAAACCTAGAGCAGCTTCTCAGGAGTTAAAACTCCAGCTTTGCTGTGGTTCCCG GAAGAGCCCTGACTTTGTCCTAAGACAGTGGTTCTCAAAGTGAAGTGCTGGCTCCAGCAGCATCAGTATC ACCTGGGAACTCGCTGGAAACGCTCCGGGTTCTGGCTTCTCCTCCTAGAGCGCCCAGAGCTGTGGGGTCC TCCCTTCGGGCCAGAAACTCCAATCATAGTTTTTATGTACCAACCCCTGTGCTAAGTAGACTTTGTGCAC ATTATCTCCATTTAAAATTCACAAATGTACTGTAAGATGCACACCATTTTTCTATATTTTTCAGATGGGG TAGACAGAGCTCAGAAAGGTTAAGAGACTTGCCTGGAGTCACCAAACCAGGCTCGAACTCCTTCTGTATT CAGAATCACTCTTCAGACGTAGCTCCTGTCCTGGGCTGAAAGTCAACATCCGCCGAGAGCTGGGCCCTCT GTACCAGCCCCATCTCCCCCAAGTCTCTCCCTGCCTCTGCAGCCAGTCCTAAATCTTTCAAGAGACAAGG CCAAGCAGGGGGTGGGACCAGGGGCGGGAGCCAAAGCCCCCCCTCGTGAGCAGGCAGCACCTCTGCCAAG GCCCCCACTGGCCCTGCCCCAGAGAACGGCAGGGAAGCTGCAGCGAGGGCTGGCAGCTGGCAGAGCCCTG AGCACCCAGCACCCAGCCCGGCTTGCAGCCCAAAGCCTGGAGAGAGGCTGC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TACR2_1 ↗ | 10:69,416,918 | 負股 | 69,416,908–69,416,967 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR10_5LBS56 · CTCF_binding_site · 69413134–69413155 · regulatory
ENSR10_BHQXG · enhancer · 69413140–69413903 · regulatory
ENSR10_5LBS6J · CTCF_binding_site · 69413431–69413452 · regulatory
ENSR10_5LBS72 · CTCF_binding_site · 69413539–69413560 · regulatory
ENSR10_932JZD · promoter · 69421877–69422134 · regulatory
· motif · 69413136–69413152 · motif
· motif · 69413433–69413449 · motif
· motif · 69413502–69413517 · motif
· motif · 69413502–69413517 · motif
· motif · 69413541–69413557 · motif
· motif · 69418268–69418283 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:398 aa
tachykinin receptor 2 長 398 個胺基酸,屬於 G protein-coupled receptor 1 family。序列註解指出其具有七段螺旋型跨膜區域,並由胞外與胞質拓撲區段交替連接;蛋白質的 N 端區段位於胞外,C 端區段位於胞質側。
蛋白質三維結構
細胞內定位
tachykinin receptor 2 位於細胞膜,並被註記為多次跨膜蛋白。 現有資料未提供定位隨條件改變或不同異構型間差異的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- TAC1P20366 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | tachykinin receptor 2 可辨識 substance K(neurokinin A),也依序列相似性推定能結合並回應 substance P 與 neurokinin B(neuromedin-K)。其對 tachykinin 的親和力由高至低為 substance K、neuromedin-K、substance P。substance K 結合後可透過 G(q) 活化及 phospholipase C 促進 phosphatidylinositol 水解傳遞訊號;另依序列相似性推定會促進 adenylate cyclase 活性,使細胞內 cAMP 增加。 | 含實驗來源 | 證據與來源This is a receptor for the tachykinin neuropeptide substance K (neurokinin A). Is also able to bind and respond to tachynins substance P and neurokinin B/neuromedin-K (By similarity). The rank order of affinity of this receptor to tachykinins is: substance K > neuromedin-K > substance P (By similarity). Substance K binding to its receptor triggers G protein-coupled receptor signaling via activation of G(q) and phosphatidylinositol hydrolysis by phospholipase C. Substance K binding also triggers signaling via activation of adenylate cyclase activity which results in increased intracellular levels of cyclic AMP (cAMP) (By similarity) PMID 1659297 ↗ · PMID 1848773 ↗ · PMID 35882833 ↗ · PMID 7957923 ↗ |
| 細胞定位 | tachykinin receptor 2 位於細胞膜,屬於多次跨膜蛋白。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
AGAGAACGGCAGGGAAGCTGCAGCGAGGGCTGGCAGCTGG40CAGAGCCCTGAGCACCCAGCACCCAGCCCGGCTTGCAGCC80CAAAGCCTGGAGAGAGGCTGCTGCGCCATTGACCTGTGGA120CTCCAGAGACTCCCGCTGTGCATTCCTCTGATCTGGAAGG160TTTCCTGAATTACGTGACGAGAAACCTGGGTTCGAGTCCT200AACTTGTCACCAACTTCCTGAGTGACCTGGGCTGGTCCCG240TCCCCTCTTGGAATCTCTGTCTTCCATCTCTTCAGCGAAG280GGGTTGATTTATAAGGGTGTTTTCTGCTCTGACACTGTGA320TTTGAATTCTGTGTTTCCACATGATATTCGAGAAGTCTGG360CCGGAAGGATGGAATCTGAAATGACAATGGTTCTGGACTG400GGCTTTGTGCTCAGCCCAGCTCATCTTTGCCTGAGACCTA440GGAGTGGCCCCAGGCTCTCCTGATGTGCCACCACGCTTGG480CATCTGCTCCTCTCCCTGCCCCCATATTCCCATGCTCTGA520AGGGGAGTTCTCTTTCATAGCAAATCCGAGAGGAGCCGAG560GAGCCAGGTCCTTTGTTCCAGACCCAGAAGCAGCCATGGG600GACCTGTGACATTGTGACTGAAGCCAATATCTCATCTGGC640CCTGAGAGCAACACCACGGGCATCACAGCCTTCTCCATGC680CCAGCTGGCAACTGGCACTGTGGGCCACAGCCTACCTGGC720CCTGGTGCTGGTGGCCGTGACGGGTAATGCCATCGTCATC760TGGATCATCCTGGCCCATCGGAGGATGCGCACAGTCACCA800ACTACTTCATCGTCAATCTGGCGCTGGCTGACCTCTGCAT840GGCTGCCTTCAATGCCGCCTTCAACTTTGTCTATGCCAGC880CACAACATCTGGTACTTTGGCCGTGCCTTCTGCTACTTCC920AGAACCTCTTCCCCATCACAGCCATGTTTGTCAGCATCTA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。