基因總覽
TACC2(transforming acidic coiled-coil containing protein 2)是由蛋白質編碼基因產生的 TACC family 成員。其蛋白質全長為 2,948 個胺基酸,包含一個 SPAZ 結構域;序列註解亦指出多處區域預測為無序區。現有資料將 TACC2 與微管、中心體及細胞核的關聯列為其主要特性,並指出它可能參與腫瘤抑制或成為腫瘤進展標記,但這些描述保留「可能」的限定,不能視為已確立的作用。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000369005 ★ | 121,989,163–122,254,542 | 23 |
| ENST00000513429 | 121,989,163–122,254,560 | 20 |
| ENST00000515273 | 121,989,163–122,254,560 | 20 |
| ENST00000515603 | 121,989,163–122,254,560 | 20 |
| ENST00001129730 | 121,989,163–122,022,735 | 3 |
| ENST00001140150 | 121,989,163–122,254,560 | 23 |
| ENST00000866908 | 121,994,584–122,254,560 | 20 |
| ENST00000866909 | 121,994,584–122,254,560 | 20 |
| ENST00000866910 | 121,994,584–122,254,560 | 20 |
| ENST00001099338 | 121,994,584–122,079,145 | 4 |
| ENST00001129729 | 121,994,584–122,050,804 | 3 |
| ENST00000866911 | 122,019,255–122,254,560 | 20 |
顯示 12/31 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
TACC2 參與微管依賴的細胞核與中心體耦聯,將細胞核和中心體的空間關係連結到微管相關過程。來源亦指出,TACC2 可能參與組織中心體微管;此項作用以可能性表述,並未提供更具體的分子步驟或調控方式。
在神經祖細胞中,TACC2 與中心體介導的細胞間期核遷移(interkinetic nuclear migration,INM)調控過程有關。此敘述依據相似性推定(By similarity),指出 TACC2 涉及調節該核遷移過程的機制,但並未界定它在其中的直接作用,也未描述其影響方向或條件。因此,不能據此將 TACC2 說成直接驅動核移動的因子。
TACC2 也被提出可能具有腫瘤抑制蛋白作用,並可能作為腫瘤進展標記。這些是帶有限定的功能與標記性描述,來源沒有提供足以確認其因果作用、適用腫瘤類型或判定方式的細節。整體而言,現有資料支持 TACC2 與微管、中心體及神經祖細胞核遷移調控的關聯,另列出可能的腫瘤相關角色;各項推論仍應依其證據限定解讀。
Promoter 與基因調控
>TACC2 ENST00000369005 GRCh38 chr10:121988163-121989263 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TAATAAAGAAAAGAAAAAAAAAGGATTTGGTCATTGTAAGTGCTATGAAGAATTTAAATAGGCTAAAGGG ATAGGTGGAGAATAGAAGTTGCATTTTTTCTTTCCCTCCAGATAGAGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTGG AGTGCAGTGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAACCTCCACCTCTGGGTTCAGGCAGTTCTCCTGCCTTAGCC TCCTAAATAGCTGGGATAGCAGGCACCTGCCACCACGCCCGGCTAATTTTTGTCTTTTTAGTAGAGAGGG GGTTTTACCATGTTCGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTAACCTCAAGTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCA AAGTGCTGGGATCACAGGCATGAGTCACTGTGCCCGACCTGAAAGTTGCTATTTTAGGTGTGATGAGCAG CACAACATCTTTCCTGAGGAGGTGACATTTGAGATGTGACTTGAATTGTGAGGAGTAATGTGTCATGCAA AAATACAGGGAAGTCATATTGTAGTCAAAGGCAATAGCAAAAAAAAGTCTTTGGGGTTAAAATAAGTCTG ACACATTCAAGAAAGTTCAGAAAGGCATACATACCTGTGTTAGAGTAGGTAGCTAGGGGAACATGAGAAG GGCAGCAGAGGGCATTCCACCCCCACCCCCAACCAGGAATGTCAGGCGACCATCATGTGATGGTCAGGTG GTTGTTACACTGTTTCTCTAAAATCATCATTGGTTGCAGCCAGCACCAGGGAAAGGCCGGCTCCCAATAG ATAGAAAACACCTGAAGCTAGTGTCAGCCGCTTCCTGATAAGATCTCAGGAGTTGGGCAAGTGGGCTCAA GCATGGGCCCTAAGGGGCAAAATGTCAGAGTTTAACTAATATATGACCTTCCTCTAGGAATTCTCGACTG GCAAGGGAAAAATGCCTCAAATGAGCACGCGCACAACTTCAGTAAACACACTGTGAGTGCGGCCACTCCC AAGTGCTGGCAGACCACTGCATAAGTGGACAGCCTGCTCCAAGGGAAGGATCAGGAGAGAAGAAACGCAA ATCCCAGAACCGTGCCAACATATAAAACCCCACATTAAGGGTTGTACAGTG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 4 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| TACC2_1 ↗ | 10:121,989,163 | 正股 | 121,989,114–121,989,173 |
| TACC2_2 ↗ | 10:121,994,632 | 正股 | 121,994,583–121,994,642 |
| TACC2_4 ↗ | 10:122,163,496 | 正股 | 122,163,447–122,163,506 |
| TACC2_3 ↗ | 10:122,163,680 | 正股 | 122,163,631–122,163,690 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR10_93RFBD · enhancer · 121987693–121987965 · regulatory
· motif · 121990497–121990510 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:2948 aa
TACC2 蛋白質長 2,948 個胺基酸,屬於 TACC family,含有 SPAZ 結構域(第 2,315–2,403 位)。序列註解在多個區段標示無序區,包括 N 端及蛋白質中後段;這些區域是序列特徵註解,來源未進一步說明其特定功能。
蛋白質三維結構
細胞內定位
TACC2 被記錄於細胞質與細胞核,也定位於細胞質中的細胞骨架、微管組織中心及中心體。 來源未提供定位隨條件改變或異構型差異的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
TACC2 與微管有交互作用,並與 YEATS4、GCN5L2 及 PCAF 交互作用;來源未進一步界定這些關係是否代表同一複合體或其功能後果。TACC2 也被記載與 CCDC100/CEP120 交互作用,但此項關係標註為依相似性推定(By similarity)。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | TACC2 參與微管依賴的細胞核與中心體耦聯,並涉及調節神經祖細胞中心體介導之細胞間期核遷移(INM)的過程;此項 INM 關聯依相似性推定。TACC2 可能協助組織中心體微管,也可能具有腫瘤抑制蛋白作用或成為腫瘤進展標記。 | 含實驗來源 | 證據與來源Plays a role in the microtubule-dependent coupling of the nucleus and the centrosome. Involved in the processes that regulate centrosome-mediated interkinetic nuclear migration (INM) of neural progenitors (By similarity). May play a role in organizing centrosomal microtubules. May act as a tumor suppressor protein. May represent a tumor progression marker PMID 10749935 ↗ |
| 交互作用 | TACC2 與 CCDC100/CEP120 交互作用,此關係依相似性推定;另有資料記載 TACC2 與微管、YEATS4、GCN5L2 及 PCAF 交互作用。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with CCDC100/CEP120 (By similarity). Interacts with microtubules. Interacts with YEATS4, GCN5L2 and PCAF PMID 12620397 ↗ · PMID 14767476 ↗ |
| 細胞定位 | TACC2 的定位記錄包括細胞質、細胞核,以及細胞質中的細胞骨架、微管組織中心與中心體。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm; Nucleus; Cytoplasm, cytoskeleton, microtubule organizing center, centrosome PMID 10749935 ↗ · PMID 14767476 ↗ · PMID 15304323 ↗ |
核酸與蛋白質序列
ATAAGTGGACAGCCTGCTCCAAGGGAAGGATCAGGAGAGA40AGAAACGCAAATCCCAGAACCGTGCCAACATATAAAACCC80CACATTAAGGGTTGTACAGTGCACTGGGATTTCTCAAGTC120ACCCGCTTGGTCCTCTTCCAAGTATACTTTACTTCCTTTC160ATTCCTCTCTAAAACTTTTTTAAAAACTTTCACTCCTGCT200CTAAAAGTTATCTTGGTTTCTTACTCTACCTTATGCCCCT240TGGGCGAATTTTTTCCTCTGAGGAGGGAAGAATAGAGTTG280CTGCTGCAGACACATCAGATTCCCTACTGGTAACAGCTGG320AGTGCGTCACCTCTGACAAAATTCTGGGGACGCTGGGAAC360ACTGAATCAACATGGGCAATGAGAACAGCACCTCGGACAA400CCAGAGGACTTTATCAGCTCAGACTCCAAGGTCCGCGCAG440CCACCCGGGAACAGTCAGAATATAAAAAGGAAGCAGCAGG480ACACGCCCGGAAGCCCTGACCACAGAGACGCGTCCAGCAT520TGGCAGCGTTGGGCTTGGAGGCTTCTGCACCGCTTCTGAG560AGTTCTGCCAGCCTGGATCCATGCCTTGTGTCCCCAGAGG600TGACTGAGCCAAGGAAGGACCCACAGGGAGCCAGGGGGCC640AGAAGGTTCTTTGCTGCCCAGCCCACCACCGTCCCAGGAG680CGAGAGCACCCCTCGTCCTCCATGCCCTTTGCCGAGTGTC720CCCCGGAAGGTTGCTTGGCAAGTCCAGCAGCGGCACCTGA760AGATGGTCCTCAGACTCAGTCTCCCAGGAGGGAACCTGCC800CCAAATGCCCCAGGAGACATCGCGGCGGCATTTCCCGCTG840AGAGGGACAGCTCTACTCCATACCAAGAGATTGCTGCCGT880CCCCAGTGCTGGAAGAGAGAGACAGCCGAAGGAAGAAGGA920CAGAAGTCCTCCTTCTCCTTCTCCAGTGGCATCGACCAGT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。